genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13787820--13787871	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
13787829--13787883	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
13803933--13803973	16	2.4	18	80	16	59	48	0	2	48	1.14
13803943--13803975	16	2.1	16	100	0	66	51	0	0	48	1.00
13804213--13804514	35	8.5	35	74	10	229	45	10	13	30	1.78
13804213--13804514	18	16.9	18	74	12	214	45	10	13	30	1.78
13804815--13804840	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
13804805--13804871	15	4.3	15	73	5	53	64	0	1	34	1.03
13804844--13804870	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
13805030--13805127	9	10.1	10	80	17	109	0	18	0	81	0.69
13805050--13805124	1	75.0	1	70	0	51	0	14	0	85	0.60
13805039--13805127	28	3.2	27	85	7	117	0	16	0	83	0.65
13805356--13805450	19	4.8	19	70	6	66	1	26	0	72	0.91
13805355--13805444	7	12.7	7	73	13	51	1	24	0	74	0.89
13805356--13805396	13	3.2	13	80	13	50	2	14	0	82	0.76
13805539--13805583	12	3.9	12	81	13	51	0	20	2	77	0.87
13805560--13805605	21	2.2	21	88	0	65	2	17	4	76	1.06
13805722--13805773	22	2.3	22	83	3	68	0	9	9	80	0.90
13805981--13806078	30	3.4	29	84	6	119	41	5	21	31	1.75
13806279--13807142	78	11.1	76	82	7	916	35	19	16	27	1.94
13806272--13807142	155	5.6	154	85	5	1042	35	19	16	27	1.94
13806365--13807143	77	10.1	76	83	7	908	35	19	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13806272--13807142	233	3.7	232	82	7	987	35	19	16	27	1.94
13807987--13808020	14	2.5	14	95	4	61	0	5	5	88	0.64
13807995--13808038	18	2.6	18	89	7	65	0	4	13	81	0.83
13807987--13808029	22	2.0	22	81	9	52	0	6	9	83	0.80
13813699--13813723	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
13815410--13815643	35	6.6	36	76	11	173	44	11	14	29	1.79
13815413--13815707	18	16.7	17	70	14	136	44	11	14	29	1.80
13815395--13815559	17	9.3	18	71	10	101	43	10	13	32	1.78
13815557--13815643	32	2.6	32	83	8	95	45	11	12	29	1.77
13816002--13816045	5	8.6	5	85	5	61	59	0	2	38	1.10
13815992--13816045	21	2.7	20	85	8	65	57	0	1	40	1.09
13816003--13816046	16	2.9	15	87	12	63	59	0	2	38	1.10
13816003--13816087	30	2.7	31	78	12	84	60	3	3	32	1.31
13816197--13816283	9	9.2	10	70	22	55	0	17	3	79	0.87
13816197--13816266	26	2.6	26	82	12	88	0	14	4	81	0.84
13816205--13816283	37	2.1	37	84	13	101	0	16	3	79	0.87
13816211--13816265	27	2.0	29	89	7	87	0	12	5	81	0.84
13816208--13816285	24	3.4	23	73	16	65	0	16	3	79	0.87
13816492--13816563	37	1.9	38	88	2	110	0	29	0	70	0.87
13816493--13816573	37	2.3	36	83	10	96	0	29	0	70	0.88
13816667--13816716	16	3.2	16	72	18	52	0	22	0	78	0.76
13817110--13817215	30	3.6	29	81	11	108	49	6	13	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13826056--13826089	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
13828387--13828443	29	2.0	29	82	6	71	43	8	3	43	1.52
13834940--13835004	31	2.3	27	80	15	76	47	6	3	43	1.43
13837210--13837239	12	2.5	12	94	0	51	6	26	43	23	1.78
13839822--13839904	41	2.0	41	92	0	139	31	10	39	18	1.85
13856171--13856226	17	3.2	17	80	9	67	37	7	16	39	1.76
13863562--13863697	3	46.0	3	68	12	68	63	5	4	27	1.35
13874611--13874675	30	2.2	30	86	5	87	35	10	24	29	1.89
13890026--13890070	23	2.0	23	90	0	72	31	22	11	35	1.89
13896803--13896853	23	2.2	24	85	3	68	35	31	23	9	1.87
13899052--13899085	16	2.1	17	88	5	52	41	0	0	58	0.98
13899065--13899108	23	1.9	23	81	9	54	31	0	0	68	0.90
13899170--13899236	27	2.5	27	95	0	116	31	22	32	13	1.92
13899306--13899349	21	2.1	21	91	0	70	29	2	11	56	1.46
13899439--13899482	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
13899515--13899596	38	2.2	38	95	0	146	39	1	3	56	1.25
13899629--13899750	60	2.0	60	84	3	156	56	12	0	30	1.42
