genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27878507--27878860	29	12.1	29	72	13	180	35	24	2	36	1.71
27878507--27878844	59	5.8	57	75	12	228	35	24	2	36	1.70
27878523--27878763	30	8.3	28	70	14	114	36	24	2	35	1.69
27878858--27878927	29	2.4	29	88	4	79	22	27	15	34	1.95
27878616--27878898	87	3.3	87	80	8	269	34	25	4	35	1.77
27878876--27878948	29	2.5	29	81	0	83	30	27	10	31	1.91
27879210--27879376	81	2.1	81	98	0	325	25	19	20	35	1.96
27890673--27890725	20	2.6	21	82	17	76	64	0	5	30	1.17
27890723--27890753	8	3.8	8	91	8	53	35	0	0	64	0.94
27890724--27890757	9	3.9	9	88	3	52	38	0	0	61	0.96
27900035--27900134	43	2.3	43	84	3	130	45	14	10	31	1.77
27901169--27901243	6	12.8	6	78	5	73	38	0	2	58	1.12
27901187--27901219	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
27901147--27901243	29	3.4	29	72	12	92	37	0	7	55	1.27
27901173--27901243	23	3.1	22	90	8	106	39	0	2	57	1.13
27903144--27903335	30	6.6	29	76	8	147	40	21	3	35	1.69
27903144--27903335	59	3.3	58	81	5	208	40	21	3	35	1.69
27903193--27903346	57	2.7	58	85	4	204	38	24	1	35	1.67
27915721--27916238	207	2.5	206	91	1	829	34	18	22	23	1.96
27916627--27916704	35	2.2	36	84	11	108	33	0	10	56	1.33
27916638--27916705	35	2.0	34	91	2	109	33	0	10	55	1.34
27916639--27916721	35	2.4	34	84	5	105	37	1	8	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27918656--27918820	29	5.6	29	80	8	190	39	23	1	35	1.66
27918656--27918822	59	2.8	58	88	3	235	39	23	2	34	1.68
27918895--27918968	28	2.7	27	91	4	130	32	25	9	32	1.88
27921842--27921895	21	2.6	21	85	5	74	29	11	24	35	1.90
27922721--27922764	21	2.1	21	95	0	79	56	11	0	31	1.35
27924575--27924599	13	1.9	13	100	0	50	24	4	8	64	1.38
27927023--27927143	39	3.1	37	84	7	134	33	23	14	29	1.93
27935208--27935261	24	2.2	24	86	0	72	37	11	20	31	1.88
27935217--27935265	24	2.0	24	96	0	89	30	16	18	34	1.93
27942088--27942137	24	2.1	24	100	0	100	38	8	30	24	1.84
27947527--27947870	30	11.6	29	78	7	300	34	2	24	38	1.68
27947503--27947862	59	6.1	59	78	5	334	35	3	25	36	1.71
27947532--27947885	89	4.0	89	79	9	371	35	2	24	37	1.70
27948646--27948679	17	1.9	18	94	5	61	29	17	17	35	1.93
27949843--27949886	17	2.7	16	82	6	52	59	0	2	38	1.10
27949844--27949906	28	2.2	29	80	8	76	55	1	3	39	1.25
27949863--27949903	17	2.5	16	88	4	55	53	2	4	39	1.35
27950157--27951121	92	10.5	92	94	0	1691	33	18	15	32	1.92
27950157--27951121	367	2.6	367	95	0	1718	33	18	15	32	1.92
27951204--27951471	49	5.4	49	75	9	226	13	28	21	36	1.92
27951239--27951473	98	2.4	97	91	2	380	12	28	23	35	1.91
27963047--27963185	58	2.4	56	77	8	147	42	4	20	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963047--27963387	59	5.8	56	74	14	214	37	4	22	36	1.73
27963137--27963395	29	8.9	29	74	14	158	34	4	22	38	1.74
27963162--27963457	30	10.1	29	74	10	203	33	4	24	37	1.74
27965099--27965151	11	4.7	11	83	4	61	54	0	7	37	1.29
27965102--27965138	6	6.3	6	87	6	58	56	0	10	32	1.34
27965102--27965151	17	2.9	17	85	8	66	56	0	8	36	1.29
27965102--27965146	12	3.8	12	91	2	56	55	0	8	35	1.31
27965099--27965154	17	3.3	17	80	7	60	55	0	7	37	1.27
27965131--27965171	17	2.5	16	88	4	55	53	2	4	39	1.35
27971031--27971135	36	2.9	35	81	4	129	30	10	20	38	1.87
27971680--27971855	10	17.8	10	69	20	79	38	3	18	38	1.70
27971658--27971756	33	3.2	33	66	24	88	39	5	19	36	1.73
27971639--27971944	68	4.9	59	78	13	272	36	4	19	38	1.72
27971760--27971886	25	5.4	23	71	24	88	37	4	18	38	1.72
27971679--27971911	68	3.4	68	92	1	367	37	3	19	39	1.70
27971691--27971894	23	8.8	25	68	25	126	37	4	19	38	1.72
27979527--27979553	13	2.1	13	100	0	54	55	0	22	22	1.44
