genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  87  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27001457--27001490	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
27002390--27002429	19	2.0	19	85	9	53	25	10	27	37	1.88
27027626--27027667	21	2.0	22	85	4	59	35	28	16	19	1.93
27034793--27035072	51	5.5	50	80	7	273	30	25	15	29	1.95
27034793--27035088	102	2.9	102	84	4	350	30	24	14	30	1.95
27036248--27036605	41	8.6	40	79	7	374	21	17	25	35	1.95
27036247--27036606	84	4.3	84	93	1	573	21	16	25	35	1.95
27051109--27051222	35	3.3	35	86	2	158	26	3	35	35	1.74
27053399--27053605	85	2.4	86	82	5	224	33	24	16	25	1.96
27053399--27053605	42	4.9	42	84	5	220	33	24	16	25	1.96
27053430--27053605	86	2.1	85	82	5	212	34	24	15	25	1.95
27058007--27058236	32	6.9	33	84	7	286	18	23	17	40	1.91
27058008--27058245	67	3.6	67	96	0	431	18	23	17	40	1.91
27061042--27061086	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
27065781--27066500	49	14.9	49	95	3	1277	32	8	29	30	1.86
27065781--27066500	96	7.5	97	96	2	1260	32	8	29	30	1.86
27065781--27066500	145	5.0	144	96	2	1261	32	8	29	30	1.86
27072421--27072464	20	2.1	22	84	16	58	68	9	9	13	1.40
27075265--27075455	67	2.9	67	95	0	355	39	16	25	18	1.91
27075274--27075455	32	5.5	32	83	7	247	39	16	26	18	1.91
27085098--27085130	17	2.1	16	88	11	50	36	27	12	24	1.91
27101842--27101881	12	3.1	13	89	10	64	72	5	7	15	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27106362--27106401	13	3.2	13	92	7	73	72	5	7	15	1.24
27109433--27109507	26	2.8	26	83	4	96	29	28	14	28	1.95
27109392--27109507	26	4.3	26	72	10	92	29	28	15	26	1.96
27111528--27111564	11	3.1	12	88	11	58	70	5	8	16	1.30
27111514--27111564	24	2.1	23	86	13	68	70	5	9	13	1.32
27116065--27116103	12	3.0	13	88	11	62	71	5	7	15	1.26
27116049--27116099	12	4.3	12	72	22	54	72	3	5	17	1.20
27121221--27121260	11	3.6	11	79	0	53	22	15	10	52	1.71
27121297--27121361	30	2.2	30	94	0	112	23	1	15	60	1.44
27121667--27123246	616	2.6	608	87	4	2257	40	12	14	32	1.84
27123641--27123673	13	2.5	13	90	0	57	30	45	21	3	1.67
27124992--27125053	25	2.5	25	86	0	88	29	25	22	22	1.99
27126295--27128990	612	4.4	611	88	2	3548	39	11	15	33	1.84
27130396--27130454	29	2.0	29	86	0	82	33	32	10	23	1.88
27147706--27147735	12	2.5	12	94	0	51	3	26	43	26	1.70
27149992--27150040	23	2.1	24	85	11	66	48	14	0	36	1.44
27151821--27151849	14	2.1	14	100	0	58	24	20	13	41	1.89
27158304--27158348	23	2.0	23	82	8	56	48	15	0	35	1.45
27161801--27161862	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
27161801--27161863	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
27162195--27162241	16	2.8	17	80	6	51	74	2	8	14	1.15
27162175--27162224	24	2.0	26	88	7	77	78	4	6	12	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27162164--27162238	13	5.6	13	74	16	64	74	2	8	14	1.15
27166740--27166801	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
27166740--27166802	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
27170749--27170827	18	4.4	18	78	0	86	7	35	26	30	1.84
27170756--27170824	36	1.9	36	91	5	113	8	36	24	30	1.86
27176921--27176959	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27179387--27179576	41	4.6	41	80	9	199	22	14	26	36	1.93
27180006--27180045	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
27189765--27189902	50	2.8	47	81	5	150	28	21	28	21	1.98
27189774--27189909	49	2.8	49	82	5	159	27	22	27	22	1.99
27190112--27190150	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27191628--27191744	62	1.9	59	82	5	144	43	4	5	47	1.45
27200767--27200850	31	2.7	31	79	1	98	32	10	15	41	1.81
27201246--27201320	38	2.0	38	100	0	150	37	6	21	34	1.80
27204041--27204334	145	2.0	145	98	0	570	36	6	21	34	1.80
27211364--27211395	16	1.9	17	93	6	57	40	15	6	37	1.73
27214660--27214721	30	2.1	30	87	0	88	48	9	8	33	1.65
