genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24334758--24335007	52	4.8	52	89	0	356	32	24	13	29	1.93
24348209--24348428	87	2.5	87	88	1	316	25	20	21	33	1.97
24352811--24352882	36	2.0	36	97	0	135	34	16	15	33	1.90
24357858--24357944	30	3.2	30	60	27	75	28	22	19	28	1.98
24357837--24357958	51	2.4	51	97	0	226	27	21	18	32	1.96
24358149--24358266	59	2.0	59	96	0	218	36	26	14	22	1.93
24365949--24366012	18	3.8	17	83	12	78	0	29	0	70	0.88
24365949--24366012	3	21.3	3	76	17	62	0	29	0	70	0.88
24365949--24366012	15	4.3	15	84	13	87	0	29	0	70	0.88
24373772--24373820	24	2.0	24	96	0	89	44	8	18	28	1.78
24376610--24376640	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
24378913--24378959	17	2.8	17	86	0	58	17	23	12	46	1.82
24380000--24380107	37	2.9	37	78	0	108	27	29	16	25	1.97
24381038--24381068	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
24384663--24384723	21	2.8	21	76	14	61	13	32	0	54	1.39
24389331--24389404	27	2.8	27	85	2	105	35	40	13	10	1.80
24389332--24389404	13	5.5	13	73	4	56	34	41	13	10	1.80
24391236--24391317	19	4.3	19	78	10	87	41	1	4	52	1.31
24391241--24391314	20	3.7	19	83	3	85	39	1	5	54	1.32
24396556--24396614	29	2.0	30	90	3	93	30	5	13	50	1.63
24399616--24399662	17	2.9	17	76	17	55	42	0	8	48	1.33
24399775--24399821	17	2.9	17	76	17	55	42	0	8	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24399539--24399851	159	2.0	159	100	0	626	35	5	15	42	1.71
24409019--24409261	52	4.7	52	93	0	369	28	13	24	34	1.93
24410044--24410095	21	2.5	21	81	6	61	26	11	28	32	1.91
24411207--24411232	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
24412290--24412363	31	2.5	31	89	8	109	24	12	12	51	1.73
24413014--24413062	21	2.2	22	79	17	57	46	10	6	36	1.63
24415416--24416444	257	4.0	257	100	0	2058	31	9	10	47	1.71
24416477--24416537	32	1.9	32	83	3	79	37	11	13	37	1.80
24416563--24416607	19	2.4	19	82	10	56	37	2	0	60	1.09
24416988--24417047	30	1.9	32	83	6	79	38	16	13	31	1.87
24418561--24418605	22	2.0	22	82	0	54	48	22	17	11	1.78
24432698--24432841	74	1.9	74	82	0	180	29	18	24	28	1.98
24433444--24433544	8	13.7	7	72	23	59	27	1	1	68	1.11
24433444--24433540	11	9.7	10	77	15	71	27	2	2	68	1.12
24433457--24433525	4	17.2	4	79	11	79	27	0	2	69	1.02
24433444--24433544	37	2.6	37	83	10	114	27	1	1	68	1.11
24437454--24437510	19	2.8	20	75	20	55	28	0	5	66	1.13
24437465--24437529	4	16.2	4	75	12	62	26	0	4	69	1.08
24437459--24437546	36	2.4	36	80	16	99	26	2	3	68	1.17
24437454--24437548	33	2.8	33	78	12	88	26	2	3	68	1.16
24438498--24438531	15	2.3	15	94	0	59	47	32	5	14	1.69
24438565--24438612	7	7.3	7	77	13	57	14	27	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24438554--24438599	18	2.5	19	82	10	60	17	28	26	28	1.98
24455818--24455859	17	2.5	17	96	0	75	30	4	21	42	1.73
24456574--24456604	16	1.9	16	93	0	53	12	9	6	70	1.31
24459786--24459872	42	2.1	42	95	0	156	37	20	16	25	1.93
24462439--24462472	18	1.9	17	88	5	50	23	11	8	55	1.63
24472167--24472234	36	1.9	35	88	8	102	38	0	4	57	1.19
24472167--24472241	11	6.8	11	71	19	50	40	0	4	56	1.18
24472252--24472342	37	2.5	36	84	8	112	37	4	4	53	1.41
24476626--24476658	16	2.1	16	100	0	66	36	12	30	21	1.90
24479128--24479178	21	2.4	21	86	0	66	31	27	15	25	1.96
24481000--24481044	20	2.2	20	84	7	56	31	15	2	51	1.56
24486330--24486384	24	2.2	24	87	3	74	29	16	7	47	1.73
24492467--24492519	24	2.2	25	80	10	65	66	1	30	1	1.13
24492920--24492964	17	2.6	17	86	6	56	15	13	4	66	1.39
24495150--24495204	24	2.2	24	90	3	83	27	16	10	45	1.80
24497483--24497510	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
