genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14892064--14892103	19	2.2	18	86	4	53	5	25	52	17	1.64
14893297--14893340	21	2.1	21	100	0	88	31	9	13	45	1.75
14902505--14902543	18	2.2	18	85	0	51	58	10	5	25	1.51
14902578--14902655	37	2.1	37	83	4	95	29	29	0	41	1.57
14904362--14904400	21	1.9	20	89	5	60	15	25	35	23	1.94
14905616--14905685	34	2.1	34	100	0	140	25	5	28	40	1.78
14907073--14907119	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
14907787--14908088	27	11.3	26	82	6	282	41	23	17	17	1.89
14907787--14908101	81	3.9	80	82	4	316	41	23	16	18	1.90
14908251--14908357	26	4.1	26	83	0	133	19	16	24	39	1.92
14908251--14908357	52	2.1	52	89	0	160	19	16	24	39	1.92
14911603--14911791	64	3.0	64	87	0	252	34	22	19	23	1.96
14915719--14915767	22	2.2	22	96	0	89	28	8	24	38	1.84
14917156--14917214	31	1.9	31	89	0	91	30	3	20	45	1.67
14918927--14918951	11	2.3	11	100	0	50	28	20	8	44	1.79
14923792--14923821	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
14923898--14923943	20	2.2	20	84	3	56	60	8	0	30	1.26
14923906--14923971	19	3.4	19	83	8	80	56	6	0	37	1.24
14924353--14924392	21	1.9	21	89	0	62	57	12	10	20	1.63
14931309--14931343	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
14933150--14933196	10	4.7	10	79	7	51	74	2	0	23	0.93
14933771--14933800	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14940082--14940190	40	2.7	40	86	2	137	20	28	31	20	1.97
14940366--14940443	11	6.9	12	79	17	96	24	32	1	42	1.63
14940403--14940502	51	2.0	51	88	4	148	26	27	3	44	1.69
14944525--14945092	126	4.5	125	86	3	748	30	22	16	30	1.96
14947032--14947062	15	2.1	15	93	0	53	22	16	12	48	1.80
14954043--14954080	14	2.7	14	88	8	51	42	2	13	42	1.57
14954064--14954103	20	2.1	19	90	4	62	27	7	15	50	1.70
14955474--14955534	32	1.9	32	96	0	113	50	18	3	27	1.62
14955474--14955545	32	2.4	30	86	11	96	50	19	2	27	1.62
14984416--14984509	44	2.1	44	84	5	118	30	4	27	37	1.76
14984650--14984691	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14984659--14984700	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14984653--14984995	120	2.9	120	97	0	652	49	5	1	42	1.37
14984769--14984820	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
14984885--14984931	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
14991069--14991158	42	2.1	42	97	0	171	34	16	4	44	1.68
14992824--14992979	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
15000152--15000307	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
15007776--15007805	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
15019660--15019684	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15028644--15028775	60	2.2	60	82	8	153	38	12	27	21	1.89
15028515--15028745	30	7.7	30	77	6	159	37	11	25	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15034879--15034922	20	2.3	18	81	14	52	50	0	0	50	1.00
15035119--15035149	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
15035210--15035259	23	2.2	23	82	7	57	50	2	0	48	1.12
15038451--15038498	18	2.7	18	78	15	55	58	2	4	35	1.29
15040688--15040714	14	1.9	14	100	0	54	59	7	7	25	1.51
15044782--15044930	23	6.5	23	74	0	109	40	22	14	22	1.89
15044782--15044954	46	3.8	46	78	0	139	41	20	13	24	1.89
15066662--15066695	17	2.0	17	88	11	52	29	0	2	67	1.05
15066673--15066730	25	2.3	25	82	8	64	27	0	5	67	1.12
15068372--15068483	43	2.7	41	78	15	122	22	18	30	28	1.97
15071201--15071268	30	2.3	30	82	5	84	39	10	11	38	1.76
15076201--15076256	29	1.9	28	92	3	85	25	5	10	58	1.52
15084555--15084597	22	2.0	22	81	9	52	27	11	4	55	1.55
15088984--15089021	19	2.0	19	89	0	58	26	26	10	36	1.89
15089157--15089195	17	2.3	17	95	0	69	56	0	2	41	1.13
15090739--15090789	26	2.0	26	100	0	102	33	35	11	19	1.88
15091286--15091441	62	2.5	63	82	7	176	27	29	19	23	1.98
