genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7136910--7137005	46	2.1	46	100	0	192	39	10	10	39	1.74
7160195--7160245	24	2.1	24	82	7	59	31	13	15	39	1.87
7163399--7163441	21	2.0	22	86	9	61	39	9	6	44	1.64
7163525--7163566	22	2.0	22	86	13	61	33	7	4	54	1.49
7164130--7164164	15	2.3	15	90	0	52	0	28	0	71	0.86
7165063--7165104	16	2.7	15	82	7	57	54	14	0	30	1.40
7165377--7165428	22	2.4	21	75	15	61	44	0	0	55	0.99
7174781--7174827	21	2.2	22	84	3	60	21	34	19	25	1.96
7177631--7177663	15	2.1	16	88	5	50	39	3	0	57	1.14
7179777--7179810	16	2.1	16	94	0	59	26	2	17	52	1.58
7182671--7183189	284	1.8	284	88	2	792	47	16	14	21	1.83
7187100--7187149	20	2.5	19	80	6	55	54	6	6	34	1.50
7194121--7194234	45	2.5	45	97	0	210	34	6	28	30	1.82
7194375--7194426	26	1.9	26	84	7	68	50	1	0	48	1.12
7194392--7194627	117	2.0	120	90	4	381	47	5	2	44	1.38
7194532--7194568	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7194635--7194671	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7194520--7194784	103	2.6	101	81	10	269	47	3	2	45	1.34
7194737--7194820	18	4.8	18	66	15	59	50	2	1	46	1.22
7194623--7194921	153	2.0	153	96	0	555	49	2	2	46	1.26
7194765--7195032	91	2.7	100	80	13	340	48	2	2	45	1.29
7194865--7195007	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7194840--7195046	91	2.3	91	95	0	369	46	3	2	46	1.34
7194887--7195031	47	3.2	46	72	16	156	49	3	2	44	1.30
7202397--7202446	26	1.9	26	100	0	100	40	8	0	52	1.31
7202668--7202706	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
7202987--7203039	26	2.0	26	96	0	97	43	0	7	49	1.31
7202985--7203084	26	4.0	25	67	16	82	35	0	12	53	1.38
7203852--7203925	27	2.7	27	93	2	121	44	9	0	45	1.36
7203992--7204058	27	2.5	27	92	0	107	29	29	25	14	1.95
7204103--7204252	4	37.0	4	72	16	105	67	0	32	0	0.96
7204103--7204260	40	3.9	40	74	18	132	67	0	32	0	0.96
7204147--7204258	44	2.4	47	77	15	126	69	0	30	0	0.89
7204100--7204252	70	2.2	73	79	12	176	66	0	32	0	0.96
7204179--7204252	29	2.7	29	84	12	93	71	0	28	0	0.86
7204178--7204253	11	6.9	11	76	18	54	71	0	28	0	0.87
7205514--7205663	4	37.0	4	74	16	105	0	32	0	67	0.91
7205514--7205658	29	5.2	28	72	18	92	0	32	0	67	0.91
7205508--7205619	44	2.7	42	78	17	128	0	30	0	69	0.89
7205523--7205666	70	2.0	73	81	10	172	0	33	0	66	0.92
7205802--7205873	26	2.7	26	93	2	117	47	0	8	44	1.33
7209402--7209456	21	2.6	21	94	0	92	29	9	32	29	1.88
7215431--7215550	44	2.7	44	80	6	136	30	25	18	26	1.98
7215519--7215685	44	3.8	42	71	7	118	20	22	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7215519--7215685	88	1.9	88	85	2	228	20	22	24	32	1.97
7215800--7216260	88	5.3	88	90	1	721	24	22	22	29	1.99
7215800--7216260	175	2.6	176	91	2	723	24	22	22	29	1.99
7217891--7217950	28	2.1	28	87	6	86	11	8	8	71	1.30
7222902--7222967	26	2.5	25	72	18	71	56	4	3	36	1.35
7224544--7224691	31	4.9	31	93	3	248	37	10	0	52	1.40
7224544--7224691	61	2.5	60	93	4	253	37	10	0	52	1.40
7225218--7225298	24	3.2	23	80	19	99	45	8	0	45	1.34
7225242--7225285	13	3.2	13	77	22	54	52	4	0	43	1.22
7225218--7225301	28	3.2	26	79	12	91	44	8	0	47	1.33
7225700--7225759	19	3.3	19	72	21	56	31	46	1	20	1.60
7226384--7226431	23	2.0	24	84	4	62	14	14	18	52	1.75
7226510--7226630	60	2.0	62	91	8	203	18	48	5	27	1.70
7226881--7226923	23	1.9	22	95	4	77	13	6	20	58	1.59
7229987--7230071	21	4.0	22	86	6	111	51	17	30	0	1.46
7231828--7231859	16	2.0	16	93	0	55	28	3	12	56	1.51
7239542--7239663	28	4.4	28	75	4	111	29	24	23	22	1.99
