genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19054724--19054815	40	2.2	42	90	3	143	20	22	29	27	1.99
19054724--19054829	40	2.6	40	83	5	106	22	20	28	28	1.99
19059588--19059634	22	2.2	21	84	3	58	70	2	8	19	1.24
19060449--19060491	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
19060704--19060748	23	1.9	23	86	4	63	46	6	4	42	1.50
19061089--19061353	104	2.5	104	95	1	469	24	27	14	32	1.94
19061089--19061387	104	2.9	101	85	5	384	24	26	13	36	1.92
19062151--19062181	1	31.0	1	93	0	53	96	0	0	3	0.21
19067773--19067819	22	2.2	21	84	3	58	70	2	8	19	1.24
19087217--19087443	30	7.7	29	77	6	172	35	4	22	37	1.75
19087238--19087351	57	2.0	58	84	3	149	38	6	21	33	1.79
19087310--19087461	30	5.1	29	80	6	126	39	3	19	37	1.68
19087282--19087461	59	3.1	58	79	8	170	38	3	21	36	1.72
19094960--19095045	44	2.0	44	83	4	111	34	9	20	34	1.85
19097801--19098044	51	4.8	51	92	2	384	33	14	22	29	1.94
19099945--19100056	29	3.8	29	73	17	97	36	6	28	28	1.81
19099949--19100239	59	4.9	59	86	5	351	36	2	28	32	1.70
19100036--19100241	30	7.0	29	66	26	112	36	1	28	33	1.66
19101255--19101299	3	15.0	3	95	0	72	28	0	4	66	1.11
19102018--19102062	16	2.7	17	86	6	65	57	2	0	40	1.11
19102033--19102082	23	2.2	24	79	17	61	54	4	0	42	1.19
19102021--19102074	27	2.0	28	85	3	74	55	5	0	38	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19102040--19102082	11	3.9	11	82	8	52	53	4	0	41	1.21
19103174--19103252	24	3.3	24	92	0	131	35	15	27	21	1.93
19103178--19103272	48	2.0	48	85	0	127	33	14	29	22	1.94
19106267--19106317	3	17.0	3	76	15	52	0	29	0	70	0.87
19119014--19119057	6	7.7	6	92	2	65	11	20	0	68	1.20
19130605--19130869	41	6.4	41	81	3	298	32	12	26	28	1.92
19132227--19132300	25	2.9	26	77	4	87	55	10	10	22	1.65
19133482--19133615	72	1.9	72	91	0	223	38	14	9	36	1.80
19138051--19138087	18	2.1	18	89	0	56	27	24	10	37	1.88
19139069--19139171	5	20.4	5	84	2	98	4	15	4	74	1.15
19139080--19139171	31	3.0	31	85	1	105	3	15	5	76	1.10
19148757--19148813	15	3.6	15	73	19	53	64	0	0	35	0.93
19148754--19148809	18	3.3	18	80	14	57	64	0	0	35	0.94
19148780--19148815	18	1.9	19	88	5	56	63	0	0	36	0.94
19151278--19151326	18	2.7	18	79	14	55	65	4	2	28	1.22
19158789--19158828	17	2.3	18	86	4	55	72	7	5	15	1.24
19160309--19160361	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
19163511--19163553	15	2.9	15	100	0	86	6	27	20	44	1.77
19166308--19166361	23	2.5	22	87	6	74	7	3	25	62	1.38
19166308--19166369	21	2.9	21	85	4	79	6	4	24	64	1.37
19166327--19166375	21	2.4	21	86	3	64	8	6	20	65	1.41
19166407--19166446	12	3.3	12	85	0	53	5	2	25	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19166420--19166459	20	2.0	21	90	5	64	7	0	27	65	1.20
19176041--19176233	51	3.8	51	95	0	341	33	13	22	30	1.93
19181722--19181806	42	2.0	42	97	0	161	37	18	15	28	1.91
19186502--19186577	39	1.9	39	86	0	107	22	31	32	13	1.92
19188878--19188912	18	2.0	18	88	5	54	0	22	5	71	1.07
19195776--19195809	13	2.5	13	90	4	50	76	0	8	14	1.01
19207701--19207758	26	2.2	26	84	6	73	27	20	20	31	1.98
19210092--19210133	15	2.8	16	85	7	52	30	26	7	35	1.83
19214582--19214648	29	2.3	29	84	0	80	25	22	31	20	1.98
19214727--19214838	20	5.9	20	67	26	82	47	0	0	51	1.06
19214727--19214837	46	2.3	49	83	8	142	47	0	0	51	1.06
19216002--19216043	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
19216002--19216049	20	2.4	19	86	13	62	50	0	0	50	1.00
19220618--19220667	16	3.2	16	75	11	50	34	18	2	46	1.60
19221989--19222029	17	2.4	17	100	0	82	14	7	4	73	1.22
19222476--19222501	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
19223530--19223588	22	3.0	19	83	14	59	40	0	0	59	0.97
