genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60343961

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18939732--18939760	10	2.9	10	100	0	58	31	6	10	51	1.62
18939821--18939850	12	2.5	12	94	0	51	46	0	10	43	1.37
18939840--18939878	20	2.0	20	84	0	51	61	0	2	35	1.10
18939928--18939961	17	1.9	18	88	5	52	52	2	2	41	1.31
18939921--18939968	25	1.9	25	86	0	69	50	4	4	41	1.41
18942238--18942889	50	13.0	50	74	4	535	28	19	19	32	1.96
18942254--18942889	100	6.3	100	84	4	780	27	19	19	33	1.96
18944281--18944346	15	4.3	15	81	11	64	4	15	0	80	0.87
18944282--18944333	21	2.5	22	81	15	65	1	19	0	78	0.84
18947828--18947853	7	3.7	7	100	0	52	42	0	42	15	1.47
18947856--18947891	17	2.1	17	94	0	63	47	0	33	19	1.50
18949448--18949472	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
18955210--18955253	19	2.3	19	100	0	88	36	18	9	36	1.82
18956809--18956853	22	2.0	22	86	8	63	60	6	2	31	1.35
18957341--18957395	28	1.9	30	85	7	78	52	3	7	36	1.47
18960259--18960294	18	1.9	19	88	5	56	50	8	8	33	1.63
18965740--18965782	21	2.0	21	82	8	52	44	11	0	44	1.40
18969793--18969848	16	3.5	16	87	0	76	42	5	25	26	1.76
18973240--18973315	30	2.5	30	89	0	116	26	23	10	39	1.87
18973239--18973444	60	3.4	59	73	7	182	25	24	12	37	1.91
18973359--18973440	30	2.7	30	77	7	103	28	24	10	36	1.89
18973239--18973546	120	2.6	119	83	2	368	22	25	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18973479--18973546	30	2.3	30	85	7	86	22	23	16	38	1.93
18988346--18988618	72	3.8	71	83	3	341	54	14	5	25	1.63
18991059--18991095	13	2.7	14	80	20	51	64	8	5	21	1.40
19000539--19000575	16	2.1	18	85	14	51	10	16	2	70	1.27
19004688--19004748	9	6.6	9	77	7	50	34	3	3	59	1.30
19004689--19004726	18	2.1	18	90	0	58	42	2	0	55	1.14
19009503--19009571	30	2.3	30	87	2	93	30	26	4	39	1.75
19011153--19011201	20	2.5	20	80	3	64	55	0	2	42	1.11
19011315--19011360	22	2.1	22	84	4	58	56	13	4	26	1.55
19011939--19011975	17	2.1	18	85	14	51	54	18	2	24	1.57
19012891--19012917	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
19035687--19035747	30	2.0	30	93	0	104	29	13	21	36	1.91
19036210--19036521	87	3.5	88	77	5	236	35	13	11	40	1.80
19036482--19036697	84	2.7	78	84	5	245	31	9	10	48	1.70
19036734--19036844	58	1.9	59	83	5	145	25	7	12	54	1.63
19041482--19041528	7	6.7	7	83	9	51	38	4	31	25	1.75
19041513--19041706	46	4.3	46	92	1	304	32	15	23	27	1.95
19043885--19043959	3	25.3	3	75	12	66	65	5	2	26	1.27
19043884--19043976	15	5.9	15	70	15	55	66	5	2	25	1.24
19043902--19043978	24	3.1	24	83	9	75	66	3	2	27	1.22
19050720--19050757	14	2.8	14	84	4	51	26	18	5	50	1.68
19051912--19051981	34	2.1	34	97	0	131	30	12	12	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19051970--19052008	19	2.1	18	90	4	60	12	7	5	74	1.20
19058121--19058345	109	2.1	109	99	0	441	30	12	12	44	1.79
19062131--19062187	24	2.4	24	90	0	87	38	5	8	47	1.57
19065464--19065521	24	2.4	24	82	0	71	36	5	8	50	1.56
19072346--19072405	17	3.6	17	78	10	61	8	0	18	73	1.08
19072343--19072405	16	4.0	15	77	18	58	7	0	17	74	1.05
19075003--19075041	20	2.0	20	90	5	62	48	10	12	28	1.74
19089948--19090169	39	5.7	39	84	7	265	25	27	22	24	1.99
19093189--19093722	114	4.7	114	88	0	746	25	20	25	28	1.99
19094342--19094401	22	2.7	23	78	12	56	23	1	41	33	1.64
19094897--19095169	151	1.8	146	81	8	318	47	12	13	26	1.79
19095040--19095305	91	2.8	92	77	8	313	49	11	12	27	1.74
19095557--19095610	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
19095595--19095697	46	2.2	48	92	5	174	46	7	0	45	1.32
19099884--19099913	15	2.0	15	93	0	51	43	0	33	23	1.54
19100381--19100480	43	2.3	43	89	0	146	27	21	28	24	1.99
19104497--19104583	25	3.5	25	77	3	86	20	24	22	32	1.98
