genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21942536--21942716	51	3.6	50	77	7	168	30	27	16	25	1.96
21942928--21942986	30	2.0	30	82	0	73	30	25	6	37	1.82
21951566--21951616	26	2.0	27	88	7	79	31	11	21	35	1.90
21958200--21958331	35	3.8	34	79	9	131	18	11	28	41	1.85
21968266--21968294	11	2.6	11	100	0	58	27	24	10	37	1.88
21971409--21971444	17	2.1	17	89	0	54	22	2	13	61	1.46
21975546--21975614	35	2.0	35	94	0	120	23	27	20	28	1.99
21976796--21976990	50	3.9	49	77	7	180	27	22	27	22	1.99
21976861--21976981	49	2.4	49	82	6	147	31	21	25	21	1.98
21980329--21980405	36	2.1	36	100	0	154	48	23	5	23	1.71
21986330--21986394	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
21989516--21989607	9	10.4	9	75	14	61	1	9	11	77	1.05
21989517--21989589	20	3.8	19	79	15	71	0	10	13	75	1.05
21989514--21989569	26	2.2	26	100	0	112	0	10	10	78	0.96
21989553--21989598	20	2.3	20	81	7	58	2	6	10	80	0.98
21990143--21990205	31	2.1	31	96	3	119	46	12	9	31	1.74
21998196--21998258	21	3.0	21	79	4	74	11	20	19	49	1.78
22001646--22001748	41	2.5	41	93	0	179	25	27	20	27	1.99
22001768--22001853	41	2.1	42	88	2	129	29	23	18	29	1.98
22003539--22003564	13	2.0	13	100	0	52	61	23	0	15	1.33
22006509--22006587	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
22006705--22007194	47	10.4	47	93	1	793	28	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22006705--22007194	143	3.5	142	93	1	797	28	29	8	32	1.87
22017987--22018016	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
22025949--22026189	82	2.9	83	81	4	247	30	25	16	27	1.96
22025950--22026189	41	5.8	41	80	5	214	30	25	16	27	1.96
22032316--22032551	48	4.7	50	75	12	182	30	20	25	24	1.99
22045577--22045641	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
22046203--22046279	21	3.5	20	77	22	75	72	14	12	0	1.12
22046224--22046278	25	2.2	24	93	3	92	74	12	12	0	1.07
22049415--22049479	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
22055413--22055489	36	2.1	36	100	0	154	23	5	23	48	1.71
22058833--22059078	50	4.9	49	76	7	185	22	26	21	28	1.99
22062278--22062480	43	4.8	43	78	10	177	24	15	25	34	1.94
22062283--22062480	85	2.4	84	89	1	299	24	15	25	34	1.95
22074459--22074945	47	10.4	47	94	0	825	32	8	29	29	1.87
22075063--22075141	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
22079793--22080002	41	5.1	41	81	6	147	29	19	24	27	1.98
22083388--22083450	21	3.0	21	79	4	74	49	19	20	11	1.78
22098147--22098228	42	2.0	42	83	9	105	31	23	14	30	1.94
22100785--22100948	43	3.9	42	80	5	186	35	26	15	22	1.94
22100747--22100944	85	2.4	85	89	1	301	34	25	15	24	1.95
22108669--22108700	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
22109184--22109233	13	4.2	13	78	19	63	26	0	4	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22109166--22109235	22	3.2	22	95	4	124	27	1	2	68	1.12
22115206--22115427	107	2.1	107	95	0	399	32	18	19	28	1.96
22117119--22117184	35	1.9	35	93	3	116	25	24	28	21	1.99
22118278--22118323	13	3.5	13	82	14	51	0	17	4	78	0.91
22118758--22118846	1	89.0	1	72	0	70	2	1	10	86	0.71
22118756--22118846	24	4.0	23	83	13	109	2	1	10	85	0.73
22118776--22118845	32	2.2	32	89	2	104	2	0	10	87	0.65
22118758--22118847	33	2.6	34	79	8	112	2	1	11	85	0.74
22121684--22121901	107	2.0	107	96	0	400	31	19	19	28	1.97
22125527--22125597	34	2.1	34	100	0	142	28	11	32	28	1.91
22127624--22127692	35	2.0	35	97	2	131	23	30	2	43	1.68
22128764--22128826	3	21.0	3	72	18	51	28	4	3	63	1.30
22130874--22130925	26	2.0	26	81	11	61	65	1	17	15	1.36
22140208--22140243	17	2.1	17	89	5	54	83	0	5	11	0.80
22140209--22140242	9	3.7	9	92	4	50	88	0	5	5	0.64
22140809--22140877	36	1.9	36	93	0	120	42	18	28	10	1.83
22142422--22142455	18	1.9	18	88	5	52	55	8	23	11	1.63
