genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21320181--21320307	38	3.3	37	78	8	112	30	7	9	52	1.60
21320618--21320668	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
21320643--21320730	40	2.2	40	93	0	149	31	22	1	44	1.61
21321888--21321912	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
21323008--21323106	44	2.2	44	89	3	146	40	0	11	48	1.39
21323167--21323712	23	22.6	23	77	17	506	45	23	1	29	1.62
21323206--21323270	21	3.0	20	84	10	76	47	24	0	27	1.52
21323215--21323319	50	2.1	51	94	1	185	46	29	0	23	1.53
21323229--21323541	80	4.3	69	84	11	201	45	23	1	29	1.61
21323381--21323445	34	1.9	34	96	0	121	47	23	0	29	1.52
21323718--21323935	116	1.9	116	95	0	391	38	8	9	43	1.68
21323911--21323952	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
21326965--21327315	126	2.8	125	85	4	521	33	22	15	28	1.95
21327617--21327656	12	3.7	12	75	25	52	32	7	10	50	1.64
21328251--21328328	38	2.1	38	95	0	138	38	2	10	48	1.51
21328262--21328322	19	3.2	19	67	17	54	34	1	9	54	1.44
21331364--21331432	34	2.0	34	100	0	138	28	23	14	33	1.94
21335848--21335955	56	1.9	55	90	1	171	38	8	12	40	1.72
21337613--21337641	15	1.9	15	100	0	58	44	13	20	20	1.85
21338059--21338120	31	2.0	31	84	6	81	61	1	11	25	1.39
21338087--21338122	17	2.1	18	89	5	56	61	0	8	30	1.26
21343816--21344231	96	4.4	95	93	3	669	32	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21343816--21344231	47	8.7	47	93	3	665	32	8	30	29	1.87
21344349--21344425	37	2.1	37	90	0	118	23	18	32	25	1.97
21346928--21347035	56	1.9	55	88	1	162	35	7	15	41	1.75
21349513--21349579	33	2.0	33	83	11	84	55	13	8	22	1.66
21354228--21354396	45	3.8	45	79	4	162	39	18	19	22	1.92
21354226--21354396	90	1.9	90	81	4	211	39	18	19	22	1.93
21355299--21355352	20	2.7	20	97	0	99	53	3	22	20	1.61
21360570--21360599	9	3.3	9	90	0	51	46	0	43	10	1.37
21363253--21363293	21	2.0	21	85	9	57	17	26	24	31	1.97
21373137--21373480	102	3.4	102	89	2	489	29	15	25	29	1.96
21373137--21373474	51	6.7	50	82	3	385	28	15	26	29	1.96
21379342--21379371	16	1.9	15	93	6	51	46	6	3	43	1.46
21380429--21380503	37	2.0	37	100	0	150	32	2	21	44	1.66
21380978--21381080	35	2.9	35	91	2	154	14	16	31	37	1.89
21383194--21383234	21	2.0	21	90	0	64	26	2	7	63	1.33
21384829--21384976	55	2.6	56	86	7	192	35	3	4	56	1.35
21384829--21384977	59	2.7	55	81	10	151	35	3	4	57	1.34
21386404--21386470	29	2.2	29	84	5	80	52	14	10	22	1.72
21386516--21386589	18	4.3	18	76	10	64	44	10	0	44	1.39
21390620--21390689	32	2.2	33	81	2	79	52	8	7	31	1.59
21390631--21390712	34	2.5	32	84	9	103	48	7	6	37	1.56
21391925--21391985	29	2.1	29	84	9	79	52	3	6	37	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21394026--21394050	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
21395687--21395902	41	5.3	41	83	4	204	31	19	25	23	1.98
21395709--21395901	82	2.4	82	84	3	237	31	19	26	22	1.98
21398299--21398343	23	1.9	24	95	4	83	37	0	0	62	0.96
21398407--21398576	59	2.9	59	98	0	322	44	9	5	40	1.59
21398591--21398628	16	2.4	16	90	0	58	42	7	2	47	1.46
21398602--21398663	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
21401546--21401604	29	2.0	29	87	6	84	37	8	15	38	1.78
21409297--21409373	32	2.5	31	82	4	91	20	15	33	29	1.94
21410017--21410568	42	13.3	42	86	1	754	38	23	17	21	1.93
21411961--21412056	42	2.3	42	81	1	102	33	23	16	26	1.96
21411989--21412097	44	2.5	44	83	2	132	29	28	18	23	1.98
21411941--21412097	43	3.7	42	73	9	120	29	26	19	24	1.98
21413188--21413212	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
21413600--21413652	12	4.3	12	83	4	70	5	13	1	79	0.99
21413600--21413652	25	2.2	24	93	3	88	5	13	1	79	0.99
21426803--21427084	150	1.9	150	84	4	381	42	9	6	42	1.61
