genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23830571--23830629	26	2.3	26	84	0	82	28	23	16	30	1.97
23831416--23831446	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
23834339--23834436	37	2.7	36	87	3	124	30	26	18	24	1.98
23834386--23834499	37	3.1	35	80	9	95	33	23	13	29	1.93
23834438--23834508	37	1.9	37	91	5	117	35	22	9	32	1.87
23834431--23834523	37	2.5	37	84	3	107	31	25	13	29	1.94
23834517--23834570	26	2.1	26	85	0	72	25	18	25	29	1.98
23835377--23835407	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
23837194--23837506	156	2.0	156	95	0	563	29	12	18	39	1.88
23849994--23850043	25	2.0	25	96	0	91	50	12	10	28	1.71
23860268--23860346	40	2.0	40	100	0	158	45	12	24	17	1.83
23868244--23868273	15	2.1	14	93	6	51	40	6	33	20	1.78
23874110--23874146	15	2.5	16	87	12	53	75	0	24	0	0.80
23874109--23874147	10	3.7	11	83	10	55	76	0	23	0	0.78
23886447--23886471	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
23888695--23888748	26	2.1	26	92	0	90	27	24	22	25	2.00
23890974--23891027	26	2.1	26	89	0	81	22	20	27	29	1.98
23891016--23891044	12	2.3	13	94	5	51	20	20	24	34	1.97
23900431--23900510	26	3.1	26	88	0	106	26	20	23	30	1.98
23900499--23900527	12	2.3	13	94	5	51	20	27	24	27	1.99
23905434--23905472	18	2.2	18	100	0	78	46	0	15	38	1.46
23908359--23908472	53	2.2	52	80	10	126	23	16	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23922566--23922638	34	2.1	35	80	14	98	83	0	16	0	0.64
23923536--23924147	50	12.4	50	70	8	198	34	14	31	19	1.92
23923653--23924014	50	7.4	49	69	13	215	31	14	33	20	1.93
23923540--23924147	99	6.2	98	78	6	512	34	14	31	19	1.92
23923647--23924006	195	1.8	195	86	2	526	31	14	33	20	1.92
23923582--23924028	50	9.1	50	70	11	206	32	15	32	19	1.93
23924369--23925455	38	27.8	38	73	12	742	33	24	17	25	1.96
23924359--23925474	78	14.2	78	85	2	1387	33	24	16	25	1.96
23924369--23925458	471	2.3	470	88	1	1592	33	24	17	25	1.96
23944351--23944406	21	2.5	21	80	8	58	26	10	28	33	1.90
23947948--23948018	22	3.2	22	64	6	54	46	4	19	29	1.69
23953447--23953559	56	2.0	56	89	3	174	26	9	14	49	1.74
23955529--23955558	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
23959530--23959568	15	2.5	15	83	8	51	43	0	0	56	0.99
23961956--23962016	30	2.0	30	84	6	79	29	18	24	27	1.98
23966220--23966248	14	2.0	15	93	6	51	20	17	6	55	1.65
23967162--23967316	51	3.0	51	84	5	197	29	23	15	30	1.95
23990276--23990443	45	3.8	43	76	5	149	39	13	20	25	1.90
23996538--23996584	24	2.0	24	84	12	62	27	12	8	51	1.69
23998205--23998255	18	2.8	18	72	0	57	45	27	13	13	1.82
24004115--24004154	17	2.3	18	87	12	66	17	15	15	52	1.75
24009771--24009898	67	1.9	67	98	0	247	52	2	24	21	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24011971--24011995	12	2.1	12	100	0	50	28	16	8	48	1.74
24023265--24023515	52	4.8	52	89	0	376	31	23	14	29	1.95
24024361--24024402	20	2.1	20	91	8	68	33	23	0	42	1.55
24027356--24027394	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
24027393--24027430	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
24030077--24030135	27	2.2	26	82	5	73	38	3	1	55	1.26
24035429--24035467	19	2.2	17	86	9	51	56	2	41	0	1.13
24039693--24039745	20	2.6	21	76	8	56	47	9	7	35	1.64
24045167--24045199	6	5.5	6	86	13	50	81	0	18	0	0.68
24045161--24045199	12	3.5	11	83	16	53	82	0	17	0	0.68
24045161--24045200	13	3.4	12	87	12	57	82	0	17	0	0.67
24049055--24049094	17	2.4	17	82	0	53	20	15	12	52	1.74
24069466--24069499	3	11.3	3	87	0	50	64	0	35	0	0.94
24075950--24075986	15	2.7	14	88	12	51	70	0	29	0	0.88
24088985--24089026	14	3.1	14	82	3	50	52	9	14	23	1.71
