genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  192  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57044097--57044569	132	3.6	132	93	1	788	28	24	19	28	1.98
57044613--57044753	45	3.2	45	69	17	141	23	19	21	35	1.96
57044581--57044789	87	2.4	87	90	2	312	22	20	24	32	1.98
57048980--57049005	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
57050753--57050790	17	2.2	17	86	9	51	60	0	7	31	1.25
57050926--57050962	3	12.3	3	88	0	56	62	0	5	32	1.18
57050927--57050972	15	3.1	15	87	3	58	56	2	8	32	1.42
57052204--57052241	20	1.9	19	89	5	58	63	5	0	31	1.17
57053982--57054103	44	2.8	44	81	7	140	29	20	18	31	1.96
57055260--57055308	26	1.9	26	88	12	75	57	10	18	14	1.65
57068374--57068422	25	2.0	25	95	0	89	26	2	8	63	1.34
57068376--57068432	25	2.3	25	87	0	78	26	3	5	64	1.30
57068463--57068562	3	34.0	3	74	11	82	36	1	3	60	1.19
57068553--57068600	23	2.1	22	85	11	62	33	8	4	54	1.50
57068657--57068767	47	2.3	47	80	9	127	39	12	2	45	1.56
57068844--57068877	12	2.8	13	86	13	54	26	0	0	73	0.83
57071175--57071204	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
57072465--57072566	30	3.4	30	86	2	134	29	21	3	45	1.70
57072953--57072998	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
57072956--57072984	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
57072953--57072998	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
57072953--57073012	24	2.5	24	86	2	77	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57073103--57073138	6	5.8	6	90	3	54	83	13	2	0	0.76
57073097--57073138	21	2.1	19	86	8	57	83	14	2	0	0.75
57073489--57073537	16	2.9	16	84	9	53	26	0	0	73	0.83
57073888--57073928	21	2.0	21	86	9	59	51	17	4	26	1.65
57073924--57074086	17	9.4	17	78	9	159	30	12	10	47	1.74
57073924--57074086	35	4.7	34	79	8	168	30	12	10	47	1.74
57074047--57074175	36	3.4	38	72	16	115	35	10	12	41	1.76
57078345--57078402	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
57078614--57078645	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
57078740--57078981	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
57078740--57078989	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
57085787--57085844	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
57086056--57086087	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
57086182--57086423	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
57086182--57086431	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
57096028--57096913	190	4.8	188	83	13	1030	31	14	18	35	1.91
57096770--57097028	121	2.1	120	83	12	318	31	14	18	35	1.91
57096751--57097045	122	2.4	122	80	11	342	31	13	18	35	1.90
57097013--57097211	80	2.4	83	75	14	202	28	18	18	34	1.95
57098310--57098372	3	21.7	3	76	15	53	71	1	26	0	0.95
57098310--57098386	22	3.7	20	72	23	61	74	1	24	0	0.90
57098302--57098385	12	6.8	13	78	15	81	72	1	26	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57098320--57098408	6	14.5	6	70	20	51	77	0	19	3	0.91
57098322--57098407	17	4.9	17	73	18	54	76	0	19	3	0.92
57100492--57100527	10	3.7	10	92	7	56	91	2	0	5	0.49
57102505--57102563	22	3.1	18	83	16	66	72	0	23	3	0.99
57102505--57102565	19	3.1	19	81	15	70	73	0	22	3	0.97
57102520--57102563	17	2.6	17	89	10	72	77	0	22	0	0.77
57115837--57115873	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
57115901--57115925	8	3.1	8	100	0	50	36	52	0	12	1.39
57125071--57125104	17	2.0	17	88	0	50	47	11	8	32	1.71
57129602--57129650	18	2.9	16	79	11	53	28	12	20	38	1.89
57130600--57130631	17	1.9	17	93	6	57	56	0	6	37	1.25
57132494--57132605	55	2.0	55	89	0	170	38	8	9	42	1.69
57134844--57134920	20	3.8	20	72	3	66	20	9	32	37	1.84
57144036--57144247	105	2.0	106	86	0	300	27	17	16	38	1.91
57151006--57151070	30	2.2	30	83	2	78	23	7	13	55	1.64
