genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  88  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27418102--27418134	17	1.9	17	93	0	57	42	15	6	36	1.71
27419820--27419867	17	2.7	17	77	6	51	12	16	45	25	1.82
27420214--27420498	27	10.6	27	77	4	207	38	18	19	22	1.93
27420239--27420494	54	4.8	53	79	6	255	38	18	20	22	1.93
27420214--27420501	81	3.6	81	81	2	328	38	19	19	22	1.93
27420535--27420645	24	4.6	24	81	8	100	21	8	24	45	1.78
27420537--27420645	48	2.3	48	87	3	148	22	8	23	45	1.79
27420709--27420773	27	2.4	27	80	14	73	20	23	24	32	1.98
27420761--27420814	26	2.1	26	89	0	81	20	20	22	37	1.95
27420771--27420826	26	2.2	26	83	0	67	16	21	28	33	1.95
27422475--27422539	22	3.0	21	81	4	67	18	20	16	44	1.87
27422986--27423039	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
27422986--27423059	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
27422986--27423050	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
27428765--27428945	40	4.5	40	81	4	195	16	29	17	36	1.92
27428765--27428967	80	2.5	80	83	3	246	17	28	17	36	1.93
27428765--27428946	20	9.1	20	67	13	79	15	29	18	36	1.92
27430813--27430859	12	3.8	12	97	2	85	76	6	0	17	0.98
27430813--27430857	13	3.5	13	93	6	83	80	6	0	13	0.91
27432865--27432926	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
27432865--27432927	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
27433523--27433575	23	2.3	24	78	18	60	30	16	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27439244--27439281	20	1.9	20	88	0	58	34	34	21	10	1.87
27441190--27441252	21	3.0	21	83	2	72	33	31	3	31	1.74
27447916--27447946	9	3.4	9	95	0	53	58	6	0	35	1.24
27448405--27448451	22	2.1	22	96	0	85	14	12	25	46	1.80
27452310--27452362	17	3.4	17	67	20	51	20	33	33	11	1.88
27452287--27452363	30	2.6	30	93	0	127	23	33	31	11	1.91
27458057--27458102	23	2.0	23	95	0	83	30	0	15	54	1.41
27463412--27463819	27	15.2	27	79	7	357	39	19	18	22	1.92
27463412--27463819	134	3.0	132	80	8	421	39	19	18	22	1.92
27463893--27463997	24	4.4	23	86	5	129	29	8	20	41	1.81
27463893--27464026	72	1.9	72	81	6	164	26	8	20	44	1.81
27464213--27464355	32	4.5	32	87	0	205	23	21	16	39	1.92
27464209--27464355	64	2.3	64	93	0	249	22	21	16	40	1.91
27466803--27467103	27	11.2	27	83	4	306	39	19	19	21	1.93
27466813--27467103	81	3.6	81	82	1	343	39	19	19	21	1.93
27466870--27467161	81	3.6	81	80	3	234	39	20	19	21	1.93
27467178--27467225	24	2.0	24	91	0	78	27	6	22	43	1.77
27467271--27467428	32	4.9	32	84	0	208	22	17	17	42	1.89
27467271--27467439	64	2.7	64	84	0	232	22	17	17	42	1.89
27467470--27467542	37	2.0	37	91	0	119	17	23	19	39	1.92
27477100--27477190	28	3.2	28	86	6	130	29	23	23	24	1.99
27477608--27478058	27	16.9	27	79	6	409	20	15	20	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27477605--27478055	80	5.7	78	80	7	428	20	15	20	43	1.87
27477608--27478055	53	8.4	53	82	7	417	20	15	20	43	1.87
27480476--27480500	11	2.3	11	100	0	50	68	0	16	16	1.22
27481362--27481394	16	2.0	17	88	5	50	18	27	12	42	1.85
27482972--27483969	497	2.0	497	94	0	1764	33	16	24	25	1.96
27488696--27488754	25	2.4	25	88	0	82	25	25	16	32	1.97
27499606--27499649	14	3.4	13	84	9	54	79	6	2	11	1.01
27499617--27499649	14	2.5	13	95	5	57	84	3	0	12	0.72
27499687--27499724	13	2.9	13	100	0	76	60	0	15	23	1.35
27500655--27500699	18	2.5	17	86	10	63	75	4	13	6	1.15
27500667--27500721	18	2.9	18	86	10	67	69	1	20	9	1.25
27510094--27510141	13	3.5	13	78	16	53	2	20	0	77	0.88
27512218--27512242	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
27512222--27512265	12	3.7	12	93	0	70	11	4	4	79	1.02
27519329--27519392	21	2.9	22	83	6	76	28	4	29	37	1.77
27523563--27523607	19	2.3	20	88	3	65	6	13	2	77	1.05
27525821--27525865	16	2.8	16	93	3	72	15	15	0	68	1.21
27525868--27525896	13	2.3	13	94	5	51	10	13	6	68	1.37
