genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19322400--19322442	11	3.9	11	79	11	52	76	0	20	2	0.89
19323332--19323369	12	3.2	12	78	14	51	47	0	34	18	1.49
19323386--19323427	17	2.5	17	88	3	68	73	0	21	4	1.01
19324260--19324307	25	1.9	24	83	8	60	43	4	4	47	1.41
19336666--19336691	11	2.4	11	100	0	52	30	7	15	46	1.74
19337716--19337787	16	4.5	16	92	0	126	37	5	30	26	1.79
19337769--19337862	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
19337957--19338102	58	2.5	56	82	11	179	50	1	2	46	1.21
19341257--19341335	31	2.6	31	90	4	117	51	6	2	39	1.41
19341609--19341643	10	3.4	10	92	7	61	40	20	0	40	1.52
19344637--19344680	22	2.0	22	86	0	61	22	4	34	38	1.75
19351353--19351418	31	2.1	31	83	5	80	43	1	3	51	1.26
19352087--19352134	23	2.0	23	88	8	69	35	0	4	60	1.16
19352299--19352331	15	2.1	17	88	11	52	75	6	3	15	1.11
19352470--19352536	31	2.1	32	83	2	82	41	2	11	43	1.57
19353244--19353296	22	2.5	21	93	6	97	28	7	7	56	1.54
19359573--19359613	21	2.0	21	95	0	73	31	21	0	46	1.52
19367854--19367916	15	4.2	15	77	0	54	23	25	23	26	2.00
19372209--19372250	21	2.0	21	100	0	84	47	14	4	33	1.65
19372210--19372257	21	2.2	21	92	3	78	47	18	2	31	1.60
19381665--19381713	14	3.8	14	74	17	52	81	0	16	2	0.78
19381666--19381726	21	2.8	22	76	16	65	78	0	19	1	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19381652--19381737	39	2.2	38	84	14	104	79	0	17	3	0.88
19382572--19383093	49	10.7	49	75	7	319	34	15	30	19	1.93
19382624--19382942	147	2.2	147	83	0	395	34	15	30	19	1.93
19383342--19383521	47	4.0	47	85	7	239	32	21	18	27	1.97
19383553--19383648	39	2.5	39	81	6	97	29	29	12	29	1.93
19383902--19384061	86	1.9	85	81	3	196	38	15	23	23	1.92
19384103--19384260	85	1.9	85	83	2	210	34	12	25	27	1.92
19383731--19384475	208	3.6	209	86	1	987	38	16	21	23	1.93
19384311--19384468	85	1.9	85	86	2	228	37	14	22	25	1.92
19386284--19386571	30	9.6	30	84	5	314	35	26	2	35	1.70
19386284--19386571	90	3.2	89	84	4	346	35	26	2	35	1.70
19388950--19389058	39	2.9	36	75	10	112	58	22	7	11	1.57
19388970--19389049	39	2.1	39	87	0	115	62	21	6	10	1.48
19391012--19391078	28	2.3	29	78	14	68	37	4	26	31	1.77
19391104--19391338	30	8.0	28	72	7	119	34	2	23	38	1.70
19391085--19391207	59	2.1	59	85	0	165	34	3	22	39	1.71
19391101--19391333	29	7.9	30	78	4	224	34	3	22	39	1.70
19391101--19391333	59	3.9	59	84	2	272	34	3	22	39	1.70
19392500--19392540	17	2.3	18	91	4	66	43	2	0	53	1.13
19392513--19392552	17	2.4	17	86	0	53	47	0	2	50	1.14
19394079--19394576	162	3.1	161	92	1	793	24	18	13	43	1.86
19394651--19394936	29	9.7	29	69	21	177	31	31	3	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19394651--19394967	60	5.4	57	87	6	427	32	30	3	33	1.76
19394651--19394967	58	5.4	58	87	5	431	32	30	3	33	1.76
19394651--19394965	118	2.7	117	89	3	470	32	31	3	33	1.75
19396915--19396975	17	3.5	17	82	10	79	55	6	1	36	1.36
19397310--19398192	206	4.3	206	90	0	1302	23	22	18	35	1.95
19398317--19398402	39	2.2	38	89	6	136	26	26	24	22	2.00
19398329--19398404	39	1.9	39	97	0	143	27	26	23	22	1.99
19398328--19398416	39	2.3	38	90	5	142	26	24	25	22	2.00
19400544--19400606	28	2.2	28	85	2	81	30	12	26	30	1.93
19400719--19400996	30	9.4	29	73	11	165	34	5	23	37	1.77
19400767--19400996	30	7.8	30	72	9	168	35	5	22	36	1.77
19400758--19401002	89	2.7	88	80	8	255	34	5	24	35	1.78
19400677--19400958	118	2.4	118	82	5	329	35	5	23	36	1.77
19400677--19400996	59	5.4	60	79	6	282	35	5	23	35	1.78
19402117--19402173	3	18.3	3	85	7	60	43	0	0	56	0.99
19402841--19402883	6	7.3	6	89	5	70	44	0	0	55	0.99
19402841--19402890	23	2.2	24	89	10	79	44	0	0	56	0.99
