genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738332--2738419	17	5.0	17	78	10	79	36	1	9	53	1.40
2738363--2738422	6	10.3	6	85	7	70	41	0	6	51	1.28
2738363--2738422	23	2.6	24	82	12	72	41	0	6	51	1.28
2738363--2738424	11	5.5	11	79	12	63	43	0	6	50	1.28
2738477--2738512	15	2.4	15	85	0	54	44	30	11	13	1.79
2740119--2740250	30	4.5	30	78	10	137	36	18	0	44	1.50
2740208--2740486	59	4.7	59	83	6	293	33	26	5	35	1.78
2740228--2740458	30	7.8	30	68	13	122	34	25	4	35	1.77
2740208--2740461	119	2.2	119	82	5	311	34	26	4	35	1.76
2740237--2740533	59	5.1	58	80	6	246	33	26	6	33	1.82
2740386--2740548	29	5.7	28	69	21	97	31	27	8	32	1.87
2740654--2740682	15	1.9	15	100	0	58	20	0	13	65	1.26
2748438--2748494	23	2.5	23	88	0	78	29	28	21	21	1.98
2748551--2748603	23	2.3	23	80	3	63	32	1	9	56	1.42
2761313--2761358	24	1.9	23	86	8	65	56	4	4	34	1.39
2766193--2766238	25	1.9	23	86	8	65	36	2	4	56	1.31
2766525--2766554	13	2.2	14	94	5	53	16	0	0	83	0.65
2766558--2766589	14	2.4	13	90	10	55	25	3	0	71	1.00
2772072--2772119	22	2.2	22	100	0	96	66	0	10	22	1.22
2772148--2772194	22	2.1	22	88	7	69	19	2	0	78	0.85
2773121--2773173	11	4.6	11	79	13	54	79	0	11	9	0.94
2773132--2773159	10	2.8	10	100	0	56	75	0	10	14	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773120--2773162	23	1.9	22	90	4	68	76	0	11	11	1.02
2773156--2773189	14	2.4	14	90	5	50	82	2	14	0	0.79
2774555--2774592	14	2.6	15	83	8	60	28	7	7	55	1.57
2781383--2781419	17	2.1	18	90	5	58	24	2	27	45	1.66
2789445--2789584	70	2.0	70	97	1	264	51	9	9	30	1.65
2790981--2791170	97	2.0	97	91	2	310	36	15	17	30	1.91
2791298--2791349	14	3.6	14	77	12	52	61	5	9	23	1.48
2791461--2791524	29	2.2	28	86	5	83	43	1	20	34	1.61
2791479--2791665	29	6.4	29	72	19	77	38	1	25	34	1.66
2791498--2791693	58	3.4	56	80	11	202	37	1	26	34	1.66
2791529--2791732	30	7.0	30	81	6	233	34	1	27	35	1.69
2791531--2791693	57	2.8	58	88	1	229	36	1	26	34	1.68
2791531--2791718	57	3.3	58	83	7	222	35	2	27	35	1.69
2791532--2791789	30	8.8	29	71	13	102	34	1	27	36	1.68
2792924--2792965	21	2.0	21	86	4	59	57	2	2	38	1.25
2792919--2792967	21	2.3	21	79	13	55	57	2	2	38	1.22
2793667--2793712	6	7.8	6	79	13	51	52	2	0	45	1.13
2793668--2793719	11	4.4	12	76	13	54	51	5	0	42	1.25
2793669--2793727	17	3.4	17	86	4	82	52	5	0	42	1.23
2794142--2794596	39	11.7	39	73	8	225	25	19	30	25	1.98
2794220--2794596	78	4.8	78	75	4	348	24	19	30	25	1.98
2794141--2794596	117	3.9	116	79	4	450	25	19	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2794158--2794596	194	2.3	193	79	5	422	25	18	30	25	1.98
2796061--2796136	6	12.8	6	76	15	70	44	2	2	50	1.30
2796061--2796118	31	1.9	30	89	3	89	46	1	1	50	1.22
2796061--2796151	17	5.5	16	77	18	80	42	2	5	49	1.38
2798461--2798718	29	9.0	29	82	9	307	37	28	1	32	1.67
2799021--2799725	312	2.2	310	82	6	841	30	18	16	34	1.93
2810044--2810084	11	3.8	11	87	3	57	46	0	0	53	1.00
2810937--2810977	11	3.8	11	87	3	57	53	0	0	46	1.00
2811444--2811637	97	2.0	97	91	0	316	35	15	18	31	1.92
2811762--2811813	14	3.6	14	82	12	61	63	5	9	21	1.45
2811920--2812155	29	8.3	29	79	8	220	34	0	27	37	1.63
2811920--2812155	113	2.1	112	84	4	303	34	0	27	37	1.63
2811920--2812146	85	2.7	85	86	5	307	36	0	25	37	1.63
2813356--2813397	21	2.0	21	86	4	59	57	2	2	38	1.25
2815330--2815395	6	11.3	6	71	12	57	54	1	1	42	1.18
2815330--2815403	17	4.3	17	89	3	112	54	1	1	43	1.17
2815330--2815403	35	2.1	35	90	2	114	54	1	1	43	1.17
2815792--2815843	23	2.3	21	81	12	59	30	11	5	51	1.61
