genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27562562--27562594	16	2.1	15	94	5	57	12	18	24	45	1.83
27563498--27563606	6	18.0	6	74	16	82	49	0	1	47	1.18
27563502--27563566	17	4.1	15	81	15	78	43	0	3	53	1.16
27563506--27563569	31	2.1	31	91	5	103	43	0	3	53	1.16
27563488--27563568	11	7.5	11	72	19	64	41	0	3	54	1.18
27563498--27563591	42	2.3	41	83	5	109	47	0	2	50	1.13
27563554--27563606	20	2.8	18	80	11	52	60	1	0	37	1.08
27564263--27564319	3	19.0	3	75	7	53	63	3	0	33	1.12
27565430--27565730	30	10.0	30	91	1	433	36	22	3	36	1.73
27566871--27566899	10	3.0	10	95	5	51	27	10	10	51	1.68
27567021--27567248	30	7.8	30	79	12	242	37	22	5	34	1.77
27567021--27567248	59	3.9	57	78	14	232	37	22	5	34	1.77
27567021--27567248	117	1.9	117	89	2	350	37	22	5	34	1.77
27579069--27579837	68	11.3	68	95	1	1317	32	16	20	30	1.95
27580143--27580209	6	12.0	6	83	15	63	53	0	0	46	1.00
27580132--27580209	21	3.8	20	85	8	70	51	0	1	47	1.09
27580175--27580230	6	9.0	6	82	7	67	64	1	1	32	1.14
27582031--27582353	30	10.8	30	81	4	285	38	22	3	34	1.72
27582029--27582353	60	5.4	58	81	6	332	38	23	3	34	1.72
27582032--27582357	90	3.6	90	89	1	458	37	23	3	35	1.72
27582030--27582401	30	12.4	30	79	6	278	38	22	4	35	1.73
27590935--27590960	4	6.5	4	100	0	52	73	0	26	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27593949--27593986	18	2.1	18	100	0	76	21	10	15	52	1.72
27595830--27595881	23	2.3	23	83	6	61	42	3	3	50	1.39
27600002--27600041	5	7.8	5	89	10	55	0	17	0	82	0.67
27600002--27600041	16	2.5	17	84	15	59	0	17	0	82	0.67
27600002--27600041	21	2.0	20	90	5	62	0	17	0	82	0.67
27616455--27616518	11	5.9	11	72	17	53	46	0	3	50	1.17
27617400--27617498	29	3.7	27	80	19	127	50	0	0	49	1.00
27617390--27617509	51	2.4	49	86	9	172	50	0	0	49	1.06
27617933--27617995	16	3.9	16	74	10	56	53	22	6	17	1.65
27619704--27619733	15	2.0	15	100	0	60	13	0	60	26	1.34
27622575--27622615	21	2.0	21	85	9	57	56	2	14	26	1.51
27624223--27625235	191	5.3	192	84	1	1138	26	21	17	35	1.95
27624223--27625235	383	2.6	384	82	3	1209	26	21	17	35	1.95
27625402--27625647	49	5.0	50	78	7	207	18	26	16	38	1.92
27634245--27634298	20	2.5	23	82	17	87	70	22	3	3	1.19
27634247--27634292	11	4.4	11	78	10	51	71	21	4	2	1.14
27634325--27634423	22	4.7	22	72	16	77	63	24	6	6	1.40
27634332--27634371	17	2.4	17	86	0	62	67	20	5	7	1.34
27634925--27635034	30	3.7	30	69	11	93	23	15	12	48	1.79
27634868--27635034	88	1.9	88	82	7	214	23	14	12	49	1.78
27635200--27635368	58	2.9	58	83	4	207	45	11	17	25	1.82
27635200--27635368	59	2.9	58	82	2	205	45	11	17	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27651194--27651227	3	11.3	3	93	0	59	32	29	0	38	1.58
27653749--27653953	89	2.3	87	85	5	261	38	18	10	33	1.84
27653998--27654054	20	2.9	19	76	5	60	64	0	1	33	1.04
27654012--27654062	18	2.8	18	90	3	75	72	0	1	25	0.95
27654533--27654830	90	3.4	87	82	11	345	33	9	21	36	1.85
27664975--27665038	29	2.2	29	80	0	74	37	3	6	53	1.42
27665110--27665153	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
27671575--27671721	23	6.5	22	80	5	100	44	22	21	12	1.85
27678845--27678924	23	3.6	22	83	6	90	36	30	21	12	1.90
27678912--27678967	23	2.4	23	84	0	67	44	23	23	8	1.81
27686545--27686574	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
27703689--27703761	37	2.0	37	86	0	101	27	30	17	24	1.97
27703767--27703866	38	2.7	38	83	10	109	38	21	10	31	1.86
27703786--27703866	38	2.2	38	88	6	121	38	20	9	30	1.86
27707349--27707419	37	1.9	37	94	0	124	26	32	19	21	1.97
27707441--27707514	38	1.9	38	86	5	105	32	25	10	31	1.90
27707528--27707581	26	2.1	26	89	0	81	25	20	22	31	1.98
