genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7782206--7782317	33	3.2	32	68	28	86	29	23	1	45	1.63
7782156--7782317	71	2.2	72	93	3	272	25	22	2	49	1.62
7782204--7782317	38	3.1	38	62	16	87	28	23	1	45	1.63
7783539--7783676	50	2.8	49	85	4	177	24	15	18	40	1.90
7783701--7784034	80	4.2	77	80	7	298	27	17	23	31	1.97
7783699--7784034	39	8.5	39	75	10	279	27	17	23	31	1.97
7784089--7784415	100	3.3	100	91	2	532	19	22	20	38	1.94
7784088--7784415	50	6.6	50	81	2	390	19	22	20	38	1.94
7792469--7792499	8	3.8	8	95	4	53	41	12	22	22	1.88
7796871--7796901	16	2.0	16	93	6	55	25	3	0	70	1.02
7799219--7799291	38	1.9	38	88	0	110	35	5	16	42	1.71
7802254--7802538	59	4.9	59	88	2	405	34	1	30	33	1.68
7802282--7802497	30	7.3	30	68	21	143	33	2	31	32	1.71
7802254--7802537	117	2.4	118	88	2	412	34	1	30	33	1.68
7803405--7803451	24	2.0	25	87	8	71	27	10	0	61	1.29
7804518--7804572	17	3.4	17	76	16	55	49	1	1	47	1.23
7804527--7804569	18	2.4	19	80	11	54	48	2	2	46	1.27
7805747--7805790	22	2.0	22	82	8	54	65	0	0	34	0.93
7810023--7810047	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7810015--7810056	21	2.0	21	85	0	57	66	2	0	30	1.04
7810276--7810358	30	2.6	31	86	5	105	30	4	14	50	1.63
7810381--7810430	25	2.0	24	85	11	66	64	0	2	34	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7810494--7810567	37	2.0	36	81	2	85	60	2	2	33	1.25
7810955--7811001	19	2.5	18	80	16	51	53	4	6	36	1.46
7811070--7811152	30	2.6	32	81	11	98	50	14	6	28	1.66
7816397--7816430	17	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
7817626--7817650	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7823028--7823095	17	4.1	17	77	7	68	36	0	7	55	1.28
7823055--7823115	27	2.3	27	85	0	77	42	1	3	52	1.27
7823881--7823915	18	1.9	18	88	11	54	54	0	0	45	0.99
7825032--7825161	28	4.5	29	71	8	95	35	26	3	34	1.72
7825032--7825213	29	6.3	27	70	18	100	35	28	2	33	1.72
7825091--7825196	29	3.6	28	75	22	110	34	28	1	34	1.68
7825061--7825256	59	3.4	59	90	2	290	32	28	3	35	1.73
7825091--7825252	30	5.5	29	69	20	104	33	27	3	36	1.72
7826525--7826600	30	2.6	30	75	10	77	39	21	9	30	1.84
7826800--7826826	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7831349--7831408	29	2.1	29	90	0	93	26	20	11	41	1.86
7843720--7843780	24	2.5	24	83	0	77	26	14	9	49	1.75
7848044--7848100	29	2.0	30	89	6	91	52	12	12	22	1.72
7848047--7848100	28	1.9	27	85	7	72	51	11	12	24	1.72
7848871--7848918	14	3.5	14	83	13	64	31	0	0	68	0.90
7859892--7859935	16	2.6	16	86	13	54	43	0	0	56	0.99
7867570--7868053	59	8.2	59	83	6	579	35	4	27	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7867628--7868016	30	13.2	30	63	24	114	35	3	27	33	1.75
7867570--7868053	118	4.1	118	85	5	663	35	4	27	32	1.76
7868199--7868547	161	2.2	161	92	1	567	51	12	14	21	1.75
7869990--7870064	17	4.4	17	78	6	71	48	4	2	45	1.35
7870425--7870474	13	3.7	13	74	10	55	46	0	0	54	1.00
7870427--7870490	29	2.2	29	97	2	121	51	0	0	48	1.00
7870442--7870490	16	3.2	16	72	16	59	57	0	0	42	0.99
7870558--7870651	43	2.3	41	89	7	138	5	18	10	65	1.41
7870625--7870673	15	3.4	14	83	8	55	10	24	0	65	1.23
7871475--7871533	6	11.0	6	77	17	51	45	0	1	52	1.10
7871465--7871515	20	2.5	20	75	6	50	35	0	3	60	1.15
7871476--7871529	11	5.2	11	78	10	51	44	0	1	53	1.11
7872248--7872300	28	2.0	27	85	7	72	60	0	1	37	1.08
7872899--7872928	11	2.9	10	90	9	51	86	3	0	10	0.67
7873365--7873455	29	3.2	28	67	22	80	34	25	1	39	1.63
7873353--7873722	59	6.3	59	83	4	435	33	26	3	36	1.73
7873384--7873722	177	1.9	176	88	3	511	33	26	3	36	1.74
