genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28804604--28805189	260	2.2	261	89	1	915	29	23	23	23	1.99
28805208--28805587	50	7.6	49	75	5	293	31	24	20	23	1.98
28805208--28805587	100	3.8	102	88	2	515	31	24	20	23	1.98
28805948--28806007	15	4.1	15	80	8	70	35	41	8	15	1.77
28806084--28806118	17	2.1	17	89	5	54	25	45	20	8	1.79
28807122--28807170	20	2.5	20	78	15	57	38	4	0	57	1.18
28807527--28807569	10	4.3	10	79	8	52	30	2	2	65	1.18
28815286--28815335	23	2.2	23	85	3	66	42	4	8	46	1.52
28817155--28817211	22	2.7	22	83	5	82	35	10	5	49	1.60
28818020--28818061	19	2.4	17	88	11	59	59	0	0	40	0.97
28818321--28818371	16	3.2	16	86	5	68	39	1	27	31	1.68
28818536--28818583	20	2.3	21	85	7	62	58	0	0	41	0.98
28823201--28823261	30	2.0	30	96	0	113	26	21	16	36	1.94
28825527--28825555	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
28832631--28832682	19	2.8	19	72	16	56	25	13	17	44	1.85
28837675--28837731	19	3.1	19	71	19	66	26	12	15	45	1.82
28839541--28839603	19	3.5	18	78	12	67	4	17	3	74	1.12
28839541--28839610	35	2.1	33	81	10	79	4	17	2	75	1.08
28841584--28841793	9	22.9	9	69	18	80	65	0	2	30	1.13
28841600--28841702	20	5.4	20	72	18	69	67	0	0	30	1.03
28841584--28841704	28	4.4	27	76	14	99	69	0	1	28	1.04
28841637--28841704	17	3.8	18	79	12	77	70	1	1	26	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28841740--28841790	19	2.7	19	78	0	57	70	0	3	25	1.04
28843542--28843992	229	2.0	229	97	0	857	30	15	15	38	1.89
28847040--28847189	79	1.9	80	97	1	284	36	10	16	36	1.82
28847397--28847442	18	2.6	18	82	6	58	30	2	0	67	1.03
28853415--28853443	9	3.2	9	100	0	58	31	10	10	48	1.71
28854105--28854154	21	2.4	21	89	0	73	60	12	0	28	1.32
28856144--28856243	49	2.0	50	90	1	157	35	7	12	46	1.68
28856869--28856969	51	2.0	51	98	0	193	29	13	23	32	1.94
28859604--28859667	29	2.2	28	78	8	74	51	9	6	32	1.59
28859724--28859778	20	2.8	20	85	0	74	43	3	12	40	1.60
28861059--28861101	20	2.1	21	86	4	61	32	23	9	34	1.87
28861622--28861660	13	3.2	12	86	13	53	33	0	7	58	1.26
28862460--28862504	24	2.0	23	83	16	58	28	8	13	48	1.72
28866358--28866465	40	2.7	41	79	11	116	36	13	17	32	1.89
28867978--28868017	20	2.0	21	85	14	57	27	0	37	35	1.57
28871160--28871208	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
28871676--28871721	20	2.4	19	88	3	65	47	0	26	26	1.52
28876569--28876614	20	2.3	20	100	0	92	30	8	8	52	1.62
28877849--28877889	20	2.0	20	86	9	57	53	17	21	7	1.67
28877949--28877983	18	1.9	18	94	0	61	25	0	17	57	1.40
28877948--28877990	18	2.3	18	84	4	59	23	2	13	60	1.45
28882496--28882606	37	3.0	37	86	0	150	35	20	14	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28893113--28893168	23	2.3	23	93	6	94	66	0	1	32	1.03
28894542--28894600	30	1.9	31	86	3	84	40	0	3	55	1.16
28894547--28894595	21	2.3	22	82	3	55	40	0	4	55	1.19
28916421--28916480	25	2.3	26	88	2	95	31	23	10	35	1.88
28929621--28929992	44	8.6	44	73	11	236	28	21	22	26	1.99
28929611--28930042	217	2.0	216	93	0	729	28	21	23	26	1.99
28929617--28930077	44	10.7	42	72	14	221	28	21	22	27	1.99
28929752--28930072	128	2.5	128	77	15	279	28	21	23	27	1.99
28929618--28930132	217	2.4	216	88	3	714	28	20	23	27	1.99
28936774--28936824	25	2.1	25	85	3	68	62	13	5	17	1.50
28938261--28938288	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
28941189--28941230	20	2.0	21	86	4	59	33	2	19	45	1.63
28941582--28941622	7	5.7	7	88	5	64	17	0	36	46	1.48
28941582--28941620	15	2.7	15	92	4	62	15	0	35	48	1.45
28941581--28941622	22	1.9	22	95	0	75	16	0	35	47	1.47
28945865--28946212	50	6.8	50	83	3	365	22	29	19	28	1.98
28946545--28946603	30	2.0	30	83	6	75	28	22	6	42	1.79
