genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220534--2220597	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
2220541--2220597	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
2227403--2227551	69	2.1	71	88	4	223	30	29	16	22	1.96
2227471--2227693	104	2.2	104	91	2	360	31	31	18	17	1.95
2228027--2228091	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
2228034--2228091	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
2237056--2237119	32	2.0	32	100	0	128	21	34	12	31	1.91
2237766--2237968	112	1.8	113	83	1	273	22	11	30	35	1.89
2245390--2245429	20	2.0	20	85	9	55	30	5	5	60	1.40
2245383--2245431	23	2.1	23	85	7	64	30	4	4	61	1.33
2247529--2247559	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2247631--2247656	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2249768--2249826	23	2.7	21	77	12	64	49	15	20	15	1.80
2254621--2254676	21	2.6	22	88	5	87	46	37	3	12	1.59
2258016--2258068	27	2.0	27	88	0	79	64	3	0	32	1.12
2281517--2281565	25	2.0	25	84	8	64	46	0	2	51	1.12
2281984--2282322	19	18.5	19	67	24	169	30	0	13	54	1.45
2281987--2282343	22	15.9	22	75	19	289	30	0	13	54	1.45
2281958--2282311	60	6.1	60	71	17	188	30	0	13	54	1.45
2282025--2282391	49	7.5	49	75	15	273	30	0	14	53	1.46
2282109--2282343	27	9.8	24	80	16	242	30	0	14	54	1.45
2282129--2282396	97	2.8	97	91	3	416	29	1	14	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282384--2282505	60	2.0	60	84	3	156	30	1	14	53	1.51
2282539--2282620	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
2282657--2282698	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
2284321--2284359	12	3.2	12	88	0	60	35	35	25	2	1.70
2284321--2284359	6	6.5	6	82	11	53	35	35	25	2	1.70
2284326--2284360	18	1.9	18	94	0	61	37	34	25	2	1.71
2287672--2287724	22	2.3	23	84	12	74	1	30	1	66	1.13
2295080--2295108	14	2.1	14	100	0	58	37	20	6	34	1.80
2295239--2295271	14	2.4	14	90	5	50	42	3	3	51	1.32
2296859--2296897	18	2.1	19	86	13	55	35	12	15	35	1.86
2304200--2304251	25	2.1	25	100	0	104	42	11	23	23	1.86
2306553--2306616	29	2.2	28	83	8	76	34	3	0	62	1.11
2307467--2307552	43	2.0	43	95	0	154	43	8	16	32	1.77
2309061--2309123	13	4.8	13	75	7	65	49	1	6	42	1.37
2309418--2309456	19	2.0	20	85	5	53	38	0	0	61	0.96
2311848--2311883	12	3.1	12	96	4	65	63	0	0	36	0.94
2314162--2314258	18	5.4	18	86	0	131	27	20	17	34	1.95
2320244--2320289	21	2.3	19	81	7	56	30	2	2	65	1.16
2321259--2321369	37	3.1	37	63	21	101	63	1	18	16	1.39
2321296--2321401	32	3.2	32	63	21	81	65	0	22	11	1.31
2321242--2321454	69	3.1	69	97	0	399	63	1	20	15	1.38
2322210--2322256	23	2.1	22	88	4	67	63	2	4	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322233--2322264	14	2.3	15	89	10	50	71	0	3	25	1.00
2328828--2328891	31	2.1	31	82	8	78	43	1	0	54	1.09
2328886--2328922	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
2330650--2330699	23	2.3	23	89	6	77	50	0	4	46	1.20
2330731--2330771	14	3.1	14	75	13	50	46	0	0	53	1.00
2338454--2338497	22	2.1	21	87	8	63	45	13	15	25	1.83
2344409--2344449	20	2.0	20	100	0	82	36	4	14	43	1.67
2344447--2344489	22	2.0	22	86	9	61	34	0	23	41	1.55
2363409--2363654	50	5.1	50	66	9	150	30	20	25	23	1.99
2363401--2363588	92	2.0	92	89	0	286	33	19	23	22	1.97
2363805--2363938	44	3.0	44	78	4	135	28	14	24	32	1.94
2363831--2363940	44	2.5	44	83	1	139	30	13	24	30	1.94
2365377--2365415	20	2.0	20	90	5	62	15	7	7	69	1.35
2365465--2365497	15	2.1	16	88	5	50	27	3	3	66	1.21
2367749--2367774	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
2369313--2369348	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
