genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14047741--14047787	23	2.0	23	100	0	94	21	17	14	46	1.83
14053920--14054166	50	4.8	50	79	4	219	23	27	21	27	1.99
14060290--14060354	25	2.6	25	87	2	85	30	15	27	26	1.96
14060506--14060585	25	3.2	25	67	3	63	35	18	25	21	1.96
14061421--14061458	14	2.7	14	80	15	51	2	18	2	76	1.02
14061427--14061474	21	2.5	20	83	10	55	2	16	8	72	1.18
14061421--14061491	35	2.1	33	82	10	81	5	14	5	74	1.18
14063408--14063445	19	2.0	20	84	5	51	42	26	2	28	1.69
14072527--14072583	21	2.7	21	68	10	53	70	7	3	19	1.26
14072702--14072736	17	2.1	17	94	0	61	37	11	14	37	1.82
14077922--14077976	27	2.0	27	92	0	92	29	0	54	16	1.42
14079862--14079906	24	1.9	23	90	4	72	40	2	2	55	1.24
14080354--14080401	22	2.2	22	85	3	62	35	2	0	62	1.07
14081218--14081294	40	1.9	40	83	0	100	24	28	24	22	1.99
14082063--14082104	15	2.8	15	81	0	57	54	35	0	9	1.33
14102625--14102677	25	2.1	25	85	0	70	13	13	15	58	1.64
14103335--14103386	21	2.4	22	87	9	72	73	3	1	21	1.10
14103482--14103520	20	2.0	19	85	14	53	20	2	0	76	0.90
14104631--14104670	11	3.6	11	96	0	71	20	25	7	47	1.75
14104677--14104720	11	3.9	11	81	3	52	38	0	0	61	0.96
14105820--14105844	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14106963--14107010	25	1.9	25	91	0	78	43	0	14	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14107053--14108166	23	49.2	23	76	14	749	47	26	0	26	1.56
14107098--14108166	44	24.1	44	79	12	766	47	26	0	26	1.55
14107053--14108156	67	16.6	67	81	10	862	47	26	0	26	1.56
14107053--14108166	135	8.4	133	77	12	807	47	26	0	26	1.56
14107258--14107335	39	2.0	38	82	7	95	50	25	0	24	1.50
14107334--14107371	17	2.2	17	95	0	67	55	18	0	26	1.43
14107269--14107911	114	5.8	107	74	16	274	48	25	0	26	1.54
14108161--14108404	116	2.1	116	92	3	411	39	8	6	45	1.61
14111413--14111789	124	3.0	124	89	2	569	33	22	14	29	1.94
14113376--14113474	49	2.0	49	82	0	117	24	16	27	32	1.96
14128022--14128120	49	2.0	49	84	0	126	23	16	28	32	1.96
14131248--14131302	21	2.8	20	78	8	67	43	23	23	9	1.82
14135468--14135516	16	3.1	16	93	0	80	34	2	36	26	1.68
14135495--14135585	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
14135749--14135783	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14135764--14135954	61	3.2	59	69	19	169	49	5	2	42	1.38
14135895--14135924	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
14135729--14136015	120	2.4	120	92	2	495	49	4	1	43	1.32
14145489--14145543	23	2.3	23	90	3	83	41	21	18	18	1.90
14146850--14146895	22	2.1	22	83	0	56	41	19	17	21	1.90
14147436--14147595	78	2.1	78	96	0	293	25	4	28	42	1.74
14148792--14149080	144	2.0	144	95	0	515	37	17	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14152047--14152172	50	2.5	50	85	2	173	23	16	20	38	1.92
14152248--14152802	142	3.9	142	96	0	993	27	21	18	32	1.97
14152441--14152802	44	7.8	44	69	18	232	27	22	19	31	1.97
14154904--14154979	30	2.6	29	80	10	75	11	10	10	67	1.43
14154896--14154987	28	3.1	28	79	14	89	10	9	9	69	1.37
14159369--14159417	23	2.1	23	100	0	98	57	12	4	26	1.53
14159810--14159848	19	2.1	19	85	0	51	61	0	5	33	1.18
14159866--14159936	35	2.1	35	83	2	90	52	5	4	38	1.45
14168510--14168664	42	3.7	41	79	3	139	43	18	20	18	1.88
14168596--14168669	21	3.5	21	77	0	76	45	17	18	17	1.85
14176145--14176184	20	2.1	18	90	9	62	57	0	27	15	1.38
14178149--14178306	85	1.9	85	84	5	212	29	17	15	37	1.91
14179999--14180125	65	1.9	67	88	4	195	40	3	8	46	1.53
14180335--14180391	6	9.5	6	82	0	60	17	29	1	50	1.56
14185866--14185933	7	9.4	7	80	6	73	19	0	33	47	1.50
14185870--14185933	22	3.0	21	78	15	76	18	0	32	48	1.49
14195059--14195094	16	2.2	16	90	0	54	55	13	5	25	1.60
