genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  91  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28427096--28427136	19	2.3	18	83	8	57	46	7	2	43	1.44
28427338--28427393	21	2.7	21	86	2	69	41	1	1	55	1.21
28429543--28429620	25	3.2	25	77	18	85	38	23	2	35	1.68
28430944--28431000	20	2.8	20	89	0	78	22	29	0	47	1.52
28431693--28431833	35	4.0	35	88	0	201	38	27	14	19	1.91
28441017--28441074	20	2.9	20	79	5	64	32	17	29	20	1.95
28442644--28442677	17	2.0	17	100	0	68	23	17	11	47	1.81
28446265--28446425	29	5.6	29	77	5	173	39	14	26	19	1.90
28446259--28446464	58	3.5	57	75	5	198	38	14	25	21	1.91
28456396--28456485	34	2.6	34	81	6	101	21	23	25	30	1.99
28458799--28458834	18	2.0	18	100	0	72	16	22	22	38	1.93
28460297--28460337	18	2.3	19	83	12	59	4	17	2	75	1.08
28463122--28463207	34	2.5	33	81	5	100	25	18	25	30	1.98
28465341--28465431	34	2.7	34	78	0	101	23	19	25	31	1.98
28467693--28467728	18	2.0	18	100	0	72	16	22	22	38	1.93
28469193--28469238	6	7.7	6	83	9	58	6	15	0	78	0.95
28469193--28469238	18	2.6	18	86	10	67	6	15	0	78	0.95
28472050--28472123	34	2.2	34	85	4	96	28	18	22	29	1.98
28491632--28491675	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
28495406--28495489	25	3.4	24	75	8	71	30	17	5	45	1.73
28506136--28506195	29	2.1	29	100	0	120	41	20	15	23	1.89
28511471--28511504	18	1.9	17	88	5	50	61	14	5	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28511986--28512023	20	1.9	20	89	10	60	47	2	10	39	1.52
28512266--28512314	3	16.3	3	82	0	62	63	6	2	28	1.30
28517944--28517989	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
28519382--28519420	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
28519676--28519863	50	3.6	50	78	7	153	26	26	19	28	1.99
28527324--28527425	44	2.3	44	84	0	141	34	25	18	21	1.96
28527489--28527554	28	2.3	28	78	2	69	37	24	18	19	1.93
28527484--28527554	29	2.5	29	76	2	72	38	23	16	21	1.93
28528487--28528533	22	2.1	22	92	0	76	42	10	14	31	1.80
28544503--28544805	40	7.6	40	89	2	396	24	20	28	26	1.99
28550504--28550559	16	3.5	16	74	16	53	3	14	1	80	0.93
28550513--28550560	22	2.2	22	88	3	71	4	12	2	81	0.93
28552593--28552725	58	2.3	60	88	5	193	61	2	8	27	1.36
28554833--28554972	50	2.8	50	80	0	163	24	21	21	32	1.98
28554733--28554972	100	2.4	99	83	2	275	24	20	22	32	1.98
28554995--28556022	44	23.5	44	71	9	500	28	21	17	32	1.96
28554968--28555805	219	3.8	219	95	0	1469	28	21	18	32	1.96
28555551--28556021	175	2.7	174	88	2	653	28	21	18	32	1.96
28554966--28556022	438	2.4	438	88	2	1509	28	21	17	32	1.96
28555332--28556064	394	1.9	394	90	0	1180	28	21	18	32	1.96
28554966--28556022	219	4.8	216	90	1	1341	28	21	17	32	1.96
28556086--28556329	129	1.9	129	93	1	427	23	23	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28562025--28562157	58	2.3	58	87	5	180	60	3	8	27	1.40
28569122--28569314	50	3.7	50	81	5	208	27	19	28	24	1.98
28569563--28569601	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
28576314--28576561	50	4.8	52	77	6	197	27	21	27	23	1.99
28576863--28577079	107	2.0	107	97	0	407	27	9	11	51	1.68
28581802--28581986	101	1.8	101	89	3	291	23	17	27	31	1.97
28581796--28581988	51	3.8	50	83	6	239	23	16	27	32	1.96
28582212--28582243	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
28585762--28585864	34	3.0	34	98	0	197	47	6	16	29	1.72
28585763--28585852	18	5.2	18	62	20	57	50	5	15	28	1.67
28587064--28587243	57	3.0	59	74	11	197	31	21	9	37	1.85
28610785--28610842	28	2.1	28	93	0	98	43	22	17	17	1.88
28623428--28623456	13	2.1	14	93	6	51	79	6	6	6	1.06
28628967--28629010	22	2.0	22	100	0	88	27	0	27	45	1.54
28631498--28631526	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