13899738--13899904	27	7.2	21	76	16	104	53	14	0	31	1.46
13899765--13899895	8	15.4	8	66	20	61	50	14	0	34	1.49
13899791--13899978	19	9.7	19	68	22	108	53	12	0	33	1.39
13899791--13899895	27	4.1	27	90	7	159	52	12	0	35	1.39
13899818--13899966	67	2.3	60	80	11	138	55	12	0	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13899974--13900040	27	2.5	27	92	0	116	11	31	23	32	1.91
13901991--13902270	138	2.0	138	90	1	436	42	5	5	47	1.49
13906609--13906770	39	4.6	37	82	11	173	34	22	8	33	1.85
13906680--13906769	31	3.0	28	83	12	74	35	25	8	30	1.86
13906609--13906777	33	4.8	37	80	12	169	34	21	8	35	1.84
13906989--13907095	41	2.6	41	89	5	146	29	22	20	27	1.98
13908892--13908916	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
13914456--13914554	39	2.6	39	91	3	166	34	23	8	34	1.84
13914770--13914875	41	2.6	39	86	8	149	31	21	19	27	1.98
13916668--13916692	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
13917606--13917656	24	2.1	25	85	3	68	60	5	9	23	1.50
13919152--13919219	9	6.9	9	75	18	55	26	4	2	66	1.25
13919227--13919275	19	2.5	20	80	9	66	42	0	4	53	1.20
13921321--13921351	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
13925264--13925362	23	4.3	23	93	0	171	30	25	21	23	1.99
13930110--13930236	65	2.0	65	95	0	227	33	14	11	40	1.82
13930534--13930666	68	1.9	68	90	1	212	49	6	3	40	1.45
13935341--13935401	30	2.0	30	100	0	122	31	6	16	45	1.73
13941021--13941051	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
13941209--13941271	16	3.9	16	74	11	58	71	6	22	0	1.08
13942251--13942332	21	3.8	22	87	7	116	15	20	25	37	1.93
13942251--13942332	44	1.9	41	87	7	119	15	20	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13947464--13947512	10	5.0	10	77	2	55	40	0	0	59	0.98
13947481--13947520	20	2.1	19	90	4	62	32	0	0	67	0.91
13947627--13947666	20	2.0	21	90	5	64	50	0	0	50	1.00
13950419--13950502	22	3.8	22	80	6	89	29	21	13	35	1.91
13950520--13950580	23	2.7	23	84	5	79	27	18	18	36	1.94
13958709--13958735	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
13959197--13959251	23	2.2	24	84	15	76	56	7	10	25	1.59
13974633--13974690	14	4.2	14	72	16	50	37	0	12	50	1.40
13976022--13976054	17	1.9	17	93	0	57	21	3	9	66	1.33
13977882--13977907	11	2.4	11	100	0	52	7	0	11	80	0.89
13978327--13978367	21	2.0	21	95	0	73	24	29	21	24	1.99
13982221--13982268	23	2.0	25	84	8	64	25	10	0	64	1.25
13984582--13984802	40	5.6	40	81	1	210	20	26	18	34	1.95
13984598--13984742	20	7.2	20	64	3	67	17	28	17	35	1.94
13985873--13985996	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
13985883--13985990	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
13990556--13990679	30	4.1	30	92	1	194	26	23	6	43	1.78
13990566--13990673	15	7.2	15	68	12	78	26	21	7	44	1.78
13993496--13993684	43	4.4	43	98	0	369	23	14	34	26	1.94
13993666--13993739	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
13994050--13994310	40	6.5	40	83	3	296	24	22	27	24	2.00
14001890--14001923	6	5.3	6	86	13	50	29	2	2	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14005309--14005380	20	3.7	20	88	1	92	52	0	25	22	1.47
14005340--14005372	15	2.1	16	88	5	50	51	0	27	21	1.48
14009038--14009067	12	2.5	12	94	0	51	30	13	16	40	1.87
14010934--14011120	92	2.0	92	98	0	365	20	7	27	43	1.79
14019305--14019357	27	2.0	27	92	0	88	26	13	20	39	1.89
14019311--14019366	27	2.1	27	86	6	78	25	14	21	39	1.91
14026961--14027001	18	2.4	18	84	8	59	21	19	19	39	1.93
14033881--14033930	22	2.3	20	83	10	64	14	26	0	60	1.34
14042046--14042099	26	2.1	26	96	0	99	48	7	20	24	1.75
14042949--14043081	51	2.6	51	79	1	142	31	29	15	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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