genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  85  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26249225--26249339	54	2.1	54	84	6	144	22	20	25	31	1.98
26261961--26262071	51	2.2	50	87	4	152	36	17	18	27	1.93
26262183--26262254	35	2.0	36	83	2	92	41	13	18	26	1.87
26263877--26264062	40	4.7	40	86	5	218	26	26	21	25	1.99
26271326--26271436	51	2.2	50	87	4	152	36	17	18	27	1.93
26271547--26271618	35	2.0	36	83	2	92	41	13	18	26	1.87
26273237--26273421	40	4.7	40	85	6	209	26	27	21	24	1.99
26338232--26338355	26	4.8	26	89	0	176	33	27	12	25	1.93
26344417--26344449	14	2.4	14	90	10	50	87	9	3	0	0.63
26345802--26345848	25	1.9	24	83	12	60	55	6	2	36	1.37
26348455--26348513	23	2.8	21	82	12	59	28	3	3	64	1.26
26350862--26350931	26	2.7	26	84	0	95	28	27	21	22	1.99
26353223--26353252	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
26368467--26368518	25	2.1	25	100	0	104	26	11	7	53	1.63
26368465--26368527	25	2.6	25	89	2	83	23	15	6	53	1.65
26370774--26370984	42	5.0	42	79	10	243	36	25	16	21	1.94
26370774--26370983	84	2.5	84	93	1	350	37	25	16	21	1.93
26370989--26371127	51	2.7	50	80	5	163	31	28	18	21	1.97
26383312--26383457	50	2.9	50	77	0	130	23	28	19	28	1.98
26389596--26389641	23	2.0	23	100	0	92	39	17	13	30	1.87
26392835--26392950	25	4.7	24	75	13	74	31	20	22	25	1.98
26392841--26392951	50	2.2	51	87	4	156	31	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26397762--26397814	6	8.8	6	87	0	61	16	58	18	5	1.58
26401087--26401120	16	2.1	16	100	0	68	38	17	5	38	1.74
26406871--26406930	26	2.4	25	91	8	95	41	13	5	40	1.66
26406880--26406930	26	2.0	26	100	0	102	39	11	5	43	1.66
26408472--26408635	28	6.0	26	85	3	157	42	11	21	25	1.86
26408449--26408635	55	3.4	54	83	7	225	41	11	21	25	1.86
26408449--26408635	27	6.8	27	82	3	205	41	11	21	25	1.86
26410114--26410289	50	3.5	50	83	5	189	22	27	22	27	1.99
26410155--26410346	50	3.7	51	82	8	210	23	29	21	25	1.99
26432447--26432624	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
26432447--26432624	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
26432468--26432623	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26440350--26440527	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
26440350--26440527	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
26440371--26440526	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26455053--26455236	42	4.4	42	79	7	185	35	23	17	22	1.96
26455599--26455657	30	2.0	30	86	0	82	30	25	10	33	1.89
26457806--26457965	44	3.6	44	84	5	189	32	24	16	26	1.96
26459248--26459342	47	2.0	47	95	0	172	42	7	24	26	1.80
26459521--26459564	17	2.6	17	85	0	61	50	4	2	43	1.35
26462444--26462493	25	2.0	25	88	0	73	36	16	22	26	1.94
26474689--26474820	65	2.0	65	100	0	264	32	12	22	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26480143--26480328	40	4.7	40	75	5	144	30	16	22	30	1.96
26480149--26480299	79	1.9	79	83	2	196	31	16	22	29	1.96
26482547--26482855	154	2.0	146	81	7	341	31	19	20	29	1.97
26482460--26482855	146	2.6	147	78	7	343	30	19	20	29	1.97
26483031--26483075	7	6.4	7	86	0	54	28	4	20	46	1.69
26483321--26483481	7	22.7	7	73	7	83	17	3	34	44	1.66
26483375--26483453	22	3.6	22	81	5	81	20	5	37	36	1.75
26483891--26483959	24	3.0	22	73	17	68	21	39	1	37	1.63
26484027--26484051	13	1.9	13	100	0	50	20	32	16	32	1.94
26484086--26484133	24	2.0	24	95	0	87	20	4	10	64	1.41
26486008--26486164	9	17.9	9	79	11	157	46	15	0	36	1.51
26486008--26486164	17	8.9	18	78	11	157	46	15	0	36	1.51
26486008--26486164	26	6.0	27	77	12	157	46	15	0	36	1.51
26490719--26490761	14	2.9	15	83	16	63	30	2	11	55	1.48
26490909--26491088	41	4.4	41	78	4	159	21	23	21	33	1.97
26490936--26490967	16	2.0	16	93	0	55	18	28	25	28	1.98