24500222--24500256	17	2.1	17	88	0	52	68	0	22	8	1.16
24502375--24502422	18	2.6	18	80	3	60	29	6	18	45	1.74
24502585--24502652	31	2.2	31	84	7	86	48	19	11	20	1.80
24516795--24516832	7	5.3	7	90	6	58	86	2	10	0	0.66
24518656--24518723	33	2.1	33	100	0	136	39	5	17	36	1.74
24536256--24536290	16	2.2	16	90	5	54	31	0	2	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24539572--24539596	9	2.8	9	100	0	50	44	12	8	36	1.71
24541224--24541270	23	2.0	23	100	0	94	29	0	36	34	1.58
24542054--24542115	31	2.0	31	90	0	97	38	1	6	53	1.37
24542518--24542542	6	4.2	6	100	0	50	0	20	32	48	1.50
24545375--24545436	28	2.2	28	97	2	117	33	24	3	38	1.71
24550740--24550804	23	2.8	23	83	2	76	32	10	15	41	1.81
24557054--24557198	59	2.4	59	80	7	152	35	4	22	37	1.74
24557029--24557233	30	6.9	30	74	11	142	34	3	23	37	1.74
24558320--24558356	19	1.9	19	94	0	65	48	2	8	40	1.47
24558346--24558406	9	6.3	9	71	14	50	42	1	6	49	1.38
24559114--24559180	35	1.9	35	87	3	100	59	7	2	29	1.40
24559110--24559188	17	4.6	17	74	3	59	56	6	2	34	1.38
24560168--24560407	88	2.7	89	86	5	322	30	17	18	34	1.94
24560405--24560840	101	4.4	96	81	9	488	11	26	22	40	1.87
24560492--24560840	101	3.5	100	86	1	500	11	26	22	39	1.88
24560491--24560654	51	3.2	50	69	11	136	12	24	21	41	1.87
24560405--24560840	202	2.2	194	85	5	588	11	26	22	40	1.87
24560681--24560990	150	2.1	151	89	3	473	13	28	19	38	1.90
24560492--24560994	50	10.0	49	66	11	187	13	27	20	38	1.90
24562028--24562069	6	6.7	6	89	10	66	0	16	0	83	0.65
24567171--24567394	30	7.7	27	74	15	146	34	3	24	37	1.71
24567171--24567394	29	7.7	28	75	10	173	34	3	24	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24567203--24567403	30	6.8	29	77	11	178	33	2	23	39	1.70
24567205--24567394	87	2.2	88	87	5	269	33	3	24	39	1.71
24568485--24568521	19	1.9	19	94	0	65	48	2	8	40	1.47
24568511--24568571	9	6.3	9	71	14	50	42	1	6	49	1.38
24569299--24569354	17	3.3	17	87	0	76	55	3	3	37	1.35
24577573--24577647	21	3.6	21	75	7	71	32	22	9	36	1.86
24578324--24578486	25	6.4	25	79	6	168	38	26	14	20	1.92
24578345--24578484	75	1.9	75	85	7	194	37	27	14	21	1.92
24583176--24583219	23	1.9	23	90	9	72	40	31	0	27	1.56
24594825--24594860	14	2.6	14	86	0	54	38	0	5	55	1.23
24596360--24596432	28	2.6	28	80	6	78	41	21	17	19	1.91
24596436--24596567	29	4.5	29	77	11	110	38	25	12	24	1.89
24597988--24598029	21	2.0	21	86	4	59	69	2	4	23	1.20
24598527--24598570	6	7.3	6	78	0	52	50	0	22	27	1.50
24598528--24598575	18	2.7	18	90	0	78	45	0	25	29	1.53
24601055--24601109	18	3.1	18	77	15	60	47	1	1	49	1.23
24609865--24610201	59	5.7	60	77	7	269	36	26	4	32	1.76
24609865--24610217	30	11.9	30	77	11	248	35	26	4	33	1.76
24610160--24610246	30	2.9	29	81	6	104	33	25	8	33	1.85
24614205--24614229	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
24614587--24614753	81	2.1	81	93	0	280	39	16	16	27	1.90
24615179--24615203	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24615186--24615284	6	16.7	6	81	6	94	79	0	18	2	0.82
24615177--24615284	23	4.9	22	75	10	96	80	0	16	2	0.83
24615199--24615271	13	5.6	12	75	22	51	79	0	20	0	0.73
24615198--24615285	40	2.3	40	84	9	121	78	0	21	0	0.75
24616334--24616552	97	2.2	98	81	4	244	34	17	31	16	1.93
24616530--24616893	97	3.8	95	74	8	315	34	17	29	18	1.94
24616319--24616676	147	2.4	146	80	3	414	36	17	28	17	1.93
24616411--24616747	147	2.3	146	81	5	369	34	17	29	18	1.94
24616559--24616943	195	2.0	197	84	6	514	34	16	29	19	1.94
24616337--24617057	50	14.7	50	69	8	315	35	17	28	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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