genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  63  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18728904--18728991	16	5.7	16	65	17	60	46	1	3	48	1.26
18728936--18728994	29	2.0	29	100	0	118	50	0	5	44	1.24
18732125--18732166	21	2.0	21	90	0	66	42	14	9	33	1.78
18735367--18735551	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
18735368--18735551	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
18735420--18735584	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
18740455--18740625	39	4.3	39	85	6	211	25	21	28	25	1.99
18740402--18740625	79	2.8	79	82	7	231	25	20	27	25	1.99
18740482--18740658	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
18747663--18747844	77	2.3	81	82	10	225	24	23	27	25	2.00
18747662--18747844	40	4.7	40	83	9	225	24	22	27	25	2.00
18747715--18747877	80	2.1	76	83	8	195	25	21	26	25	1.99
18754507--18754568	31	2.0	31	87	12	92	33	6	22	37	1.80
18762724--18762788	26	2.5	26	80	7	69	20	15	20	44	1.86
18762781--18762828	23	2.1	23	84	0	60	20	27	16	35	1.94
18764274--18764304	4	7.8	4	92	0	53	48	22	3	25	1.66
18766211--18766249	18	2.2	18	85	0	51	79	0	17	2	0.84
18767206--18767330	48	2.7	46	82	7	148	39	20	23	17	1.92
18768181--18768236	24	2.3	24	100	0	112	32	12	26	28	1.93
18768562--18769091	45	11.8	45	71	12	243	31	19	22	27	1.98
18768521--18768904	44	8.6	44	75	9	219	30	18	23	27	1.97
18768562--18769091	223	2.4	225	82	4	640	31	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18770561--18770592	11	2.8	11	95	4	55	34	3	0	62	1.11
18773332--18773366	10	3.5	10	84	0	52	28	0	20	51	1.47
18773562--18773637	37	2.1	37	100	0	152	23	27	13	35	1.92
18777274--18777374	29	3.5	29	88	0	157	39	11	26	21	1.88
18777249--18777400	58	2.6	58	74	9	157	40	13	24	21	1.89
18784854--18785074	30	7.4	29	73	10	151	36	12	26	24	1.91
18784854--18784985	29	4.5	29	81	6	140	34	12	29	23	1.92
18789119--18789307	61	3.2	55	71	17	139	42	3	2	51	1.31
18790459--18790875	212	2.0	212	94	0	726	25	12	15	46	1.81
18791600--18791649	21	2.5	20	79	20	59	54	0	2	44	1.11
18791602--18791646	22	2.2	20	84	15	56	55	0	2	42	1.12
18792111--18792186	29	2.5	31	79	12	86	53	14	1	30	1.49
18794694--18794733	18	2.2	19	90	4	64	12	35	0	52	1.39
18794703--18794733	15	2.1	15	93	0	53	12	35	0	51	1.40
18797512--18797568	27	2.1	27	96	0	105	54	19	15	10	1.70
18797625--18797657	15	2.2	15	100	0	66	45	18	0	36	1.49
18800783--18800811	12	2.4	12	100	0	58	34	6	34	24	1.82
18801645--18801784	43	3.3	43	80	2	158	30	26	18	25	1.98
18801711--18801842	43	3.1	43	80	2	113	24	24	18	32	1.97
18802142--18802279	66	2.1	65	85	5	179	13	26	18	40	1.88
18807827--18808020	9	22.0	9	72	10	125	35	0	17	47	1.48
18807867--18808002	36	3.6	36	87	8	177	34	0	16	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18807827--18808011	43	4.4	43	87	10	285	35	0	16	47	1.47
18807827--18808019	88	2.2	88	87	5	275	35	0	16	47	1.47
18808075--18808101	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
18809358--18809387	12	2.5	12	94	0	51	20	43	0	36	1.52
18811712--18811770	17	3.4	16	77	9	55	62	5	1	30	1.26
18813357--18813469	44	2.6	44	87	2	147	30	17	20	31	1.96
18813271--18813731	217	2.1	219	86	1	649	26	21	20	31	1.98
18813797--18814663	44	20.0	44	73	9	638	30	24	15	29	1.96
18813753--18814617	89	9.9	88	73	9	372	30	24	15	29	1.96
18814059--18814135	37	2.1	38	87	2	111	33	25	14	25	1.94
18813836--18814663	133	6.4	128	85	5	997	30	25	15	29	1.96
18813836--18814663	259	3.2	259	89	1	1203	30	25	15	29	1.96
18813770--18814290	215	2.4	220	83	4	581	30	23	15	30	1.95
18814577--18814654	37	2.1	38	87	2	113	32	24	15	28	1.95
18818656--18818716	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
