genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  175  of  204  ( 24404 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51934405--51934446	21	2.0	21	90	0	66	30	26	11	30	1.92
51935637--51935681	22	2.0	23	82	4	56	20	13	6	60	1.55
51935916--51935978	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
51936002--51936103	54	1.9	54	97	2	197	28	5	12	52	1.62
51950835--51950924	31	2.9	30	74	19	87	36	14	13	35	1.85
51950817--51950906	31	2.9	28	76	16	81	37	13	13	35	1.84
51962149--51962227	36	2.1	38	77	13	85	48	0	21	30	1.51
51962420--51962507	23	4.0	22	78	11	90	19	20	22	37	1.94
51964804--51964839	7	5.0	7	86	6	54	13	13	2	69	1.30
51964804--51964840	15	2.5	15	86	4	58	16	13	2	67	1.34
51964804--51964847	22	2.0	22	95	0	79	15	11	4	68	1.36
51966152--51966199	23	2.2	20	85	10	60	14	0	33	52	1.42
51966223--51966540	96	3.3	95	79	5	318	37	2	17	42	1.65
51968474--51968516	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
51968575--51968650	30	2.5	30	80	0	80	10	13	44	31	1.77
51970324--51970369	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
51970330--51970372	10	4.0	10	82	14	50	46	0	30	23	1.52
51976952--51977019	26	2.8	24	82	10	68	32	5	7	54	1.52
51990478--51990617	75	1.9	75	80	5	167	31	4	18	45	1.69
51990712--51990817	41	2.6	41	93	3	178	27	20	30	21	1.98
51993426--51994022	44	13.6	44	64	15	200	29	19	26	25	1.98
51993331--51994097	132	5.8	132	94	1	1288	29	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51995661--51995731	24	3.0	21	79	20	63	28	5	5	60	1.42
51995673--51995740	24	2.8	24	82	8	66	32	4	7	55	1.47
52001159--52001217	3	20.3	3	72	6	50	1	32	0	66	1.02
52001167--52001218	17	3.0	17	83	8	61	3	28	0	67	1.08
52002276--52002353	31	2.5	30	79	6	84	46	12	12	28	1.79
52002797--52002848	21	2.4	21	87	3	68	65	3	1	28	1.21
52004027--52004085	29	2.0	29	86	0	82	37	32	6	23	1.81
52005243--52005271	15	1.9	15	100	0	58	31	20	27	20	1.98
52006442--52006479	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
52006863--52006896	17	2.0	17	88	11	52	76	0	23	0	0.79
52009887--52009938	27	1.9	27	96	0	95	21	26	15	36	1.93
52010092--52010120	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
52010249--52010288	11	3.7	11	86	6	64	0	30	0	70	0.88
52010251--52010289	21	1.9	20	94	5	69	0	30	0	69	0.89
52010373--52010473	27	3.7	27	91	0	139	13	30	26	28	1.94
52010533--52010577	22	2.0	22	95	0	81	53	0	8	37	1.32
52014471--52014519	21	2.3	21	85	3	62	63	4	4	28	1.31
52014404--52014638	26	8.9	26	71	15	135	61	5	5	27	1.42
52014493--52014647	56	2.8	54	74	12	145	62	5	5	27	1.38
52014698--52014769	29	2.4	29	78	15	76	65	0	5	29	1.15
52016049--52016338	46	6.6	46	83	8	372	28	22	14	33	1.94
52016184--52016256	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52016138--52016302	82	2.0	82	91	0	267	30	21	13	35	1.91
52016092--52016338	128	1.9	128	89	0	386	29	21	14	34	1.93
52018988--52019036	25	1.9	26	83	4	64	14	2	32	51	1.54
52019265--52019934	44	14.8	44	70	11	190	30	20	17	31	1.96
52019304--52019574	143	1.9	142	84	0	362	28	22	19	29	1.98
52019275--52019950	181	3.7	181	84	2	791	30	20	17	31	1.96
52019454--52019936	45	10.7	44	71	10	269	32	20	16	30	1.95
52025882--52026244	58	6.8	49	72	15	174	61	4	5	28	1.37
52025984--52026032	21	2.3	21	82	10	55	61	4	4	30	1.33
52025909--52026089	101	1.8	97	81	9	222	62	4	4	28	1.35
52026006--52026243	27	8.6	27	73	12	187	62	3	4	29	1.33
52026055--52026243	85	2.2	85	98	0	360	62	3	4	29	1.31
52025882--52026240	26	13.5	26	71	17	175	61	4	5	29	1.38
52026297--52026360	29	2.4	28	87	10	89	67	0	4	28	1.11
52026297--52026368	29	2.4	29	80	15	85	66	0	5	27	1.13
52031318--52031386	34	2.0	34	97	0	129	15	10	18	55	1.68