27708921--27709023	40	2.6	40	87	0	143	52	1	22	23	1.57
27718185--27718229	11	3.9	11	80	8	54	28	8	17	44	1.79
27718798--27718827	14	2.1	14	93	0	51	36	0	3	60	1.14
27725776--27725842	29	2.4	28	82	5	82	31	4	2	61	1.31
27730284--27730314	5	6.4	5	92	7	55	61	0	38	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27733808--27733849	19	2.1	20	86	8	59	50	7	4	38	1.51
27737138--27737188	27	1.9	27	88	4	77	54	5	0	39	1.24
27738881--27738909	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
27738886--27738930	21	2.1	21	88	8	65	26	0	22	51	1.49
27738898--27738939	21	2.0	21	81	9	50	33	0	19	47	1.49
27740919--27740962	17	2.6	17	96	0	79	18	6	15	59	1.58
27744070--27744094	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
27745904--27745948	22	2.0	23	87	12	67	31	11	4	53	1.56
27748675--27748713	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
27752438--27752484	21	2.2	21	78	14	53	44	21	6	27	1.76
27757870--27757909	16	2.5	16	95	0	71	35	10	27	27	1.89
27758079--27758167	26	3.3	26	66	9	79	49	2	3	44	1.31
27758087--27758228	55	2.5	57	84	6	173	50	3	3	42	1.36
27758088--27758228	58	2.5	55	84	6	167	50	3	2	43	1.34
27766677--27766732	26	2.2	26	93	0	94	44	8	8	37	1.67
27778196--27778245	17	2.9	17	85	5	66	82	2	16	0	0.77
27779654--27779685	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
27782214--27782244	15	2.1	15	100	0	62	35	6	0	58	1.24
27790170--27790236	21	3.2	21	84	0	80	31	13	25	29	1.94
27796276--27796329	18	2.9	18	80	2	63	22	20	27	29	1.98
27796999--27797052	21	2.6	21	81	0	63	31	12	27	27	1.93
27797843--27797884	21	2.0	21	95	0	75	26	9	16	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27800300--27800457	78	2.0	78	82	0	190	46	10	10	32	1.72
27805759--27805858	38	2.7	38	85	1	130	25	16	30	29	1.96
27812981--27813025	17	2.6	18	82	13	58	0	22	0	77	0.76
27812981--27813028	10	4.9	10	78	12	55	0	20	0	79	0.74
27814391--27814699	42	7.3	42	88	1	411	27	28	20	23	1.99
27814391--27814699	85	3.7	84	86	3	417	27	28	20	23	1.99
27814391--27814699	127	2.4	127	89	0	474	27	28	20	23	1.99
27815135--27815320	91	2.0	91	98	0	363	40	16	10	31	1.83
27815941--27815979	17	2.2	18	86	4	53	79	5	12	2	1.00
27818238--27818587	41	8.6	41	86	2	447	16	29	23	30	1.96
27818238--27818587	162	2.2	163	87	2	499	16	29	23	30	1.96
27827564--27827755	92	2.1	92	85	1	251	23	15	27	33	1.95
27831339--27831544	110	1.9	110	89	0	322	27	26	22	23	1.99
27834925--27835002	35	2.3	35	78	8	92	38	1	5	55	1.30
27846124--27846206	37	2.2	37	86	0	121	27	25	16	30	1.97
27846124--27846220	37	2.6	37	81	0	104	26	23	17	31	1.97
27846210--27846263	26	2.1	26	89	0	81	24	14	25	35	1.94
27850901--27850981	41	2.0	41	81	13	96	38	19	8	33	1.83
27854497--27854784	51	5.6	51	91	0	432	27	14	23	35	1.93
27857163--27857196	16	2.2	16	89	5	52	26	8	14	50	1.72
27858605--27858636	13	2.5	13	94	0	55	50	28	3	18	1.62
27859275--27859353	18	4.2	18	75	20	65	60	0	3	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27859281--27859354	3	24.0	3	70	10	51	62	0	4	33	1.14
27860478--27860638	29	5.6	28	74	15	123	36	27	3	32	1.75
27860491--27860677	87	2.1	87	81	3	216	33	25	6	33	1.83
27860651--27860707	30	1.9	30	85	0	78	31	29	10	28	1.90
27875577--27876264	209	3.3	209	87	2	959	37	19	21	22	1.95
27876558--27876634	6	13.7	6	71	22	60	42	0	2	54	1.14
27876558--27876620	17	3.7	17	86	0	90	42	0	3	53	1.16
27876571--27876632	17	3.0	23	68	26	73	43	0	3	53	1.17
27877334--27877386	3	17.0	3	76	7	52	62	0	3	33	1.13
27878484--27878707	30	7.6	30	71	15	96	37	25	2	34	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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