genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11491816--11491906	12	6.9	12	74	18	83	38	5	1	54	1.31
11491889--11491941	22	2.4	21	75	9	52	41	0	5	52	1.25
11491816--11491926	3	36.0	3	69	8	62	37	4	2	54	1.35
11492707--11492796	35	2.6	34	82	6	110	56	4	0	38	1.19
11492707--11492809	17	6.0	17	81	5	127	55	3	0	40	1.18
11492707--11492807	6	17.5	6	72	11	77	55	3	0	40	1.18
11492711--11492770	29	2.1	29	84	6	77	53	5	0	41	1.23
11493586--11493742	49	3.2	49	67	13	135	17	28	18	35	1.94
11493555--11493736	96	1.9	96	88	2	276	19	27	18	34	1.95
11494108--11494167	29	2.1	29	96	0	111	45	1	28	25	1.63
11498646--11498879	30	8.0	29	80	7	208	35	1	25	37	1.66
11498590--11498845	59	4.4	59	79	6	236	36	3	23	36	1.71
11499931--11499963	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
11500613--11500669	11	5.1	11	75	12	53	52	5	3	38	1.41
11508694--11509127	59	7.3	58	79	7	315	37	4	24	33	1.77
11508699--11508865	30	5.6	31	71	16	120	38	5	24	30	1.79
11508788--11509069	29	9.7	28	67	14	97	37	3	24	34	1.74
11508699--11509095	118	3.4	115	77	4	395	38	4	23	33	1.76
11508898--11508983	30	2.9	30	79	8	104	36	2	24	37	1.68
11509000--11509100	28	3.5	29	75	4	105	38	1	22	36	1.66
11508906--11509135	29	7.8	30	71	9	143	36	3	24	36	1.71
11508907--11509135	30	7.8	30	71	11	134	36	3	24	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11510286--11510338	22	2.4	21	75	9	52	41	0	5	52	1.25
11511112--11511170	12	5.1	12	79	8	50	57	3	0	38	1.15
11511140--11511170	12	2.6	12	94	0	53	54	0	0	45	0.99
11515053--11515160	34	3.2	32	75	17	103	30	13	14	40	1.85
11517031--11517078	21	2.2	23	85	7	64	64	0	2	33	1.05
11517913--11518201	29	9.7	29	76	8	144	38	3	23	34	1.72
11518091--11518235	59	2.5	60	84	5	172	41	2	20	35	1.66
11518059--11518203	30	4.9	29	80	8	166	40	3	19	36	1.68
11518060--11518223	29	5.5	30	80	5	172	40	3	20	36	1.68
11519362--11519410	19	2.5	19	74	12	55	63	0	8	28	1.23
11520002--11520044	12	3.7	12	81	6	52	58	0	2	39	1.11
11520701--11521139	39	11.3	38	72	7	206	25	19	30	25	1.98
11520702--11521139	78	5.6	75	78	6	270	25	19	30	25	1.98
11520701--11520946	117	2.1	117	85	3	325	24	19	32	23	1.97
11520740--11521140	117	3.4	117	74	8	305	25	19	29	24	1.99
11520803--11521157	78	4.6	78	81	3	387	25	21	28	24	1.99
11533528--11533752	59	3.8	59	81	4	213	36	1	24	36	1.66
11533552--11533783	89	2.6	87	81	7	250	37	2	23	36	1.69
11533513--11533752	30	8.1	30	78	5	211	36	1	25	36	1.66
11533647--11533774	60	2.2	59	82	4	150	39	3	20	37	1.68
11535568--11535623	17	3.2	18	85	5	71	55	1	1	41	1.21
11535565--11535623	23	2.6	23	86	0	82	55	1	1	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11535565--11535623	6	10.2	6	78	7	59	55	1	1	40	1.20
11535651--11535708	28	2.1	28	100	0	116	32	24	20	22	1.98
11539693--11539821	34	3.8	34	77	10	129	31	13	14	40	1.85
11542430--11542478	25	1.9	26	87	4	73	36	2	6	55	1.37
11545458--11545570	30	3.8	30	82	2	129	42	4	20	32	1.72
11545449--11545574	60	2.1	59	82	5	155	39	3	23	32	1.73
11546852--11546898	23	2.1	23	88	4	69	63	8	6	21	1.44
11547508--11547828	30	10.7	29	85	5	329	34	25	0	39	1.61
11547517--11547828	60	5.2	60	85	2	369	34	25	0	39	1.61
11547517--11547821	90	3.4	90	84	1	398	35	25	0	39	1.61
11551557--11551684	62	2.1	62	93	0	220	43	16	5	34	1.71
11559900--11560179	124	2.3	120	80	6	296	39	16	19	24	1.91
11560100--11560264	85	1.9	85	86	0	231	40	15	21	23	1.91
11560150--11560485	161	2.1	161	89	0	519	38	16	19	25	1.92
11560314--11560758	209	2.1	209	90	1	705	38	16	21	23	1.92
11560470--11560626	85	1.8	85	86	0	224	37	14	24	24	1.92
11559964--11560701	370	2.0	370	89	1	1138	38	16	20	25	1.92
