genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9839--9895	26	2.3	25	90	6	89	24	10	26	38	1.88
21173--21198	6	4.3	6	100	0	52	15	19	15	50	1.79
27651--27675	13	1.9	13	100	0	50	64	4	8	24	1.38
30552--30888	159	2.1	159	96	0	611	40	17	17	24	1.91
40575--40625	25	2.0	25	92	0	84	39	5	19	35	1.76
41295--41333	21	2.0	20	90	10	62	46	10	0	43	1.37
41904--41954	22	2.4	23	84	12	65	33	3	3	58	1.35
42704--42754	23	2.1	24	82	7	59	41	1	3	52	1.31
44447--44542	41	2.3	41	96	0	174	36	29	5	29	1.79
53697--53756	16	3.7	16	74	12	59	46	5	5	43	1.47
53799--53886	42	2.1	42	100	0	176	23	4	15	55	1.59
69047--69099	5	10.8	5	95	4	63	20	30	20	28	1.98
69047--69095	24	2.0	24	84	0	62	20	30	20	28	1.98
71954--72324	29	12.8	29	70	19	247	35	4	29	30	1.78
71924--72321	58	6.8	58	88	3	577	35	5	29	29	1.79
71924--72321	117	3.4	117	92	3	617	35	5	29	29	1.79
73486--73524	15	2.5	15	87	8	51	48	0	0	51	1.00
74298--74397	50	2.0	50	82	3	121	52	7	1	40	1.35
74323--74410	17	5.2	17	80	10	92	56	5	2	35	1.35
74363--74409	23	2.0	23	84	8	60	57	2	2	38	1.23
83713--83742	6	5.0	6	100	0	60	16	50	0	33	1.46
99435--99479	20	2.3	19	88	3	63	24	0	2	73	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100010--100042	17	1.9	17	93	0	57	30	18	9	42	1.81
100406--100432	13	2.1	13	100	0	54	40	29	0	29	1.57
101938--101991	19	3.0	18	75	17	58	64	9	3	22	1.38
103456--103481	9	2.9	9	100	0	52	34	11	11	42	1.77
103630--103749	58	2.1	58	88	3	179	47	17	0	34	1.54
107550--107619	31	2.3	31	89	0	104	28	12	10	48	1.74
122496--122539	21	2.1	21	86	0	61	31	31	6	29	1.84
129075--129105	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
138703--138762	30	2.0	30	87	3	86	35	6	11	46	1.67
138947--139014	29	2.4	29	85	4	86	45	5	2	45	1.42
139520--139571	27	1.9	27	96	0	95	13	26	5	53	1.62
145488--145519	14	2.2	15	94	5	57	28	0	0	71	0.86
147177--147261	31	2.8	30	91	7	136	42	18	12	25	1.86
150134--150178	22	2.0	22	100	0	90	42	22	8	26	1.83
150783--150846	24	2.7	23	73	11	58	31	0	7	60	1.25
154127--154200	33	2.3	33	83	6	89	51	14	2	31	1.57
155923--156004	42	2.0	42	90	0	128	31	0	18	50	1.47
160445--160513	27	2.5	27	85	2	93	49	8	14	27	1.73
167473--167572	20	5.3	18	70	24	57	64	3	3	30	1.24
167483--167572	9	9.9	9	73	15	55	64	2	3	30	1.22
168081--168148	29	2.3	30	84	5	84	19	14	14	51	1.76
168571--168641	29	2.4	29	81	9	81	49	12	11	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173871--173924	23	2.3	23	81	6	56	35	12	16	35	1.87
174056--174110	18	3.0	19	82	10	62	56	5	0	38	1.23
182665--182715	6	8.5	6	87	8	77	47	0	31	21	1.51
186561--186611	10	5.0	10	75	11	50	1	19	9	68	1.27
193834--193878	23	2.0	22	86	4	63	48	2	2	46	1.26
193868--193914	23	2.0	24	88	8	71	63	2	4	29	1.25
196200--196251	26	2.0	26	85	11	70	51	3	9	34	1.53
200146--200172	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
201558--201624	32	2.1	32	91	0	107	34	29	17	17	1.94
203594--203618	7	3.6	7	100	0	50	48	16	12	24	1.79
209330--209378	23	2.1	23	88	0	71	44	8	2	44	1.45
212523--212580	31	1.9	31	85	3	82	60	12	0	27	1.32
212927--212977	24	2.1	24	100	0	102	66	7	0	25	1.18
232155--232441	119	2.4	119	90	3	429	40	20	11	27	1.86
242017--242211	102	1.9	102	91	0	318	34	10	14	40	1.80
243049--243259	118	1.8	115	87	3	314	31	15	14	38	1.87
244829--244883	17	3.3	17	82	5	76	20	1	14	63	1.39
