genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14532104--14532251	66	2.2	66	89	2	226	16	23	14	44	1.85
14537773--14538027	8	29.8	9	63	25	76	48	5	0	46	1.27
14537773--14538847	18	60.9	18	66	18	306	46	4	2	46	1.35
14537820--14538090	49	5.5	48	90	4	375	46	6	0	47	1.31
14537860--14538090	97	2.4	97	94	1	408	45	6	0	48	1.32
14538202--14538447	49	4.7	49	77	15	242	45	4	2	47	1.34
14538381--14538494	31	3.5	31	75	11	120	44	2	0	51	1.21
14538365--14538514	67	2.2	67	93	0	255	44	3	0	51	1.22
14538430--14538746	49	6.2	49	80	11	368	45	4	1	48	1.33
14537983--14538675	228	3.1	228	97	1	1287	45	4	2	47	1.36
14541148--14541662	41	12.5	41	77	8	388	23	26	24	24	2.00
14541153--14541662	82	6.2	82	78	6	433	23	26	24	24	2.00
14549784--14549918	51	2.6	51	89	3	200	31	14	25	28	1.94
14557262--14557315	26	2.0	28	89	10	85	59	0	25	14	1.36
14560562--14560638	21	3.6	21	75	16	70	32	1	22	44	1.61
14564230--14564357	62	2.1	62	90	0	202	48	10	9	32	1.69
14564407--14564461	28	2.0	28	92	0	92	69	1	1	27	1.09
14564427--14564470	24	1.9	23	90	9	72	72	0	0	27	0.85
14564404--14564470	28	2.6	26	81	11	84	68	1	1	28	1.07
14566204--14566228	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14577214--14577239	13	2.0	13	100	0	52	46	15	30	7	1.74
14577318--14577383	27	2.5	27	85	4	91	37	3	25	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14577342--14577389	25	1.9	25	82	0	60	37	6	27	29	1.81
14581568--14581632	26	2.5	26	90	2	105	36	1	27	33	1.67
14583165--14583194	15	2.0	15	100	0	60	33	33	13	20	1.91
14586103--14586141	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
14592147--14592225	24	3.3	24	92	0	122	48	11	13	26	1.77
14592159--14592233	24	3.1	24	92	0	114	53	10	12	24	1.69
14595616--14595654	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
14601612--14602462	221	3.8	221	94	0	1481	36	12	16	34	1.86
14601612--14602462	441	1.9	443	94	0	1499	36	12	16	34	1.86
14609057--14609098	21	2.0	21	86	9	59	19	28	19	33	1.96
14629449--14629530	29	2.8	29	92	0	128	17	39	3	40	1.67
14629465--14629540	29	2.8	26	81	15	75	18	35	3	42	1.69
14630872--14631096	26	8.9	26	68	13	94	32	27	13	26	1.94
14630848--14631109	124	2.1	126	84	3	341	31	25	13	29	1.94
14637984--14638046	25	2.5	25	76	0	63	38	0	9	52	1.34
14643124--14643224	18	5.4	18	77	5	103	24	24	20	29	1.99
14644977--14645162	94	2.0	94	89	2	284	30	21	16	31	1.95
14645797--14645828	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
14649197--14649272	34	2.2	34	81	4	82	48	3	28	18	1.66
14649216--14649290	34	2.2	35	82	4	98	46	4	32	17	1.66
14660815--14660859	15	2.9	16	87	12	67	40	0	8	51	1.33
14661399--14661522	62	2.0	62	100	0	248	37	4	20	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14662740--14662773	17	2.0	17	100	0	68	29	17	23	29	1.97
14663622--14663919	45	6.7	43	75	10	240	27	20	13	38	1.90
14663622--14663913	90	3.3	89	76	10	276	27	20	14	38	1.91
14663659--14663912	134	1.9	135	85	2	350	27	19	13	39	1.90
14679094--14679166	32	2.2	34	80	11	89	52	5	2	39	1.39
14682031--14682106	38	1.9	38	84	5	98	48	5	0	46	1.24
14683606--14683789	30	6.2	30	89	3	257	33	2	22	40	1.68
14684089--14684147	26	2.2	28	90	6	95	40	23	1	33	1.65
14696061--14696104	21	2.1	21	83	8	54	27	31	15	25	1.96
14699350--14699402	21	2.5	21	90	0	88	22	20	20	35	1.96
14701453--14701512	32	1.9	32	86	10	88	26	3	15	55	1.56
14717555--14717615	15	4.1	14	80	14	68	57	3	0	39	1.15
14723019--14723337	83	3.8	82	78	10	324	43	13	12	30	1.81
14723019--14723353	82	4.0	82	78	9	329	44	13	11	30	1.80
14723029--14723354	165	1.9	169	80	6	385	45	13	11	29	1.79
14724008--14724068	31	2.0	31	83	0	77	55	6	8	29	1.54
14724956--14724990	18	2.0	17	88	5	52	34	8	14	42	1.76