15091628--15091666	20	2.0	20	84	0	51	51	2	5	41	1.38
15102317--15102351	17	2.1	17	89	5	54	45	5	0	48	1.26
15105078--15105112	15	2.3	15	90	0	52	17	0	2	80	0.84
15105843--15105879	19	1.9	19	88	0	56	40	2	10	45	1.53
15111547--15111890	102	3.4	101	87	2	458	29	15	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15111547--15111884	51	6.7	50	81	5	356	28	15	26	29	1.96
15112082--15112154	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
15121628--15121657	14	2.1	14	93	0	51	36	16	20	26	1.93
15121712--15121737	9	2.9	9	100	0	52	46	19	11	23	1.82
15123273--15123366	14	6.7	14	72	0	80	55	6	19	19	1.64
15123273--15123366	28	3.4	28	86	2	118	55	6	19	19	1.64
15126766--15126812	3	15.7	3	86	8	69	63	0	2	34	1.06
15127245--15127319	19	3.8	19	87	6	114	36	16	10	37	1.83
15127751--15127920	44	3.8	44	85	0	223	28	23	18	28	1.98
15128003--15128490	44	11.1	43	60	12	112	19	23	29	27	1.98
15127931--15128597	88	7.5	88	89	1	985	19	23	28	28	1.98
15127931--15128597	177	3.8	176	90	1	987	19	23	28	28	1.98
15127920--15128597	265	2.6	264	89	1	1007	19	23	28	28	1.98
15128342--15128476	44	3.1	43	64	4	117	17	24	31	26	1.97
15129830--15129876	24	2.0	24	87	8	69	4	6	4	85	0.84
15129996--15130054	29	2.0	29	100	0	118	30	13	13	42	1.83
15135667--15135712	3	15.3	3	91	8	76	65	0	0	34	0.93
15136150--15136224	19	3.8	19	86	6	114	36	16	10	37	1.83
15144781--15145445	113	5.8	113	86	3	868	26	22	24	26	2.00
15144781--15145443	227	2.9	226	86	2	916	26	22	24	26	2.00
15145670--15145801	7	18.6	7	69	12	54	21	0	31	46	1.57
15145674--15145712	15	2.7	15	84	4	53	20	0	35	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15145670--15145717	22	2.2	21	81	3	60	22	0	29	47	1.51
15145749--15145801	20	2.5	21	84	12	72	20	0	30	49	1.50
15146069--15146132	14	4.5	14	78	3	65	25	0	39	35	1.56
15146768--15146810	20	2.2	19	88	12	61	79	0	4	16	0.90
15147584--15147632	22	2.0	24	85	14	66	32	36	0	30	1.58
15150647--15150690	21	2.1	21	86	0	61	38	18	40	2	1.63
15152412--15152457	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
15156908--15156953	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
15162275--15162381	42	2.5	42	80	8	110	29	24	20	25	1.99
15163432--15163458	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
15170356--15170412	4	14.2	4	100	0	114	24	0	24	50	1.49
15178322--15178381	21	2.9	20	73	7	66	30	11	23	35	1.90
15181243--15181435	42	4.6	42	82	3	201	47	16	19	17	1.83
15181243--15181434	84	2.3	83	84	3	251	47	16	18	17	1.83
15181224--15181434	21	10.1	21	67	5	115	46	16	19	17	1.84
15182869--15183324	232	2.0	232	93	0	786	35	19	18	27	1.95
15189204--15189247	22	2.0	22	86	8	63	40	6	13	38	1.71
15189436--15189480	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
15189766--15189841	36	2.1	37	82	7	93	39	9	0	51	1.34
15189873--15189917	23	1.9	23	86	4	63	44	2	2	51	1.26
15200849--15200916	30	2.3	30	80	14	79	61	8	2	26	1.40
15201596--15201635	20	2.0	19	85	9	53	72	0	10	17	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15219274--15219306	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
15219539--15219573	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
15219519--15220036	120	4.3	120	94	0	840	50	4	2	43	1.33
15219657--15219693	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
15219777--15219813	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
15219899--15219945	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
15219917--15220113	102	1.9	103	97	1	378	51	5	1	41	1.32
15223837--15223930	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
15223936--15224121	51	3.7	50	78	9	180	30	27	18	24	1.98
15226332--15226382	17	2.7	19	79	17	61	25	15	17	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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