genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

This is table  54  of  163  ( 19493 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13511417--13511446	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
13514838--13514874	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
13519753--13519783	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
13525043--13525082	21	1.9	21	85	10	55	22	5	5	67	1.30
13530562--13530811	58	4.3	58	85	4	326	35	4	30	30	1.77
13530561--13530779	115	1.9	116	90	2	352	35	4	30	29	1.78
13530590--13530990	29	13.7	29	73	14	162	38	2	25	33	1.70
13530794--13530990	30	6.6	29	83	10	220	42	1	19	37	1.58
13530793--13531006	60	3.6	60	89	0	295	41	0	20	37	1.59
13530794--13531010	90	2.4	89	81	8	244	41	1	19	36	1.60
13531296--13531358	32	1.9	33	83	3	83	53	7	15	22	1.67
13535084--13535140	18	3.1	19	80	12	66	61	1	1	35	1.17
13535250--13535283	16	2.1	17	94	5	61	47	2	0	50	1.16
13537516--13537565	24	2.1	23	82	10	57	36	4	2	58	1.29
13537548--13537702	56	2.7	56	79	6	179	45	1	2	50	1.23
13539283--13539656	59	6.4	59	82	2	441	32	4	29	32	1.79
13539282--13539655	117	3.2	116	84	4	448	32	5	29	32	1.79
13539318--13539653	176	1.9	176	87	3	489	33	3	29	32	1.76
13540415--13540441	14	1.9	14	100	0	54	37	25	22	14	1.93
13540679--13540762	20	4.2	20	70	16	57	45	3	0	51	1.18
13541528--13541621	6	15.8	6	69	17	54	55	3	3	38	1.32
13541529--13541608	17	4.9	16	77	14	83	57	2	3	36	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13541529--13541587	31	1.9	31	92	0	100	55	1	3	38	1.26
13541890--13542858	76	12.8	76	91	0	1523	33	18	15	32	1.92
13566148--13566207	28	2.1	28	84	0	75	28	13	30	28	1.94
13566194--13566560	59	6.3	58	86	3	520	34	2	28	34	1.73
13566194--13566560	177	2.1	176	92	3	605	34	2	28	34	1.73
13567301--13567477	42	4.3	41	76	7	155	28	23	25	22	1.99
13568559--13568591	16	2.1	16	88	11	50	63	0	6	30	1.18
13570165--13570195	12	2.6	12	100	0	62	32	16	16	35	1.91
13571064--13571325	18	13.9	18	67	19	108	42	1	4	51	1.33
13571091--13571367	32	8.6	32	68	20	123	43	2	5	49	1.36
13571147--13571204	8	7.2	8	74	14	57	39	0	1	58	1.08
13571103--13571259	54	3.2	54	67	23	162	42	1	5	49	1.37
13571064--13571264	94	2.1	94	96	0	366	41	1	5	51	1.34
13571152--13571721	133	4.2	133	83	10	718	44	1	4	49	1.33
13571282--13571338	10	5.6	10	76	17	55	38	1	1	57	1.19
13571298--13571680	76	5.3	74	79	13	386	43	1	5	49	1.36
13571433--13571677	76	3.2	76	95	2	440	41	1	5	51	1.35
13571165--13571711	210	2.6	209	76	14	638	44	1	5	48	1.34
13571664--13571721	18	3.2	18	82	0	80	46	0	1	51	1.11
13572001--13572101	8	12.1	8	71	19	73	42	0	0	55	1.13
13572007--13572089	26	3.1	26	76	6	85	42	1	1	55	1.15
13577580--13577726	66	2.2	66	87	1	215	43	14	23	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13577721--13577763	21	2.0	21	95	0	77	30	23	46	0	1.52
13577727--13577773	21	2.2	21	84	0	58	38	21	40	0	1.53
13578056--13578389	43	7.8	44	91	3	504	27	20	31	19	1.97
13578660--13578686	14	1.9	14	100	0	54	37	25	22	14	1.93
13579765--13579822	17	3.6	16	79	13	66	58	3	1	36	1.25
13579766--13579830	17	3.9	17	80	13	64	58	4	1	35	1.28
13581480--13581591	12	9.4	12	82	1	118	67	18	5	8	1.35
13581482--13581591	24	4.6	24	83	6	134	67	19	5	8	1.37
13581480--13581591	36	3.1	35	84	2	143	67	18	5	8	1.35
13581479--13581591	47	2.4	46	82	5	136	68	18	5	7	1.34
13581487--13581609	24	5.1	24	83	8	117	68	16	5	9	1.36
13581582--13581653	33	2.2	33	87	9	103	68	16	4	11	1.35
13581637--13581746	22	5.2	21	71	12	100	68	16	7	8	1.37
13581637--13581757	41	2.9	43	81	9	151	67	17	6	8	1.38
13581617--13581759	22	6.8	22	70	18	90	67	17	6	9	1.39