57151589--57151772	56	3.3	56	85	6	266	45	5	12	35	1.66
57151770--57152164	29	13.8	29	91	3	622	25	0	28	46	1.53
57152149--57152179	5	6.2	5	100	0	62	19	0	41	38	1.51
57152245--57152293	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
57153380--57153411	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
57154372--57154401	14	2.1	14	93	6	51	66	6	0	26	1.16
57154494--57154561	31	2.3	29	85	10	84	66	0	1	32	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57154565--57154615	22	2.3	22	89	0	84	43	0	29	27	1.55
57159432--57159457	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57159784--57160054	23	11.7	23	90	3	373	40	19	12	26	1.88
57159784--57160054	70	3.9	69	89	3	391	40	19	12	26	1.88
57159784--57160049	93	2.9	92	93	1	424	40	19	13	26	1.88
57161062--57161143	43	1.9	43	82	5	103	34	26	18	20	1.96
57162239--57162263	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
57162439--57162546	38	2.8	38	82	0	126	36	16	11	36	1.84
57162641--57162834	87	2.2	87	80	5	223	27	22	15	33	1.95
57169335--57169366	6	5.3	6	100	0	64	84	15	0	0	0.63
57171391--57171420	12	2.6	12	94	5	53	0	20	0	80	0.72
57181016--57181340	46	7.5	44	71	13	178	32	20	19	27	1.97
57183101--57183127	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
57183174--57183223	16	3.2	16	68	21	52	34	10	6	50	1.60
57183164--57183230	30	2.2	30	97	0	125	31	8	5	53	1.56
57193045--57193143	43	2.4	40	85	11	128	63	12	5	19	1.46
57193037--57193169	22	6.1	21	78	19	107	63	12	4	19	1.44
57193087--57193184	22	4.2	24	83	12	91	65	12	3	19	1.39
57193289--57193321	16	2.1	16	88	11	50	72	12	0	15	1.12
57194436--57194479	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
57194543--57194743	59	3.1	67	83	13	287	45	9	4	39	1.58
57194732--57194773	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57194747--57194802	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
57196908--57196957	15	3.3	15	80	0	64	56	0	0	44	0.99
57197429--57197471	23	1.9	22	90	4	68	34	9	2	53	1.46
57202555--57202580	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
57205633--57206004	46	8.6	46	83	12	457	28	22	14	34	1.93
57205768--57205922	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
57205768--57206004	128	1.9	123	86	8	340	29	21	12	36	1.91
57205722--57205966	82	3.0	82	94	0	418	28	20	13	36	1.92
57207651--57207692	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
57208675--57208969	108	2.7	107	80	2	340	34	20	16	28	1.94
57208641--57208949	106	2.9	106	80	1	350	34	19	17	29	1.94
57209489--57209532	21	2.2	21	88	11	67	38	0	18	43	1.50
57211795--57211855	9	6.4	9	73	17	52	63	0	9	26	1.25
57211784--57211845	18	3.4	19	68	20	51	61	1	11	25	1.39
57211787--57211838	18	2.9	18	85	5	70	61	1	9	26	1.38
57211804--57211922	9	12.6	9	68	18	55	62	3	5	28	1.35
57211842--57211931	28	3.1	27	78	12	74	64	5	2	27	1.28
57211881--57211941	19	3.3	18	72	20	54	65	8	1	24	1.29
57218081--57218136	17	3.3	17	72	5	51	25	1	1	71	1.05
57221391--57221441	26	2.0	24	88	7	75	41	0	0	58	0.98
57226323--57227087	384	2.0	385	99	0	1507	37	8	19	33	1.83
57228220--57228383	51	3.2	51	90	0	247	34	15	21	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57228276--57228429	44	3.3	44	85	6	173	33	16	22	28	1.95
57231053--57231279	46	5.0	46	92	2	388	32	14	21	31	1.93
57231053--57231279	90	2.5	92	94	2	388	32	14	21	31	1.93
57231318--57231424	46	2.4	44	92	4	171	33	14	24	28	1.94
57231872--57232184	152	2.0	152	88	4	464	29	10	21	39	1.86
57236013--57236076	31	2.0	32	87	3	94	20	25	32	21	1.97
57237713--57237744	13	2.5	13	100	0	64	25	31	0	43	1.55
57239563--57239702	30	4.7	30	76	3	106	35	15	3	46	1.63
57240057--57240117	16	4.1	15	81	12	63	75	0	24	0	0.80
57240057--57240104	17	2.7	18	75	12	55	72	0	27	0	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204