2816507--2816581	6	13.0	6	77	17	79	49	0	4	46	1.20
2816511--2816572	23	2.7	22	85	9	81	48	0	4	46	1.23
2816522--2816581	17	3.6	17	90	2	95	51	0	5	43	1.23
2816545--2816600	27	2.0	28	83	10	71	50	5	3	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816865--2817463	68	8.8	68	89	2	869	27	19	18	34	1.95
2816881--2817463	137	4.3	135	92	1	889	27	19	18	34	1.95
2816865--2817463	205	2.9	203	88	3	869	27	19	18	34	1.95
2827474--2827505	5	6.4	5	100	0	64	81	0	18	0	0.70
2831686--2831926	117	2.1	114	84	7	312	43	11	11	34	1.77
2835216--2835247	5	6.4	5	100	0	64	81	0	18	0	0.70
2839428--2839668	117	2.1	114	84	7	312	43	11	11	34	1.77
2842958--2842984	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2847165--2847405	117	2.1	114	84	7	312	43	11	11	34	1.77
2850695--2850721	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2854388--2854628	117	2.1	114	84	7	312	43	11	11	34	1.77
2854878--2854957	17	4.9	16	83	11	101	38	1	1	58	1.14
2854866--2854959	6	16.0	6	71	16	72	40	1	2	56	1.18
2854899--2854951	11	5.1	10	77	22	56	37	1	1	58	1.20
2854878--2854957	31	2.5	32	85	6	108	38	1	1	58	1.14
2856102--2856141	21	1.9	21	85	10	55	75	2	15	7	1.14
2856915--2856995	29	2.8	29	78	10	103	38	24	6	30	1.80
2856975--2857369	29	13.5	28	70	15	239	32	28	3	35	1.75
2856974--2857406	59	7.4	59	88	1	595	32	28	3	34	1.76
2856974--2857406	116	3.7	117	87	2	584	32	28	3	34	1.76
2869494--2870379	76	12.0	75	86	7	1137	34	14	19	31	1.92
2869517--2870416	38	24.4	37	67	18	355	34	14	19	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869515--2870379	297	2.9	295	87	6	1216	34	14	19	31	1.92
2870702--2870793	17	5.6	16	74	15	73	40	2	1	56	1.18
2870690--2870793	6	18.0	6	69	15	67	40	1	1	55	1.22
2870702--2870793	31	2.8	32	79	12	98	40	2	1	56	1.18
2872802--2873170	59	6.3	59	88	0	481	33	27	2	36	1.69
2872802--2873170	117	3.1	118	87	1	528	33	27	2	36	1.69
2872777--2873176	176	2.3	175	85	6	515	33	28	2	36	1.71
2872803--2873215	59	7.0	59	83	8	281	32	28	3	36	1.73
2875458--2875526	35	2.0	35	100	0	138	49	10	11	28	1.72
2876745--2877068	145	2.2	146	81	4	388	34	8	27	29	1.87
2877079--2877379	58	5.1	58	77	9	236	36	2	23	36	1.70
2877042--2877408	29	12.4	30	75	9	184	36	3	22	37	1.71
2877187--2877420	90	2.6	90	80	7	212	37	3	20	38	1.70
2879469--2879520	6	9.0	6	81	8	63	50	5	0	44	1.26
2879470--2879520	17	3.0	17	88	5	77	50	5	0	43	1.26
2879523--2879603	25	3.2	25	96	1	144	56	7	3	32	1.44
2880175--2880956	92	8.5	92	95	0	1386	33	18	15	32	1.92
2880956--2881115	51	3.2	51	73	12	166	10	27	20	41	1.85
2880976--2881173	50	4.0	50	75	10	172	12	27	20	39	1.88
2880953--2881172	101	2.2	101	82	4	266	11	27	19	41	1.85
2888185--2888451	146	1.8	146	82	4	342	39	8	23	28	1.84
2888486--2888695	59	3.6	59	77	7	212	34	4	24	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2888483--2888724	89	2.7	88	79	8	217	35	5	23	35	1.78
2888482--2888716	30	7.9	30	75	9	155	34	5	25	34	1.78
2890116--2890154	17	2.2	18	95	4	71	46	5	0	48	1.24
2890112--2890184	23	3.4	22	70	14	62	52	5	2	39	1.39
2891930--2891956	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
2892184--2892254	30	2.4	31	73	7	74	50	8	14	26	1.71
2892876--2893041	87	1.9	87	96	0	305	38	12	18	30	1.88
2894660--2894695	18	2.0	18	94	0	63	52	0	5	41	1.24
2896503--2896641	29	4.8	29	82	11	151	37	24	2	35	1.71
2896498--2896612	59	1.9	59	89	3	178	37	22	3	36	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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