13588313--13588366	27	2.0	27	96	0	99	46	12	0	40	1.42
13595652--13595678	6	4.5	6	100	0	54	18	14	37	29	1.91
13596094--13596154	30	2.0	30	87	6	88	21	37	0	40	1.53
13604754--13604811	28	2.2	26	80	14	66	39	1	8	50	1.43
13604765--13604820	28	2.0	28	100	0	112	39	3	7	50	1.47
13609639--13609713	37	2.1	36	87	2	105	40	10	14	34	1.81
13619188--13619224	11	3.2	12	92	7	51	45	2	0	51	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13619197--13619224	11	2.5	11	100	0	56	46	0	0	53	1.00
13622875--13622939	18	3.6	18	89	2	103	20	23	26	30	1.98
13623616--13623671	21	2.7	21	78	13	62	30	10	28	30	1.91
13624472--13624517	23	2.0	23	83	8	58	45	4	6	43	1.49
13630612--13630747	67	2.0	67	100	0	272	46	23	7	22	1.77
13633573--13633659	36	2.4	36	98	0	165	31	17	26	25	1.97
13633605--13633714	55	2.0	55	92	0	184	30	18	23	27	1.97
13633660--13633731	36	2.0	36	83	5	92	36	15	23	25	1.94
13635075--13635100	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
13643479--13643533	23	2.3	23	87	3	74	16	21	36	25	1.94
13643772--13643810	9	4.1	9	87	9	51	20	7	2	69	1.26
13655478--13655922	196	2.3	196	92	1	741	26	19	26	27	1.99
13657791--13658251	232	2.0	232	94	0	805	27	9	26	36	1.88
13667415--13667474	24	2.5	25	73	26	58	45	1	1	51	1.21
13667431--13667477	25	1.9	25	86	4	69	44	2	0	53	1.12
13668710--13668761	26	2.0	26	100	0	104	34	19	11	34	1.88
13682504--13682533	15	1.9	15	93	6	51	86	6	3	3	0.77
13682504--13682534	16	1.9	16	93	0	53	87	6	3	3	0.75
13683519--13683544	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13685733--13685807	5	15.0	5	95	0	105	21	54	18	5	1.63
13691644--13691679	18	2.1	16	90	10	54	52	0	16	30	1.44
13692217--13692456	52	4.6	52	91	1	383	26	14	24	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13702087--13702153	32	2.1	32	83	2	82	34	2	4	58	1.34
13703102--13703167	31	2.1	31	100	0	132	48	6	3	42	1.43
13707334--13707397	11	5.8	11	76	7	67	42	1	1	54	1.19
13707337--13707395	17	3.6	16	81	6	73	38	1	1	57	1.19
13709329--13709601	30	9.2	30	68	25	154	32	27	4	34	1.78
13709333--13709602	29	9.2	29	68	25	158	32	27	4	35	1.78
13709330--13709611	59	4.8	59	87	1	397	31	27	4	35	1.77
13709626--13709687	28	2.2	29	78	18	69	32	29	11	27	1.91
13720486--13721024	76	7.1	76	90	1	733	32	15	18	33	1.92
13720486--13721116	152	4.0	150	85	5	708	33	16	18	32	1.93
13720545--13720974	38	11.4	38	64	15	192	33	14	18	33	1.91
13720944--13721157	92	2.3	92	92	3	344	35	19	16	28	1.94
13721084--13721181	50	2.0	50	85	4	135	37	19	18	24	1.94
13721430--13721488	17	3.6	16	81	6	73	38	1	1	57	1.19
13721427--13721490	11	5.8	11	76	7	67	42	1	1	54	1.19
13723442--13723604	29	5.6	28	66	24	79	34	26	3	35	1.74
13723439--13723725	59	4.9	59	88	3	409	33	29	3	33	1.73
13723439--13723747	117	2.6	117	86	7	405	34	28	2	34	1.72
13723463--13723748	29	9.8	29	68	24	122	33	28	2	35	1.71
13723439--13723782	117	2.9	116	82	7	392	33	29	3	34	1.74
13723634--13723777	29	4.9	28	73	22	84	31	31	3	34	1.75
13729046--13729087	19	2.2	19	83	8	50	23	4	2	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13729897--13729945	23	2.2	22	85	10	64	59	0	0	40	0.98
13731091--13731180	34	2.6	34	89	0	135	20	31	2	46	1.62
13732387--13732456	30	2.3	30	97	0	131	14	18	41	25	1.88
13736612--13736702	34	2.7	34	89	0	137	19	28	2	49	1.60
13739793--13739859	29	2.3	29	84	5	82	44	5	4	44	1.48
13741008--13741046	20	2.0	20	94	0	69	25	7	25	41	1.82
13757931--13758584	78	8.2	79	78	10	505	27	16	23	33	1.96
13758162--13758444	83	3.5	78	84	5	241	27	16	23	32	1.96
13757871--13758584	40	17.8	41	76	8	553	26	16	23	33	1.96
13758674--13759100	49	8.7	49	73	8	258	18	29	15	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163