genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062363--2062387	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2062740--2062778	20	1.9	21	89	5	62	33	23	15	28	1.95
2063461--2063497	16	2.2	17	86	13	51	32	2	2	62	1.23
2064138--2064227	22	4.3	22	78	17	77	6	6	21	65	1.39
2064151--2064227	21	3.8	19	74	17	66	6	6	19	67	1.35
2064225--2064272	21	2.2	21	85	3	60	10	6	14	68	1.37
2064231--2064307	23	3.4	24	67	18	65	12	6	10	70	1.34
2064221--2064311	45	2.0	45	83	6	114	10	7	12	69	1.37
2064269--2064331	24	2.7	23	78	7	63	12	6	9	71	1.30
2067475--2067662	48	4.1	48	87	10	293	39	6	13	40	1.71
2067561--2067638	40	2.0	40	97	0	147	39	5	14	41	1.67
2068425--2068481	21	2.8	20	70	19	55	71	0	3	24	1.01
2070453--2070498	23	2.0	24	95	4	85	39	0	4	56	1.19
2074376--2074541	67	2.4	70	86	5	214	59	2	0	37	1.15
2074500--2074543	9	4.9	9	78	10	54	75	0	0	25	0.81
2075061--2076749	80	21.2	80	94	0	2836	24	18	24	32	1.97
2076835--2076980	50	2.9	50	87	0	202	21	24	19	34	1.96
2077904--2077954	6	8.0	6	79	12	57	0	19	1	78	0.85
2077904--2077954	20	2.6	20	84	9	70	0	19	1	78	0.85
2077908--2077954	13	3.6	14	80	8	55	0	19	2	78	0.85
2077906--2077954	26	1.9	26	91	4	82	0	18	2	79	0.83
2083082--2083122	4	10.2	4	85	15	50	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083022--2083173	67	2.3	67	89	4	236	57	2	0	38	1.17
2083150--2083183	18	1.9	17	88	5	50	76	0	0	23	0.79
2103846--2103911	30	2.2	30	86	5	89	21	15	13	50	1.78
2109542--2109587	19	2.3	21	81	7	60	67	4	2	26	1.21
2119060--2119103	21	2.0	22	82	4	54	56	2	2	38	1.24
2120843--2120893	17	3.0	17	78	16	61	25	0	5	68	1.12
2127252--2127283	12	2.7	12	100	0	64	34	12	9	43	1.75
2135882--2135928	11	4.4	11	72	5	51	21	6	6	65	1.38
2135867--2135918	19	2.6	19	84	6	59	19	13	5	61	1.52
2144727--2144799	32	2.3	32	100	0	146	13	8	19	58	1.60
2147057--2147093	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25
2150448--2150485	16	2.4	16	82	8	51	60	2	0	36	1.11
2152602--2152712	48	2.3	49	84	1	134	26	17	27	28	1.97
2170150--2170205	2	28.5	2	96	3	105	50	0	0	50	1.00
2171199--2171228	14	2.1	14	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2178128--2178238	46	2.4	45	85	4	150	43	3	22	30	1.70
2178348--2178392	20	2.2	20	84	0	54	75	0	17	6	1.01
2178754--2178794	16	2.5	17	80	15	50	60	4	4	29	1.38
2180248--2180287	21	2.0	20	85	5	53	57	10	5	27	1.52
2181197--2181221	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2183386--2183445	25	2.4	25	83	8	77	45	8	5	41	1.56
2188785--2188822	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189982--2190042	31	2.0	31	87	6	88	40	6	13	39	1.70
2192273--2192313	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2192875--2192902	11	2.5	11	100	0	56	57	7	7	28	1.52
2193325--2193360	18	1.9	18	88	5	54	52	0	5	41	1.24
2209322--2209467	26	5.1	26	71	19	103	50	0	1	48	1.09
2209331--2209457	32	4.3	31	71	17	92	50	0	0	49	1.00
2209315--2209485	58	2.9	58	86	9	215	51	0	1	46	1.11
2209450--2209500	24	2.1	24	82	10	59	56	0	5	37	1.23
2209481--2209647	83	2.0	83	100	0	334	43	5	5	44	1.53
2212959--2212998	20	2.0	21	90	5	64	35	35	7	22	1.82
2213694--2213727	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2218068--2218124	29	1.9	30	82	3	71	40	10	12	36	1.77
2227091--2227135	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
2235063--2235089	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
2243837--2244103	144	1.9	144	83	1	356	20	22	27	29	1.98
2250592--2250638	4	11.8	4	95	0	85	25	2	23	48	1.62