7873385--7873723	29	11.5	30	63	17	113	33	26	3	36	1.74
7873384--7873765	118	3.2	116	79	6	401	32	26	4	36	1.77
7873385--7873763	178	2.1	176	84	4	469	32	26	4	36	1.77
7873385--7873763	59	6.4	58	81	6	298	32	26	4	36	1.77
7884885--7885259	117	3.2	117	88	3	558	32	30	3	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7884885--7885294	59	7.0	59	86	4	537	32	30	3	33	1.76
7891334--7891487	76	2.0	76	100	0	308	31	30	7	29	1.86
7891522--7892308	275	2.9	275	90	2	1196	28	22	17	32	1.96
7896804--7897318	96	5.5	95	87	6	757	45	8	19	26	1.80
7896804--7897318	186	2.7	188	89	4	726	45	8	19	26	1.80
7896808--7897318	282	1.8	282	94	0	914	45	9	19	26	1.80
7897986--7898513	106	5.0	106	90	3	836	48	8	17	24	1.75
7898285--7898313	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
7897987--7898513	207	2.5	208	91	3	826	48	8	17	24	1.75
7898391--7898419	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
7901421--7901550	68	1.9	69	91	1	217	38	6	2	52	1.41
7902083--7902142	7	8.6	7	100	0	120	15	43	0	41	1.46
7903202--7903235	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
7903355--7903436	27	3.1	27	68	16	82	43	2	3	50	1.33
7903962--7904024	31	2.1	31	85	8	85	47	4	0	47	1.23
7904296--7904375	40	2.0	40	100	0	160	50	10	2	37	1.50
7904438--7904483	21	2.2	21	100	0	92	34	13	13	39	1.83
7906065--7906095	6	5.2	6	92	0	53	16	32	32	19	1.94
7906080--7906145	30	2.2	30	94	0	114	22	30	27	19	1.98
7906557--7906597	6	6.8	6	83	10	57	17	2	14	65	1.37
7906671--7906746	26	2.8	26	78	4	71	56	9	1	32	1.39
7909698--7909731	14	2.3	15	95	5	61	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7910987--7911056	27	2.6	27	97	0	131	22	30	30	17	1.97
7910987--7911080	27	3.5	27	91	0	107	22	29	29	18	1.97
7918698--7918791	48	2.0	48	89	0	143	34	4	20	41	1.72
7921839--7921870	3	10.7	3	93	0	55	62	0	37	0	0.95
7921993--7922036	22	2.0	22	86	8	63	61	2	0	36	1.09
7922929--7923046	60	2.0	60	87	0	173	44	8	14	33	1.75
7923241--7923289	21	2.3	21	85	0	62	48	22	4	24	1.67
7923366--7923410	20	2.2	20	84	7	56	46	31	2	20	1.62
7924003--7924072	33	2.2	32	82	12	81	62	1	1	34	1.13
7930546--7930603	29	2.0	29	100	0	116	41	13	6	37	1.72
7932148--7932205	24	2.4	24	94	0	98	24	22	24	29	1.99
7933007--7933070	32	2.0	33	81	9	78	50	9	9	31	1.66
7935684--7935792	40	2.8	40	81	6	132	41	20	20	18	1.91
7935742--7936020	82	3.4	82	76	7	273	32	19	25	21	1.97
7935742--7936020	41	6.8	40	77	9	233	32	19	25	21	1.97
7936241--7936316	35	2.2	36	79	11	86	35	0	9	55	1.32
7936273--7936324	6	8.8	6	78	4	52	38	0	3	57	1.17
7936251--7936317	11	5.9	11	74	6	53	35	0	7	56	1.27
7936251--7936324	12	6.4	12	75	4	55	37	0	6	55	1.27
7936251--7936317	35	1.9	34	87	3	98	35	0	7	56	1.27
7936251--7936337	35	2.5	34	80	7	95	39	1	6	52	1.36
7936794--7936845	27	2.0	27	88	3	79	42	21	13	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7938289--7938417	29	4.4	28	77	5	96	34	24	5	35	1.79
7938309--7938561	58	4.3	58	78	11	193	34	26	5	33	1.81
7938339--7938494	30	5.4	28	67	15	95	35	26	5	32	1.80
7938374--7938561	59	3.2	58	82	6	236	34	25	6	33	1.82
7938337--7938561	117	1.9	116	88	6	339	34	26	6	32	1.81
7938339--7938561	29	7.7	29	68	16	133	34	26	6	33	1.82
7938636--7938699	29	2.2	29	80	5	76	31	28	9	31	1.88
7948315--7948942	201	3.1	200	84	3	731	34	19	23	23	1.97
7949311--7949362	6	8.8	6	78	4	52	38	0	3	57	1.17
7949831--7949882	27	2.0	27	88	3	79	42	21	13	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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