genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8554936--8555260	164	2.0	163	94	2	571	35	19	22	23	1.96
8555427--8555476	21	2.4	21	89	0	73	36	40	12	12	1.79
8555467--8555525	21	2.8	21	84	0	64	38	40	8	11	1.72
8556149--8556217	14	4.6	14	70	26	52	47	2	0	49	1.16
8556290--8556328	18	2.2	18	86	9	53	58	0	0	41	0.98
8556292--8556361	29	2.6	27	73	20	74	54	0	1	44	1.09
8556376--8556413	15	2.5	15	91	0	58	47	5	2	44	1.39
8556376--8556427	15	3.4	15	86	2	50	50	3	1	44	1.31
8570428--8570467	18	2.2	18	86	8	55	7	37	2	52	1.43
8575700--8575756	13	4.4	13	71	8	53	36	0	1	61	1.07
8580843--8580885	19	2.2	21	80	16	56	60	0	0	39	0.97
8580829--8580891	26	2.3	27	86	8	83	61	0	0	38	0.96
8580842--8580897	26	2.2	26	80	6	60	66	1	0	32	1.03
8580912--8581206	92	3.2	96	72	21	265	47	8	9	34	1.66
8580971--8581259	88	3.3	84	74	15	262	51	8	8	31	1.62
8580970--8581259	84	3.3	91	80	12	343	51	8	8	31	1.62
8581904--8581944	21	2.0	21	90	0	64	21	14	29	34	1.93
8582487--8582863	184	2.1	182	86	2	531	32	9	15	43	1.77
8587400--8587457	21	2.8	21	82	10	73	36	34	15	13	1.87
8588084--8588128	23	2.0	23	82	8	56	40	2	0	57	1.11
8588159--8588197	16	2.4	16	86	4	51	46	0	0	53	1.00
8588230--8588272	15	2.8	15	89	3	59	46	4	4	44	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8602353--8602400	20	2.2	24	82	14	59	35	4	0	60	1.16
8603670--8603985	43	7.3	43	78	6	309	31	26	17	24	1.97
8603672--8603977	86	3.6	86	80	4	348	30	26	17	24	1.97
8603670--8603977	129	2.4	129	80	6	390	31	26	17	24	1.97
8615455--8615493	21	1.9	20	89	5	60	33	12	12	41	1.82
8618803--8618866	24	2.6	25	75	22	71	39	0	3	57	1.14
8618803--8618867	25	2.6	25	77	20	64	40	0	3	56	1.15
8620640--8620708	31	2.3	30	77	5	75	43	13	8	34	1.74
8621015--8621053	20	2.0	20	90	5	62	64	5	5	25	1.35
8624793--8624893	41	2.4	41	90	1	148	31	22	30	14	1.94
8624859--8624917	25	2.4	25	88	2	84	35	25	27	11	1.91
8624818--8624958	66	2.2	66	89	1	212	32	24	29	14	1.94
8624884--8625018	41	3.3	41	91	0	216	29	22	31	16	1.96
8624796--8624991	107	1.8	107	89	0	311	32	22	30	15	1.95
8628785--8628814	3	10.0	3	92	0	51	30	0	33	36	1.58
8630920--8631019	43	2.3	43	91	3	157	24	16	31	29	1.96
8631003--8631036	17	2.0	17	100	0	68	11	17	23	47	1.81
8630957--8631079	60	2.0	60	93	3	212	21	17	29	32	1.96
8631020--8631150	43	3.1	42	83	3	172	24	19	28	27	1.99
8630920--8631114	103	1.9	103	88	0	291	24	17	29	28	1.98
8632091--8632235	30	4.8	30	86	1	150	37	17	12	31	1.87
8632061--8632202	60	2.3	61	83	3	162	33	19	14	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8633333--8633372	20	2.0	20	90	4	64	42	7	0	50	1.30
8633849--8633886	17	2.1	19	90	9	62	65	0	5	28	1.14
8633849--8633897	17	2.8	19	80	14	54	67	0	4	28	1.09
8639628--8639729	21	4.8	22	72	18	58	6	3	18	70	1.25
8639697--8639744	20	2.3	20	85	3	69	6	0	18	75	1.01
8639621--8639728	12	8.8	12	70	14	78	7	3	18	70	1.26
8641323--8641357	18	1.9	18	88	0	52	28	11	0	60	1.32
8646548--8646630	42	2.0	41	81	13	98	44	3	3	48	1.37
8649458--8649482	11	2.3	11	100	0	50	36	28	8	28	1.85
8652989--8653031	13	3.2	14	77	9	54	39	4	2	53	1.34
8653668--8653735	35	2.0	35	88	5	104	47	5	2	44	1.42
8663886--8664250	30	12.3	29	84	7	333	36	27	1	34	1.64
8663885--8664230	119	2.9	118	83	6	419	36	27	1	34	1.65
8666176--8667091	209	4.4	208	84	4	1146	23	21	16	37	1.93
8666546--8666703	85	1.9	85	87	2	237	25	20	14	39	1.91
8666175--8667091	419	2.2	417	88	1	1343	23	21	16	37	1.93
8667089--8667195	39	2.8	38	69	9	99	23	18	29	28	1.98