11561157--11561191	17	2.1	17	94	0	61	40	0	2	57	1.14
11562654--11562986	30	11.1	30	80	8	313	35	25	1	37	1.64
11562654--11562986	90	3.7	89	80	6	375	35	25	1	37	1.64
11564095--11564169	33	2.2	33	81	13	91	16	10	10	62	1.53
11565357--11565512	85	1.8	85	83	2	206	23	22	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11565235--11566101	208	4.2	208	84	2	1004	23	20	16	38	1.93
11565574--11565732	85	1.9	85	84	2	212	24	22	15	37	1.93
11565772--11565932	85	1.9	85	87	2	234	21	24	15	38	1.92
11565239--11566101	416	2.1	417	84	2	1135	23	20	16	38	1.92
11565827--11566346	245	2.1	245	87	0	745	22	19	17	39	1.92
11566034--11566138	37	2.8	37	86	0	147	23	18	19	39	1.92
11565618--11566554	453	2.1	453	86	0	1266	23	20	17	39	1.92
11565857--11566310	123	3.7	122	76	6	452	22	18	18	40	1.91
11566225--11566395	85	2.0	85	86	2	236	22	19	18	39	1.92
11566071--11566779	208	3.4	207	82	2	787	24	20	17	38	1.93
11566792--11566988	39	5.1	39	77	4	184	28	16	26	28	1.97
11566797--11567001	77	2.6	77	83	3	234	28	16	26	28	1.97
11566975--11567026	26	2.0	26	92	0	86	15	28	28	26	1.96
11567296--11567513	49	4.4	49	76	9	192	16	30	16	35	1.92
11567281--11567417	49	2.8	50	82	11	169	17	32	18	32	1.94
11567350--11567533	99	1.9	97	80	10	212	18	29	15	36	1.92
11567770--11567803	17	2.0	17	100	0	68	11	23	17	47	1.81
11568536--11568567	13	2.4	14	90	10	50	0	15	0	84	0.63
11568561--11568585	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
11569526--11569555	14	2.1	14	93	6	51	6	10	0	83	0.81
11573004--11573090	30	2.9	29	82	3	102	37	2	24	35	1.68
11573653--11573727	33	2.2	33	79	13	82	20	8	9	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11575073--11575134	26	2.3	26	91	2	97	40	1	20	37	1.63
11575608--11575798	52	3.7	52	85	3	278	28	13	23	35	1.92
11581279--11581341	29	2.3	27	81	15	67	71	4	7	15	1.27
11581700--11581733	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
11584076--11584127	26	2.0	26	100	0	104	34	15	11	38	1.83
11590036--11590289	30	8.7	30	76	14	201	34	24	5	36	1.78
11590036--11590317	29	9.7	29	76	10	179	34	23	5	36	1.78
11590054--11590289	88	2.7	87	82	10	252	33	25	4	36	1.77
11590098--11590289	59	3.3	57	81	8	201	34	25	4	35	1.77
11592976--11593380	36	11.0	35	81	9	398	35	14	22	27	1.93
11592976--11593383	74	5.5	73	84	8	436	36	14	22	27	1.93
11592976--11593381	110	3.7	111	83	6	452	35	14	22	27	1.93
11593788--11594539	262	2.8	264	84	5	882	32	22	19	26	1.97
11594111--11594539	141	3.1	140	87	4	589	31	22	19	26	1.98
11594567--11595045	45	10.8	45	86	4	654	43	17	5	33	1.73
11594858--11595021	82	2.0	82	91	2	267	42	18	6	32	1.75
11594940--11595112	45	3.8	45	85	0	175	42	19	4	33	1.72
11596315--11596603	52	5.6	51	82	5	303	26	15	24	33	1.95
11596316--11596603	104	2.8	104	86	1	373	26	15	24	33	1.95
11601414--11601641	52	4.4	52	83	0	251	27	14	22	35	1.93
11602297--11602345	21	2.3	21	82	6	64	30	12	22	34	1.91
11608232--11608475	52	4.7	52	82	4	235	27	14	22	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11609952--11610080	28	4.5	29	81	3	127	52	12	14	20	1.73
11610549--11610589	3	13.7	3	89	0	64	68	0	0	31	0.90
11610548--11610596	9	5.0	10	75	20	50	67	0	0	32	0.91
11616911--11617071	30	5.4	30	63	24	81	34	2	31	31	1.71
11616956--11617323	29	12.5	29	74	16	249	31	3	31	33	1.74
11616916--11617321	175	2.3	178	83	7	499	32	3	31	33	1.74
11616913--11617323	59	7.0	59	85	4	478	31	3	31	33	1.74
11618040--11618086	22	2.2	21	85	11	60	29	10	4	55	1.53
11618342--11618401	21	2.9	19	83	9	66	45	6	1	46	1.39
11618340--11618401	20	3.2	18	75	18	54	45	6	1	46	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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