19224140--19224186	24	2.0	24	86	0	67	48	6	6	38	1.54
19224140--19224196	24	2.4	24	82	5	62	50	8	5	35	1.56
19228113--19228149	15	2.5	15	100	0	74	16	27	10	45	1.80
19229179--19229255	35	2.2	36	88	6	113	25	11	12	49	1.75
19229436--19229483	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19233638--19233666	6	4.8	6	100	0	58	51	0	34	13	1.42
19234676--19234731	23	2.4	24	88	5	80	30	35	19	14	1.91
19234874--19234933	24	2.5	24	91	0	102	33	35	16	15	1.90
19234627--19235650	201	5.1	201	95	0	1766	31	28	22	17	1.97
19235075--19235134	24	2.5	24	91	0	102	33	35	16	15	1.90
19235279--19235335	24	2.4	24	90	0	96	31	36	17	14	1.89
19235477--19235536	24	2.5	24	91	0	102	33	35	16	15	1.90
19236273--19236344	16	4.5	16	87	0	108	37	4	29	29	1.76
19236326--19236419	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
19236514--19236659	58	2.5	55	81	13	168	50	1	2	45	1.24
19243455--19243488	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
19243811--19243861	26	2.0	26	84	7	68	64	3	1	29	1.22
19243946--19244371	175	2.4	175	89	2	626	43	4	6	45	1.50
19246155--19246315	23	7.0	23	89	0	234	49	16	3	30	1.64
19248705--19248827	58	2.1	60	86	3	169	39	17	4	39	1.71
19248775--19248812	10	3.7	10	89	3	58	39	21	2	36	1.67
19248823--19248937	23	5.0	23	84	0	149	49	13	4	33	1.61
19248805--19248954	46	3.2	46	80	4	158	47	14	4	34	1.64
19253235--19253387	29	5.2	29	80	8	157	33	1	26	38	1.68
19253233--19253387	60	2.6	59	81	5	179	33	1	25	38	1.67
19261004--19261116	50	2.3	49	88	7	160	36	20	13	30	1.91
19263488--19263765	41	6.7	41	83	3	299	39	9	23	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19263488--19263739	123	2.0	124	86	4	348	39	9	23	28	1.85
19281463--19281512	24	2.1	23	82	10	57	60	2	2	36	1.20
19281343--19281494	58	2.6	58	77	12	141	54	3	0	40	1.24
19281843--19281929	17	5.1	17	80	2	102	36	1	4	57	1.27
19283266--19283545	29	9.6	29	79	6	237	35	26	4	33	1.76
19283266--19283604	29	11.6	28	78	8	216	34	26	4	34	1.76
19283281--19283609	88	3.8	87	79	6	265	34	27	4	34	1.76
19283871--19284064	97	2.0	97	88	0	289	29	18	15	37	1.91
19287471--19287530	27	2.2	28	81	3	68	43	6	5	45	1.52
19287971--19288007	19	1.9	19	88	0	56	27	5	2	64	1.28
19294266--19294311	18	2.6	18	96	0	83	34	26	13	26	1.92
19296695--19296742	21	2.3	21	96	0	87	56	10	22	10	1.63
19300537--19300841	93	3.2	92	73	14	265	41	31	13	13	1.83
19300545--19300876	102	3.4	98	76	11	302	42	31	13	12	1.81
19300517--19300918	195	2.1	195	83	2	513	43	31	11	13	1.80
19304073--19304198	28	4.4	29	75	11	100	37	1	27	33	1.67
19304189--19304225	19	1.9	19	88	0	56	40	2	24	32	1.69
19304204--19304539	30	11.2	30	81	5	288	35	2	27	35	1.69
19304208--19304546	90	3.8	88	82	3	340	35	2	26	34	1.70
19305516--19305556	21	2.0	21	85	9	57	53	0	14	31	1.41
19306490--19306591	48	2.1	48	87	0	141	24	25	12	37	1.91
19306662--19306819	85	1.9	85	83	2	210	27	22	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19306757--19307052	154	1.9	154	91	0	484	24	18	19	37	1.94
19306795--19307051	76	3.4	75	69	12	225	23	18	20	37	1.94
19306556--19307261	363	1.9	363	88	2	1069	24	20	17	37	1.93
19317377--19318206	415	2.0	415	98	0	1597	31	21	14	32	1.93
19319557--19320008	30	15.3	30	77	9	326	36	1	26	35	1.67
19319559--19320010	59	7.6	59	76	9	325	36	1	25	35	1.67
19319745--19319967	89	2.5	88	81	5	250	38	0	24	36	1.62
19320953--19320993	21	2.0	21	85	9	57	53	0	14	31	1.41
19321131--19321158	12	2.3	12	100	0	56	57	14	7	21	1.61
19322337--19322375	6	6.5	6	82	11	53	51	0	33	15	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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