genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1553636--1553753	51	2.4	49	79	12	125	32	5	5	55	1.48
1556118--1556169	21	2.7	19	83	16	72	67	0	0	32	0.91
1556118--1556162	22	2.2	19	84	11	54	66	0	0	33	0.92
1558158--1558245	41	2.2	40	97	2	167	60	11	12	15	1.59
1571713--1571774	31	2.0	31	87	6	90	45	16	8	30	1.76
1573444--1573486	19	2.3	19	84	8	52	34	4	0	60	1.17
1586249--1586286	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
1593097--1593143	24	2.0	24	91	4	78	31	17	12	38	1.87
1607976--1608043	26	2.6	26	75	13	77	32	23	27	16	1.96
1609964--1610000	17	2.1	18	90	5	58	51	5	2	40	1.39
1613381--1613405	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32
1613973--1613998	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
1624321--1624399	40	2.0	40	97	0	149	37	7	11	43	1.69
1630217--1630295	28	3.0	26	64	14	70	31	13	5	49	1.64
1630174--1630298	54	2.5	50	85	7	164	32	12	5	49	1.63
1636008--1636035	14	2.0	14	100	0	56	85	0	7	7	0.73
1645394--1645599	46	4.5	46	93	1	337	35	15	20	28	1.93
1647440--1647546	46	2.4	46	90	4	166	26	26	14	33	1.94
1647440--1647662	45	4.6	45	75	20	200	27	24	13	34	1.93
1647481--1647608	62	2.0	64	91	5	208	28	26	11	33	1.91
1647440--1647653	107	2.0	107	91	3	351	27	24	13	34	1.93
1657314--1657347	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661953--1661986	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1663131--1663176	19	2.4	19	82	17	60	39	0	8	52	1.33
1673884--1673914	15	2.1	15	93	0	53	35	3	0	61	1.12
1676824--1676857	16	2.2	15	89	5	50	29	0	14	55	1.40
1688816--1688840	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1689191--1689217	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1689305--1689362	28	2.1	28	87	6	82	32	0	1	65	1.03
1689843--1689932	44	2.0	44	91	4	146	31	2	6	60	1.35
1695403--1695446	13	3.2	13	79	17	52	22	2	15	59	1.48
1709378--1709404	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
1711027--1711108	22	3.6	22	85	11	78	39	24	1	35	1.63
1711039--1711108	22	3.2	21	88	9	97	34	27	1	37	1.66
1711048--1711109	22	2.8	23	92	4	101	35	25	1	37	1.66
1711080--1711138	30	2.0	30	93	0	100	32	33	0	33	1.58
1711110--1711151	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
1711197--1711257	29	2.1	29	87	6	88	39	0	1	59	1.08
1711348--1711381	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
1712982--1713016	18	1.9	18	88	0	52	28	34	8	28	1.87
1713473--1714073	28	22.4	28	82	13	653	46	20	0	32	1.55
1713493--1713633	23	5.7	23	83	8	120	47	19	0	33	1.50
1713473--1714073	51	11.2	52	77	16	486	46	20	0	32	1.55
1713987--1714049	23	2.8	20	95	4	72	50	17	0	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1717292--1717557	124	2.1	124	89	1	408	31	23	15	29	1.95
1723084--1723132	25	1.9	26	91	4	82	40	20	6	32	1.77
1723273--1723299	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
1731171--1731274	53	2.0	53	92	0	172	28	16	13	41	1.86
1739618--1740305	154	4.5	154	94	0	1160	25	22	22	29	1.99
1742452--1742504	20	2.6	20	79	11	54	41	3	0	54	1.18
1746047--1746082	8	4.4	8	89	3	54	0	11	0	88	0.50
1746047--1746082	14	2.5	14	90	4	54	0	11	0	88	0.50
1746731--1746764	18	1.9	17	88	5	50	2	20	0	76	0.92
1749857--1749899	21	2.0	21	86	4	59	27	6	4	60	1.43
1750146--1750183	13	2.7	15	84	15	55	28	0	0	71	0.87
1752165--1752203	18	2.2	17	86	4	51	58	2	7	30	1.39
1755624--1755685	24	2.5	25	79	7	74	59	3	0	37	1.13
1758635--1758704	19	3.6	19	69	17	63	34	2	1	61	1.20
1758636--1758817	40	4.5	40	89	3	258	36	3	0	59	1.18
1758685--1758817	11	12.9	11	65	24	58	38	3	0	58	1.13
1758757--1758817	31	2.0	30	87	12	88	37	3	0	59	1.14