8667212--8667299	42	2.1	42	91	2	142	28	17	20	34	1.95
8667556--8667658	48	2.1	49	78	5	111	16	32	17	33	1.92
8667688--8667976	147	2.0	145	82	2	355	21	30	15	33	1.94
8667553--8668068	49	10.6	49	71	11	247	19	31	15	33	1.93
8667795--8668068	96	2.8	99	79	5	254	18	33	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8669007--8669037	13	2.3	14	94	5	55	0	12	0	87	0.55
8672115--8672180	16	3.9	16	69	21	53	51	10	6	31	1.61
8675990--8676497	49	10.4	49	75	8	336	32	16	31	19	1.94
8676070--8676375	147	2.1	146	85	1	396	33	16	30	19	1.94
8676020--8676497	245	2.0	245	82	5	590	33	15	31	19	1.93
8676744--8676875	41	3.2	41	90	5	212	33	20	18	27	1.96
8677276--8677620	161	2.1	161	84	3	446	35	16	22	24	1.94
8677120--8677993	370	2.4	364	73	11	829	37	16	21	24	1.93
8677436--8677967	209	2.5	209	84	3	676	37	16	21	24	1.93
8679628--8680026	30	13.6	29	81	7	303	35	23	2	38	1.69
8679628--8680026	29	13.6	30	80	6	370	35	23	2	38	1.69
8679628--8680026	59	6.8	60	82	7	417	35	23	2	38	1.69
8691220--8691244	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8697583--8697638	21	2.7	20	78	13	60	64	0	3	32	1.11
8698956--8698984	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
8702393--8702436	20	2.1	21	88	12	65	61	0	2	36	1.09
8702532--8702574	20	2.2	19	88	12	61	55	2	0	41	1.12
8707021--8707391	58	6.4	58	85	4	462	32	2	30	34	1.70
8707022--8707390	117	3.2	115	93	2	605	32	2	30	34	1.70
8707314--8707391	29	2.7	29	74	18	72	34	2	25	37	1.70
8707360--8707449	29	3.0	30	78	10	89	31	6	22	40	1.80
8707540--8707854	162	2.0	161	91	0	513	43	13	17	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8708644--8708716	3	24.7	3	94	2	130	32	0	0	67	0.91
8709504--8709570	6	11.7	6	78	9	77	53	2	0	43	1.16
8709495--8709549	11	4.9	11	79	16	60	52	3	0	43	1.18
8709495--8709577	17	4.9	17	86	0	103	54	3	0	42	1.18
8709979--8710153	38	4.6	37	69	15	117	33	16	15	34	1.90
8709891--8710482	69	8.1	76	88	6	735	30	19	16	33	1.94
8710275--8710463	38	5.3	38	65	21	140	29	22	14	33	1.93
8710313--8710425	31	3.4	31	69	19	102	26	23	15	35	1.94
8722617--8722984	29	12.6	29	64	13	121	35	2	28	33	1.72
8722611--8722982	59	6.4	58	84	4	367	34	2	29	33	1.73
8722617--8722979	117	3.1	115	80	8	414	35	2	28	33	1.72
8722612--8722982	176	2.1	174	82	4	444	34	2	29	33	1.73
8722823--8723007	29	6.4	29	73	19	129	33	2	28	35	1.72
8723129--8723443	162	2.0	161	92	0	522	43	13	17	25	1.85
8724234--8724273	3	13.7	3	89	5	64	32	0	0	67	0.91
8724238--8724274	14	2.6	14	91	4	56	32	0	0	67	0.91
8724422--8724468	10	4.5	10	89	10	76	51	0	10	38	1.37
8724426--8724464	12	3.4	12	93	6	64	51	0	7	41	1.31
8724426--8724468	22	2.0	22	100	0	86	51	0	9	39	1.34
8725076--8725142	6	11.7	6	78	9	77	53	2	0	43	1.16
8725067--8725153	17	5.1	16	84	5	93	55	3	0	41	1.17
8725067--8725153	11	7.7	11	75	14	63	55	3	0	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8725067--8725153	34	2.6	34	84	0	111	55	3	0	41	1.17
8736155--8736235	32	2.6	32	80	9	94	27	14	9	48	1.76
8744611--8744641	11	2.8	11	100	0	62	41	19	0	38	1.51
8751317--8751361	5	8.8	5	82	4	54	22	4	0	73	1.01
8753663--8753712	26	1.9	27	92	8	86	66	6	8	20	1.40
8765843--8765878	18	2.1	17	89	5	54	41	25	25	8	1.83
8766787--8766856	29	2.4	29	95	2	124	37	4	14	44	1.65
8769235--8769274	22	1.9	20	90	10	62	32	17	2	47	1.61
8771587--8771806	30	7.5	31	72	14	160	35	1	26	35	1.68
8771553--8771953	59	6.8	59	88	2	479	34	1	28	35	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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