genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9190712--9190753	18	2.3	18	91	0	75	47	23	0	28	1.52
9190786--9190863	18	4.5	17	76	7	68	48	26	0	24	1.51
9191008--9191085	35	2.3	34	88	4	113	42	29	1	26	1.63
9191072--9191113	18	2.3	18	91	0	75	47	23	0	28	1.52
9191044--9191523	47	9.1	47	74	21	366	45	26	0	27	1.57
9191177--9191218	18	2.3	18	91	0	66	47	21	0	30	1.51
9191252--9191325	18	4.5	18	65	22	63	45	27	1	25	1.61
9191395--9191436	18	2.3	18	91	0	66	50	21	0	28	1.49
9191588--9191628	18	2.3	18	95	0	73	51	21	0	26	1.48
9191635--9191676	18	2.3	18	91	0	66	47	21	0	30	1.51
9191559--9191689	47	2.8	47	95	0	226	45	25	0	29	1.53
9191738--9191772	18	1.9	18	94	0	61	37	8	2	51	1.47
9191688--9191873	65	3.0	61	71	19	179	39	9	4	46	1.57
9191684--9191807	55	2.2	55	85	7	162	37	9	4	48	1.55
9194967--9195316	124	2.8	124	96	0	630	31	21	16	30	1.95
9195613--9195675	29	2.2	29	82	0	72	41	7	12	38	1.73
9199078--9199143	31	2.2	30	86	13	91	45	0	0	54	0.99
9200143--9200186	18	2.5	17	80	20	54	75	0	0	25	0.81
9200112--9200184	22	3.0	26	75	19	84	71	1	1	26	1.02
9203911--9204054	51	2.8	50	82	8	175	31	23	14	30	1.94
9211442--9211633	51	3.8	49	79	8	208	31	25	14	29	1.94
9219176--9219366	51	3.8	50	75	6	188	32	28	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9219178--9219362	101	1.8	101	88	3	282	32	27	15	24	1.95
9224815--9224892	27	2.9	27	74	11	79	52	26	2	17	1.58
9224900--9224929	14	2.1	14	93	0	51	16	6	30	46	1.73
9224960--9225014	26	2.1	26	83	6	67	21	12	27	38	1.90
9225480--9225552	19	3.8	19	96	0	137	36	9	16	36	1.81
9225544--9225589	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
9225512--9225589	19	3.7	23	80	9	62	37	5	16	41	1.71
9235334--9235367	17	1.9	18	88	5	52	20	17	26	35	1.95
9245809--9245978	27	6.4	25	71	9	115	16	16	32	34	1.91
9245809--9245978	80	2.1	80	87	2	252	16	16	32	34	1.91
9262746--9263255	217	2.4	217	91	1	826	28	23	20	28	1.98
9262746--9263217	44	10.9	43	71	15	240	28	23	20	28	1.99
9271428--9271473	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
9279975--9280099	23	5.6	22	77	10	112	43	24	19	12	1.86
9279975--9280077	44	2.3	45	83	8	129	44	23	18	13	1.85
9280954--9281001	24	2.0	24	100	0	96	54	4	12	29	1.56
9293445--9293501	29	2.0	29	82	6	71	42	8	17	31	1.80
9294891--9294996	46	2.3	46	78	0	131	32	23	14	30	1.94
9295336--9295366	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
9297116--9297143	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
9305706--9305775	30	2.3	31	80	9	81	41	17	14	27	1.87
9313888--9313962	26	2.9	26	70	7	62	29	45	14	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9325774--9325822	17	2.9	16	74	14	53	42	0	12	44	1.41
9327972--9328565	104	5.7	103	84	1	713	30	17	14	36	1.91
9327972--9328565	208	2.9	208	85	4	786	30	17	14	36	1.91
9327975--9328565	312	1.9	312	85	2	819	30	17	15	36	1.91
9331871--9331900	15	2.0	15	93	0	51	23	26	10	40	1.86
9334731--9334774	19	2.5	18	85	10	56	43	4	0	52	1.22
9334935--9334981	16	2.9	16	72	15	51	31	0	0	68	0.90
9341852--9341900	17	2.9	16	74	14	53	42	0	12	44	1.41
9344050--9344643	104	5.7	103	84	1	713	30	17	14	36	1.91
9344050--9344643	208	2.9	208	85	4	786	30	17	14	36	1.91
9344053--9344643	312	1.9	312	85	2	819	30	17	15	36	1.91
9347949--9347978	15	2.0	15	93	0	51	23	26	10	40	1.86
9350809--9350852	19	2.5	18	85	10	56	43	4	0	52	1.22
9351013--9351059	16	2.9	16	72	15	51	31	0	0	68	0.90
9356268--9356307	21	1.9	21	89	0	62	30	32	12	25	1.92
9358411--9358663	46	5.6	46	89	3	372	34	15	21	28	1.94
9365585--9365792	46	4.6	46	90	1	323	34	15	21	28	1.94
9368289--9368457	29	5.9	28	80	8	164	26	12	23	37	1.90
