genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22366938--22367010	38	1.9	39	83	5	96	45	2	19	32	1.64
22377208--22377256	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
22377485--22377617	50	2.7	50	83	0	158	24	28	20	26	1.99
22383087--22383136	13	3.6	14	74	12	50	60	0	32	8	1.26
22390983--22391139	49	3.2	49	92	4	266	30	7	31	30	1.85
22391253--22391331	36	2.2	36	88	2	113	24	17	31	26	1.97
22393172--22393270	43	2.4	43	93	6	170	23	16	35	25	1.95
22393254--22393324	28	2.5	29	88	2	99	25	16	32	25	1.96
22393628--22393941	38	8.3	39	83	8	312	24	21	28	25	1.99
22393628--22393977	37	9.2	39	81	9	293	24	22	28	25	1.99
22393628--22394004	112	3.3	115	78	9	337	24	21	28	25	1.99
22393628--22393989	76	4.8	77	77	13	281	24	22	28	24	1.99
22397452--22397607	47	3.3	47	94	4	276	31	7	30	30	1.85
22397725--22397803	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22404055--22404177	50	2.5	50	84	0	156	20	29	24	26	1.99
22414129--22414240	47	2.4	48	83	3	145	43	19	11	25	1.84
22418060--22418169	54	2.0	54	84	8	143	35	15	22	26	1.94
22418200--22418239	21	1.9	21	90	10	64	57	0	5	37	1.21
22418191--22418491	18	17.2	18	68	20	92	59	0	7	32	1.32
22418246--22418352	33	3.2	33	64	12	83	57	1	8	32	1.40
22418161--22418485	71	4.6	71	86	8	470	58	0	8	32	1.35
22418161--22418485	138	2.3	139	86	8	453	58	0	8	32	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22418493--22418525	16	2.1	16	94	0	57	78	0	9	12	0.95
22418433--22418514	36	2.2	36	76	6	85	68	0	7	24	1.15
22418161--22418527	138	2.6	138	82	11	342	60	0	8	29	1.33
22418629--22418662	10	3.4	10	84	15	52	35	2	0	61	1.11
22418623--22418662	20	2.0	20	90	5	62	35	7	0	57	1.27
22418623--22418655	10	3.1	11	86	8	50	39	9	0	51	1.34
22419099--22419149	25	2.0	26	96	3	95	62	15	13	7	1.52
22425004--22425064	24	2.5	24	86	5	79	27	6	3	62	1.36
22425021--22425064	3	14.3	3	90	4	61	31	4	2	61	1.28
22425004--22425061	21	2.8	20	84	7	71	27	6	3	62	1.37
22425591--22425733	72	2.0	71	95	1	259	27	20	18	32	1.96
22429794--22429846	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
22436891--22436969	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
22437088--22437570	47	10.5	47	89	5	691	28	30	9	31	1.88
22437249--22437570	96	3.4	94	92	2	549	29	29	8	31	1.87
22437249--22437570	143	2.3	139	95	2	563	29	29	8	31	1.87
22441169--22441212	20	2.1	21	84	12	56	40	15	0	43	1.47
22443138--22443199	31	2.0	30	82	14	74	24	16	0	59	1.36
22446335--22446458	27	4.8	26	77	14	116	35	19	25	19	1.95
22446497--22446556	24	2.5	24	83	2	75	36	18	28	16	1.93
22450671--22450723	13	4.1	13	76	9	63	35	22	7	33	1.83
22450660--22450715	26	2.2	26	83	6	69	33	21	5	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22455106--22455199	33	2.8	33	74	7	91	25	20	17	37	1.93
22455106--22455249	67	2.2	66	87	3	200	26	20	15	36	1.93
22457506--22457538	17	1.9	17	88	11	50	45	6	0	48	1.27
22464148--22464236	43	2.1	43	100	0	178	48	22	8	20	1.77
22471500--22471712	45	4.7	45	82	1	239	36	16	19	27	1.93
22471500--22471754	90	2.8	90	82	2	262	38	15	19	26	1.92
22471557--22471837	45	6.2	45	75	9	146	41	13	20	23	1.88
22471501--22471754	135	1.9	135	81	4	307	38	15	18	26	1.91
22471723--22471838	47	2.5	46	84	4	153	50	10	20	18	1.76
22474945--22475036	37	2.4	36	81	15	98	39	3	5	52	1.41
22479372--22479508	43	3.2	44	77	8	122	27	16	26	29	1.96
22481903--22481932	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
22491014--22491124	53	2.1	53	86	6	154	32	24	15	27	1.95
22494797--22494865	35	2.0	35	94	0	120	27	18	18	34	1.95
22496587--22496742	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
22496586--22496739	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
22496587--22496742	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
