genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  50  of  204  ( 24404 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14596639--14596678	18	2.2	18	86	8	55	17	17	0	65	1.28
14605960--14606090	67	2.0	66	89	1	199	28	32	17	22	1.96
14606217--14606324	57	1.9	56	90	1	171	24	26	20	28	1.99
14610365--14610695	171	1.9	171	89	0	509	22	20	29	26	1.99
14616854--14616897	20	2.1	22	91	8	74	38	0	6	54	1.27
14616854--14616897	22	2.1	20	87	8	61	38	0	6	54	1.27
14618745--14618793	23	2.2	22	85	10	64	42	2	2	53	1.24
14622207--14622387	82	2.3	82	76	17	197	41	8	5	44	1.57
14630586--14630638	26	2.0	26	85	7	72	67	0	7	24	1.16
14630662--14630698	9	4.1	9	86	13	58	78	0	21	0	0.75
14630662--14630699	5	8.2	5	88	11	55	78	0	21	0	0.74
14630665--14630699	18	1.9	18	100	0	70	80	0	20	0	0.72
14631807--14631852	18	2.4	19	89	7	67	56	0	23	19	1.42
14640476--14640505	16	1.9	15	93	6	51	50	13	0	36	1.42
14652092--14652270	34	5.3	34	75	7	141	29	10	16	44	1.80
14652092--14652270	68	2.6	68	83	2	218	29	10	16	44	1.80
14652337--14652405	24	2.9	24	84	0	93	26	24	15	33	1.95
14653197--14653230	14	2.4	14	90	9	52	44	8	8	38	1.67
14653790--14653906	60	1.9	61	84	1	155	45	4	9	41	1.56
14656976--14657037	22	2.9	22	85	2	81	14	27	11	46	1.78
14656983--14657044	21	2.9	22	80	4	72	16	27	12	43	1.84
14657005--14657056	21	2.4	21	80	3	59	13	28	17	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14658000--14658050	20	2.5	20	96	0	93	39	15	11	33	1.84
14660952--14661019	27	2.6	27	83	2	93	36	17	14	30	1.90
14662070--14662116	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
14677220--14677282	26	2.4	26	69	23	60	31	7	15	44	1.76
14677295--14677350	9	6.2	9	75	8	51	26	8	25	39	1.85
14677295--14677344	18	2.8	18	87	0	64	24	10	26	40	1.86
14677625--14677696	37	1.9	38	83	5	94	33	25	4	37	1.75
14684727--14684780	25	2.2	25	96	0	99	40	14	33	11	1.82
14687638--14687680	16	2.8	16	83	13	54	51	6	4	37	1.50
14688837--14688874	18	2.1	18	90	0	58	39	0	0	60	0.97
14688822--14688895	25	3.1	23	81	12	87	40	0	1	58	1.07
14696942--14696992	26	2.0	26	88	7	77	15	19	25	39	1.91
14697051--14697129	24	3.4	22	75	15	61	16	27	21	34	1.95
14701995--14702156	28	5.4	29	69	16	100	25	19	8	46	1.78
14702383--14702457	39	2.0	38	86	5	107	41	0	2	56	1.13
14704815--14704869	21	2.6	21	73	0	56	21	34	18	25	1.96
14720851--14720915	21	3.2	19	78	10	58	55	1	1	41	1.18
14721278--14721351	31	2.4	30	84	6	94	20	16	12	51	1.76
14730832--14730928	43	2.2	42	87	12	142	45	13	10	30	1.77
14733107--14733139	14	2.3	15	94	5	59	63	12	12	12	1.52
14735533--14735626	40	2.3	40	81	0	107	14	19	23	42	1.88
14735697--14735744	24	2.0	24	91	0	78	31	22	6	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14738844--14738924	36	2.2	36	80	4	92	34	32	8	24	1.86
14739735--14739858	62	2.0	61	93	1	212	52	14	12	20	1.74
14740322--14740361	15	2.7	15	92	0	62	22	0	42	35	1.54
14740371--14740397	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
14741982--14742243	90	2.9	90	77	6	255	27	24	14	33	1.94
14743862--14743968	55	1.9	55	83	9	137	57	0	40	0	1.11
14744504--14744549	19	2.4	18	79	10	56	21	0	4	73	1.00
14745717--14745743	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
14746370--14746403	12	2.8	12	90	0	50	26	29	35	8	1.87
14746997--14747027	14	2.2	14	94	0	53	45	0	6	48	1.28
14750028--14750066	18	2.2	18	85	0	51	0	33	0	66	0.92
14750144--14750221	27	2.9	27	74	0	84	24	32	23	20	1.98
14750684--14750709	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14751183--14751245	27	2.2	28	81	10	67	65	4	3	26	1.28
14752448--14752488	11	3.8	11	78	15	50	26	4	4	63	1.35
