genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28088080--28088174	30	3.2	29	77	15	88	35	26	3	34	1.72
28088110--28088167	31	1.9	30	86	10	82	34	24	3	37	1.72
28088122--28088634	147	3.5	145	81	6	520	30	24	6	38	1.81
28088418--28088476	28	2.1	28	81	6	66	38	28	3	28	1.73
28100370--28100920	92	6.0	92	96	0	1023	32	15	19	31	1.94
28101207--28101266	17	3.4	17	86	4	75	41	3	3	51	1.35
28101808--28101849	21	2.0	22	85	4	59	28	19	11	40	1.87
28102206--28102242	16	2.2	17	90	4	58	35	2	16	45	1.61
28103130--28103200	31	2.4	31	88	4	101	35	30	2	30	1.72
28103138--28103665	148	3.6	147	81	5	568	32	25	5	36	1.80
28107122--28107187	30	2.3	29	80	10	73	45	15	7	31	1.74
28117365--28117412	22	2.2	22	100	0	96	52	8	8	31	1.61
28117682--28117725	21	2.0	23	83	16	58	47	9	6	36	1.62
28117682--28117743	21	2.9	21	77	17	56	50	6	6	37	1.54
28123179--28123278	44	2.3	44	87	1	139	50	19	21	10	1.76
28136529--28136563	12	2.9	12	86	0	52	51	17	17	14	1.77
28138545--28138596	25	2.1	25	85	7	70	48	1	0	50	1.12
28140066--28140123	26	2.3	26	81	3	73	60	6	6	25	1.48
28140924--28140965	9	4.7	9	82	11	50	69	0	0	30	0.89
28141126--28141164	16	2.4	16	78	0	51	33	2	0	64	1.08
28144101--28144157	21	2.7	21	83	8	62	12	33	17	36	1.87
28144111--28144175	21	3.0	21	81	4	67	12	35	20	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28148678--28148730	24	2.4	21	77	17	61	22	15	11	50	1.75
28148920--28148953	17	1.9	18	94	5	61	64	0	26	8	1.22
28150211--28150257	19	2.5	19	79	6	51	42	10	4	42	1.59
28176210--28176255	23	2.0	24	82	4	58	23	10	6	58	1.55
28185387--28185414	11	2.5	11	100	0	56	50	14	25	10	1.75
28185502--28185526	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
28192382--28192429	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
28199503--28199555	21	2.5	20	79	11	54	30	24	13	32	1.93
28199657--28199767	50	2.2	50	93	0	195	31	34	9	25	1.87
28200693--28200940	128	1.9	128	98	0	478	29	21	15	33	1.95
28221980--28222020	3	13.3	3	94	5	73	68	0	0	31	0.90
28223246--28223394	30	5.0	30	74	11	128	37	22	2	37	1.68
28223246--28223394	60	2.5	59	78	9	160	37	22	2	37	1.68
28227910--28227940	14	2.1	15	94	5	55	12	6	3	77	1.08
28237078--28237112	15	2.4	15	90	4	54	65	5	14	14	1.44
28242270--28242335	17	3.9	17	75	0	60	48	13	18	19	1.81
28242270--28242335	34	1.9	34	82	11	82	48	13	18	19	1.81
28260195--28260624	215	2.0	215	97	0	806	32	18	22	26	1.97
28261157--28261192	17	2.1	17	89	0	54	19	27	11	41	1.85
28261627--28261657	14	2.2	14	100	0	62	25	25	29	19	1.99
28261692--28261735	21	2.2	20	83	4	52	81	0	18	0	0.68
28263750--28263779	15	2.1	14	93	6	51	20	30	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28266584--28266619	12	3.0	12	87	0	54	75	5	5	13	1.17
28270747--28270917	23	7.7	23	77	11	158	45	15	4	33	1.67
28270761--28270917	46	3.5	44	84	5	185	47	15	4	33	1.65
28279246--28279322	11	7.4	10	70	20	52	57	2	2	37	1.27
28279270--28279332	19	3.2	19	69	20	56	57	1	4	36	1.30
28287466--28287499	18	1.9	17	88	5	50	47	14	14	23	1.82
28291820--28291943	24	4.7	27	72	15	80	42	14	3	39	1.62
28291817--28291943	52	2.4	53	84	3	159	41	14	3	40	1.61
28291869--28291945	28	2.9	27	72	16	72	42	12	2	41	1.57
28307800--28307835	13	2.8	14	88	12	51	16	5	0	77	0.94
28307965--28307995	14	2.2	14	94	0	53	19	12	16	51	1.76
28321206--28321246	16	2.7	15	85	7	57	78	9	4	7	1.10
28330297--28330338	21	2.0	22	85	4	59	14	19	4	61	1.49
28342702--28342754	25	2.1	25	92	0	88	32	22	20	24	1.98
28353594--28353728	58	2.3	59	84	6	186	45	1	2	50	1.23
28353891--28353943	16	3.4	16	81	2	63	28	30	3	37	1.75
28354544--28354581	17	2.2	18	86	13	53	76	15	0	7	1.01
