genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26173643--26173820	52	3.4	52	91	0	284	30	15	23	30	1.95
26173798--26173842	22	2.0	22	100	0	90	31	13	31	24	1.93
26177469--26177507	18	2.2	18	86	9	53	53	2	5	38	1.37
26177516--26177568	24	2.2	24	82	0	61	50	0	0	49	1.00
26177496--26177535	20	2.0	20	85	5	53	52	2	0	45	1.14
26182453--26182534	12	6.8	12	75	5	58	69	17	3	9	1.30
26182453--26182534	24	3.4	24	70	9	69	69	17	3	9	1.30
26182460--26182571	47	2.4	45	83	5	125	68	16	4	10	1.34
26182457--26182571	23	4.9	23	68	14	65	67	17	4	10	1.36
26182496--26182620	35	3.4	35	76	10	99	67	18	5	8	1.38
26182565--26182654	22	4.3	20	85	9	119	64	23	7	4	1.38
26191482--26191515	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
26191483--26191523	17	2.4	17	87	4	55	48	2	4	43	1.37
26191559--26191600	19	2.2	20	95	4	77	42	0	19	38	1.51
26191659--26191699	3	13.7	3	90	10	66	31	0	2	65	1.05
26194394--26194453	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
26195290--26195639	162	2.2	162	90	3	571	24	17	13	44	1.84
26195709--26196032	29	11.2	28	65	25	142	33	30	2	33	1.72
26195706--26196132	58	7.4	59	84	5	534	32	29	3	34	1.74
26195706--26196133	117	3.7	116	84	6	539	32	30	3	34	1.74
26195943--26196029	28	3.1	28	71	22	83	34	31	1	33	1.66
26201482--26201625	55	2.6	53	78	10	146	31	24	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26201510--26201598	29	3.2	28	74	9	92	28	22	17	31	1.97
26201537--26201644	26	4.0	26	73	12	92	33	22	12	31	1.92
26201525--26201645	55	2.2	54	82	7	145	32	23	11	33	1.90
26205521--26205571	18	2.8	18	87	0	75	47	0	1	50	1.12
26208283--26208337	19	2.8	20	78	8	60	58	5	12	23	1.55
26209998--26210053	24	2.3	24	78	9	60	33	0	5	60	1.19
26214620--26214734	44	2.6	44	87	0	167	42	14	22	20	1.88
26216713--26216772	30	2.0	29	90	3	93	41	18	13	26	1.87
26228693--26228727	12	2.9	12	91	0	52	17	5	0	77	0.96
26228693--26228727	17	2.1	17	89	10	54	17	5	0	77	0.96
26229015--26229053	13	2.8	13	88	7	51	48	7	2	41	1.45
26229016--26229059	15	3.1	15	87	6	56	50	6	4	38	1.50
26233474--26233524	7	6.7	7	79	20	50	66	0	3	29	1.09
26233471--26233517	16	2.9	16	84	9	60	65	0	4	29	1.11
26233470--26233506	9	4.3	9	80	13	51	67	0	2	29	1.04
26233459--26233508	25	2.0	26	92	4	84	64	0	2	34	1.05
26233459--26233521	25	2.5	25	82	10	76	65	0	3	31	1.09
26238095--26238126	15	2.1	16	94	5	57	0	25	0	75	0.81
26238098--26238140	22	2.0	22	86	4	61	2	23	0	74	0.93
26242745--26242805	18	3.2	18	93	6	95	19	6	1	72	1.16
26243017--26243067	20	2.7	18	82	11	66	15	1	3	78	0.99
26243174--26243211	15	2.5	16	83	12	53	23	5	5	65	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26243149--26243225	14	5.8	13	75	15	61	24	2	3	68	1.19
26243149--26243225	33	2.3	32	78	10	84	24	2	3	68	1.19
26245759--26245846	40	2.2	40	100	0	176	25	25	20	29	1.99
26248091--26248174	1	84.0	1	73	0	69	86	0	13	0	0.56
26248091--26248174	29	2.9	29	91	1	134	86	0	13	0	0.56
26248091--26248174	36	2.4	36	91	2	134	86	0	13	0	0.56
26248456--26248510	20	2.7	20	88	2	74	18	14	16	50	1.77
26249693--26249747	28	2.0	28	96	0	101	23	30	16	29	1.96
26252246--26252722	50	9.5	49	69	14	244	37	17	18	26	1.93
26252246--26252782	100	5.4	99	81	6	532	36	17	19	26	1.94
26252189--26252730	200	2.7	199	81	5	612	36	17	19	27	1.93
26254355--26254399	22	2.1	21	84	8	56	20	4	4	71	1.21
26254614--26254661	16	2.9	16	81	9	53	20	2	2	75	1.02
26254749--26254800	19	2.7	19	77	16	54	23	1	5	69	1.20
26254749--26254807	18	3.2	17	75	20	57	23	1	5	69	1.18
26254799--26254837	16	2.4	16	86	0	51	17	12	0	69	1.19
26256395--26256556	44	3.7	44	88	0	234	32	21	22	22	1.98