19111435--19111529	35	2.7	34	85	6	111	75	7	8	8	1.18
19113455--19113546	23	3.9	23	73	15	80	21	26	20	31	1.98
19131806--19131849	14	2.9	15	86	10	54	27	0	4	68	1.09
19131805--19131856	21	2.6	19	77	19	52	26	0	7	65	1.20
19132589--19132723	40	3.4	39	76	8	123	37	22	19	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19132760--19133082	41	7.9	41	92	0	502	20	23	27	29	1.99
19133838--19133869	15	2.1	16	94	5	57	21	0	31	46	1.52
19134356--19134406	22	2.3	22	82	0	66	21	1	47	29	1.62
19136924--19137428	252	2.0	252	98	0	983	27	11	22	39	1.88
19138526--19138579	28	1.9	28	85	7	74	29	11	27	31	1.91
19138526--19138586	28	2.2	28	82	5	70	31	9	26	32	1.89
19140029--19140094	34	1.9	35	84	9	91	40	1	3	54	1.25
19140246--19140489	43	5.7	42	85	5	294	23	17	32	26	1.97
19140246--19140526	43	6.6	41	77	11	210	24	17	31	26	1.97
19140240--19140548	86	3.6	82	77	7	278	23	17	31	27	1.97
19147289--19147364	38	2.0	39	92	2	127	21	17	26	35	1.95
19170161--19170259	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
19172127--19172152	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
19180337--19180406	37	1.9	35	86	11	97	40	0	4	55	1.19
19180336--19180438	48	2.1	48	82	8	118	39	0	4	54	1.28
19180422--19180538	62	1.9	59	83	8	146	39	3	3	53	1.34
19180710--19180759	23	2.2	23	88	0	73	40	12	10	38	1.76
19186722--19186785	32	2.0	32	96	0	119	45	28	4	21	1.72
19187048--19187111	26	2.5	26	81	0	74	28	23	23	25	2.00
19189085--19189116	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
19200213--19200254	22	1.9	22	90	9	68	57	9	4	28	1.51
19208103--19208201	25	4.1	23	72	13	67	31	2	3	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19208107--19208143	19	1.9	19	94	0	65	32	0	5	62	1.18
19211200--19211234	13	2.7	13	95	0	61	5	20	51	22	1.68
19211869--19211930	30	2.0	31	87	6	90	45	19	6	29	1.75
19212032--19212063	17	1.9	16	93	6	55	28	37	18	15	1.92
19219314--19219457	72	2.0	72	94	0	252	29	18	20	31	1.96
19221585--19221623	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
19221780--19221810	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
19225158--19225187	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
19225928--19225966	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
19226123--19226153	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
19239724--19239807	3	27.3	3	78	17	84	33	2	2	61	1.21
19240091--19240126	16	2.2	16	90	0	54	33	11	5	50	1.61
19243360--19243407	24	2.0	24	100	0	96	29	8	20	41	1.81
19245916--19245973	24	2.4	23	77	11	62	32	0	1	65	1.03
19245930--19245985	14	4.0	15	77	13	57	30	0	1	67	1.01
19248138--19248186	20	2.4	21	82	3	55	61	6	0	32	1.21
19248667--19248705	20	1.9	20	84	5	51	43	2	0	53	1.14
19248980--19249009	3	10.3	3	92	7	53	70	0	30	0	0.88
19249052--19249090	21	1.9	20	84	5	51	64	2	30	2	1.21
19249286--19249321	16	2.2	16	90	9	56	33	2	8	55	1.44
19249291--19249522	76	2.9	78	74	12	222	34	5	11	49	1.62
19251986--19252102	5	23.2	5	80	13	98	43	0	1	53	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19253191--19253247	25	2.3	25	84	6	71	17	24	19	38	1.93
19253203--19253294	22	4.0	22	82	4	94	15	23	20	40	1.91
19255189--19255294	41	2.6	41	92	0	167	31	23	21	23	1.99
19257104--19257128	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
19262992--19263027	14	2.6	14	90	0	63	13	36	25	25	1.93
19263514--19263873	157	2.3	159	90	2	584	28	8	8	55	1.59
19264026--19264170	30	5.4	28	73	20	116	63	7	4	24	1.39
19264049--19264115	23	3.0	22	79	14	66	67	5	1	25	1.22
19264022--19264141	38	3.2	36	75	19	120	65	6	3	25	1.33
19264101--19264170	29	2.4	30	85	7	90	61	8	5	24	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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