21426780--21427107	150	2.2	151	78	8	364	42	9	5	42	1.60
21432120--21432159	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
21432119--21432166	21	2.3	21	85	0	69	25	14	29	31	1.95
21439076--21439112	16	2.3	16	90	0	56	37	32	10	18	1.86
21439268--21439351	41	2.0	41	90	0	132	26	28	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21446033--21446069	5	7.6	5	93	6	51	0	13	0	86	0.57
21450722--21450755	17	2.0	17	100	0	68	41	23	17	17	1.90
21455464--21455503	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
21459154--21459201	24	2.0	24	87	0	69	14	14	31	39	1.86
21464353--21464404	27	1.9	27	100	0	104	42	3	15	38	1.65
21465882--21465937	16	3.5	16	80	4	69	41	7	23	28	1.80
21465919--21466010	44	2.1	44	85	6	123	35	3	21	39	1.70
21466124--21466153	7	4.3	7	91	0	51	66	0	0	33	0.92
21466108--21466153	14	3.3	14	84	9	58	60	0	2	36	1.09
21466246--21466298	23	2.3	22	78	12	54	64	5	0	30	1.17
21471203--21471518	46	7.6	44	87	9	324	30	21	12	35	1.91
21471338--21471477	36	3.9	36	97	0	253	32	20	10	37	1.85
21474408--21474516	42	2.6	42	79	13	134	26	27	20	25	1.99
21483280--21483315	19	2.0	18	89	10	56	66	0	0	33	0.92
21483288--21483399	20	5.8	19	68	8	66	60	0	3	34	1.20
21483274--21483399	9	13.6	9	70	11	58	63	0	3	32	1.16
21483592--21483655	21	3.1	21	72	17	55	25	12	1	60	1.40
21483621--21483663	21	2.0	21	82	8	52	30	13	0	55	1.39
21483671--21483725	19	2.9	19	86	10	69	27	1	1	69	1.09
21483660--21483724	28	2.2	30	78	13	73	30	1	3	64	1.18
21500014--21500040	12	2.2	12	100	0	54	88	11	0	0	0.50
21502384--21502413	13	2.3	13	94	0	51	60	10	6	23	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21502637--21502672	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
21506308--21506424	20	5.9	20	68	6	85	41	19	27	11	1.85
21509237--21509276	21	1.9	21	84	0	53	50	7	20	22	1.73
21516970--21517194	112	2.0	112	97	1	425	55	8	21	15	1.66
21519522--21519563	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
21528475--21528629	85	1.8	84	88	1	238	22	17	27	32	1.96
21528466--21528630	41	3.9	41	78	10	145	24	16	26	32	1.96
21531270--21531479	103	2.0	104	88	4	318	37	11	10	40	1.77
21531847--21531884	18	2.1	19	90	5	60	60	0	23	15	1.35
21550543--21550705	30	5.4	29	80	10	134	38	12	26	22	1.90
21550515--21550734	90	2.5	90	83	8	261	38	12	25	23	1.90
21553707--21553785	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21553903--21554424	47	11.1	47	93	0	767	27	30	9	31	1.89
21553947--21554424	187	2.5	188	91	1	787	28	29	10	31	1.89
21553947--21554424	234	2.0	236	91	1	771	28	29	10	31	1.89
21561963--21562152	30	6.4	30	79	7	156	36	14	26	21	1.92
21562020--21562212	30	6.4	30	77	8	151	38	13	26	20	1.90
21561963--21562154	60	3.2	59	74	8	185	36	14	27	21	1.92
21561995--21562184	90	2.1	90	85	5	260	36	14	27	20	1.92
21561996--21562180	60	3.1	59	73	10	187	37	15	27	20	1.92
21561996--21562241	90	2.7	89	80	9	243	38	14	26	21	1.91
21574486--21574537	27	1.9	27	92	0	86	32	15	15	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21585169--21585217	19	2.6	19	90	0	80	30	22	26	20	1.98
21586017--21586136	38	3.2	38	91	2	188	34	30	19	16	1.94
21589895--21590659	382	2.0	379	85	2	1032	31	20	15	32	1.94
21598221--21598250	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
21599450--21599557	41	2.8	37	77	18	96	17	9	1	71	1.21
21604256--21604774	47	10.9	47	95	2	878	31	8	30	29	1.87
21604893--21604971	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21610145--21610223	37	2.1	37	83	4	97	24	29	20	26	1.99
21610342--21610873	47	11.3	47	95	0	929	29	30	8	31	1.86
21610558--21610680	22	5.3	22	62	11	66	29	31	9	29	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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