genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5845248--5845373	57	2.2	57	88	7	182	41	6	11	41	1.66
5845265--5845361	28	3.4	28	67	18	74	39	6	8	46	1.59
5847691--5847921	79	2.9	79	80	5	236	44	10	12	32	1.77
5851655--5851762	42	2.5	42	90	1	171	25	16	27	30	1.97
5860338--5860374	18	2.1	18	85	14	51	8	18	0	72	1.08
5862232--5862357	61	2.1	61	89	3	191	38	7	11	42	1.70
5864919--5864949	8	3.9	8	95	0	53	83	0	0	16	0.64
5865455--5866108	80	8.2	80	94	1	1059	25	18	23	32	1.97
5874349--5874379	8	3.8	8	95	4	53	41	12	22	22	1.88
5879064--5879097	12	2.9	12	91	4	52	17	2	2	76	1.04
5879720--5879837	43	2.8	40	84	6	130	27	28	17	26	1.98
5879733--5879837	43	2.4	44	88	1	158	28	29	17	24	1.97
5885193--5885392	29	6.8	29	69	17	108	33	3	32	31	1.75
5885132--5885679	59	9.3	58	85	4	647	34	2	30	33	1.71
5885528--5885683	29	5.3	30	68	20	114	33	1	29	35	1.66
5887495--5887550	17	3.6	15	80	17	53	46	1	3	48	1.30
5887911--5888911	201	5.0	201	88	1	1480	18	22	21	37	1.94
5887911--5888911	401	2.5	399	91	2	1620	18	22	21	37	1.94
5896159--5896188	14	2.1	14	93	0	51	30	16	20	33	1.94
5901066--5901399	29	11.5	28	70	17	202	32	1	32	32	1.69
5901029--5901399	59	6.3	58	89	4	500	32	2	32	32	1.70
5901030--5901399	58	6.3	58	88	5	482	32	2	32	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5903136--5903191	17	3.6	15	80	17	53	46	1	3	48	1.30
5906683--5906731	25	2.0	24	88	8	71	32	2	10	55	1.45
5906755--5906912	8	19.5	8	71	12	72	51	1	5	41	1.35
5906773--5906919	80	1.8	79	84	4	197	46	2	6	44	1.41
5908358--5908527	85	2.0	85	100	0	340	24	15	35	24	1.94
5908633--5908779	41	3.6	40	77	9	161	17	29	16	36	1.91
5910003--5910077	29	2.5	29	78	4	69	41	17	13	28	1.87
5910359--5910723	40	8.9	40	74	9	263	20	24	14	40	1.90
5910455--5910675	84	2.7	83	81	6	234	18	25	14	41	1.88
5910486--5910675	83	2.3	83	81	8	219	18	26	14	40	1.89
5913022--5913263	40	6.1	40	85	0	270	24	16	19	39	1.91
5913022--5913252	120	1.9	120	84	1	311	25	15	19	40	1.90
5913554--5913644	29	3.1	29	90	0	146	24	30	24	20	1.99
5917740--5917789	26	1.9	26	91	0	82	44	0	12	44	1.41
5918279--5918327	17	2.9	17	77	14	57	8	20	0	71	1.11
5918283--5918551	131	2.0	132	80	8	307	17	16	7	58	1.60
5919399--5919450	7	8.0	6	80	16	50	75	0	21	3	0.97
5919399--5919450	13	3.9	13	75	12	52	75	0	21	3	0.97
5921720--5921758	17	2.3	17	86	8	53	58	5	0	35	1.20
5921781--5921820	21	2.0	21	90	5	64	52	7	0	40	1.30
5922301--5922360	25	2.4	25	85	0	84	25	15	5	55	1.60
5922717--5922857	43	3.3	43	87	0	210	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5923162--5923218	21	2.7	21	86	0	60	3	38	17	40	1.67
5924937--5925210	41	6.7	41	84	0	334	19	30	21	28	1.97
5924929--5925217	82	3.5	82	86	0	391	19	30	20	29	1.97
5925861--5925886	12	2.2	12	100	0	52	34	23	19	23	1.96
5928441--5928726	58	4.9	59	86	3	332	37	3	25	33	1.72
5928709--5928936	30	7.6	30	78	2	215	36	3	21	38	1.70
5928506--5928862	116	3.0	115	79	12	286	36	3	24	35	1.74
5928693--5928936	60	4.1	60	81	3	314	36	3	20	38	1.69
5928693--5928950	120	2.2	120	88	4	371	36	3	22	38	1.70
5934237--5934275	10	4.0	9	84	15	51	33	30	25	10	1.89
5938712--5938772	21	2.9	22	82	7	81	34	14	21	29	1.93
5941188--5941229	10	4.2	10	85	11	59	33	30	26	9	1.88
5941188--5941229	20	2.1	20	95	0	75	33	30	26	9	1.88
5941890--5941947	23	2.5	23	85	0	71	31	25	20	22	1.98
5947820--5947899	24	3.3	24	78	5	81	46	1	33	18	1.58
5950927--5951269	171	2.0	171	97	1	652	34	13	14	37	1.85
5953704--5953801	43	2.3	42	87	5	142	25	31	19	23	1.98