24097189--24097290	26	3.9	26	72	12	84	28	19	23	28	1.98
24106275--24106345	17	4.2	17	79	0	79	21	22	11	45	1.83
24106275--24106340	34	1.9	34	90	0	105	21	21	12	45	1.84
24106674--24106699	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24115483--24115564	15	5.3	15	77	4	58	54	6	20	18	1.64
24125400--24125450	21	2.5	20	75	12	52	66	0	33	0	0.92
24125412--24125466	24	2.3	25	84	6	69	61	0	36	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24125893--24125936	17	2.5	17	85	3	52	25	15	9	50	1.74
24128197--24128243	24	2.0	24	87	8	69	48	6	14	29	1.69
24148540--24148584	15	3.0	15	86	0	54	31	35	11	22	1.89
24158413--24158456	10	4.5	10	82	2	54	63	0	29	6	1.20
24173589--24173640	15	3.5	15	72	0	50	28	30	23	17	1.97
24175322--24175373	15	3.5	15	72	0	50	28	30	23	17	1.97
24177857--24177910	25	2.1	26	86	3	74	72	5	3	18	1.20
24179615--24179683	30	2.3	30	78	12	70	43	5	5	44	1.52
24182041--24182076	18	2.0	18	89	10	56	44	13	0	41	1.44
24182552--24182589	17	2.2	18	85	4	51	50	0	0	50	1.00
24186561--24186657	28	3.4	29	83	5	101	25	16	22	35	1.95
24188614--24188762	75	2.0	73	87	3	210	33	12	7	46	1.69
24190318--24190397	40	2.0	40	92	0	133	40	21	11	27	1.87
24196655--24196934	138	2.0	138	86	1	391	45	5	8	41	1.56
24204479--24204518	18	2.2	19	90	4	64	57	12	15	15	1.66
24219009--24219062	21	2.6	21	76	5	56	33	18	25	22	1.97
24222776--24223139	193	1.9	190	85	3	507	27	25	18	28	1.98
24227862--24228306	193	2.3	194	84	3	567	25	26	21	27	1.99
24230172--24230223	21	2.5	21	90	3	79	40	5	7	46	1.57
24237833--24237889	12	4.5	12	75	12	60	12	24	15	47	1.80
24238773--24238831	26	2.3	25	85	5	73	59	1	1	37	1.18
24238791--24238843	25	2.2	24	83	10	63	64	0	3	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24241190--24241667	123	3.9	123	92	2	798	40	10	6	42	1.66
24241606--24241814	107	2.0	106	95	0	373	40	10	8	41	1.68
24244523--24244558	16	2.2	16	95	0	63	58	13	5	22	1.56
24246194--24246251	21	2.6	23	84	13	68	72	5	3	18	1.18
24247456--24247504	17	2.9	17	96	0	89	53	14	16	16	1.74
24247950--24247992	21	2.0	21	90	0	68	20	39	4	34	1.74
24251378--24251423	23	2.0	23	91	0	74	39	17	8	34	1.80
24279962--24280067	46	2.3	46	83	3	142	20	14	13	51	1.75
24280664--24281004	170	2.0	169	97	0	646	40	7	12	39	1.71
24281004--24281039	19	1.9	18	88	5	54	47	8	11	33	1.69
24285037--24285082	22	2.1	22	83	0	56	17	4	6	71	1.24
24287060--24287119	30	2.0	30	100	0	120	26	26	16	30	1.97
24290926--24290975	25	2.0	25	100	0	100	32	4	28	36	1.76
24294760--24294809	15	3.4	15	80	2	57	22	20	6	52	1.68
24294768--24294823	30	1.9	28	82	13	69	25	16	7	51	1.69
24294965--24295031	17	3.9	18	75	14	70	28	10	0	61	1.29
24295026--24295070	4	11.2	4	82	0	54	55	2	0	42	1.12
24295026--24295070	6	7.5	6	89	0	54	55	2	0	42	1.12
24297042--24297115	36	2.1	36	87	5	105	22	10	20	45	1.82
24307423--24307467	23	1.9	24	82	13	58	31	11	2	55	1.47
24311513--24311784	51	5.3	51	84	0	330	33	12	22	31	1.92
24318062--24318145	17	4.9	17	82	8	91	39	1	2	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24318050--24318146	34	2.8	33	78	7	104	39	1	3	56	1.22
24318059--24318130	6	12.7	6	75	11	53	38	1	2	56	1.22
24318050--24318130	23	3.6	23	78	9	78	39	1	3	55	1.25
24318056--24318131	11	6.8	11	75	8	64	40	1	2	55	1.22
24320015--24320297	30	9.4	29	86	5	359	38	21	1	38	1.64
24320013--24320297	90	3.2	91	88	4	409	38	21	1	37	1.64
24320015--24320306	60	4.8	60	91	2	424	38	22	1	37	1.64
24323616--24323899	51	5.6	51	90	0	408	32	15	22	29	1.95
24330979--24331035	24	2.4	24	91	5	89	28	26	24	21	1.99
24333513--24333537	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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