14195183--14195238	11	5.5	10	79	10	60	26	1	5	66	1.23
14195183--14195238	21	2.7	21	84	10	71	26	1	5	66	1.23
14202015--14202053	18	2.2	18	85	0	51	17	33	35	12	1.88
14210903--14210940	19	2.0	19	85	10	51	52	7	21	18	1.70
14215059--14215113	27	2.0	27	92	0	92	29	12	12	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14216160--14216262	39	2.6	39	81	3	109	30	26	19	24	1.98
14216897--14216939	15	2.9	15	85	0	59	41	9	16	32	1.80
14216898--14216947	15	3.4	14	81	8	55	44	10	18	28	1.81
14219111--14219300	23	8.3	23	79	0	191	23	20	24	32	1.98
14219110--14219300	69	2.8	69	83	0	211	23	20	24	31	1.98
14227618--14227655	19	2.0	19	94	0	67	23	15	0	60	1.35
14231402--14231442	14	3.0	14	86	10	50	58	7	0	34	1.26
14231721--14231765	19	2.4	20	82	14	60	57	2	0	40	1.11
14240013--14240051	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
14241262--14241298	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
14241512--14241571	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
14243316--14243889	287	2.0	287	98	0	1112	26	13	27	32	1.93
14245893--14246015	22	6.1	22	61	24	65	35	30	19	14	1.92
14245902--14246009	38	2.8	38	95	0	189	35	31	21	12	1.90
14255612--14255748	38	3.4	38	71	14	114	37	31	16	13	1.88
14255661--14255737	22	3.5	22	85	0	100	41	32	12	12	1.82
14257259--14257287	12	2.3	13	94	5	51	37	6	27	27	1.82
14260899--14260975	40	1.9	40	81	5	93	40	12	10	36	1.78
14263787--14263811	12	2.1	12	100	0	50	8	44	32	16	1.76
14271225--14271310	39	2.2	40	87	6	122	39	2	3	54	1.30
14272931--14272985	24	2.3	24	84	3	67	61	1	5	30	1.29
14272960--14273003	17	2.5	17	82	13	54	59	2	2	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14278538--14278568	6	5.2	6	92	0	53	3	16	64	16	1.42
14278635--14278704	5	11.5	6	81	16	51	31	1	2	64	1.17
14278652--14278706	29	1.9	28	89	10	85	29	1	3	65	1.20
14280973--14281089	51	2.3	53	80	5	134	58	5	5	30	1.44
14281812--14281856	22	2.0	22	86	4	63	42	15	2	40	1.59
14281846--14281908	21	3.1	21	86	9	103	36	14	11	38	1.81
14281835--14281909	19	3.8	19	86	6	105	37	14	10	37	1.81
14282291--14282444	44	3.6	44	77	7	138	27	22	22	27	1.99
14282751--14283126	44	8.7	44	78	11	375	27	24	18	28	1.98
14282921--14282999	38	2.1	38	85	4	106	25	22	17	34	1.96
14282751--14283087	126	2.6	127	87	6	464	27	24	18	29	1.98
14282797--14283126	170	1.9	170	85	2	448	28	23	18	29	1.98
14283116--14283527	88	4.7	88	90	0	581	19	24	29	26	1.99
14283291--14283522	44	5.3	43	66	10	137	18	23	31	25	1.97
14283140--14283531	176	2.2	176	92	0	640	19	24	28	27	1.99
14283238--14283461	44	5.1	45	64	8	127	17	24	29	28	1.98
14285721--14285773	25	2.2	25	86	10	74	62	5	11	20	1.49
14285721--14285788	25	2.7	23	82	11	55	60	5	11	22	1.52
14290022--14290059	12	2.8	13	88	11	51	65	0	0	34	0.93
14290038--14290071	15	2.3	15	89	0	50	70	2	0	26	1.01
14290281--14290319	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
14290476--14290552	19	3.7	21	80	13	77	41	16	5	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14290476--14290533	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
14290489--14290565	19	3.8	19	89	6	91	38	16	7	36	1.78
14313190--14313462	7	38.6	7	72	7	97	19	2	32	45	1.64
14313256--14313311	27	2.1	28	83	12	73	21	1	26	50	1.59
14313380--14313452	22	3.3	22	81	11	87	21	5	38	34	1.77
14313643--14314007	116	3.2	115	83	1	469	23	12	21	41	1.88
14314111--14314138	14	2.0	14	100	0	56	21	28	0	50	1.49
14314111--14314234	23	5.4	22	78	12	133	19	37	1	41	1.61
14314111--14314234	46	2.7	46	91	0	194	19	37	1	41	1.61
14314370--14314403	12	2.8	12	90	4	50	5	8	20	64	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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