244823--244887	33	2.0	33	93	0	112	20	1	13	64	1.36
248687--248801	60	1.9	60	89	0	176	42	3	20	33	1.69
248752--249020	90	3.0	87	75	13	276	39	2	20	37	1.67
248759--249084	60	5.5	59	82	6	367	39	2	21	37	1.65
248759--249084	120	2.7	119	84	9	414	39	2	21	37	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248759--249080	30	10.8	30	71	13	209	39	2	20	37	1.65
250572--250653	35	2.4	35	80	10	105	51	4	2	41	1.36
250575--250653	17	4.5	17	79	4	86	53	3	2	40	1.33
251376--251414	16	2.4	16	95	0	69	10	33	10	46	1.72
262076--262127	25	2.1	25	100	0	104	23	15	21	40	1.91
262738--262775	19	2.0	19	90	10	60	71	0	5	23	1.07
262738--262790	19	2.7	20	82	11	56	67	1	3	26	1.17
262738--262790	20	2.7	20	82	11	56	67	1	3	26	1.17
272610--272730	23	5.2	23	79	11	138	12	24	22	40	1.88
272610--272730	48	2.6	47	82	6	147	12	24	22	40	1.88
272729--272822	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
277148--277190	20	2.2	20	86	0	59	51	2	0	46	1.13
282491--282557	26	2.5	26	74	16	64	32	2	0	64	1.09
282500--282561	22	2.7	22	75	9	54	32	3	0	64	1.09
296782--296817	14	2.6	14	100	0	72	50	0	8	41	1.33
300239--300400	83	2.0	83	93	0	279	38	11	15	34	1.84
311831--311865	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
315706--315754	12	4.1	12	91	0	62	22	0	46	30	1.52
315712--315754	6	7.2	6	91	0	68	20	0	46	32	1.51
316081--316767	276	2.5	267	80	10	765	29	8	23	38	1.85
320587--320628	22	2.0	21	90	4	66	42	2	0	54	1.13
324136--324173	16	2.4	16	86	8	51	28	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353643--353686	22	2.0	22	90	0	70	52	36	4	6	1.49
355157--355343	48	3.9	48	73	9	141	27	11	32	27	1.92
360153--360192	20	2.0	21	90	5	64	72	7	0	20	1.08
365169--365239	32	2.2	32	97	2	135	42	29	8	19	1.81
368019--368058	15	2.5	17	80	19	50	50	0	0	50	1.00
368067--368126	29	2.1	27	84	6	75	40	5	5	50	1.46
380784--380815	16	2.0	16	100	0	64	12	37	25	25	1.91
380893--380933	18	2.3	18	86	0	55	46	0	0	53	1.00
380900--380942	18	2.4	18	84	0	59	48	0	0	51	1.00
381490--381622	70	1.9	67	86	4	185	33	12	12	42	1.79
388249--388303	28	2.0	28	85	7	76	61	1	0	36	1.06
398012--398117	52	2.1	52	92	1	178	37	18	4	38	1.72
400249--400307	29	2.0	29	100	0	118	47	10	3	38	1.54
405751--405826	31	2.5	29	74	6	71	52	11	2	32	1.52
416570--416621	10	5.8	9	78	14	54	67	5	0	26	1.13
416578--416621	19	2.3	19	92	7	72	68	4	0	27	1.09
416578--416622	9	4.8	9	81	10	54	68	4	0	26	1.08
416701--416767	32	2.1	32	81	8	75	28	7	19	44	1.77
432301--432372	29	2.5	29	86	0	99	45	11	11	31	1.75
444585--445128	86	6.3	86	88	0	676	17	15	19	47	1.82
453277--453313	19	1.9	19	88	0	56	35	5	0	59	1.20
462139--462218	42	1.9	41	92	2	133	15	30	15	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
463623--463653	15	2.1	15	100	0	62	67	0	0	32	0.91
465207--465435	111	2.0	112	84	9	293	38	19	15	26	1.91
465324--465667	147	2.3	147	89	2	503	36	20	15	28	1.93
474272--474329	28	2.1	28	93	0	98	29	8	20	41	1.82
476207--476268	24	2.6	24	84	0	88	33	12	17	35	1.88
477343--477450	48	2.3	45	85	4	135	48	16	20	14	1.81
480344--480399	2	28.0	2	79	0	58	51	41	1	5	1.35
496023--496077	20	2.7	21	85	2	67	52	0	0	47	1.00
496032--496086	24	2.3	24	87	12	78	56	0	0	43	0.99
502886--502924	18	2.2	19	90	9	64	58	0	23	17	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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