1758636--1758805	81	2.1	80	89	2	261	35	3	0	60	1.18
1759357--1759386	14	2.1	15	93	6	53	26	0	3	70	1.03
1759397--1759456	19	3.2	18	79	11	68	40	0	6	53	1.27
1759402--1759470	19	3.5	20	79	11	65	33	0	7	59	1.25
1762401--1762444	19	2.3	19	84	7	54	34	4	2	59	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1762408--1762450	19	2.3	19	84	15	63	32	4	2	60	1.30
1762408--1762473	16	3.9	16	81	16	64	31	3	3	62	1.26
1762780--1762808	14	2.0	15	93	6	51	58	6	6	27	1.50
1787011--1787061	22	2.3	22	82	0	66	43	3	1	50	1.31
1790632--1790680	11	4.2	12	76	7	57	46	2	0	51	1.12
1790638--1790693	23	2.3	23	78	6	67	44	5	0	50	1.25
1793605--1793649	22	2.0	22	100	0	90	26	31	8	33	1.87
1801602--1801638	19	1.9	19	100	0	74	32	5	27	35	1.79
1812161--1812384	114	2.0	114	96	0	412	31	15	27	25	1.96
1814406--1814454	3	16.3	3	83	12	57	61	0	2	36	1.08
1817261--1817307	17	2.9	16	76	17	60	40	4	2	53	1.32
1822434--1822509	29	2.5	29	77	10	73	42	11	3	42	1.60
1824005--1824073	29	2.3	29	80	14	86	23	10	13	53	1.69
1825256--1825297	22	2.0	21	86	9	59	42	0	4	52	1.22
1825489--1825523	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
1828089--1828140	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
1828653--1828678	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
1840767--1840801	6	5.8	6	96	0	52	14	22	34	28	1.93
1841492--1841517	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1844558--1844585	11	2.5	11	100	0	56	10	53	35	0	1.36
1845246--1845278	16	2.1	16	88	11	50	27	0	9	63	1.24
1857344--1857546	46	4.7	44	75	10	154	31	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1857825--1858107	86	3.3	86	73	8	259	28	21	22	27	1.99
1857868--1858112	43	5.6	45	70	14	163	28	20	22	27	1.99
1857787--1858020	43	5.5	42	71	9	150	30	19	22	28	1.98
1859636--1859671	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1860857--1861467	305	2.0	305	94	1	1066	24	11	20	43	1.85
1873242--1873272	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1876535--1876711	88	2.0	88	98	0	345	36	10	22	31	1.87
1878107--1878172	34	1.9	34	82	11	82	68	3	1	27	1.13
1878100--1878189	42	2.2	42	84	6	112	66	2	1	30	1.11
1885080--1885704	306	2.0	308	94	1	1085	43	20	12	24	1.85
1891548--1891589	20	2.3	18	77	18	50	28	14	4	52	1.62
1900772--1900854	40	2.1	40	100	0	166	34	9	19	36	1.84
1913479--1913733	91	2.8	91	94	2	455	47	2	2	47	1.29
1913750--1913928	59	3.0	58	67	20	152	43	2	3	50	1.31
1913825--1913994	38	4.7	35	68	20	109	44	1	5	48	1.35
1913883--1913928	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
1913818--1914033	107	2.0	109	96	1	400	43	1	4	49	1.34
1913964--1914011	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
1913964--1914031	16	4.2	16	74	20	54	44	0	1	54	1.09
1914176--1914266	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1914247--1914282	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
1921582--1921648	34	1.9	35	84	3	91	46	13	8	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1921631--1921673	14	2.9	15	83	13	54	34	9	16	39	1.80
1922769--1922795	12	2.2	12	100	0	54	25	22	25	25	2.00
1923631--1923670	20	2.0	20	85	0	53	30	17	15	37	1.90
1923926--1923980	26	2.0	28	86	6	78	25	3	3	67	1.23
1924255--1924279	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1924369--1924431	32	2.0	32	93	0	108	52	0	3	44	1.17
1926112--1926150	14	2.6	16	84	8	55	46	0	0	53	1.00
1928815--1929008	96	2.0	96	96	2	363	37	16	9	37	1.81
1933966--1933998	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
1934562--1934618	14	4.1	14	79	2	53	50	26	0	22	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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