28954123--28954150	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
28968060--28968134	36	2.1	36	97	0	141	28	25	22	24	2.00
28970015--28970076	29	2.1	29	93	0	106	19	30	32	17	1.95
28974849--28974974	50	2.5	50	75	6	119	34	11	26	26	1.91
28975198--28975270	27	2.6	28	76	8	78	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28978033--28978161	60	2.2	60	85	2	170	39	23	12	24	1.89
28978027--28978160	30	4.5	30	75	3	117	40	23	12	23	1.89
28989154--28989201	19	2.4	20	83	16	64	43	6	10	39	1.64
28991677--28991732	28	2.0	28	100	0	112	32	7	21	39	1.80
28993305--28993361	29	1.9	30	89	3	89	31	1	12	54	1.48
28994222--28994287	27	2.5	27	85	7	82	25	1	22	50	1.58
28994579--28994643	32	2.1	31	82	8	78	29	13	16	40	1.88
28994902--28994930	14	2.1	14	100	0	58	44	20	20	13	1.85
29001996--29002057	30	2.1	30	96	0	115	22	11	20	45	1.83
29012147--29012208	28	2.2	28	91	0	97	37	20	17	24	1.94
29012406--29012461	29	1.9	29	92	0	94	39	8	7	44	1.63
29016729--29016755	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
29016809--29016851	20	2.0	22	86	8	63	58	0	2	39	1.11
29017429--29017470	20	2.0	21	82	13	52	19	11	2	66	1.34
29029402--29029585	50	3.7	50	89	2	280	22	13	24	40	1.89
29029397--29029595	25	8.0	25	75	8	172	22	12	24	40	1.88
29029392--29029605	100	2.1	100	86	3	297	24	11	24	39	1.88
29029547--29029605	25	2.4	25	76	0	64	27	11	25	35	1.91
29032608--29032711	47	2.2	48	87	1	147	36	18	17	27	1.93
29034181--29034220	16	2.4	16	87	4	53	65	20	2	12	1.38
29034869--29034902	15	2.1	17	89	10	54	47	17	2	32	1.63
29039472--29039839	184	2.0	184	88	5	548	29	19	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29045124--29045199	35	2.2	35	85	2	100	28	17	27	26	1.97
29048627--29048697	28	2.5	28	88	0	97	26	29	12	30	1.93
29050578--29050722	43	3.4	43	74	0	146	24	17	24	33	1.97
29051440--29051537	41	2.4	41	94	0	169	27	11	14	46	1.78
29058431--29058465	15	2.4	14	90	4	52	17	2	5	74	1.14
29065062--29065100	20	2.0	20	89	0	60	43	2	0	53	1.14
29074931--29074971	21	2.0	20	85	4	55	65	2	0	31	1.05
29076964--29077014	23	2.2	24	92	3	86	19	15	7	56	1.63
29078190--29078241	18	2.9	18	80	11	70	61	1	5	30	1.30
29084607--29084658	7	7.4	7	79	16	63	44	0	13	42	1.44
29084888--29084941	20	2.7	20	88	0	81	31	7	18	42	1.78
29098879--29098932	28	1.9	28	88	0	81	29	20	20	29	1.98
29099193--29099264	20	3.7	20	83	1	92	25	27	15	31	1.95
29101237--29101285	12	3.6	14	77	22	52	75	6	6	12	1.17
29101236--29101273	15	2.5	15	83	8	51	76	5	7	10	1.15
29101332--29101399	27	2.4	27	90	4	100	75	2	11	10	1.16
29102249--29102287	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
29103769--29103823	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
29106724--29106758	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
29107426--29107625	41	4.9	41	86	3	224	33	28	19	19	1.96
29107740--29107920	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
29113610--29113644	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29114312--29114511	41	4.9	41	86	3	224	33	28	19	19	1.96
29114626--29114806	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
29116497--29116665	40	4.2	40	78	6	171	31	20	20	27	1.98
29116497--29116665	80	2.1	80	83	2	205	31	20	20	27	1.98
29116733--29116809	40	1.9	40	89	0	118	31	20	20	27	1.98
29116824--29116927	21	5.0	21	73	8	61	23	0	29	47	1.52
29116824--29116906	7	11.9	7	70	14	55	21	0	34	43	1.53
29120732--29121022	23	12.7	23	77	9	249	32	4	22	40	1.73
29120759--29121032	114	2.4	115	85	5	353	33	4	22	39	1.75
29120732--29121022	68	4.2	68	79	10	234	32	4	22	40	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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