genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8413811--8413840	7	4.3	7	91	0	51	53	0	3	43	1.17
8414669--8414725	20	2.8	20	81	0	78	43	10	10	35	1.74
8424030--8424280	27	9.3	26	81	7	236	47	17	16	18	1.84
8424030--8424281	54	4.7	53	84	6	285	46	17	16	18	1.84
8424030--8424280	81	3.1	81	84	1	335	47	17	16	18	1.84
8424464--8424514	26	2.0	26	84	0	66	19	19	19	41	1.91
8424631--8424696	33	2.0	33	85	5	89	24	22	21	31	1.98
8425054--8425090	14	2.4	16	78	21	51	62	8	0	29	1.24
8425057--8425096	15	2.7	15	88	7	55	60	5	0	35	1.19
8427477--8427523	12	3.8	12	83	10	58	59	0	2	38	1.09
8427475--8427523	18	2.6	19	78	18	57	59	0	2	38	1.09
8428876--8428913	20	1.9	20	89	10	60	2	28	10	57	1.45
8433788--8433917	42	3.1	41	83	6	152	27	27	16	27	1.97
8433796--8434010	43	5.0	43	84	5	165	27	26	16	29	1.97
8433845--8434029	43	4.3	43	85	5	216	25	25	16	32	1.96
8434286--8434379	43	2.2	43	86	1	127	46	9	10	32	1.71
8438448--8438496	14	3.5	13	76	13	53	34	44	2	18	1.61
8438523--8438565	22	2.0	22	95	0	77	44	32	0	23	1.54
8438799--8438851	20	2.6	20	82	11	63	37	39	0	22	1.54
8438809--8438851	22	2.1	19	87	12	59	37	39	0	23	1.55
8439271--8439676	41	9.9	40	80	5	375	31	29	18	21	1.97
8439281--8439669	124	3.2	121	82	5	435	31	28	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8439271--8439669	82	4.9	82	78	6	414	31	28	18	22	1.97
8439717--8439845	40	3.2	41	78	7	129	23	20	18	37	1.94
8441408--8441448	2	20.5	2	84	0	55	46	2	0	51	1.14
8442566--8442612	3	15.7	3	100	0	94	34	0	31	34	1.58
8445119--8445184	21	3.3	20	69	26	59	34	1	3	60	1.21
8448842--8449138	126	2.4	126	88	1	436	26	19	18	34	1.96
8449332--8449399	7	9.4	8	75	23	53	48	33	0	17	1.48
8449351--8449399	7	7.0	7	80	15	57	44	38	0	16	1.48
8449332--8449399	14	4.7	15	77	16	65	48	33	0	17	1.48
8457596--8457653	29	2.1	26	81	15	64	34	3	3	58	1.32
8458750--8458775	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
8459354--8459647	95	3.1	98	83	6	343	42	17	2	37	1.64
8459354--8459575	97	2.3	98	89	4	335	40	17	2	39	1.64
8459745--8459883	69	2.0	69	94	0	242	28	25	26	20	1.99
8460870--8460968	49	2.0	50	96	2	182	41	13	2	43	1.55
8460879--8460954	23	3.2	23	62	17	55	46	9	1	43	1.44
8462329--8462369	21	2.0	21	85	0	55	21	34	21	21	1.97
8465621--8465652	15	2.1	15	100	0	64	15	6	43	34	1.72
8466233--8466424	41	4.7	41	91	0	294	35	28	19	15	1.93
8466233--8466448	82	2.6	82	85	2	263	36	27	18	17	1.94
8469319--8469597	144	1.9	145	98	0	542	41	10	8	38	1.71
8469348--8469633	144	2.0	143	87	6	413	44	10	9	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8471801--8471842	12	3.5	12	83	0	57	59	2	4	33	1.31
8473763--8474137	132	2.8	132	83	2	468	25	24	20	29	1.99
8475026--8475079	26	2.1	26	89	0	81	55	12	14	16	1.69
8479896--8480189	144	2.0	145	96	0	536	29	23	15	31	1.95
8485653--8485697	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
8492467--8492513	15	3.1	15	81	9	51	51	12	2	34	1.52
8492542--8492571	13	2.3	13	94	0	51	56	13	10	20	1.65
8494881--8495091	84	2.5	83	85	1	269	23	39	15	21	1.91
8495819--8495858	21	2.0	21	85	5	55	50	12	0	37	1.41
8495899--8495940	21	2.0	22	85	4	59	54	4	2	38	1.34
8501236--8501418	82	2.2	82	96	2	330	38	9	17	34	1.82
8501779--8501817	18	2.2	18	86	9	53	46	0	2	51	1.14
8501958--8501995	20	1.9	20	84	10	51	55	0	5	39	1.23
8502244--8502301	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
8504091--8504141	17	3.1	17	75	13	52	43	5	1	49	1.38
8508841--8508923	42	1.9	43	82	4	105	49	13	2	34	1.55
8511349--8511388	18	2.2	19	90	4	64	50	0	5	45	1.23