14752448--14752487	20	2.0	21	90	5	64	27	5	5	62	1.37
14752442--14752487	21	2.2	21	88	7	67	26	4	4	65	1.30
14752690--14752722	13	2.5	13	100	0	66	9	6	6	78	1.08
14754473--14754529	14	4.0	14	80	13	62	36	8	15	38	1.79
14765131--14765321	41	4.7	41	80	4	192	19	17	27	35	1.94
14765125--14765348	41	5.7	39	80	5	157	20	17	26	34	1.95
14768041--14768084	18	2.4	19	82	17	58	47	2	22	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14771332--14771374	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
14772217--14772303	43	2.0	43	100	0	174	45	13	4	35	1.64
14773555--14773588	17	2.1	16	88	5	50	58	8	8	23	1.56
14773625--14773662	19	2.0	20	85	15	53	71	7	2	18	1.23
14773966--14774037	21	3.1	23	81	18	80	61	4	1	33	1.24
14773991--14774041	22	2.4	22	93	3	86	66	3	0	29	1.09
14774103--14774148	23	2.0	23	83	8	58	71	0	2	26	0.97
14786352--14786424	29	2.6	27	79	16	76	58	1	2	36	1.21
14786348--14786423	28	2.8	27	77	15	84	57	1	2	38	1.21
14786387--14786434	21	2.3	20	76	13	53	62	2	2	33	1.18
14805064--14805088	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
14805781--14805819	20	2.0	20	89	0	60	79	5	7	7	1.05
14805766--14805820	20	2.6	20	80	8	56	81	3	9	5	0.95
14806237--14806305	21	3.3	21	81	2	86	71	0	17	11	1.15
14806251--14806295	15	3.1	15	75	18	51	71	0	17	11	1.14
14806238--14806295	7	8.4	7	81	14	68	72	0	17	10	1.11
14807531--14807946	86	4.8	86	92	0	663	29	22	23	24	1.99
14809237--14809282	25	1.9	25	91	8	78	4	17	13	65	1.42
14809235--14809295	25	2.4	25	78	10	72	3	18	9	68	1.31
14826936--14826997	30	2.0	32	81	9	76	35	0	16	48	1.46
14827129--14827182	28	2.0	28	92	3	92	40	12	9	37	1.76
14833687--14833733	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14836630--14836695	6	10.5	6	71	9	51	16	3	6	74	1.15
14840313--14840354	18	2.3	18	95	0	75	30	9	21	38	1.85
14841153--14841191	13	2.8	14	88	7	53	71	10	5	12	1.28
14841362--14841606	85	2.9	85	82	1	312	28	17	18	35	1.94
14843004--14843246	50	4.8	50	88	0	342	26	22	30	20	1.98
14847987--14848048	25	2.5	25	86	0	88	17	19	19	43	1.88
14847987--14848073	25	3.5	25	84	3	86	18	20	19	41	1.91
14848057--14848114	22	2.6	22	81	13	75	15	25	18	39	1.91
14848014--14848121	47	2.3	48	78	16	118	18	23	18	39	1.92
14848827--14848942	54	2.1	54	82	3	135	29	21	23	25	1.99
14848864--14848991	27	4.7	27	79	1	114	26	23	24	25	2.00
14848836--14849008	81	2.1	81	81	0	193	26	22	23	27	2.00
14851379--14851405	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
14863246--14863290	24	1.9	24	86	4	65	57	11	6	24	1.57
14865493--14865548	27	2.1	27	90	6	87	60	0	5	33	1.19
14866397--14866462	31	2.2	30	81	5	80	46	12	9	31	1.72
14866463--14866520	18	3.2	18	74	13	57	24	6	1	67	1.25
14866463--14866560	38	2.7	36	78	17	103	27	7	2	63	1.32
14867021--14867058	18	2.1	19	85	5	51	63	0	2	34	1.09
14868958--14869025	11	6.6	11	77	17	67	58	0	1	39	1.07
14868929--14869077	38	3.6	39	87	9	192	61	0	2	35	1.12
14868984--14869044	9	6.4	9	73	16	52	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14868993--14869076	32	2.8	29	82	12	89	63	0	2	34	1.08
14875691--14875816	43	2.9	42	82	12	157	19	19	30	30	1.96
14876463--14876511	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
14876753--14876909	24	6.7	24	71	5	108	33	12	15	38	1.85
14876779--14876881	23	4.4	23	69	8	75	33	13	15	36	1.87
14876747--14876909	47	3.5	47	89	3	240	33	12	15	39	1.84
14880595--14880652	22	2.6	22	75	0	62	62	10	6	20	1.50
14884568--14884604	19	1.9	19	89	10	58	35	0	0	64	0.94
14885764--14885795	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
14891022--14891069	3	16.0	3	91	8	80	66	0	2	31	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204