19402893--19402949	17	3.3	17	80	11	71	54	7	1	36	1.38
19407241--19407394	58	2.6	58	80	6	182	24	16	10	49	1.76
19407241--19407411	61	2.8	59	79	4	191	25	15	10	48	1.77
19407371--19407428	29	2.0	29	83	6	73	34	8	10	46	1.69
19407615--19407694	31	2.6	31	85	0	106	43	11	16	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19408560--19408591	16	2.1	15	94	5	55	0	37	0	62	0.95
19411942--19411990	19	2.5	20	77	6	57	30	2	2	65	1.15
19420186--19420454	30	9.0	28	78	12	110	37	23	0	39	1.60
19420217--19420706	30	16.4	30	81	5	521	36	25	1	36	1.65
19431468--19431586	42	2.8	42	81	3	130	42	14	26	17	1.87
19432634--19432757	50	2.5	48	77	2	131	34	16	24	25	1.95
19432508--19432873	174	2.1	173	87	0	525	36	15	21	26	1.93
19432681--19433179	210	2.4	211	86	3	668	36	16	22	24	1.94
19433018--19433225	48	4.6	48	73	12	186	37	14	22	25	1.92
19433017--19433177	85	1.9	85	88	0	241	37	14	22	25	1.93
19434461--19434961	30	17.0	30	77	7	436	37	23	1	37	1.64
19451769--19451808	20	2.0	21	85	5	55	22	17	25	35	1.95
19454142--19454199	21	2.7	21	86	10	82	8	25	0	65	1.21
19454853--19454939	28	3.2	28	68	21	85	39	5	12	42	1.67
19454851--19454961	53	2.1	53	98	0	213	38	5	13	42	1.67
19454973--19455000	12	2.3	12	100	0	56	21	10	7	60	1.53
19457398--19457440	18	2.4	19	81	18	56	46	0	32	20	1.51
19457832--19457879	23	2.1	23	84	0	60	50	16	0	33	1.46
19459924--19460265	69	5.0	69	78	6	307	34	21	19	24	1.96
19460170--19460659	246	2.0	246	88	0	721	36	17	14	30	1.90
19460525--19460774	56	4.4	56	78	1	257	37	16	13	32	1.88
19460524--19460774	113	2.2	113	82	0	288	37	16	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19467099--19467138	21	1.9	21	89	0	62	52	27	5	15	1.63
19467289--19467326	14	2.7	14	84	8	51	44	23	2	28	1.67
19469728--19469767	19	2.1	19	85	4	53	75	5	7	12	1.18
19472730--19472788	22	2.7	22	94	2	102	49	0	6	44	1.29
19474468--19474827	193	1.9	195	82	5	469	28	18	25	27	1.98
19479520--19479945	193	2.2	194	81	4	493	28	17	25	28	1.98
19480475--19480515	21	2.0	21	85	0	55	31	17	19	31	1.95
19485725--19485757	15	2.2	15	94	0	57	45	3	12	39	1.57
19498267--19498380	37	3.0	37	79	7	113	34	17	22	25	1.96
19499254--19499286	15	2.2	15	94	0	57	48	6	9	36	1.60
19504460--19504484	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19504825--19504860	19	1.9	18	88	5	54	41	0	5	52	1.24
19505092--19505134	23	1.9	22	86	13	61	58	4	0	37	1.19
19505941--19507059	373	3.0	373	95	0	1994	39	20	19	20	1.93
19507774--19507798	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
19508082--19508136	28	2.0	28	85	7	76	34	0	1	63	1.05
19508859--19508993	42	3.2	42	81	3	146	25	23	23	26	2.00
19508895--19509092	107	1.9	106	84	3	272	22	24	24	28	2.00
19509003--19509158	41	3.8	41	78	10	156	27	23	23	26	2.00
19509193--19509232	5	7.8	5	88	5	53	55	0	0	45	0.99
19509720--19510054	167	2.0	168	92	0	555	29	15	23	31	1.96
19510109--19510204	15	6.4	16	71	21	66	63	1	3	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19510133--19510161	11	2.5	12	94	5	51	62	0	0	37	0.96
19510163--19510209	12	3.9	12	80	8	51	63	0	4	31	1.13
19515339--19515603	43	6.2	43	79	2	255	26	20	25	27	1.99
19515355--19515609	86	3.0	86	83	3	300	27	20	25	26	1.99
19523544--19523591	18	2.7	18	83	0	60	2	14	14	68	1.30
19524969--19525037	24	2.9	24	88	0	102	52	7	13	27	1.66
19526981--19527048	24	2.9	24	93	2	111	55	7	11	25	1.61
19541477--19541758	30	9.4	29	86	4	348	33	3	25	37	1.72
19541464--19541758	90	3.3	87	86	6	385	33	3	26	37	1.72
19543344--19543381	19	2.0	20	94	5	69	13	10	52	23	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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