8528850--8528897	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
8528860--8528898	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
8528919--8528954	8	4.5	8	100	0	72	38	0	0	61	0.96
8532063--8532189	67	1.9	67	95	0	227	29	29	18	22	1.97
8536189--8536302	57	2.0	57	86	3	158	40	7	20	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8536204--8536320	57	2.1	57	100	0	234	36	6	21	35	1.80
8538636--8538712	32	2.5	31	80	16	88	31	1	1	66	1.08
8539475--8539516	18	2.3	18	95	0	75	38	4	4	52	1.44
8542888--8543218	171	1.9	170	93	0	563	38	12	21	27	1.89
8548047--8548087	16	2.5	17	80	11	59	31	0	0	68	0.90
8549521--8549550	4	7.8	4	92	7	53	80	0	20	0	0.72
8549519--8549550	11	2.8	11	95	4	55	81	0	18	0	0.70
8550244--8550293	15	3.2	15	76	20	57	36	0	14	50	1.43
8552133--8552244	42	2.7	42	90	2	154	28	20	19	31	1.97
8564013--8564287	51	5.4	51	78	6	281	28	14	26	30	1.95
8564009--8564287	102	2.7	102	88	2	400	28	14	26	29	1.95
8564251--8564323	36	2.0	36	100	0	146	32	10	26	30	1.90
8571665--8571707	20	2.2	20	95	0	77	18	27	44	9	1.80
8571677--8571718	20	2.1	20	86	0	57	21	21	45	11	1.84
8586951--8587121	92	1.9	91	91	1	279	32	7	19	41	1.78
8586969--8587166	92	2.2	92	81	4	222	32	7	19	40	1.78
8587145--8587284	61	2.2	63	80	8	153	28	10	17	42	1.83
8590491--8590588	42	2.3	42	96	0	187	25	25	28	20	1.99
8603105--8603154	14	3.5	14	81	5	64	48	10	0	42	1.37
8606442--8606493	28	1.9	27	88	7	79	23	15	13	48	1.80
8606656--8606682	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
8606736--8606782	26	2.0	24	84	16	62	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8624586--8624642	30	1.9	30	85	0	78	19	26	26	28	1.99
8626452--8626517	6	10.5	6	80	9	60	77	6	4	12	1.10
8631887--8631917	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
8631869--8631918	26	1.9	26	83	0	64	76	0	4	20	0.95
8641126--8641178	26	2.0	26	96	0	97	18	16	11	52	1.73
8641133--8641178	14	3.4	14	73	11	51	19	15	10	54	1.70
8652675--8652732	26	2.2	25	85	11	73	53	8	20	17	1.70
8653428--8653454	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
8656958--8656999	9	4.7	9	79	8	50	23	4	0	71	1.05
8658740--8658792	24	2.1	24	86	10	70	66	0	5	28	1.15
8658739--8658801	22	2.8	22	81	15	67	65	0	6	28	1.17
8658778--8658850	8	9.4	8	76	16	55	76	0	15	8	1.00
8658794--8658855	4	16.0	4	79	15	60	79	0	17	3	0.87
8658799--8658855	23	2.5	22	88	5	78	80	0	17	1	0.79
8658799--8658855	14	4.2	14	84	4	73	80	0	17	1	0.79
8658799--8658858	19	3.2	19	88	4	95	80	0	18	1	0.80
8659531--8659577	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
8659716--8659836	37	3.1	37	71	12	93	26	17	21	34	1.95
8662679--8662733	18	3.1	18	100	0	110	32	16	5	45	1.70
8664906--8664939	5	6.6	5	96	3	59	17	0	0	82	0.67
8667144--8667217	19	3.8	20	71	7	64	56	1	9	32	1.40
8667138--8667217	29	2.8	28	75	5	79	57	1	8	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8667314--8667345	13	2.5	13	94	0	55	50	0	3	46	1.17
8669250--8669301	23	2.3	23	89	0	86	40	0	9	50	1.35
8672309--8672357	20	2.6	18	80	9	53	44	0	4	51	1.20
8672587--8672621	17	2.0	18	94	5	63	51	0	2	45	1.16
8681529--8681578	18	2.6	19	84	12	59	24	6	0	70	1.10
8681974--8682008	17	2.1	17	100	0	70	40	5	17	37	1.73
8684106--8684130	12	2.1	12	100	0	50	52	32	8	8	1.60
8685754--8685794	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
8685755--8685804	22	2.3	22	86	6	66	62	6	14	18	1.51
8688652--8688686	6	5.8	6	96	0	61	17	45	0	37	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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