28360106--28360177	29	2.4	29	82	11	76	50	4	0	45	1.21
28366307--28366350	7	6.3	7	86	0	52	50	9	0	40	1.34
28369227--28369280	20	2.7	20	80	8	56	70	1	7	20	1.21
28369315--28369362	24	2.0	24	87	4	69	56	4	8	31	1.48
28370169--28370210	15	2.8	15	85	0	57	54	0	14	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28374308--28374338	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
28375913--28375965	27	2.0	27	85	7	72	37	24	22	15	1.92
28381542--28381581	15	2.7	15	96	0	71	57	0	2	40	1.12
28388671--28388736	23	2.8	24	74	19	68	45	1	6	46	1.37
28402860--28402909	16	2.9	17	83	16	52	76	2	0	22	0.89
28402943--28402979	4	9.2	4	88	11	58	72	2	0	24	0.97
28402943--28402990	16	2.9	17	84	12	64	68	4	2	25	1.18
28403147--28403179	15	2.2	15	100	0	66	69	12	0	18	1.18
28403347--28403390	5	8.8	5	87	0	61	75	0	2	22	0.92
28407639--28407681	21	2.0	21	86	8	61	2	13	0	83	0.74
28407639--28407680	17	2.5	18	81	14	54	2	14	0	83	0.75
28408700--28408760	24	2.4	25	83	8	70	0	32	3	63	1.10
28408700--28408760	3	20.3	3	75	18	56	0	32	3	63	1.10
28408746--28408803	30	1.9	30	89	6	91	10	27	6	55	1.59
28421830--28421884	18	3.2	16	79	20	51	74	0	25	0	0.82
28423117--28423418	112	2.7	112	90	2	480	30	22	9	37	1.86
28423998--28424183	98	1.9	99	85	1	257	33	17	31	18	1.94
28423877--28424344	50	9.5	50	71	6	220	35	17	29	17	1.93
28423964--28424339	99	3.8	99	76	3	332	34	16	31	18	1.93
28424542--28425184	40	16.4	40	76	11	324	32	25	16	25	1.96
28424545--28425185	78	8.2	78	78	5	519	32	25	16	25	1.96
28424560--28425181	234	2.6	228	82	7	680	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28436789--28436861	30	2.4	30	77	8	76	47	8	4	39	1.52
28438193--28438371	89	2.0	89	95	2	324	37	7	14	40	1.75
28442666--28442692	12	2.2	12	100	0	54	51	0	7	40	1.30
28445334--28445557	36	7.2	35	61	32	109	19	56	11	13	1.67
28445180--28445587	60	6.8	60	93	0	640	19	57	10	13	1.64
28445640--28445834	24	8.4	24	75	6	152	25	58	7	8	1.54
28445633--28445851	48	4.7	47	71	11	139	25	58	6	9	1.54
28445765--28445832	12	5.7	12	75	13	68	26	60	8	4	1.46
28445860--28445894	12	2.9	12	86	0	52	42	51	2	2	1.31
28445818--28445880	18	3.5	18	77	0	63	33	57	1	7	1.37
28447550--28447594	22	2.0	22	91	0	72	17	13	13	55	1.69
28447841--28447985	60	2.5	57	83	7	150	46	9	17	26	1.79
28447841--28447993	57	2.6	59	81	9	170	46	9	17	26	1.78
28480340--28480365	12	2.2	12	100	0	52	34	15	19	30	1.93
28491303--28491328	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
28496124--28496165	16	2.6	16	92	0	75	28	16	21	33	1.95
28507394--28507554	80	2.0	79	90	3	252	31	25	19	22	1.98
28515496--28515535	22	1.9	20	90	10	62	47	2	17	32	1.61
28527455--28527484	14	2.1	15	93	6	53	46	6	23	23	1.75
28532779--28533017	52	4.6	52	85	4	304	36	23	14	25	1.92
28533361--28533431	35	2.0	35	100	0	142	42	21	2	33	1.67
28535455--28535507	21	2.6	19	75	16	52	30	11	24	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28535716--28535745	14	2.1	15	93	6	53	50	0	20	30	1.49
28541965--28542012	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
28545136--28545169	18	1.9	17	94	5	59	32	0	0	67	0.91
28545153--28545227	30	2.5	31	84	6	100	33	2	12	52	1.53
28549609--28549643	17	2.0	18	88	5	54	0	31	0	68	0.90
28562007--28562183	52	3.4	52	86	0	230	28	14	23	33	1.94
28561987--28562233	52	4.8	51	79	10	161	28	14	23	33	1.94
28562007--28562233	104	2.2	103	80	8	239	27	14	23	34	1.93
28565542--28565579	17	2.2	18	95	4	69	5	34	0	60	1.19
28566496--28566537	21	2.0	20	95	4	75	61	0	33	4	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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