28004239--28004383	77	1.9	78	94	1	256	39	4	5	51	1.45
28004906--28004954	16	3.1	16	75	0	53	16	28	28	26	1.97
28006582--28006645	32	2.0	32	93	0	110	28	29	10	31	1.91
28006582--28006633	16	3.2	16	75	20	63	28	30	9	30	1.89
28009023--28009073	24	2.1	24	85	0	66	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28012001--28012046	25	1.9	25	86	8	69	34	4	6	54	1.46
28013094--28013157	18	3.5	18	78	14	69	21	9	1	67	1.28
28016974--28017031	9	5.8	9	77	16	53	79	1	12	6	1.00
28016985--28017024	11	3.6	11	87	9	55	80	0	10	10	0.92
28016976--28017024	10	4.7	10	80	9	53	81	0	10	8	0.87
28017940--28018010	34	2.1	33	82	7	81	28	1	9	60	1.37
28018024--28018069	25	1.9	23	86	8	65	34	4	6	54	1.46
28021342--28021493	78	2.0	77	94	1	268	50	4	3	41	1.42
28021725--28021773	26	1.9	25	88	12	73	61	0	10	28	1.29
28023021--28023067	19	2.4	19	85	3	58	74	0	23	2	0.93
28024604--28024712	54	2.0	54	98	0	209	33	9	30	27	1.88
28026403--28026443	21	2.1	19	86	9	55	26	2	21	48	1.63
28027724--28027753	8	3.8	8	95	0	51	36	3	10	50	1.53
28041543--28041747	58	3.7	58	75	9	165	21	26	13	38	1.91
28042724--28042774	24	2.1	24	82	7	59	39	5	3	50	1.45
28043042--28043170	31	4.2	30	78	16	115	41	10	6	40	1.67
28043870--28043924	18	3.2	18	84	7	78	60	1	3	34	1.25
28059209--28059389	96	1.9	96	80	6	215	35	14	19	29	1.92
28059616--28059839	29	7.8	27	67	24	95	37	2	27	31	1.71
28059614--28060047	59	7.4	57	75	12	294	37	2	26	33	1.72
28059614--28060059	30	15.1	29	75	14	271	37	2	26	33	1.71
28059802--28060059	119	2.2	121	83	4	310	36	2	24	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28061335--28061400	6	11.0	6	77	22	68	45	1	0	53	1.09
28061335--28061377	17	2.6	17	96	3	79	41	2	0	55	1.12
28061325--28061380	11	5.1	11	74	8	51	41	1	1	55	1.21
28062137--28062166	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
28063243--28063460	30	7.3	30	89	1	296	35	22	5	36	1.78
28063255--28063469	89	2.4	89	86	3	243	34	23	5	36	1.77
28063452--28063582	58	2.3	58	84	5	167	32	26	3	37	1.75
28063493--28063583	29	3.1	28	71	16	78	31	27	4	36	1.77
28075559--28075602	21	2.1	21	95	0	79	27	20	15	36	1.93
28075580--28075806	68	3.4	67	90	3	350	32	20	20	26	1.97
28075785--28076123	68	5.0	68	96	0	597	34	18	20	26	1.96
28075613--28075979	172	2.1	173	92	3	616	33	19	20	26	1.97
28076382--28076475	11	8.7	11	74	9	77	43	3	1	52	1.24
28076392--28076479	6	15.0	6	74	20	80	45	3	0	51	1.18
28076392--28076474	31	2.7	31	88	5	116	43	3	0	53	1.18
28077212--28077244	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
28078310--28078617	30	10.3	30	89	2	415	37	23	3	35	1.73
28078310--28078617	89	3.4	90	87	2	433	37	23	3	35	1.73
28078310--28078617	119	2.6	119	91	0	472	37	23	3	35	1.73
28078582--28078743	60	2.7	57	80	13	150	35	25	3	35	1.72
28078653--28078743	28	3.1	28	73	10	85	31	28	4	35	1.77
28080472--28080506	17	2.0	18	88	5	54	57	11	0	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28082591--28082638	17	2.6	18	77	12	53	52	0	2	45	1.12
28083157--28083205	23	2.1	24	88	3	73	16	30	0	53	1.43
28083162--28083208	12	4.0	12	88	2	69	21	27	0	51	1.48
28083164--28083214	24	2.2	23	82	3	57	19	31	1	47	1.61
28083344--28083403	30	2.1	30	84	9	81	21	0	1	76	0.87
28083389--28083464	32	2.6	29	76	17	75	36	0	0	63	0.95
28083345--28083472	48	2.7	47	82	11	140	31	0	1	67	1.00
28085368--28085505	59	2.3	59	92	0	222	33	8	10	47	1.68
28085891--28085936	21	2.1	22	88	4	67	52	21	0	26	1.47
28086253--28086286	14	2.3	15	85	10	52	64	14	5	14	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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