26259521--26259545	9	2.8	9	100	0	50	48	0	12	40	1.40
26264311--26264371	28	2.1	30	82	14	74	55	11	1	31	1.45
26268635--26268693	18	3.4	17	77	17	68	57	0	8	33	1.29
26268599--26268641	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
26268615--26268694	35	2.2	37	88	4	119	55	0	6	38	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26271927--26271974	25	1.9	25	87	8	71	31	2	6	60	1.33
26275393--26275457	26	2.5	26	92	2	114	32	27	3	36	1.72
26278864--26278928	26	2.5	26	92	2	114	32	27	3	36	1.72
26283431--26284061	319	2.0	318	92	0	1046	31	15	21	31	1.94
26292074--26292113	21	1.9	21	84	0	53	25	5	45	25	1.73
26297271--26297317	24	2.0	23	83	4	58	40	17	6	36	1.75
26298845--26298915	34	2.1	34	100	0	142	28	32	5	33	1.80
26306245--26306388	28	5.1	28	68	8	87	34	18	15	32	1.92
26308171--26308273	28	3.7	27	74	5	89	44	18	22	14	1.86
26308480--26308628	56	2.7	56	84	4	201	26	26	12	34	1.91
26337392--26337430	18	2.2	18	90	4	62	7	17	12	61	1.54
26354526--26354569	15	2.8	16	83	13	56	40	18	2	38	1.63
26361690--26361957	43	6.3	43	84	3	317	29	28	17	24	1.97
26361690--26361957	85	3.1	85	86	3	335	29	28	17	24	1.97
26361695--26361943	128	1.9	129	86	2	349	27	28	18	25	1.98
26365299--26365670	41	9.1	41	85	1	451	18	31	19	30	1.96
26369344--26369399	13	4.5	12	74	14	51	17	8	3	69	1.29
26372529--26372566	18	2.2	18	95	4	69	60	13	10	15	1.59
26374856--26374884	15	1.9	15	100	0	58	62	6	20	10	1.50
26381590--26381645	26	2.2	26	93	0	94	12	28	8	50	1.70
26381596--26381651	26	2.2	26	96	3	105	10	26	7	55	1.60
26384014--26384049	18	2.0	18	88	0	54	72	0	16	11	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26387077--26387255	38	4.6	39	78	4	148	32	16	16	34	1.91
26399346--26399423	29	2.8	28	72	3	84	38	16	21	23	1.93
26413851--26414129	137	2.0	138	92	4	465	38	16	18	26	1.92
26415929--26416000	29	2.5	29	77	2	74	48	4	1	45	1.30
26419957--26420360	136	3.0	136	95	1	735	26	18	17	36	1.94
26422221--26422259	3	13.3	3	94	5	71	64	0	0	35	0.94
26426595--26426640	23	2.0	22	83	4	56	56	15	26	2	1.50
26428080--26428285	107	1.9	106	89	2	315	32	9	14	44	1.77
26431049--26431089	21	2.0	21	85	0	55	39	21	19	19	1.93
26439726--26440454	42	17.9	42	78	7	731	30	25	17	26	1.97
26439725--26440432	202	3.5	200	86	4	928	29	26	17	26	1.97
26440980--26441023	23	2.0	22	86	4	61	59	11	25	4	1.51
26442452--26442660	106	2.0	105	86	2	294	33	11	13	41	1.80
26445088--26445119	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
26445690--26445739	19	2.6	19	93	0	91	34	16	10	40	1.81
26445966--26446023	17	3.2	18	73	11	57	53	3	3	39	1.35
26447019--26447387	57	6.5	56	83	4	409	23	17	8	49	1.75
26447019--26447382	28	12.9	28	77	4	309	23	17	9	50	1.75
26450287--26450324	19	2.0	20	84	5	51	47	26	13	13	1.79
26454806--26455036	28	8.2	28	83	1	273	22	16	10	49	1.77
26454806--26455071	85	3.1	85	84	1	345	22	16	10	50	1.75
26454806--26455071	57	4.7	56	82	1	271	22	16	10	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26454806--26455071	113	2.3	113	84	1	318	22	16	10	50	1.75
26460692--26460754	16	4.0	16	71	15	51	19	46	0	34	1.50
26464610--26464684	24	3.1	24	77	9	80	28	21	21	29	1.98
26472862--26472895	17	2.0	17	94	0	59	50	0	32	17	1.47
26474069--26474107	17	2.3	17	86	0	51	48	25	7	17	1.74
26484658--26484707	23	2.2	23	96	0	91	32	4	34	30	1.76
26497314--26497352	21	2.0	20	85	14	55	76	0	17	5	0.96
26512759--26512801	14	3.2	13	87	9	59	79	0	20	0	0.74
26512754--26512801	23	2.0	24	96	4	89	77	0	22	0	0.78
26512754--26512800	11	3.7	14	83	16	59	76	0	23	0	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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