genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17366517--17366581	20	3.2	19	76	10	58	40	4	1	53	1.31
17369998--17370046	21	2.3	21	85	0	62	20	46	26	6	1.73
17380132--17380228	44	2.2	45	83	1	115	21	21	24	31	1.98
17382918--17382969	24	2.2	24	82	6	61	42	7	5	44	1.57
17384336--17384380	24	1.9	23	95	4	81	71	0	24	4	1.05
17386766--17386861	45	2.2	45	84	3	124	47	5	0	46	1.24
17402422--17402486	23	2.8	23	81	4	60	38	13	23	24	1.91
17413863--17413986	28	4.4	28	90	2	178	33	28	12	26	1.92
17421797--17421922	28	4.5	28	90	2	182	32	28	12	26	1.93
17425250--17425369	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
17426827--17427616	47	16.6	47	93	2	1133	33	8	28	28	1.87
17427489--17427567	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
17426827--17427616	96	8.3	94	91	3	1099	33	8	28	28	1.87
17429873--17430096	40	5.6	39	81	7	202	25	22	27	25	2.00
17429873--17430056	79	2.3	81	83	8	225	25	22	27	24	2.00
17430033--17430299	40	6.7	40	89	0	392	25	22	26	25	2.00
17433983--17434021	20	1.9	21	89	5	62	58	10	2	28	1.44
17435991--17436035	22	2.1	21	83	4	54	48	8	0	42	1.34
17436212--17436650	152	2.9	149	87	6	634	41	11	3	43	1.56
17438116--17438248	23	5.8	23	80	5	126	38	12	19	29	1.89
17438124--17438248	46	2.7	46	81	4	146	37	13	19	29	1.90
17438116--17438251	69	2.0	69	82	5	168	37	12	19	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17438502--17438532	16	1.9	16	100	0	62	54	0	0	45	0.99
17457306--17457359	26	2.1	26	85	0	72	42	9	9	38	1.69
17468597--17468628	16	2.0	16	93	0	55	43	0	21	34	1.53
17477160--17477191	16	2.0	16	93	0	55	43	0	21	34	1.53
17484785--17484823	21	1.9	20	84	5	51	35	12	10	41	1.77
17484871--17484939	31	2.2	31	89	5	104	39	15	8	36	1.79
17491170--17491216	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
17491907--17492039	54	2.5	53	82	6	160	43	21	14	20	1.87
17491910--17492039	27	4.8	27	83	3	145	43	22	14	20	1.88
17491907--17492055	54	2.8	54	80	1	147	43	20	16	20	1.88
17497090--17497124	18	1.9	18	88	0	52	42	2	34	20	1.66
17504661--17504696	17	2.1	17	89	0	54	44	11	13	30	1.79
17511012--17511130	63	1.9	62	86	5	170	36	6	5	52	1.50
17515538--17515572	18	1.9	18	88	0	52	20	20	28	31	1.97
17517373--17517534	37	4.5	35	68	21	104	37	15	17	29	1.91
17517367--17517570	105	1.9	105	98	0	399	37	15	18	28	1.91
17517414--17517574	37	4.5	37	66	20	117	38	17	18	25	1.92
17526465--17526510	14	3.3	13	82	14	56	71	0	2	26	0.97
17529207--17529246	13	3.0	13	85	7	53	40	2	7	50	1.44
17537610--17537714	34	3.1	34	82	5	149	44	15	22	17	1.86
17537610--17537737	68	1.9	68	85	0	175	46	15	19	18	1.85
17539809--17539848	18	2.2	18	90	0	62	45	5	20	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17541026--17541071	17	2.6	17	93	3	74	26	4	19	50	1.66
17542235--17542306	36	2.0	36	86	10	103	22	11	4	62	1.45
17542257--17542284	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
17542281--17542356	5	14.2	6	85	10	53	32	3	13	50	1.60
17542315--17542359	5	9.0	5	86	13	58	35	0	20	44	1.51
17545365--17545395	15	2.1	15	93	0	53	29	0	9	61	1.28
17545644--17545707	27	2.4	27	86	2	85	37	4	7	50	1.52
17546928--17546956	15	1.9	15	100	0	58	37	6	6	48	1.57
17547956--17548006	25	2.0	26	88	3	77	41	5	9	43	1.62
17549343--17549518	58	3.0	58	78	4	194	25	27	13	34	1.92
17550019--17550094	35	2.2	35	82	0	89	27	25	17	30	1.97
17550046--17550133	35	2.5	35	83	3	97	29	21	17	31	1.96
17553101--17553237	38	3.6	38	78	2	125	26	25	23	24	2.00
17553197--17553299	38	2.7	38	79	4	102	31	20	22	26	1.98
17561034--17561059	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
17562183--17562255	28	2.7	25	78	14	74	50	2	2	43	1.30
17562672--17562712	3	14.0	3	84	5	57	70	2	0	26	0.99