22147887--22147923	5	7.0	5	93	3	56	75	2	2	18	1.04
22155353--22155403	25	2.0	25	96	0	93	45	13	3	37	1.63
22159316--22159372	21	2.7	21	86	2	78	35	7	35	22	1.82
22159330--22159374	18	2.5	18	88	0	63	37	6	33	22	1.80
22159682--22159711	14	2.1	15	93	6	53	60	0	33	6	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22161826--22161865	13	3.0	13	88	3	53	2	2	10	85	0.80
22165025--22165160	45	3.1	44	83	10	161	34	25	16	24	1.95
22180399--22180433	17	2.1	18	89	10	56	34	2	20	42	1.66
22182893--22183040	74	2.0	74	94	5	264	44	8	14	32	1.75
22183016--22183572	138	4.1	138	88	3	813	41	8	5	44	1.59
22187054--22187123	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
22186999--22187150	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
22187000--22187155	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
22195104--22195173	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
22195049--22195200	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
22195050--22195205	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
22202052--22202099	23	2.1	22	81	11	53	37	8	12	41	1.73
22202848--22202967	42	2.9	42	93	0	195	34	19	15	30	1.93
22216684--22216865	50	3.6	50	90	0	256	29	14	25	30	1.95
22220229--22220381	52	2.9	52	94	0	270	45	13	22	19	1.84
22230197--22230227	16	1.9	16	100	0	62	9	25	6	58	1.54
22230895--22230925	15	2.1	15	93	0	53	19	38	6	35	1.77
22241923--22242366	47	9.4	47	93	1	726	29	29	8	33	1.87
22241923--22242362	190	2.3	190	93	0	731	29	28	8	33	1.87
22276601--22276654	25	2.2	25	83	6	65	57	1	3	37	1.27
22277330--22277388	29	2.0	29	83	9	75	45	11	8	33	1.71
22285191--22285233	12	3.5	12	78	6	50	27	2	18	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22285191--22285241	25	2.0	25	84	0	66	25	1	19	52	1.56
22285229--22285328	30	3.3	30	81	0	128	25	5	13	57	1.56
22286727--22286866	39	3.6	39	90	2	212	44	20	4	31	1.70
22286749--22286821	22	3.5	22	65	25	59	45	21	4	28	1.70
22292072--22292204	29	4.7	29	80	2	137	25	15	25	33	1.95
22295335--22295411	40	1.9	40	100	0	154	42	7	25	23	1.81
22300284--22300623	68	5.0	67	79	5	351	34	17	21	26	1.96
22300284--22300623	136	2.5	136	85	0	448	34	17	21	26	1.96
22303739--22303879	60	2.3	60	81	4	160	39	24	19	17	1.92
22303738--22303879	30	4.7	30	79	3	142	38	23	19	17	1.93
22305877--22305947	29	2.4	30	83	2	90	19	25	12	42	1.87
22305935--22306004	29	2.4	28	76	9	77	25	27	11	35	1.90
22306068--22306151	41	2.0	41	95	4	152	53	10	10	25	1.67
22312846--22312888	22	2.0	22	100	0	86	23	18	34	23	1.96
22314067--22314108	22	1.9	22	85	9	59	42	0	14	42	1.45
22314784--22314812	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
22322908--22322954	18	2.7	18	86	3	69	51	2	0	46	1.13
22329047--22329231	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
22329048--22329231	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
22329100--22329264	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
22337214--22337397	40	4.6	39	83	6	203	25	22	27	25	2.00
22337214--22337397	78	2.3	80	81	9	207	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22348046--22348083	18	2.1	18	100	0	76	31	10	10	47	1.72
22349565--22349643	39	2.0	39	97	0	149	40	18	2	37	1.65
22349652--22349684	17	1.9	17	93	0	57	39	12	6	42	1.67
22358402--22358583	68	2.7	69	93	3	323	25	10	18	45	1.81
22360339--22360679	99	3.4	100	86	5	422	28	14	26	30	1.95
22360339--22360679	51	6.8	50	80	4	339	28	14	26	30	1.95
22360440--22360712	151	1.8	149	80	4	334	29	14	26	29	1.95
22362203--22362256	23	2.3	24	79	14	60	51	1	18	27	1.56
22366298--22366743	51	8.8	51	77	4	373	28	15	26	29	1.96
22366298--22366743	102	4.4	102	89	2	621	28	15	26	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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