22496579--22496763	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
22496579--22496763	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
22497847--22497889	20	2.2	20	100	0	86	30	13	34	20	1.92
22504370--22504494	60	2.2	57	89	5	189	41	4	20	33	1.73
22504595--22504750	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22504594--22504747	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
22504595--22504750	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
22504587--22504771	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
22504587--22504771	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
22507366--22507457	42	2.2	40	84	3	112	28	31	18	21	1.97
22507391--22507473	42	2.0	42	80	4	96	26	31	19	22	1.98
22508376--22508563	41	4.6	41	80	0	187	30	13	31	23	1.93
22508786--22508823	17	2.2	17	86	9	51	39	15	0	44	1.47
22509771--22509816	11	3.8	12	80	16	51	30	32	0	36	1.58
22509771--22509817	22	2.0	25	88	12	73	29	31	0	38	1.58
22511020--22511052	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
22511654--22511693	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
22512252--22513313	22	49.0	21	82	6	1081	45	29	0	23	1.57
22512298--22512344	13	3.5	13	76	21	51	44	36	0	19	1.51
22512301--22512352	15	3.6	14	77	12	61	48	34	0	17	1.48
22512295--22512365	28	2.6	28	90	2	108	45	33	0	21	1.52
22512323--22513313	43	23.0	42	80	7	996	46	29	0	23	1.57
22512252--22513313	129	8.2	129	88	3	1237	45	29	0	23	1.57
22516286--22516756	126	3.8	126	82	3	538	29	21	16	31	1.96
22525614--22525692	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
22525811--22526205	47	8.4	47	97	0	745	30	28	8	32	1.87
22534850--22534928	37	2.1	37	86	4	106	27	31	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22535047--22535541	49	10.6	47	80	13	481	28	29	9	32	1.88
22535220--22535288	34	2.0	34	100	0	138	31	30	11	26	1.91
22535171--22535337	81	2.0	82	93	2	282	29	29	10	30	1.91
22535124--22535533	130	3.0	130	86	10	595	29	28	10	32	1.89
22535254--22535541	98	3.0	98	95	1	535	29	28	9	32	1.89
22535254--22535541	147	2.0	145	97	1	540	29	28	9	32	1.89
22541013--22541144	61	2.2	58	86	4	183	51	3	4	40	1.40
22553498--22553556	30	2.0	30	86	6	84	49	10	6	33	1.63
22557339--22557378	11	3.6	11	100	0	80	17	17	20	45	1.86
22560612--22560667	26	2.2	25	78	9	60	46	5	0	48	1.25
22565842--22566099	125	2.1	125	94	0	453	32	20	7	38	1.82
22568370--22568560	64	3.0	64	87	1	285	40	25	5	28	1.78
22585207--22585758	136	4.1	136	93	0	935	45	15	3	35	1.63
22588685--22588753	20	3.5	20	70	7	59	13	31	20	34	1.91
22588672--22588791	40	3.0	40	90	0	186	17	31	18	32	1.94
22589477--22589503	11	2.5	11	100	0	54	25	0	25	48	1.52
22596030--22596083	28	2.0	28	88	3	83	35	9	25	29	1.87
22598907--22598939	17	1.9	17	93	0	57	45	6	6	42	1.53
22598907--22598947	18	2.4	17	87	4	55	41	7	4	46	1.53
22605780--22605889	40	2.6	41	84	8	123	44	13	12	29	1.81
22611721--22611798	40	2.0	40	86	0	111	43	15	10	30	1.80
22622903--22623024	61	2.0	61	100	0	244	34	9	24	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22623430--22623517	45	2.0	45	90	0	140	26	15	22	35	1.94
22623567--22623663	30	3.2	30	71	11	108	41	3	24	30	1.70
22623561--22623682	60	2.0	60	100	0	244	40	4	24	29	1.76
22625103--22625281	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
22626504--22627145	47	13.6	47	93	3	1049	33	8	29	29	1.87
22633721--22633772	24	2.1	25	85	3	70	28	5	5	59	1.44
22633788--22633831	22	2.0	23	86	4	63	29	9	0	61	1.27
22641922--22642573	143	4.6	143	88	0	928	30	20	22	27	1.98
22642357--22642479	45	2.8	43	74	8	113	29	21	22	26	1.99
22643034--22643077	23	2.0	23	95	4	81	40	31	9	18	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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