7239775--7239845	26	2.7	26	84	0	88	40	21	19	18	1.91
7240018--7240216	27	7.4	27	81	1	193	19	21	17	41	1.90
7240018--7240216	54	3.7	54	82	6	224	19	21	17	41	1.90
7240020--7240216	81	2.4	80	84	5	245	19	20	17	42	1.90
7243382--7243430	25	1.9	26	87	4	73	42	8	10	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7243644--7243697	20	2.7	20	82	5	74	50	3	1	44	1.30
7245245--7245275	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
7250475--7250515	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7270824--7271023	89	2.3	90	84	6	250	42	19	8	30	1.81
7270818--7271008	90	2.1	90	82	7	244	42	18	7	31	1.79
7271060--7271095	19	1.9	19	88	5	56	58	0	2	38	1.13
7271207--7271278	24	3.0	24	82	8	85	33	2	1	62	1.18
7271256--7271298	18	2.4	18	81	11	52	34	0	2	62	1.08
7271235--7271320	10	8.4	10	69	18	52	27	2	1	68	1.09
7271288--7271330	19	2.3	19	92	8	70	20	4	0	74	1.00
7271233--7271333	29	3.4	29	73	5	87	30	2	0	65	1.14
7273299--7273355	29	1.9	30	83	16	75	40	3	7	49	1.47
7274153--7274195	9	4.7	9	79	2	50	48	2	0	48	1.14
7276411--7276453	3	14.0	3	86	13	61	67	0	2	30	1.03
7276599--7276634	18	2.1	18	89	5	56	80	2	0	16	0.83
7278073--7278271	95	2.1	95	87	5	287	28	20	18	32	1.96
7278191--7278315	44	2.8	44	84	2	153	28	22	16	32	1.96
7278388--7279549	45	25.9	45	75	8	796	30	19	15	34	1.93
7278170--7278478	156	2.0	157	90	0	494	29	18	14	36	1.91
7278484--7279551	89	12.0	88	75	8	757	30	19	16	33	1.93
7278477--7279548	134	8.0	132	77	6	781	30	19	16	34	1.93
7278701--7279324	179	3.5	179	83	1	736	31	19	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7289981--7290060	3	26.0	3	74	14	56	65	3	5	26	1.30
7290079--7290127	12	3.7	14	76	20	52	71	2	4	22	1.13
7290203--7290237	17	2.1	16	89	5	52	77	2	0	20	0.90
7294386--7294416	14	2.1	15	94	5	55	29	12	9	48	1.73
7298226--7298260	7	5.0	7	100	0	70	28	0	28	42	1.56
7301522--7301581	11	5.4	11	87	2	84	18	33	5	43	1.72
7301522--7301589	33	2.0	35	88	5	104	20	30	4	44	1.71
7302736--7302761	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
7303410--7303449	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
7303906--7303934	8	3.8	8	95	4	51	51	0	0	48	1.00
7303958--7304006	14	3.6	14	71	17	50	42	34	0	22	1.54
7303986--7304090	21	5.0	21	76	4	122	44	26	1	26	1.64
7303986--7304090	43	2.5	41	87	7	158	44	26	1	26	1.64
7307234--7307930	127	5.5	126	89	2	1028	29	23	16	30	1.96
7308055--7308095	8	5.2	8	80	16	50	53	24	0	21	1.46
7309691--7309725	18	2.0	17	94	5	61	42	0	5	51	1.25
7309743--7309847	31	3.3	32	74	9	92	34	7	6	51	1.57
7309770--7309855	32	2.8	30	75	10	84	37	8	3	51	1.49
7311521--7311563	16	2.6	16	81	3	50	2	13	11	72	1.22
7322907--7322948	18	2.4	18	84	11	52	26	7	2	64	1.32
7324227--7324287	28	2.2	29	82	5	72	72	4	18	4	1.21
7325189--7325265	40	1.9	40	83	0	100	27	19	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7332254--7332332	21	3.6	21	81	13	88	41	0	0	58	0.98
7332254--7332332	22	3.6	22	78	14	74	41	0	0	58	0.98
7332274--7332433	72	2.1	77	87	6	231	51	2	1	44	1.22
7332301--7332482	81	2.4	73	75	13	170	51	3	2	42	1.30
7332438--7332499	31	1.9	33	87	6	92	48	1	0	50	1.10
7332477--7332527	24	2.3	21	86	10	66	62	0	0	37	0.95
7332577--7332623	24	1.9	25	95	4	87	74	4	4	17	1.14
7332584--7332624	12	3.3	13	75	25	52	73	4	4	17	1.19
7334525--7334562	19	2.0	19	85	10	51	50	5	0	44	1.24
7343695--7343759	3	22.3	3	83	12	82	33	4	0	61	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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