genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19820892--19820933	23	1.9	23	90	9	70	35	0	7	57	1.26
19820905--19820960	27	2.1	27	82	0	67	37	0	7	55	1.27
19822885--19823020	30	4.6	30	75	21	137	35	31	0	32	1.63
19822885--19823043	29	5.4	29	76	18	145	35	30	1	33	1.66
19822910--19823043	59	2.3	58	96	3	250	33	31	1	33	1.67
19822912--19823085	59	2.9	59	89	3	235	31	31	4	32	1.78
19827698--19827759	26	2.4	25	83	2	79	48	11	9	30	1.71
19828084--19828254	59	2.9	58	82	5	175	23	16	12	46	1.81
19828094--19828254	60	2.7	59	82	6	175	24	18	11	45	1.82
19828407--19828562	61	2.7	58	74	13	158	53	8	12	25	1.66
19828409--19828562	59	2.6	57	75	12	152	53	9	12	24	1.67
19836158--19836204	23	2.0	23	84	8	60	70	4	2	23	1.16
19840148--19840261	56	2.0	56	93	0	192	18	35	21	25	1.96
19844769--19845059	52	5.6	52	84	1	343	26	13	22	37	1.92
19844769--19845059	156	1.9	156	84	2	397	26	13	22	37	1.92
19851202--19851240	18	2.1	19	85	4	53	53	15	0	30	1.42
19851592--19851631	19	2.1	19	90	0	62	55	2	0	42	1.13
19855393--19855440	22	2.2	22	85	7	62	52	16	2	29	1.56
19856660--19856707	21	2.3	22	82	13	66	22	6	0	70	1.09
19856662--19856708	20	2.3	20	86	10	69	25	4	0	70	1.05
19857074--19857288	110	2.0	110	84	3	281	29	13	16	40	1.86
19862749--19862889	30	4.7	30	70	4	115	19	16	25	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19862746--19862889	59	2.4	59	84	2	189	19	15	26	38	1.92
19872233--19872260	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
19872615--19872805	40	4.8	40	82	1	195	26	18	21	32	1.97
19872606--19872805	80	2.5	80	84	1	249	27	18	21	34	1.96
19874859--19874932	36	2.0	37	85	12	100	51	0	2	45	1.15
19880596--19881686	38	28.4	38	71	10	580	27	18	23	31	1.97
19880572--19880796	77	3.0	74	81	7	240	27	17	20	34	1.95
19880637--19880888	112	2.2	115	81	6	280	27	15	21	35	1.93
19880750--19881618	78	11.3	78	82	5	828	27	18	22	31	1.97
19881129--19881270	40	3.6	38	70	9	124	28	15	20	35	1.93
19880813--19881683	151	5.7	151	81	5	793	26	18	23	30	1.98
19880750--19881618	229	3.8	226	81	6	796	27	18	22	31	1.97
19881853--19882515	49	13.4	50	70	10	253	19	30	15	34	1.93
19882056--19882515	99	4.6	99	80	3	471	18	30	16	34	1.93
19881777--19882266	247	2.0	247	86	0	685	18	29	15	35	1.92
19881882--19882609	148	4.9	145	72	10	367	19	30	15	34	1.93
19881853--19882497	247	2.6	247	78	4	550	18	30	15	34	1.93
19882095--19882651	50	11.4	50	74	10	281	19	31	15	34	1.93
19882468--19882639	93	1.8	93	86	6	247	20	31	15	32	1.93
19882468--19882642	46	3.7	46	80	3	179	20	32	14	32	1.93
19891064--19891128	26	2.5	26	70	5	60	29	4	3	63	1.30
19895376--19895427	16	3.2	16	76	10	52	50	1	17	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19900972--19901221	40	6.2	40	79	2	166	36	20	16	26	1.94
19900992--19901223	80	2.9	80	84	1	268	35	21	16	26	1.94
19900992--19901208	120	1.8	120	83	2	292	35	21	17	25	1.95
19906661--19906742	43	1.9	43	87	0	119	19	21	23	35	1.96
19909025--19909081	17	3.4	17	76	7	62	54	8	21	15	1.68
19918166--19918222	30	1.9	30	100	0	114	40	14	28	17	1.88
19924556--19924598	17	2.5	17	92	0	68	18	11	13	55	1.68
19925181--19925227	8	5.9	8	80	7	51	82	2	14	0	0.75
19931952--19931996	23	2.0	23	95	0	81	57	8	24	8	1.57
19936183--19936234	26	2.0	26	84	0	68	36	1	5	55	1.35
19939458--19939491	15	2.3	15	94	0	59	14	38	0	47	1.45
19940833--19940866	15	2.3	15	94	0	59	14	38	0	47	1.45
19940999--19941054	28	2.0	29	89	6	89	5	25	0	69	1.09
19941020--19941072	21	2.6	20	85	11	72	5	20	0	73	1.03
19941020--19941071	20	2.5	20	85	11	70	5	21	0	73	1.04
19941027--19941080	21	2.6	21	85	11	67	9	18	0	72	1.11
19943238--19943282	18	2.5	18	77	0	54	35	11	28	24	1.90