26495497--26495582	40	2.2	40	97	0	163	54	8	6	30	1.56
26499232--26499315	43	2.0	42	85	2	114	50	2	21	26	1.61
26513784--26513928	30	4.8	30	78	0	155	28	26	11	33	1.91
26513784--26513927	60	2.4	60	85	0	207	27	26	11	34	1.91
26521305--26522569	50	25.3	50	68	7	605	23	21	24	30	1.99
26521278--26522569	100	12.9	100	87	1	1430	23	21	24	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26522676--26522962	44	6.5	44	72	10	228	29	20	19	31	1.97
26522563--26522962	219	1.8	219	91	1	667	29	20	18	32	1.96
26524329--26524362	7	4.7	7	92	3	50	11	17	0	70	1.16
26524319--26524361	14	3.1	14	86	6	52	13	20	0	65	1.27
26536714--26536813	28	3.6	28	94	4	168	52	0	6	42	1.26
26537183--26537208	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
26545361--26545563	33	5.6	33	70	19	154	23	19	25	32	1.97
26545396--26545606	33	5.4	41	70	21	186	23	18	25	32	1.97
26545357--26545643	75	3.8	75	90	2	432	23	19	25	31	1.98
26552441--26552623	9	19.2	9	66	19	52	63	2	4	29	1.28
26552482--26552563	29	2.8	30	75	10	73	69	2	2	25	1.13
26552521--26552601	20	4.1	19	72	20	60	66	1	6	25	1.22
26552791--26552822	17	1.9	17	93	6	57	15	0	6	78	0.95
26552821--26552876	21	2.7	21	86	2	69	39	0	1	58	1.08
26552989--26553271	90	3.1	87	81	10	304	32	10	18	37	1.86
26554962--26555019	28	2.1	28	100	0	116	55	8	10	25	1.62
26555871--26556033	76	2.1	78	80	12	185	40	0	31	27	1.61
26565917--26566074	48	3.3	48	88	1	219	36	6	19	37	1.77
26573666--26573735	27	2.6	27	90	2	113	37	10	11	41	1.75
26576313--26576366	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
26576313--26576386	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
26576313--26576377	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26588955--26589006	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26589071--26589105	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
26588900--26589242	120	2.9	120	97	0	641	42	2	6	49	1.39
26588903--26589210	61	5.1	61	68	16	255	41	1	6	49	1.39
26589191--26589225	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26589179--26589449	147	1.8	148	96	0	508	47	2	3	46	1.32
26589338--26589372	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26589534--26589628	45	2.1	45	86	1	129	32	26	5	35	1.79
26589609--26589676	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
26598191--26598508	47	6.7	47	94	1	521	32	8	30	28	1.86
26598627--26598779	37	4.1	37	96	0	270	21	18	33	26	1.97
26600046--26600148	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
26600130--26600200	30	2.4	30	86	6	92	26	15	32	25	1.95
26600519--26600739	40	5.5	40	88	4	268	23	22	27	25	2.00
26604104--26604375	47	5.7	47	91	2	411	32	9	30	27	1.88
26604493--26604645	37	4.1	37	96	0	270	21	18	33	26	1.97
26620646--26620718	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
26620706--26620752	23	2.0	22	84	15	60	36	21	0	42	1.53
26620848--26620946	23	4.3	23	90	0	153	33	24	20	22	1.97
26624018--26624091	19	3.8	19	76	1	67	9	27	18	44	1.81
26624013--26624097	19	4.3	20	73	5	66	11	24	20	43	1.85
26630376--26630408	16	2.1	16	94	0	57	33	0	27	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26632207--26632237	15	2.1	15	93	0	53	38	19	19	22	1.93
26635864--26635953	44	2.0	44	100	0	180	33	15	13	37	1.86
26643982--26644228	50	4.8	50	78	4	201	21	26	23	28	1.99
26644515--26644571	30	1.9	30	85	0	78	33	21	8	36	1.84
26645611--26645650	21	1.9	21	84	0	53	42	2	17	37	1.63
26651090--26651167	9	8.7	9	86	0	102	44	23	7	24	1.79
26651090--26651167	27	2.9	27	84	7	113	44	23	7	24	1.79
26651205--26651248	20	2.1	21	83	4	54	27	0	6	65	1.17
26651545--26651597	23	2.3	23	93	0	88	41	11	15	32	1.82
26658685--26658711	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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