27223680--27223705	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27224095--27224133	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
27225410--27225461	18	2.9	18	80	8	61	17	17	5	59	1.56
27225466--27225564	6	16.0	6	72	8	74	5	20	2	72	1.13
27226512--27226566	10	5.3	10	78	8	65	18	3	0	78	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27227668--27227693	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27228082--27228120	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
27229396--27229447	18	2.9	18	80	8	61	17	17	5	59	1.56
27229452--27229550	6	16.0	6	72	8	74	5	20	2	72	1.13
27230500--27230550	10	4.9	10	81	9	66	17	3	0	78	0.90
27230515--27230553	9	4.1	9	87	12	60	20	2	0	76	0.90
27231651--27231676	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27232065--27232103	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
27233378--27233429	18	2.9	18	80	8	61	17	17	5	59	1.56
27233434--27233532	6	16.0	6	72	8	74	5	20	2	72	1.13
27234486--27234535	11	4.7	11	82	9	68	12	4	0	84	0.76
27234487--27234538	10	5.1	10	83	4	68	15	3	0	80	0.85
27235648--27235673	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27236062--27236100	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
27238453--27238544	47	2.0	47	100	0	184	26	4	6	63	1.38
27243383--27243427	22	2.0	22	87	8	65	26	0	20	53	1.46
27244434--27244485	16	3.2	16	75	5	50	50	15	15	19	1.79
27251985--27252077	42	2.2	42	84	0	114	23	25	24	25	2.00
27262359--27262405	24	2.0	24	84	15	64	27	0	17	55	1.42
27265993--27266030	19	2.0	20	89	5	60	42	13	0	44	1.43
27271753--27271820	32	2.1	32	97	0	127	30	22	7	39	1.81
27272103--27272160	30	1.9	30	92	0	98	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27272268--27272344	26	3.0	26	88	0	118	38	25	20	14	1.91
27272520--27272635	27	4.3	27	89	4	171	16	19	18	45	1.85
27272520--27272635	54	2.1	54	95	0	205	16	19	18	45	1.85
27278726--27278787	26	2.4	26	91	0	97	33	16	11	38	1.84
27287414--27287473	31	1.9	31	100	0	120	36	16	8	38	1.79
27296795--27296838	22	2.0	22	100	0	88	18	27	36	18	1.94
27311662--27311838	27	6.6	27	81	7	189	26	14	28	29	1.95
27311665--27311817	81	1.9	80	86	6	220	26	14	28	30	1.95
27319507--27319684	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27319508--27319663	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27319504--27319684	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27322178--27322218	20	2.0	20	85	0	55	34	7	9	48	1.64
27337395--27337472	39	2.0	39	85	5	104	26	6	35	30	1.82
27339215--27339243	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
27341957--27341991	18	1.9	18	88	0	52	71	8	8	11	1.31
27342180--27342226	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27344796--27344901	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
27346028--27346074	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27360691--27360725	18	1.9	18	88	0	52	11	8	8	71	1.31
27369836--27369875	19	2.0	20	85	9	55	22	30	12	35	1.91
27391189--27391242	23	2.3	23	81	6	65	33	11	18	37	1.86
27391688--27391714	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27404815--27405206	130	3.0	130	94	1	698	36	17	13	32	1.89
27404815--27405206	129	3.0	129	93	2	687	36	17	13	32	1.89
27410484--27410537	24	2.3	23	81	12	56	29	12	11	46	1.77
27413645--27413703	30	2.0	30	86	0	82	40	6	25	27	1.80
27414093--27414215	49	2.5	50	79	2	131	28	21	27	21	1.99
27414496--27414534	20	2.0	20	84	0	51	58	5	25	10	1.51
27416278--27416541	87	3.0	87	82	2	332	23	26	10	39	1.88
27416326--27416541	29	7.4	29	82	2	254	22	26	11	40	1.87
27416278--27416553	58	4.8	58	80	3	295	23	25	11	38	1.89
27416282--27416552	29	9.3	29	81	1	238	23	26	12	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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