17562831--17562864	17	2.0	17	94	0	59	26	29	14	29	1.95
17567357--17567434	36	2.2	35	84	6	95	15	12	30	41	1.85
17571513--17576100	573	8.0	573	98	0	8851	35	10	16	37	1.83
17588217--17588246	14	2.1	14	100	0	60	66	6	0	26	1.16
17588324--17588366	18	2.3	18	80	4	50	27	2	2	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17590274--17590310	16	2.3	16	100	0	74	51	5	5	37	1.48
17596479--17596519	20	2.0	21	86	13	59	34	7	0	58	1.26
17608910--17609335	45	9.6	44	75	9	334	30	19	23	26	1.98
17608960--17609165	44	4.7	44	73	10	145	27	19	24	27	1.99
17609090--17609337	89	2.8	89	84	3	329	30	20	22	25	1.99
17609093--17609335	134	1.8	135	87	2	364	30	20	23	25	1.98
17609644--17609689	14	3.3	14	93	0	83	41	0	2	56	1.11
17609818--17609846	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
17611008--17611092	21	4.0	22	84	7	95	16	23	25	34	1.95
17611021--17611094	21	3.5	21	87	5	96	14	22	27	35	1.94
17611758--17611785	9	3.1	9	100	0	56	21	0	32	46	1.52
17618556--17618596	20	2.0	21	86	13	59	34	7	0	58	1.26
17620919--17620964	15	2.9	16	81	15	51	47	2	0	50	1.13
17629105--17629243	45	3.2	44	80	8	135	38	24	13	23	1.91
17636549--17636619	33	2.2	33	92	5	117	26	25	25	22	2.00
17638051--17638080	6	5.0	6	100	0	60	16	0	50	33	1.46
17638685--17638940	127	2.0	126	85	7	351	41	4	5	48	1.48
17642602--17642630	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
17657777--17657833	28	2.0	28	96	0	105	36	15	10	36	1.82
17660785--17660848	17	3.6	16	76	19	56	3	17	1	78	0.96
17661012--17661180	63	2.7	63	85	1	214	23	23	28	24	2.00
17662417--17662462	23	2.0	24	83	12	60	39	0	8	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17662948--17662980	10	3.4	10	83	8	50	21	12	9	57	1.62
17663088--17663125	14	2.8	13	88	7	58	44	5	13	36	1.66
17663089--17663163	29	2.6	27	76	12	69	46	5	10	37	1.61
17663382--17663645	35	7.8	34	84	6	315	18	22	17	40	1.91
17663382--17663645	102	2.6	102	90	3	401	18	22	17	40	1.91
17663382--17663655	67	4.0	68	85	7	310	18	21	17	41	1.90
17666458--17666501	20	2.1	22	84	16	58	13	9	9	68	1.40
17677788--17678224	233	1.8	238	86	3	632	32	18	19	28	1.96
17678081--17678473	189	2.1	189	90	2	612	30	21	20	27	1.98
17679072--17679126	22	2.5	21	91	2	65	30	3	29	36	1.75
17679078--17679126	22	2.2	22	96	0	89	30	4	30	34	1.76
17679666--17679719	24	2.2	24	90	6	83	20	42	1	35	1.63
17681107--17681139	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
17681041--17681349	93	3.4	92	77	11	386	40	5	4	49	1.47
17681208--17681269	21	3.0	21	70	23	51	41	4	4	48	1.46
17681042--17681427	177	2.2	177	99	0	754	40	5	4	48	1.47
17681284--17681316	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
17681408--17681464	17	3.3	17	72	13	62	42	0	5	52	1.24
17681042--17681477	177	2.5	175	92	4	637	41	5	4	48	1.46
17681139--17681514	87	4.3	84	81	10	470	42	4	4	48	1.44
17681725--17681995	9	32.1	9	72	13	184	47	20	2	29	1.62
17681704--17681894	25	7.6	24	75	10	102	49	17	2	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17681725--17681934	41	5.2	41	73	17	165	48	20	1	29	1.60
17681778--17681997	25	8.7	25	82	4	271	45	21	2	30	1.64
17687509--17687560	12	4.3	12	95	0	95	40	15	44	0	1.46
17687981--17688143	85	1.9	85	81	9	199	29	23	19	27	1.98
17687979--17688284	42	7.2	42	80	2	276	28	21	19	30	1.98
17692067--17692140	38	2.0	38	81	7	89	64	5	16	13	1.45
17692143--17692184	7	6.0	7	81	10	50	69	2	2	26	1.13
17702318--17702382	29	2.2	30	86	10	91	12	12	1	73	1.16
17720431--17720486	26	2.2	26	82	14	73	44	7	3	44	1.48
17720687--17720728	20	2.1	20	100	0	84	57	19	0	23	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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