9377239--9377265	6	4.5	6	100	0	54	18	0	14	66	1.25
9381757--9381786	9	3.4	9	95	4	53	50	0	20	30	1.49
9386835--9386859	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
9386844--9386888	18	2.4	19	85	7	56	15	2	4	77	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9386837--9386879	12	3.6	12	87	0	50	11	0	6	81	0.87
9388024--9388062	20	2.0	19	85	5	51	30	7	2	58	1.39
9390453--9390732	150	1.9	149	83	3	366	22	28	21	28	1.99
9390453--9390736	50	5.7	50	84	2	331	22	27	21	28	1.99
9395433--9395460	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9397107--9397401	68	4.3	67	78	4	270	34	17	22	26	1.96
9397113--9397394	136	2.1	137	82	5	331	34	18	21	25	1.96
9406454--9406484	5	6.2	5	92	0	53	64	0	35	0	0.94
9410344--9410386	20	2.0	21	86	8	61	25	18	27	27	1.98
9422750--9422803	16	3.3	16	74	5	63	35	25	12	25	1.92
9422746--9422811	33	2.0	33	100	0	132	36	24	12	27	1.91
9424520--9424647	70	1.9	69	82	6	163	43	10	10	34	1.75
9427094--9427195	23	4.4	23	84	0	114	42	25	16	15	1.88
9427094--9427195	46	2.2	46	82	0	132	42	25	16	15	1.88
9427212--9427401	23	8.3	23	69	4	105	42	20	15	21	1.88
9427212--9427457	46	5.3	46	85	0	260	42	20	14	22	1.88
9427392--9427454	23	2.7	23	73	9	65	41	20	14	23	1.89
9428756--9428959	29	7.0	29	75	5	153	38	13	25	22	1.91
9428756--9428929	87	2.0	87	85	4	235	38	14	25	21	1.91
9428816--9428959	58	2.5	58	85	3	182	38	13	25	22	1.91
9436624--9436662	18	2.1	18	95	4	69	15	35	10	38	1.81
9444952--9444977	12	2.2	12	100	0	52	42	26	15	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9445167--9445218	24	2.2	24	93	3	88	53	23	7	15	1.67
9446561--9446632	29	2.4	30	80	11	85	40	6	12	40	1.70
9446622--9446680	31	1.9	31	85	0	82	33	11	13	40	1.81
9448155--9448203	25	1.9	26	84	12	66	28	2	8	61	1.36
9454487--9455304	110	7.6	106	87	5	989	58	14	0	26	1.42
9454498--9455304	217	3.8	215	87	5	1031	57	14	0	26	1.42
9455024--9455304	103	2.8	100	83	8	383	58	13	0	27	1.41
9455388--9455441	23	2.3	23	87	0	72	1	33	0	64	1.04
9455736--9455788	25	2.1	26	85	3	72	60	0	1	37	1.08
9457204--9457253	11	4.7	11	85	4	68	58	2	2	38	1.21
9457162--9457253	22	4.6	20	77	14	84	57	4	1	36	1.26
9457204--9457261	22	2.7	21	82	10	73	58	1	1	37	1.18
9463847--9463883	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
9464032--9464082	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
9464071--9464104	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
9465187--9465282	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
9470375--9470411	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
9470559--9470609	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
9470598--9470631	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
9471725--9471820	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
9473293--9473332	14	2.8	15	85	14	50	42	17	12	27	1.85
9492735--9492889	83	1.9	83	91	0	256	28	12	25	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9496552--9496647	38	2.5	38	94	0	165	34	19	20	25	1.96
9496552--9496662	38	2.9	37	85	5	143	36	18	18	26	1.95
9502813--9502910	38	2.6	37	81	3	115	39	1	8	51	1.39
9523638--9523918	44	6.5	44	72	5	169	26	20	21	31	1.98
9523731--9523963	129	1.8	129	88	0	358	27	19	22	30	1.98
9523763--9523962	44	4.7	41	72	11	152	27	20	22	30	1.98
9523727--9523996	129	2.1	127	84	4	355	25	21	22	30	1.99
9524125--9524375	89	2.8	91	82	6	314	27	25	22	25	2.00
9538698--9538731	16	2.2	16	89	5	52	5	2	32	58	1.37
9539420--9539451	9	3.4	10	87	12	50	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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