genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  8  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2568388--2568414	10	2.7	10	100	0	54	44	7	0	48	1.31
2582907--2582972	35	1.9	34	93	6	116	33	7	12	46	1.69
2584443--2584500	29	2.0	29	96	0	107	36	15	13	34	1.87
2585250--2585293	16	2.7	15	80	16	52	38	0	0	61	0.96
2594751--2594802	16	3.2	16	78	7	61	32	0	32	34	1.58
2594761--2594820	16	3.8	16	88	0	84	35	0	33	31	1.58
2595054--2595088	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2595069--2595256	61	3.1	61	70	11	197	49	6	1	42	1.38
2595153--2595204	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2595037--2595333	59	5.0	59	67	14	180	50	4	2	42	1.36
2595037--2595329	120	2.4	121	94	1	509	50	4	2	42	1.36
2595270--2595552	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
2595370--2595430	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
2595377--2595520	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
2595345--2595552	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
2595370--2595512	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
2595395--2595533	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
2599047--2599160	62	1.9	59	81	5	138	46	12	19	21	1.82
2608808--2608853	9	5.0	9	81	5	56	34	2	4	58	1.30
2609372--2609469	51	1.9	51	82	0	124	35	4	17	42	1.68
2609923--2609981	11	5.9	11	76	15	58	40	0	0	59	0.97
2610231--2610258	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2628133--2628161	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2628252--2628291	14	2.8	14	85	14	55	35	5	0	60	1.19
2636865--2636941	13	5.7	13	76	8	73	53	6	0	40	1.27
2636875--2636940	21	3.2	20	70	8	60	53	6	0	40	1.26
2636865--2636944	42	1.9	41	94	2	142	51	6	0	42	1.27
2637198--2637260	22	3.1	20	74	14	58	71	3	1	23	1.09
2644192--2644230	13	3.0	12	85	14	51	41	0	0	58	0.98
2653092--2653129	20	1.9	20	84	10	51	55	10	28	5	1.56
2659810--2659876	9	7.4	9	89	0	98	23	7	23	44	1.79
2659810--2659886	18	4.3	18	91	0	100	24	6	22	46	1.75
2659810--2659885	27	2.8	27	85	0	107	25	6	22	46	1.76
2660020--2660044	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
2663678--2663706	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2674060--2674090	13	2.4	13	94	0	53	32	3	12	51	1.56
2683034--2683084	19	2.6	19	84	9	68	58	5	0	35	1.22
2689038--2689086	22	2.2	22	81	0	62	61	2	2	34	1.19
2690422--2690464	21	2.0	23	86	9	63	48	2	2	46	1.27
2696205--2696238	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2697025--2697058	18	1.9	17	88	5	50	73	2	8	14	1.19
2701853--2701980	40	3.2	40	76	7	136	32	24	15	27	1.95
2702122--2702146	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2702125--2702171	15	2.9	16	80	17	53	48	10	0	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702955--2703045	5	18.8	5	77	17	86	54	1	1	42	1.14
2702955--2703045	18	4.7	20	76	20	86	54	1	1	42	1.14
2702959--2703045	32	2.7	34	79	13	105	55	1	1	42	1.15
2706554--2706655	30	3.4	30	78	2	107	30	20	2	46	1.66
2706919--2706968	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
2706922--2706964	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
2707034--2707068	3	11.3	3	87	6	52	68	0	28	2	1.04
2707034--2707082	10	5.1	10	90	2	57	73	0	24	2	0.94
2707202--2707268	14	4.6	14	74	10	55	67	22	8	1	1.27
2707384--2707478	7	13.1	7	80	10	95	80	0	20	0	0.72
2707396--2707478	10	8.1	10	76	19	82	80	0	19	0	0.71
2707383--2707478	26	3.8	25	75	17	90	80	0	19	0	0.72
2707382--2707478	51	1.9	51	85	8	135	79	0	20	0	0.73
2708020--2708061	21	2.1	21	86	8	61	52	16	4	26	1.63
2708057--2708219	17	9.4	17	78	9	159	31	11	9	47	1.73