28639037--28639125	29	3.0	29	69	9	72	56	3	6	33	1.42
28639072--28639104	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
28640107--28640190	42	2.0	42	100	0	168	35	2	11	50	1.52
28641186--28641237	19	2.8	19	88	2	79	32	1	0	65	1.04
28641185--28641245	9	6.4	10	74	14	58	31	1	1	65	1.12
28641184--28641244	19	3.3	18	78	13	70	32	1	1	63	1.13
28642162--28642328	82	2.0	83	98	1	327	45	15	13	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28642694--28642728	10	3.6	10	88	7	54	71	5	0	22	1.07
28648203--28648282	24	3.3	24	75	8	74	22	6	0	71	1.08
28654684--28654734	3	16.7	3	77	18	52	27	0	0	72	0.85
28654699--28654734	7	5.4	7	90	9	58	27	0	0	72	0.85
28654686--28654733	23	2.0	24	88	11	73	25	0	0	75	0.81
28657495--28657548	3	18.0	3	96	0	99	33	1	0	64	1.04
28659060--28659107	6	7.7	6	78	17	53	12	0	6	81	0.87
28659060--28659107	11	3.8	12	75	20	53	12	0	6	81	0.87
28666726--28666754	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
28669138--28669190	14	3.7	14	77	5	61	79	1	0	18	0.83
28669138--28669185	23	2.1	23	84	7	62	79	2	0	18	0.84
28669161--28669202	20	2.1	20	91	8	68	71	2	0	26	0.98
28669502--28669545	11	3.8	11	88	8	61	65	4	0	29	1.12
28671442--28671493	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
28679087--28679148	31	2.0	31	93	0	106	29	20	24	25	1.99
28682580--28682636	27	2.1	27	90	0	87	28	29	17	24	1.97
28693203--28693296	46	2.0	46	91	0	152	48	19	8	23	1.75
28693610--28693653	3	14.7	3	80	0	52	2	27	6	63	1.31
28698843--28699088	50	4.9	50	86	0	305	22	31	19	25	1.98
28699106--28699201	44	2.2	44	94	1	165	26	20	12	40	1.88
28707754--28707835	41	2.0	42	85	2	112	34	26	24	14	1.94
28708684--28708731	25	1.9	25	82	0	60	20	33	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28721127--28721152	7	3.7	7	100	0	52	15	0	69	15	1.20
28721153--28721212	30	2.0	31	83	3	77	41	0	36	21	1.54
28729001--28729043	15	2.9	15	83	13	54	32	0	20	46	1.51
28729079--28729216	39	3.5	39	93	2	224	32	2	19	45	1.62
28729102--28729193	8	11.8	8	71	13	57	32	1	18	47	1.56
28732165--28732237	30	2.5	28	80	12	83	64	2	1	31	1.16
28732516--28732562	20	2.3	20	85	7	60	29	8	34	27	1.87
28732713--28732745	15	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
28732707--28732747	14	2.9	15	82	7	50	36	0	0	63	0.95
28732732--28732770	18	2.2	18	86	4	53	58	2	0	38	1.12
28732997--28733045	24	2.0	24	92	0	80	71	10	14	4	1.27
28733374--28733408	18	1.9	18	88	0	52	65	11	2	20	1.37
28733988--28734033	17	2.9	16	78	12	51	47	4	0	47	1.21
28734001--28734072	23	3.5	19	75	20	65	44	2	0	52	1.15
28734003--28734050	23	2.2	23	88	7	73	43	4	0	52	1.20
28734012--28734057	23	2.0	23	95	0	83	36	4	0	58	1.18
28734449--28734483	17	2.1	17	88	0	52	34	5	20	40	1.76
28750369--28750404	19	1.9	19	88	5	56	19	13	5	61	1.52
28751769--28751822	3	18.0	3	96	0	90	33	3	0	62	1.12
28758162--28758470	44	6.9	44	70	9	113	33	17	20	29	1.95
28758748--28758952	44	4.7	44	68	8	159	31	17	20	30	1.96
28758742--28759024	129	2.2	129	82	3	363	31	18	19	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28772966--28773006	18	2.3	18	100	0	82	29	21	9	39	1.86
28773523--28774143	307	2.0	307	94	1	1084	24	24	11	38	1.89
28774967--28775038	36	2.0	36	97	0	135	18	27	16	37	1.92
28779285--28779315	16	2.0	15	93	6	53	35	6	12	45	1.68
28779348--28779372	7	3.6	7	100	0	50	36	0	16	48	1.46
28779407--28779431	12	2.1	12	100	0	50	32	24	20	24	1.98
28779401--28779448	17	3.1	17	75	25	61	29	18	27	25	1.98
28797063--28797146	37	2.3	37	89	4	125	25	9	27	38	1.87
28802344--28802473	53	2.4	55	81	7	149	69	5	13	11	1.35
28804604--28805189	87	6.7	87	90	0	897	29	23	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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