52031320--52031378	20	3.3	19	68	26	56	18	8	18	54	1.68
52034478--52034511	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
52034457--52034527	29	2.5	26	84	15	88	36	2	0	60	1.11
52034466--52034568	39	2.6	40	92	1	172	36	2	0	60	1.12
52034505--52034581	29	2.6	29	82	12	93	36	2	0	61	1.10
52034466--52034565	12	9.8	11	70	24	60	38	3	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52037527--52037607	3	27.0	3	97	0	153	67	0	32	0	0.91
52045473--52045579	40	2.7	41	82	4	139	37	20	21	20	1.95
52045646--52045837	41	4.7	41	88	4	237	18	21	27	32	1.97
52046904--52047006	21	5.0	20	70	13	59	21	0	40	36	1.60
52046936--52046972	14	2.6	14	91	0	56	24	0	40	35	1.55
52050364--52050526	43	3.8	43	89	1	229	22	16	31	29	1.96
52050362--52050526	86	1.9	86	89	0	258	22	16	30	30	1.96
52050598--52050641	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
52054863--52054900	19	2.0	20	89	5	60	60	0	0	39	0.97
52056186--52056237	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
52058157--52058208	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
52063762--52063789	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
52067009--52067069	26	2.4	27	81	15	76	63	8	3	24	1.37
52068219--52068270	23	2.3	21	81	15	59	13	3	17	65	1.41
52068993--52069048	17	3.4	16	78	14	60	67	1	3	26	1.16
52068996--52069056	16	3.8	15	79	14	68	70	1	3	24	1.11
52068996--52069063	33	2.1	33	83	8	86	69	1	4	25	1.16
52070418--52070456	15	2.6	15	83	0	51	43	2	2	51	1.29
52070542--52070602	26	2.5	24	82	12	79	57	0	1	40	1.08
52073739--52073777	20	1.9	20	89	5	60	25	20	5	48	1.70
52075893--52075957	6	10.7	6	70	9	51	18	4	3	73	1.13
52075893--52075935	18	2.4	18	84	7	61	23	0	4	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52077190--52077244	27	2.0	27	96	0	101	30	10	27	30	1.91
52078965--52079021	17	3.4	16	80	9	69	63	3	3	29	1.28
52080137--52080176	21	1.9	21	84	0	53	72	0	10	17	1.11
52080437--52080474	15	2.5	15	91	0	67	47	0	0	52	1.00
52082617--52082723	53	2.0	53	92	0	178	32	7	16	42	1.76
52083984--52084011	13	2.2	13	100	0	56	28	0	25	46	1.53
52091742--52091803	5	12.6	5	77	16	67	20	0	1	77	0.85
52091742--52091844	10	10.8	9	69	21	59	22	1	1	73	1.03
52091737--52091798	13	4.4	14	79	18	67	19	1	1	77	0.94
52091751--52091850	26	4.0	22	73	22	83	22	2	2	74	1.03
52091742--52091844	34	3.0	34	80	13	113	22	1	1	73	1.03
52091742--52091850	15	7.2	15	71	22	68	22	1	1	74	1.01
52091880--52091919	12	3.4	12	86	6	55	25	7	2	65	1.32
52091952--52092000	12	4.2	12	82	10	57	6	8	6	79	1.05
52091952--52091997	23	2.0	23	91	4	74	6	8	4	80	1.01
52092061--52092085	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
52092996--52093053	10	6.2	9	79	16	57	82	5	10	1	0.89
52093893--52093954	30	2.1	30	90	0	97	24	38	25	11	1.88
52097207--52097499	43	6.8	43	82	5	277	27	28	17	26	1.98
52097207--52097499	86	3.4	86	81	5	313	27	28	17	26	1.98
52097207--52097494	129	2.2	129	81	5	323	27	28	18	26	1.98
52097516--52097597	43	1.9	43	89	0	128	25	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52097793--52097830	19	2.0	19	94	0	67	57	2	10	28	1.45
52097934--52097982	21	2.3	21	89	0	71	2	42	18	36	1.62
52097953--52098122	66	2.6	66	83	3	209	13	30	18	38	1.89
52103565--52104076	9	57.4	9	70	18	247	32	2	19	46	1.62
52103669--52104076	25	15.3	27	71	16	225	30	1	20	47	1.61
52103670--52103837	34	4.9	34	95	0	291	27	0	23	48	1.51
52103843--52103956	34	3.2	37	80	10	107	32	0	18	49	1.48
52103997--52104088	32	3.0	31	78	9	100	33	2	15	48	1.57
52104246--52104340	33	3.2	33	65	30	95	47	11	5	35	1.62
52104259--52104307	22	2.2	22	85	0	62	51	10	4	34	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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