2708057--2708219	35	4.7	34	79	8	168	31	11	9	47	1.73
2723076--2723443	44	8.5	44	72	12	212	31	20	20	27	1.98
2723294--2723455	87	1.9	87	83	5	211	29	20	23	25	1.99
2725430--2725462	16	2.1	16	88	11	50	27	0	6	66	1.15
2726742--2726801	12	5.2	12	72	11	54	5	38	16	40	1.71
2726767--2726834	21	3.2	21	82	0	82	5	39	17	36	1.74
2728563--2728690	39	3.2	38	76	6	112	35	22	21	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728682--2729005	113	2.9	114	89	0	497	23	19	24	32	1.97
2728917--2729058	73	2.0	73	88	4	216	25	19	20	34	1.96
2729466--2729508	16	2.8	16	83	13	54	27	0	25	46	1.53
2729511--2729555	21	2.1	21	83	0	54	15	2	40	42	1.59
2729530--2729592	33	1.9	32	83	3	81	20	3	33	42	1.68
2730076--2730531	115	4.0	114	81	4	454	27	17	22	32	1.96
2730570--2730880	115	2.7	114	94	1	534	25	16	19	37	1.93
2731551--2731581	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
2731937--2731973	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2732027--2732057	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2735738--2735777	21	1.9	21	94	0	71	30	20	47	2	1.63
2736235--2736396	42	3.9	41	86	3	191	24	23	19	32	1.98
2736235--2736397	84	1.9	84	88	2	247	24	23	19	32	1.98
2737645--2738267	17	32.7	18	69	19	256	46	12	11	30	1.76
2737647--2737718	19	3.8	19	81	9	94	40	13	13	31	1.85
2737812--2737871	21	3.1	19	84	15	86	46	11	3	38	1.57
2737665--2738071	152	2.7	150	90	4	642	45	12	10	31	1.76
2737964--2738022	20	2.8	20	85	7	82	38	10	10	40	1.73
2737964--2738104	19	6.9	19	71	18	81	43	10	12	34	1.76
2738114--2738254	42	3.9	36	75	15	128	45	13	12	29	1.79
2738137--2738185	25	2.0	25	87	0	71	44	16	12	26	1.82
2738160--2738267	35	3.1	34	81	5	110	48	13	11	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738932--2738994	20	3.2	20	86	6	76	1	6	15	76	1.07
2738914--2738997	19	4.3	20	77	11	77	1	9	21	67	1.26
2738960--2738999	20	2.0	20	95	0	71	0	5	27	67	1.11
2739061--2739117	13	4.5	13	73	4	53	0	22	0	77	0.77
2739087--2739134	10	4.6	10	80	15	53	0	33	0	66	0.92
2739744--2739876	30	4.5	31	78	5	123	39	3	24	32	1.71
2740154--2740184	16	1.9	16	100	0	62	51	6	3	38	1.44
2740650--2740707	26	2.2	26	90	0	89	39	1	17	41	1.59
2742589--2742629	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
2743360--2743467	15	7.2	14	72	18	67	33	43	0	22	1.60
2743360--2743467	7	14.4	7	67	12	54	33	43	0	22	1.60
2743360--2743487	22	5.8	22	73	15	86	34	42	0	21	1.59
2743411--2743467	29	2.0	29	89	6	89	33	40	1	24	1.66
2744069--2744224	41	3.8	42	72	11	126	40	26	16	17	1.90
2744088--2744224	41	3.3	42	74	7	145	40	24	16	18	1.91
2744069--2744224	82	1.9	82	86	5	226	40	26	16	17	1.90
2744088--2744246	41	3.8	40	73	4	120	40	23	15	20	1.90
2744287--2744400	40	2.8	39	80	6	104	23	25	18	32	1.97
2745675--2745708	17	2.0	17	100	0	68	23	0	47	29	1.52
2749611--2749656	4	11.5	4	100	0	92	50	26	0	23	1.50
2755265--2755323	18	3.1	19	83	13	68	57	6	1	33	1.35
2757487--2757552	31	2.2	30	83	5	80	46	10	7	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757971--2758007	17	2.1	18	90	5	58	48	2	2	45	1.30
2770311--2770409	29	3.5	28	75	10	85	61	1	3	34	1.18
2770330--2770379	19	2.7	18	77	20	50	64	0	6	30	1.18
2770609--2770667	19	3.0	20	79	18	61	25	8	0	66	1.20
2770686--2770744	9	6.1	9	77	13	55	30	1	3	64	1.20
2770636--2770749	48	2.3	50	75	22	116	28	5	2	63	1.30
2770686--2770744	19	3.1	19	76	13	66	30	1	3	64	1.20
2772762--2772860	21	4.7	21	70	9	76	16	20	19	44	1.87
2772732--2772886	42	3.7	42	78	3	132	14	20	18	45	1.85
2772850--2772890	21	2.0	21	90	0	64	12	17	21	48	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204