genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21679818--21680034	43	5.0	43	90	1	301	36	19	9	34	1.84
21690998--21691073	26	2.8	26	77	20	66	21	7	7	63	1.47
21691146--21691203	27	2.1	27	84	12	75	15	3	3	77	1.04
21691165--21691209	15	2.9	15	83	6	54	20	2	2	75	1.01
21691359--21691383	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21692968--21693015	15	3.2	15	77	11	53	29	33	18	18	1.95
21694347--21694381	17	2.1	17	100	0	70	77	5	5	11	1.12
21701235--21701710	216	2.2	216	86	3	665	42	13	18	26	1.87
21701448--21702031	323	1.8	323	85	5	840	40	13	18	27	1.88
21701709--21710339	216	39.6	216	73	10	5390	39	15	17	27	1.89
21701709--21713122	431	26.0	431	71	11	6245	39	15	17	27	1.89
21701709--21716582	432	33.8	432	70	12	6661	39	15	17	27	1.89
21707604--21707644	21	2.0	21	85	4	57	53	12	4	29	1.58
21710934--21710973	21	2.0	21	85	14	57	52	12	7	27	1.66
21710889--21713122	215	10.4	216	82	4	2509	41	14	16	27	1.87
21710889--21713122	216	10.4	214	81	5	2192	41	14	16	27	1.87
21713123--21716582	216	16.3	215	76	9	2771	40	14	16	27	1.88
21714941--21715322	194	2.0	195	87	3	563	40	15	17	27	1.89
21716655--21716957	160	1.9	160	87	2	448	42	13	18	25	1.87
21716797--21718618	216	8.4	216	85	1	2152	40	14	16	27	1.88
21716804--21718618	431	4.2	431	84	2	2128	41	14	16	27	1.88
21716804--21718601	647	2.8	643	85	2	2291	41	14	16	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21718691--21718991	160	1.9	160	85	2	417	44	13	16	25	1.84
21718835--21722683	216	17.8	216	84	2	4715	41	14	17	26	1.88
21722529--21722837	162	1.9	161	85	0	429	44	13	15	25	1.83
21722098--21723231	591	1.9	594	83	3	1482	40	14	17	27	1.88
21722692--21725225	216	11.8	216	82	2	2914	40	14	16	27	1.88
21724756--21724796	20	2.0	20	85	4	55	53	12	7	26	1.64
21726429--21726497	15	4.6	15	73	7	50	24	27	27	20	1.99
21730115--21741275	216	51.8	216	83	2	12736	40	14	17	27	1.88
21730115--21776330	432	106.6	429	76	7	33676	40	15	16	27	1.89
21741135--21741438	162	1.9	163	84	3	416	41	15	15	27	1.87
21741277--21741876	216	2.8	214	85	2	772	40	14	16	28	1.88
21743311--21743400	32	2.8	32	87	0	126	30	10	21	38	1.86
21744183--21767517	216	108.5	216	82	2	26387	41	15	16	26	1.88
21744183--21776330	861	37.4	862	90	2	36271	41	15	16	26	1.88
21767531--21776330	216	40.9	214	82	3	9761	40	14	17	27	1.88
21783161--21783245	38	2.2	38	80	0	89	31	5	15	47	1.69
21787650--21787693	13	3.2	14	81	12	56	4	25	0	70	1.06
21787637--21787675	20	2.0	20	85	10	53	5	23	0	71	1.05
21787656--21787703	13	3.4	14	82	11	53	4	25	2	68	1.18
21787670--21787726	19	2.9	20	69	25	50	5	26	1	66	1.22
21790893--21790987	32	3.0	32	92	0	145	40	21	9	29	1.84
21791033--21791130	39	2.5	39	94	0	178	52	16	6	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21794537--21794581	24	2.0	24	86	8	67	24	13	2	60	1.45
21802007--21802063	12	4.5	13	76	12	57	3	28	0	68	1.06
21802022--21802101	29	2.8	28	76	17	76	5	23	0	71	1.06
21802019--21802101	11	7.1	11	71	18	53	4	24	0	71	1.06
21804134--21804178	23	2.0	22	87	12	65	24	11	2	62	1.40
21804518--21804615	15	6.5	15	71	4	63	23	22	24	29	1.99
21804586--21804627	15	2.8	15	81	0	57	23	33	21	21	1.97
21808266--21808300	18	1.9	18	88	0	52	48	14	2	34	1.58
21814588--21814719	48	2.8	48	94	0	219	22	10	14	52	1.72
21814590--21814734	48	3.0	46	88	7	168	24	11	14	50	1.75
21820531--21820715	79	2.4	79	90	0	300	30	28	21	20	1.98
21825306--21825376	15	4.7	15	76	0	70	26	23	23	25	2.00
21839667--21839730	32	2.0	32	84	6	85	26	10	15	46	1.79
21839827--21839955	50	2.6	50	79	1	150	33	15	13	37	1.87
21842387--21842831	195	2.3	195	90	0	692	30	18	24	26	1.98