14730624--14730654	15	2.1	15	93	0	53	6	48	12	32	1.67
14731630--14731670	20	2.0	20	100	0	82	21	19	24	34	1.97
14732676--14732709	15	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
14732752--14732803	21	2.6	19	82	14	68	65	0	0	34	0.93
14733862--14733909	17	2.7	18	83	3	71	18	4	12	64	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14734367--14734540	33	5.3	34	78	8	155	27	2	47	22	1.66
14743318--14743344	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
14744791--14744949	75	2.1	77	79	14	188	35	13	10	39	1.80
14746673--14746840	84	2.0	84	96	0	309	30	24	21	23	1.99
14752082--14752137	25	2.2	24	79	14	60	66	3	3	26	1.25
14752901--14752967	25	2.7	24	76	13	64	49	0	4	46	1.22
14752947--14753040	49	1.9	49	88	0	143	64	1	4	29	1.19
14753009--14753033	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
14755120--14755178	28	2.2	27	82	8	68	35	10	6	47	1.64
14763373--14763406	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
14763794--14764003	103	2.0	103	95	0	375	27	18	21	32	1.97
14765443--14765470	11	2.5	11	100	0	56	28	7	21	42	1.79
14773411--14773448	20	2.0	20	89	5	60	63	2	0	34	1.09
14776976--14777003	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
14782621--14782947	157	2.1	158	84	2	426	25	23	22	28	1.99
14787569--14787643	24	3.1	24	96	0	132	24	12	9	54	1.66
14789337--14789399	24	2.6	24	79	0	72	28	12	9	49	1.72
14789744--14789838	44	2.1	46	86	7	133	32	5	26	35	1.79
14789935--14790085	58	2.6	59	84	6	200	52	2	1	43	1.23
14794136--14794211	2	38.0	2	100	0	152	50	50	0	0	1.00
14803718--14803762	22	2.0	23	87	8	67	46	6	22	24	1.75
14804842--14804884	22	2.0	21	82	13	52	41	9	2	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14807895--14807929	8	4.4	8	100	0	70	40	0	11	48	1.39
14812797--14812831	5	7.0	5	93	0	61	60	0	17	22	1.37
14814671--14814731	24	2.5	24	78	13	61	6	21	3	68	1.27
14823666--14823847	24	7.6	24	90	0	265	25	19	24	29	1.99
14826567--14826606	21	1.9	19	85	14	53	42	0	10	47	1.37
14827701--14827810	24	4.6	24	94	0	184	23	20	25	30	1.99
14833482--14833524	22	1.9	22	85	4	59	51	2	2	44	1.27
14842628--14842688	29	2.1	29	84	0	77	37	18	18	26	1.93
14842821--14842915	40	2.4	40	85	0	127	21	17	23	37	1.94
14843326--14843416	41	2.2	41	88	0	137	30	36	14	18	1.91
14843418--14843810	43	9.3	41	73	17	299	30	37	13	18	1.89
14843494--14843645	72	2.1	72	83	0	196	33	37	11	17	1.86
14843638--14843754	55	2.1	55	79	7	130	30	38	14	16	1.88
14843616--14843797	98	1.9	99	90	4	298	31	36	13	18	1.90
14843623--14843818	96	2.0	95	82	6	234	29	38	13	18	1.89
14845448--14845482	18	1.9	18	94	0	61	28	8	22	40	1.84
14847058--14847140	43	1.9	43	95	0	148	28	16	20	33	1.95
14852419--14852472	26	2.1	26	100	0	108	29	3	11	55	1.52
14855425--14855463	21	1.9	20	84	5	51	41	12	7	38	1.72
14857219--14857256	15	2.5	15	83	8	51	71	2	2	23	1.12
14858616--14858854	101	2.4	101	84	2	293	27	20	17	34	1.95
14860234--14860925	347	2.0	347	99	0	1375	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14873616--14873649	17	1.9	18	88	5	52	41	23	2	32	1.69
14876217--14876264	4	12.2	4	82	4	62	70	2	2	25	1.09
14879349--14879562	107	2.0	107	100	0	428	27	34	1	36	1.68
14879880--14879917	20	1.9	20	100	0	76	31	0	28	39	1.57
14879882--14879927	20	2.3	20	88	3	67	41	0	23	34	1.55
14888756--14888802	11	4.0	11	75	24	51	59	4	0	36	1.17
14897029--14897236	114	1.8	114	82	0	272	33	20	15	30	1.94
14898763--14898796	7	4.9	7	96	0	59	32	0	38	29	1.58
14900525--14900562	17	2.3	17	90	4	60	60	0	0	39	0.97
14900558--14900623	26	2.5	26	82	4	71	66	6	3	24	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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