5953870--5953898	15	1.9	15	100	0	58	48	34	3	13	1.60
5954108--5954145	11	3.5	11	80	20	53	0	47	23	28	1.52
5954094--5954146	21	2.5	21	93	0	88	0	47	20	32	1.51
5954136--5954289	66	2.3	66	89	0	236	14	25	17	42	1.88
5960015--5960298	69	4.4	67	70	20	210	43	1	6	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5960013--5960825	120	7.0	119	71	13	450	43	1	6	48	1.37
5960272--5960328	30	1.9	30	92	7	98	35	1	10	52	1.46
5960272--5960340	30	2.5	28	86	13	90	36	1	8	53	1.41
5960013--5961075	289	3.7	289	94	2	1778	43	1	6	49	1.36
5960422--5960900	69	6.9	67	72	14	305	44	1	6	48	1.36
5960561--5960617	30	1.9	30	92	7	98	35	1	10	52	1.46
5960561--5960629	30	2.5	28	86	13	90	36	1	8	53	1.41
5960763--5961085	116	2.9	112	85	5	402	42	1	4	51	1.31
5960987--5961012	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
5960294--5961075	120	6.7	112	70	15	431	43	1	6	49	1.36
5960959--5961051	46	2.0	46	81	4	107	33	0	5	61	1.19
5961038--5961111	30	2.5	30	100	0	148	55	2	0	41	1.14
5960592--5960975	180	2.1	179	84	5	428	43	1	6	48	1.37
5961154--5961236	8	10.1	8	80	3	67	51	1	1	45	1.16
5964128--5964206	41	1.9	41	94	0	140	20	22	22	34	1.97
5965614--5965895	41	6.9	40	81	5	298	14	32	24	28	1.94
5966671--5967063	211	1.9	211	90	0	633	33	16	14	35	1.89
5971370--5971398	14	2.1	14	100	0	58	6	27	27	37	1.82
5971528--5971556	15	1.9	15	100	0	58	48	34	3	13	1.60
5971757--5971812	21	2.7	21	88	0	85	3	44	17	33	1.66
5971770--5971807	11	3.5	11	80	20	53	0	47	23	28	1.52
5971794--5971952	66	2.4	67	85	3	223	14	24	16	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5977440--5977511	8	8.8	8	73	17	51	54	0	1	44	1.08
5977468--5977511	18	2.4	18	85	7	63	56	0	0	43	0.99
5977558--5978359	112	7.3	111	89	6	1185	47	4	2	45	1.38
5977589--5978304	18	39.6	18	66	13	163	47	4	2	45	1.36
5977525--5977659	50	2.8	49	79	11	115	48	3	2	44	1.35
5977589--5978359	316	2.3	319	89	6	1109	47	4	2	45	1.37
5978129--5978303	54	3.2	54	74	18	205	49	4	1	45	1.28
5977558--5978349	428	1.9	428	95	0	1424	47	4	3	45	1.38
5980687--5980719	13	2.5	13	95	0	57	33	3	54	9	1.47
5980749--5980781	13	2.5	13	95	0	57	33	3	54	9	1.47
5981561--5981638	17	4.8	16	80	13	79	44	3	1	50	1.28
5981559--5981638	6	13.3	6	77	15	85	45	3	1	50	1.28
5981559--5981635	31	2.6	29	88	8	118	44	3	1	50	1.28
5981559--5981646	31	2.9	29	82	12	90	45	4	1	48	1.30
5982320--5982366	12	3.8	12	83	8	58	59	0	2	38	1.09
5982331--5982371	14	3.1	14	86	6	59	65	0	0	34	0.93
5982618--5982661	22	2.1	22	87	8	65	81	4	6	6	0.97
5983353--5983441	30	2.9	30	88	1	133	38	23	3	34	1.72
5983353--5983554	30	6.7	30	72	15	132	34	27	3	34	1.74
5983402--5983759	59	6.1	60	82	8	272	32	29	4	33	1.77
5983446--5983753	117	2.6	118	89	2	478	32	28	4	35	1.77
5983446--5983759	59	5.3	59	87	1	452	31	29	4	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5985451--5985495	18	2.5	18	96	0	81	20	26	24	28	1.99
5985469--5985602	41	3.2	41	84	11	168	23	28	25	23	1.99
5995204--5995261	18	3.4	18	88	6	77	37	24	8	29	1.85
6002241--6002279	15	2.4	18	80	20	50	28	0	0	71	0.86
6005930--6005977	25	2.0	24	91	4	78	41	2	0	56	1.11
6007388--6007427	18	2.2	18	86	8	55	32	2	2	62	1.22
6014006--6014049	18	2.4	18	81	7	54	63	4	4	27	1.33
6020013--6020041	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
6022122--6022187	11	5.8	11	80	5	60	46	0	1	51	1.10
6022122--6022233	31	3.4	34	82	8	117	50	0	1	47	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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