21843541--21843598	21	2.8	21	76	7	64	27	10	25	36	1.89
21844566--21844612	21	2.2	21	100	0	94	29	4	12	53	1.58
21846785--21846842	21	2.8	21	78	7	73	25	10	27	36	1.89
21847921--21847982	24	2.5	25	84	5	81	62	3	17	16	1.45
21848745--21848770	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
21850613--21850738	51	2.5	50	86	1	180	34	15	13	36	1.86
21851874--21851929	21	2.7	21	75	10	60	21	25	41	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21866151--21866202	8	6.4	8	86	10	61	53	3	1	40	1.30
21869369--21869417	24	2.0	25	84	8	64	55	4	2	38	1.31
21874248--21874507	131	2.0	131	99	0	511	39	11	15	33	1.84
21877581--21877636	21	2.7	21	75	5	60	26	8	26	37	1.86
21880382--21880828	194	2.3	195	88	1	682	29	18	24	26	1.98
21881550--21881604	21	2.6	21	74	8	58	25	10	25	38	1.88
21882497--21882542	17	2.7	17	86	0	56	41	2	2	54	1.25
21882514--21882560	17	2.9	17	87	12	73	40	4	0	55	1.19
21883373--21883412	3	13.0	3	84	5	53	60	0	0	40	0.97
21883351--21883411	22	2.7	23	87	5	79	54	0	3	42	1.17
21883373--21883410	16	2.4	16	82	4	51	57	0	0	42	0.98
21883957--21883991	9	4.0	9	88	3	54	31	0	45	22	1.53
21884553--21884951	58	6.9	58	83	6	427	33	29	2	34	1.72
21884585--21884846	29	9.1	28	71	15	178	35	28	1	33	1.68
21893188--21893313	37	3.4	37	72	22	136	33	13	19	33	1.91
21893350--21893978	76	8.3	76	91	0	963	33	15	17	33	1.91
21893166--21893983	152	5.4	151	88	4	1147	32	15	17	33	1.92
21893166--21893983	228	3.6	229	90	3	1200	32	15	17	33	1.92
21894248--21894341	6	15.8	6	69	17	63	39	2	3	55	1.28
21894261--21894340	17	4.9	17	84	9	94	37	2	2	57	1.26
21894247--21894302	28	2.0	29	89	3	87	37	1	3	57	1.27
21894282--21894340	31	1.9	31	92	0	100	38	3	1	55	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21894255--21894334	11	6.9	11	72	10	52	37	2	2	57	1.26
21895734--21895768	9	4.0	9	88	3	54	31	0	45	22	1.53
21896331--21896734	59	6.9	59	82	5	401	32	28	3	35	1.73
21896331--21896733	118	3.4	115	83	5	443	32	28	3	35	1.73
21896548--21896641	30	3.2	29	67	19	77	34	24	2	39	1.67
21896331--21896733	177	2.3	175	83	5	481	32	28	3	35	1.73
21898127--21898173	21	2.2	21	96	0	85	31	4	10	53	1.55
21901416--21901471	25	2.3	25	81	3	69	66	3	14	16	1.39
21903903--21903965	31	2.0	31	82	14	76	26	11	14	47	1.77
21904065--21904217	50	3.0	50	80	1	162	33	14	12	39	1.83
21906766--21906942	42	4.3	41	81	4	196	27	22	26	23	1.99
21906752--21906942	83	2.3	81	83	6	242	26	23	26	23	2.00
21908025--21908059	17	2.1	17	89	10	54	65	0	5	28	1.15
21910725--21910772	10	4.8	10	76	19	55	39	0	2	58	1.10
21910725--21910759	18	1.9	18	94	0	61	37	0	2	60	1.12
21910697--21911100	135	3.0	135	96	0	738	45	1	5	47	1.35
21911002--21911246	76	3.2	76	97	0	456	42	1	5	51	1.34
21911233--21911282	18	2.8	18	81	0	73	48	0	2	50	1.12
21911570--21911659	18	5.6	17	72	17	61	41	1	2	55	1.19
21911577--21911645	26	2.6	26	82	13	86	43	0	1	55	1.08
21911767--21912017	76	3.3	76	95	0	441	42	1	5	50	1.34
21911632--21912509	286	3.1	286	90	4	1283	43	1	4	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21911767--21912509	362	2.0	363	93	1	1283	43	1	4	50	1.31
21912183--21912295	22	4.7	22	66	24	68	43	0	2	53	1.21
21912051--21912509	76	6.2	76	88	7	687	42	1	4	51	1.29
21912356--21912827	18	25.9	18	66	18	94	43	1	3	50	1.30
21912362--21912434	26	2.8	26	80	19	89	42	0	1	56	1.08
21912356--21912487	62	2.1	61	83	8	160	42	0	2	54	1.18
21911806--21912537	152	5.0	147	80	13	693	43	1	4	50	1.30
21912202--21912770	112	5.2	112	78	12	484	43	1	4	50	1.32
21912748--21912829	4	20.0	4	69	14	51	43	1	0	54	1.07
21912748--21912827	8	9.8	8	75	17	67	43	1	0	55	1.08

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