18822778--18822839	17	3.3	18	73	22	56	62	6	1	29	1.29
18824842--18824866	8	3.1	8	100	0	50	48	0	40	12	1.40
18825752--18826121	125	3.0	125	91	0	616	31	18	16	33	1.93
18828532--18828576	22	2.0	22	86	4	63	35	17	8	37	1.81
18828850--18828886	17	2.2	17	95	0	65	5	27	21	45	1.73
18829173--18829430	89	2.9	89	84	1	320	26	24	22	27	2.00
18829208--18829430	45	5.0	45	65	14	129	26	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18829528--18829915	44	8.8	44	72	10	220	28	20	18	32	1.96
18829751--18829873	42	2.8	44	82	2	151	28	21	18	30	1.97
18829528--18830013	225	2.2	225	83	3	595	28	19	18	32	1.96
18830024--18830477	44	10.2	44	76	6	301	27	21	18	32	1.97
18830152--18830432	45	6.3	44	74	10	142	26	23	19	29	1.98
18830047--18830444	177	2.2	177	88	4	588	27	22	18	31	1.97
18830754--18830809	24	2.3	24	87	0	85	32	25	10	32	1.90
18837560--18837717	79	2.0	79	93	0	271	40	12	20	25	1.88
18838633--18838658	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
18838644--18838703	11	4.1	15	70	23	56	33	3	0	63	1.11
18838644--18838748	33	3.3	31	77	16	108	40	1	0	58	1.09
18838673--18838726	11	5.2	11	75	20	62	42	1	0	55	1.10
18838658--18838748	30	3.0	29	85	10	121	40	1	0	58	1.05
18838715--18838755	22	1.9	22	95	5	75	43	0	0	56	0.99
18839939--18840187	43	5.8	43	84	3	313	28	32	16	21	1.96
18845623--18845863	41	5.9	41	90	0	358	30	28	19	21	1.98
18845903--18846040	39	3.5	38	81	7	159	23	17	19	39	1.92
18848590--18848628	16	2.4	16	91	0	60	33	5	7	53	1.51
18848934--18849062	51	2.5	52	88	3	190	27	14	30	27	1.95
18855839--18856002	43	3.8	42	79	7	170	30	28	17	23	1.97
18859472--18859529	29	2.0	29	100	0	116	44	3	27	24	1.69
18872794--18872863	25	2.8	25	84	4	97	32	22	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18875665--18875938	137	2.0	137	99	0	539	40	17	16	25	1.90
18878393--18878475	34	2.4	35	83	2	105	20	20	27	31	1.97
18879651--18879760	38	2.9	38	81	8	125	34	30	15	20	1.93
18889047--18889088	21	2.0	21	81	9	50	21	35	0	42	1.53
18890543--18890579	19	1.9	19	100	0	74	45	0	27	27	1.54
18893206--18893328	25	5.0	25	75	8	117	30	20	27	21	1.98
18893263--18893319	24	2.3	24	80	17	64	36	19	24	19	1.94
18895832--18895887	26	2.2	26	84	12	71	44	14	5	35	1.68
18898179--18898226	13	3.5	13	81	13	53	37	6	6	50	1.53
18909456--18909573	27	4.4	27	77	11	109	41	8	22	27	1.83
18909480--18909595	27	4.4	27	73	14	71	43	8	24	24	1.82
18911298--18911447	42	3.6	42	88	3	221	43	17	22	16	1.88
18911278--18911355	21	3.7	21	73	0	57	42	20	23	14	1.88
18919790--18919855	5	13.2	5	100	0	132	40	0	0	59	0.98
18919887--18919938	25	2.0	26	85	3	70	73	3	21	1	1.10
18919877--18919938	16	3.9	16	76	19	58	74	3	20	1	1.05
18919877--18919939	15	4.0	14	76	23	63	73	3	22	1	1.07
18924701--18924833	61	2.2	61	97	0	248	19	10	39	30	1.85
18926702--18926800	5	19.8	5	87	6	139	41	1	0	57	1.05
18926814--18926882	4	17.0	4	76	19	63	75	1	20	2	1.01
18926816--18926866	10	4.9	10	83	11	50	72	1	21	3	1.11
18926813--18926881	23	3.1	21	80	15	77	76	1	18	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18926812--18926882	29	2.5	28	83	2	88	76	1	19	2	0.99
18927574--18927636	21	3.2	20	73	18	53	33	0	15	50	1.45
18927760--18927894	41	3.4	41	77	9	154	25	17	25	30	1.97
18927760--18927899	40	3.6	39	76	6	140	27	18	25	29	1.98
18928618--18928647	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
18928809--18928863	9	6.2	9	87	2	67	21	7	25	45	1.77
18928812--18928864	18	2.9	18	91	0	88	22	5	26	45	1.74
18937533--18937645	40	2.9	39	84	5	120	32	7	0	59	1.31
18938445--18938490	23	2.0	23	83	8	58	52	2	4	41	1.33
18939199--18939341	72	2.0	72	92	0	241	34	18	18	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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