19943882--19943946	19	3.4	18	77	10	67	52	6	1	40	1.36
19958432--19958470	5	7.8	5	100	0	78	41	0	58	0	0.98
19961193--19961252	29	2.1	29	81	9	70	33	13	23	30	1.93
19961239--19961472	29	8.0	27	70	20	109	35	3	28	32	1.74
19961230--19961457	88	2.6	88	81	4	255	35	3	28	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19961293--19961466	59	2.9	59	81	9	169	37	3	27	31	1.73
19961356--19961524	59	2.9	58	83	7	189	39	4	25	31	1.75
19961293--19961569	88	3.1	87	75	12	224	38	3	25	31	1.75
19961288--19961576	30	9.8	30	70	16	124	37	3	25	33	1.74
19961322--19961585	30	8.9	30	72	18	130	38	3	25	32	1.74
19961519--19961663	72	2.0	72	86	5	204	39	2	22	35	1.66
19961548--19961629	42	1.9	43	90	2	130	37	2	23	36	1.68
19961591--19961677	30	2.9	30	78	8	88	36	4	20	37	1.74
19961589--19961691	30	3.5	29	74	11	84	33	3	25	36	1.74
19961495--19961677	102	1.8	102	88	5	282	37	3	21	37	1.70
19963542--19963613	11	6.5	12	74	16	66	51	1	0	47	1.09
19963542--19963613	6	13.0	6	72	16	66	51	1	0	47	1.09
19963544--19963613	17	4.2	17	85	7	72	52	1	0	45	1.09
19963520--19963613	11	8.6	11	69	18	63	52	1	0	46	1.07
19964141--19964618	50	9.5	50	72	12	311	13	27	20	38	1.90
19964139--19964645	100	5.0	101	89	1	716	13	26	20	39	1.90
19965347--19965400	7	7.2	8	87	6	62	0	9	0	90	0.45
19965358--19965401	1	44.0	1	90	0	70	0	4	0	95	0.27
19965344--19965401	20	2.9	20	92	0	89	0	10	0	89	0.48
19970005--19970224	29	7.5	30	65	23	76	37	3	26	32	1.73
19970089--19970224	29	4.6	30	73	19	99	38	2	26	31	1.71
19970060--19970224	88	1.9	88	85	0	231	38	3	26	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19970102--19970252	59	2.6	58	83	8	162	40	2	24	32	1.69
19970122--19970283	59	2.7	57	84	6	191	40	3	24	32	1.71
19970006--19970373	147	2.5	146	78	9	363	37	3	25	33	1.72
19970262--19970364	30	3.5	30	86	1	145	37	1	24	35	1.67
19972221--19972263	17	2.5	17	88	0	59	46	2	0	51	1.13
19974650--19974675	6	4.3	6	100	0	52	30	0	15	53	1.42
19975559--19975604	19	2.3	20	78	17	51	65	4	0	30	1.12
19977470--19977494	9	2.8	9	100	0	50	24	24	32	20	1.98
19978793--19979054	23	11.3	23	84	4	330	35	6	12	45	1.67
19981302--19981366	13	5.0	13	76	0	67	36	21	7	33	1.82
19982410--19982494	38	2.2	38	82	0	107	15	17	32	34	1.91
19983818--19983884	28	2.4	28	82	2	82	19	11	20	47	1.81
19985115--19985205	43	2.1	44	78	11	100	40	18	15	25	1.90
19990370--19991072	23	31.0	23	83	2	857	33	5	12	47	1.66
19992043--19992090	20	2.4	20	79	6	53	35	6	12	45	1.67
19992381--19992480	36	2.8	36	78	3	112	30	13	21	36	1.91
19997020--19997077	30	2.1	26	84	12	71	32	20	5	41	1.75
20000184--20000234	19	2.9	17	77	11	57	37	5	19	37	1.76
20000206--20000250	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
20000216--20000260	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
20009037--20009085	21	2.3	21	86	6	64	16	16	28	38	1.90
20012043--20012082	21	1.9	21	85	10	55	32	15	30	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20018909--20018953	21	2.1	22	83	4	56	44	2	4	48	1.35
20020717--20020830	45	2.5	45	84	0	138	27	21	23	28	1.99
20021042--20021102	19	3.3	19	86	6	72	37	1	22	37	1.65
20027114--20027176	19	3.3	18	80	8	72	34	1	25	38	1.66
20028247--20028303	28	2.0	28	86	6	78	22	22	8	45	1.80
20029179--20029256	39	2.0	40	84	5	104	64	2	7	25	1.33
20031873--20031906	17	2.0	17	94	0	59	14	17	14	52	1.74
20050256--20050289	15	2.3	15	90	5	52	23	23	8	44	1.81
20051115--20051145	10	3.0	10	95	4	53	70	0	0	29	0.87
20052354--20052452	30	3.3	30	85	5	121	39	23	3	34	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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