genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20411950--20411995	15	3.1	15	87	0	56	47	10	28	13	1.76
20422859--20423044	89	2.1	89	86	5	252	37	8	15	38	1.78
20423603--20423665	30	2.1	31	84	3	83	26	11	9	52	1.67
20423905--20424050	58	2.5	59	80	2	159	50	10	11	26	1.72
20426891--20426954	31	2.1	31	83	13	80	53	20	3	23	1.60
20426891--20426954	30	2.1	30	83	13	78	53	20	3	23	1.60
20429352--20429499	24	5.8	24	69	13	107	21	28	18	31	1.97
20429375--20429520	24	5.5	28	66	15	103	23	24	18	32	1.97
20429346--20429524	52	3.4	52	89	3	270	23	26	18	31	1.98
20430395--20430433	21	1.9	20	84	5	51	43	25	0	30	1.55
20435027--20435170	24	5.7	24	81	6	90	22	27	17	32	1.96
20435049--20435251	28	7.7	28	73	10	151	22	25	17	34	1.96
20435101--20435251	52	2.9	52	86	0	212	21	26	17	33	1.96
20436123--20436161	21	1.9	20	84	5	51	43	25	0	30	1.55
20442194--20442309	52	2.2	52	93	1	196	52	6	3	37	1.45
20444882--20445019	39	3.5	39	81	3	152	24	17	20	37	1.93
20444886--20445061	39	4.5	39	76	8	133	23	17	20	38	1.93
20444883--20445031	79	1.9	78	81	4	183	24	16	19	38	1.92
20452155--20452192	13	3.0	13	80	7	51	52	2	2	42	1.29
20458314--20458338	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
20472835--20472871	19	1.9	19	94	0	65	37	13	24	24	1.91
20499353--20499391	20	2.0	20	85	10	53	38	17	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20519094--20519124	16	1.9	16	93	0	53	22	3	19	54	1.58
20520109--20520241	67	2.0	67	88	2	196	30	18	18	32	1.95
20520232--20520425	96	2.0	96	100	0	388	37	11	11	39	1.77
20523004--20523084	34	2.3	36	81	8	87	67	0	0	32	0.91
20523452--20523484	8	4.2	8	88	3	50	27	0	3	69	1.03
20523426--20523517	45	2.0	45	81	8	107	35	1	6	56	1.32
20525438--20525504	28	2.4	28	90	2	100	16	23	23	35	1.95
20526036--20526067	11	3.1	11	91	8	50	46	0	0	53	1.00
20526008--20526098	40	2.4	38	89	7	132	48	0	1	50	1.08
20527086--20527169	9	9.8	9	72	25	67	45	0	0	54	0.99
20527086--20527169	38	2.2	38	87	10	118	45	0	0	54	0.99
20527129--20527171	22	2.0	22	90	4	70	51	0	0	48	1.00
20530200--20530324	43	2.9	43	89	0	178	28	28	14	28	1.95
20531512--20531596	42	2.0	42	100	0	170	31	18	25	23	1.97
20532753--20532858	42	2.5	42	82	5	135	15	17	15	51	1.76
20532825--20532938	40	2.9	39	84	2	138	18	15	21	44	1.86
20544727--20544833	52	2.1	52	96	0	196	37	11	13	38	1.80
20548007--20548040	17	2.0	17	88	11	52	20	2	5	70	1.21
20551146--20551268	27	4.5	27	90	1	174	26	17	18	36	1.94
20551258--20551367	24	4.6	24	87	0	148	27	23	20	28	1.99
20555066--20555297	101	2.3	102	88	5	337	37	11	13	37	1.81
20555066--20555292	50	4.5	50	83	4	276	36	11	13	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20560454--20560495	21	2.0	22	85	4	59	64	4	19	11	1.44
20562619--20562701	41	2.0	41	92	0	139	40	8	24	26	1.83
20563408--20563458	25	2.0	26	84	3	68	39	11	9	39	1.75
20564282--20564312	16	1.9	16	93	0	53	70	6	9	12	1.31
20576559--20576681	29	4.2	29	69	6	77	32	13	9	44	1.76
20576571--20576682	59	1.9	58	88	1	170	33	13	8	44	1.75
20576991--20578105	564	2.0	563	88	2	1659	34	11	16	37	1.85
20579857--20579912	26	2.1	27	80	9	71	35	32	10	21	1.88
20579898--20579955	19	3.1	19	87	0	80	24	34	13	27	1.93
20584667--20584778	36	3.1	36	84	1	143	39	22	16	21	1.92
20584672--20584775	54	1.9	55	94	2	183	40	22	14	23	1.90
20584668--20584775	18	5.9	18	84	1	126	39	23	14	22	1.91
20602997--20603042	24	2.0	23	86	4	65	63	8	23	4	1.42
20605954--20606048	18	5.3	18	79	6	95	35	20	21	23	1.96
20610764--20610833	19	3.7	19	84	0	86	27	30	15	27	1.96
20610789--20610905	36	3.2	36	83	2	135	35	26	18	19	1.95
20610807--20610913	54	1.9	56	86	3	155	35	25	20	18	1.95