2269043--2269087	21	2.2	21	84	4	56	44	13	11	31	1.78
2271444--2271488	16	2.8	17	74	16	51	60	0	0	40	0.97
2274287--2274336	19	2.8	18	79	17	59	38	2	2	58	1.21
2274291--2274342	16	3.5	15	82	12	54	36	1	1	59	1.19
2276225--2276290	17	4.1	16	71	21	57	56	0	3	40	1.15
2276443--2276468	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276552--2276616	28	2.2	30	83	10	80	47	1	3	47	1.27
2279040--2279091	27	2.0	25	81	7	59	26	13	1	57	1.47
2284029--2284071	22	2.0	22	85	0	59	20	11	9	58	1.61
2285439--2285495	23	2.5	22	77	5	60	43	3	1	50	1.29
2288886--2289013	31	4.1	30	77	11	114	37	13	8	40	1.75
2297362--2297599	117	2.0	117	84	1	307	22	26	17	34	1.96
2299259--2299369	50	2.2	51	87	6	163	37	4	19	37	1.73
2303608--2303660	25	2.1	26	82	10	74	20	3	3	71	1.17
2305518--2306689	584	2.0	583	92	2	1968	38	10	14	36	1.81
2306799--2306838	17	2.3	18	86	4	55	75	5	0	20	0.99
2308059--2308096	18	2.1	18	90	9	60	50	15	10	23	1.75
2311369--2311407	19	2.0	20	85	10	53	12	12	2	71	1.24
2313890--2314004	51	2.3	51	76	3	124	37	5	20	36	1.76
2321147--2321186	17	2.3	18	86	4	55	75	5	0	20	0.99
2327211--2327419	101	2.1	101	86	0	283	26	17	22	33	1.96
2339607--2339668	32	2.0	30	84	12	81	41	11	4	41	1.62
2343576--2343757	92	2.0	93	90	1	285	50	15	18	15	1.79
2344315--2344349	16	2.1	17	94	5	63	34	0	11	54	1.37
2345550--2345789	124	1.9	125	87	4	349	30	17	16	35	1.92
2350289--2350326	20	1.9	20	88	0	58	47	7	0	44	1.32
2351025--2351064	21	1.9	21	90	10	64	27	22	22	27	1.99
2358662--2358695	14	2.4	14	90	0	50	64	5	5	23	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359637--2359685	21	2.3	21	82	6	64	51	0	8	40	1.32
2359647--2359686	20	2.0	20	85	9	55	45	0	7	47	1.31
2360053--2360086	16	2.1	16	88	0	50	41	0	2	55	1.15
2362360--2362391	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2366224--2366269	15	2.8	17	77	16	51	0	47	2	50	1.13
2366263--2366370	6	17.8	6	82	9	94	0	44	0	53	1.13
2366242--2366339	18	5.9	17	72	17	73	0	44	0	55	0.99
2366263--2366433	12	14.5	11	72	15	78	1	45	1	51	1.22
2366711--2366745	17	2.1	18	89	10	56	71	5	8	14	1.29
2367020--2367100	43	1.9	42	85	7	110	23	3	9	62	1.42
2367243--2367299	21	2.8	21	81	2	71	40	0	0	59	0.97
2375530--2375563	14	2.5	13	86	9	50	44	2	0	52	1.16
2376705--2376748	22	2.0	23	86	8	65	47	0	2	50	1.13
2389886--2389922	16	2.3	17	86	13	60	45	0	24	29	1.53
2392059--2392091	11	2.7	13	90	9	52	54	0	0	45	0.99
2395402--2395452	11	4.6	11	79	11	52	80	7	1	9	0.98
2399210--2399281	34	2.1	34	97	0	135	50	4	13	31	1.61
2401509--2401542	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
2405878--2405903	12	2.2	12	100	0	52	30	23	19	26	1.98
2414210--2414245	16	2.2	17	90	5	56	72	5	5	16	1.23
2425121--2425294	63	2.7	65	83	9	207	54	2	1	41	1.23
2425121--2425294	67	2.7	63	82	9	208	54	2	1	41	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428038--2428068	11	2.8	11	90	0	53	51	0	0	48	1.00
2437083--2437140	29	2.0	30	89	3	91	17	12	10	60	1.58
2439259--2439300	22	1.9	22	85	9	59	64	11	16	7	1.48
2446947--2446976	15	2.0	15	93	0	51	43	33	3	20	1.68
2447013--2447060	21	2.3	21	88	0	69	14	20	31	33	1.93
2448103--2448156	3	18.3	3	96	3	101	31	0	0	68	0.90
2453835--2453864	15	2.0	15	93	0	51	43	33	3	20	1.68
2460689--2460727	17	2.3	17	86	0	51	15	10	25	48	1.76
2469226--2469442	30	7.3	30	67	23	118	35	3	29	31	1.75
2469227--2469447	59	3.7	58	87	5	309	34	3	29	32	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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