27526200--27526263	21	2.9	22	83	6	76	28	4	29	37	1.77
27528138--27528228	42	2.2	42	93	0	155	37	15	15	31	1.89
27532717--27532754	19	2.1	18	90	5	58	18	21	13	47	1.82
27533566--27533638	29	2.5	29	93	0	119	43	13	9	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27538693--27538738	12	3.7	12	88	11	74	15	8	0	76	1.02
27538693--27538738	14	3.4	14	76	11	60	15	8	0	76	1.02
27538693--27538743	25	2.0	25	96	3	93	19	11	0	68	1.20
27538781--27538815	12	2.9	12	86	0	52	11	5	11	71	1.30
27544983--27545042	20	3.1	19	72	13	59	25	26	11	36	1.90
27558219--27558265	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
27559716--27559746	16	1.9	16	93	0	53	32	25	16	25	1.96
27567702--27567732	13	2.3	14	94	5	55	29	6	19	45	1.75
27570527--27570565	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
27570768--27571009	50	4.8	49	79	7	193	24	26	21	27	1.99
27574789--27574850	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
27574789--27574851	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
27581267--27581467	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
27589397--27589597	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
27591163--27591224	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
27591163--27591225	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
27598613--27598650	20	1.9	20	88	0	58	23	18	31	26	1.97
27608060--27608125	29	2.4	27	82	10	80	13	19	0	66	1.24
27608089--27608190	18	5.5	18	74	9	80	7	18	2	70	1.24
27608101--27608190	6	14.7	6	71	3	63	6	17	3	72	1.21
27608060--27608215	12	13.6	12	69	18	64	11	18	1	67	1.30
27610755--27610793	20	2.0	20	89	0	60	28	17	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27617497--27617567	29	2.5	28	88	4	97	36	9	25	28	1.88
27629640--27629709	34	2.1	34	100	0	140	35	24	14	25	1.93
27634428--27634465	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
27634444--27634538	44	2.1	44	86	5	129	33	5	26	34	1.79
27634699--27634733	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27634843--27634884	15	2.9	15	82	10	52	50	0	0	50	1.00
27634586--27634900	155	2.0	157	93	1	544	43	2	5	47	1.40
27634840--27635025	54	3.2	54	67	24	153	48	4	1	44	1.33
27634832--27635129	120	2.5	121	91	4	469	49	4	2	42	1.37
27634953--27635004	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
27634832--27635141	59	5.3	54	65	23	162	50	4	2	42	1.36
27635113--27635278	47	3.6	46	70	15	137	49	2	3	45	1.30
27635072--27635322	91	2.6	98	76	14	268	50	2	2	44	1.29
27635136--27635352	91	2.4	91	89	3	303	48	3	3	45	1.34
27635170--27635245	27	2.9	26	78	17	68	52	2	1	43	1.23
27636759--27636785	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
27642085--27642223	39	3.5	39	75	12	113	40	23	20	16	1.91
27642282--27642495	41	5.2	40	76	7	180	19	24	25	30	1.98
27642282--27642495	82	2.6	81	77	5	216	19	24	25	30	1.98
27642427--27642559	41	3.2	41	81	6	128	25	24	25	24	2.00
27643559--27643588	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
27646318--27646353	15	2.5	15	90	4	56	11	16	8	63	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27646998--27647053	9	6.8	9	73	19	59	48	16	0	35	1.46
27646953--27647053	41	2.5	40	85	4	132	48	12	0	37	1.48
27647007--27647056	16	3.2	16	94	2	84	48	16	0	36	1.46
27652262--27652429	66	2.5	66	87	3	223	39	17	28	13	1.88
27652778--27653111	43	7.8	41	76	10	215	22	20	28	28	1.98
27653573--27653606	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
27653733--27653769	6	6.2	6	93	0	65	45	0	0	54	1.00
27656071--27656135	30	2.2	30	97	0	121	56	15	3	24	1.53
27660615--27660658	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
27660703--27660791	45	2.0	45	93	0	151	32	25	16	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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