20610807--20610913	18	5.8	18	83	2	133	35	25	20	18	1.95
20612581--20612628	20	2.4	20	100	0	96	37	4	29	29	1.76
20618044--20618214	19	9.2	19	79	1	91	28	25	17	28	1.98
20618035--20618132	38	2.5	39	81	6	119	22	24	17	35	1.95
20618126--20618232	18	5.9	18	85	1	124	34	28	17	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20618129--20618232	36	2.9	36	89	1	145	34	27	17	20	1.95
20618126--20618232	54	2.0	55	86	1	153	34	28	17	19	1.95
20622649--20622732	19	4.4	19	79	5	89	23	30	20	25	1.98
20622628--20622719	38	2.4	37	85	3	112	19	32	19	28	1.96
20622649--20622733	38	2.2	38	82	0	98	23	30	20	25	1.98
20622735--20622805	18	3.7	18	78	14	70	36	26	21	15	1.93
20623869--20623901	14	2.3	15	89	5	50	57	12	0	30	1.35
20629120--20629201	36	2.3	35	79	10	103	35	26	9	28	1.88
20638276--20638331	20	2.9	19	76	10	51	46	16	5	32	1.69
20639309--20639445	50	2.7	51	80	3	161	25	16	18	39	1.91
20639309--20639463	25	6.2	25	74	12	138	24	16	19	39	1.92
20639300--20639475	25	7.0	25	74	14	132	23	17	19	39	1.92
20639309--20639451	51	2.8	49	80	7	153	25	16	19	39	1.92
20639309--20639491	76	2.4	76	81	7	189	24	16	19	39	1.92
20640436--20640485	21	2.4	21	96	3	93	22	10	10	58	1.60
20651119--20651181	21	3.0	20	86	2	72	20	19	38	22	1.94
20662157--20664865	902	3.0	902	99	0	5373	29	21	17	31	1.96
20672324--20672368	24	1.9	23	90	4	72	73	2	4	20	1.11
20672411--20672467	19	3.2	19	79	16	59	75	7	0	17	1.02
20672732--20672768	6	6.3	6	82	17	51	70	0	0	29	0.88
20672735--20672760	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
20674043--20674561	98	5.2	100	85	4	646	25	19	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20674043--20674561	99	5.2	99	85	3	618	25	19	20	35	1.95
20674043--20674561	197	2.6	199	86	4	685	25	19	20	35	1.95
20675118--20675173	20	2.8	20	86	0	76	51	8	14	25	1.70
20675468--20675553	5	18.0	5	78	18	87	0	19	0	80	0.72
20675469--20675537	13	5.2	13	83	3	75	0	17	0	82	0.67
20675469--20675553	18	5.1	16	81	13	84	0	18	0	81	0.70
20681438--20681511	17	4.4	17	70	13	55	70	2	1	25	1.09
20681451--20681512	27	2.3	25	84	13	79	72	3	0	24	0.99
20681894--20681934	12	3.4	12	83	10	57	70	0	2	26	0.99
20681901--20681962	32	1.9	33	84	12	85	70	1	6	20	1.17
20682889--20682932	19	2.4	18	85	7	61	20	2	11	65	1.35
20682903--20682945	23	2.0	21	83	16	54	20	2	4	72	1.14
20687678--20687709	8	3.9	8	95	4	55	50	0	37	12	1.41
20695839--20695885	24	1.9	25	86	4	69	40	0	10	48	1.38
20703409--20703436	14	2.0	14	100	0	56	21	7	28	42	1.79
20703778--20703819	21	2.0	21	100	0	84	38	19	14	28	1.90
20711089--20711197	17	6.4	17	77	2	110	38	3	3	54	1.36
20713019--20713234	29	7.7	29	72	17	127	39	25	2	33	1.68
20713120--20713163	21	2.1	21	91	0	70	45	20	0	34	1.51
20713089--20713199	49	2.2	50	88	4	163	41	25	0	33	1.56
20713032--20713231	108	1.9	108	84	6	271	40	24	2	33	1.66
20730083--20730114	17	1.9	17	93	6	57	12	12	15	59	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20735831--20735903	31	2.4	31	90	2	121	28	13	10	46	1.77
20735768--20735953	89	2.1	92	81	5	218	22	15	12	50	1.77
20736129--20736281	61	2.5	61	86	3	202	50	10	16	22	1.75
20736189--20736281	28	3.1	28	73	11	87	53	6	16	23	1.65
20741533--20741636	55	1.9	55	87	0	154	51	10	6	30	1.62
20748080--20748118	20	2.0	20	94	0	69	15	10	15	58	1.62
20759177--20759208	12	2.7	12	90	0	55	15	3	0	81	0.82
20773743--20774335	296	2.0	296	95	0	1080	31	23	16	28	1.96
20779056--20779107	21	2.6	19	79	11	59	26	1	3	67	1.18
20780605--20780648	23	2.0	23	86	4	63	25	9	13	52	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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