2369432--2369521	41	2.4	35	72	17	81	54	1	0	44	1.07
2376405--2376435	14	2.2	14	100	0	62	38	16	0	45	1.47
2381614--2381641	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2383422--2383454	3	11.3	3	93	6	59	0	30	33	36	1.58
2389686--2389736	15	3.5	15	72	5	50	23	13	13	49	1.78
2395746--2395777	2	16.0	2	93	0	55	3	0	50	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399723--2399789	30	2.2	30	81	7	82	43	14	10	31	1.80
2416113--2416141	14	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
2417093--2417151	30	2.0	30	82	0	73	44	8	6	40	1.61
2417778--2417827	21	2.3	22	79	3	66	60	14	16	10	1.59
2418868--2419100	116	2.0	116	100	0	466	30	14	11	44	1.80
2424304--2424421	39	2.9	38	80	18	141	61	0	3	33	1.18
2424302--2424373	11	6.7	11	78	10	60	58	0	2	38	1.13
2424316--2424422	39	2.6	40	89	5	153	63	0	2	32	1.15
2424615--2424693	28	2.8	26	72	14	68	36	10	5	48	1.59
2425442--2425471	14	2.1	15	93	6	53	40	3	0	56	1.16
2434432--2434476	23	2.0	24	86	8	67	35	15	0	48	1.45
2436010--2436041	5	6.6	5	92	7	57	59	0	0	40	0.97
2436010--2436041	14	2.2	15	94	5	57	59	0	0	40	0.97
2437487--2437515	13	2.2	13	100	0	58	24	20	27	27	1.99
2442863--2442930	29	2.3	30	80	12	79	41	11	8	38	1.73
2444572--2444632	20	3.0	20	78	2	68	55	3	3	37	1.32
2445201--2445238	20	1.9	20	94	0	67	36	2	0	60	1.11
2457202--2457255	21	2.6	21	85	11	76	66	1	3	27	1.19
2457206--2457255	20	2.4	21	83	12	68	66	2	4	28	1.21
2462759--2462913	77	2.0	77	100	0	310	25	12	27	33	1.93
2462909--2462954	19	2.4	19	92	3	74	23	15	17	43	1.87
2463385--2463455	19	3.6	19	68	11	54	45	5	4	45	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465115--2465304	43	4.5	42	85	2	263	26	31	17	24	1.97
2465115--2465304	85	2.2	86	88	0	283	26	31	17	24	1.97
2465437--2465470	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
2477935--2477974	19	2.1	18	86	9	53	32	5	2	60	1.32
2483636--2483702	31	2.2	31	86	0	89	32	8	13	44	1.75
2488004--2488080	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
2493162--2493210	25	2.0	25	87	0	71	40	0	0	59	0.98
2493171--2493200	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
2494530--2494583	25	2.1	26	83	10	67	40	9	5	44	1.60
2502524--2502581	27	2.2	26	82	14	66	50	0	0	50	1.00
2502749--2502780	7	4.7	7	96	3	57	0	15	0	84	0.63
2504811--2504853	16	2.5	18	85	7	54	25	0	2	72	0.97
2510288--2510326	15	2.7	15	84	4	53	41	0	2	56	1.13
2511490--2511566	38	2.0	38	92	5	129	45	10	2	41	1.52
2517282--2517383	42	2.4	42	77	6	98	45	17	20	16	1.86
2519233--2519265	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
2519323--2519357	18	1.9	18	88	11	54	40	0	2	57	1.14
2519393--2519427	18	1.9	18	88	0	52	57	2	0	40	1.14
2526748--2526787	18	2.2	18	86	0	53	65	0	5	30	1.14
2527256--2527465	68	3.1	68	95	1	370	45	9	4	40	1.57
2527354--2527381	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2527454--2527495	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2529001--2529045	2	22.5	2	86	8	65	48	4	0	46	1.22
2530413--2530437	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2532814--2532866	28	2.0	28	85	7	74	45	3	0	50	1.19
2540688--2540750	18	3.8	18	64	20	55	33	9	42	14	1.78
2554562--2554612	19	2.6	20	84	3	59	66	3	0	29	1.09
2555768--2555827	27	2.1	27	90	6	93	41	6	3	48	1.46
2555776--2555838	27	2.3	28	83	8	85	47	6	3	42	1.44
2558466--2558508	22	1.9	23	85	4	61	58	6	0	34	1.25
2563358--2563744	139	2.8	137	82	3	467	25	14	11	48	1.76
2566953--2566989	18	2.1	18	94	0	65	32	10	13	43	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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