genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8773779--8773861	11	7.5	11	77	8	69	50	1	2	45	1.22
8773777--8773851	6	13.2	6	80	16	79	50	0	2	46	1.15
8773779--8773851	17	4.4	17	88	8	96	50	0	2	46	1.15
8773792--8773851	17	3.6	16	93	6	102	55	0	3	41	1.16
8773815--8773869	27	2.0	27	82	0	65	52	7	1	38	1.40
8774173--8774885	38	19.4	38	65	19	298	32	19	15	32	1.93
8774148--8775014	76	11.8	76	88	5	1100	32	18	15	32	1.93
8774230--8774423	64	3.0	64	94	0	343	35	18	14	31	1.92
8774866--8774999	69	1.9	69	87	3	198	29	19	14	37	1.91
8787123--8787553	59	7.4	59	86	3	468	33	2	29	34	1.72
8787212--8787561	29	12.0	28	71	16	214	32	1	30	35	1.68
8789396--8789484	6	15.2	6	79	17	98	52	0	2	44	1.13
8789404--8789477	37	2.0	37	87	10	107	54	0	2	43	1.14
8789405--8789494	11	7.8	11	73	13	56	54	1	2	42	1.20
8789396--8789484	17	5.4	16	84	10	110	52	0	2	44	1.13
8789448--8789502	27	2.0	27	82	0	65	52	7	1	38	1.40
8792606--8792648	21	2.0	22	90	4	70	30	9	4	55	1.52
8798990--8799155	29	5.7	28	67	22	85	36	4	27	31	1.76
8798995--8799183	59	3.2	59	88	2	274	37	3	26	32	1.74
8799178--8799408	90	2.6	89	82	5	286	42	3	19	34	1.69
8799188--8799408	30	7.4	30	83	5	243	42	3	19	34	1.68
8801100--8801170	25	2.8	25	82	0	79	16	9	47	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8801341--8801403	6	11.0	6	70	10	51	52	1	1	44	1.20
8801362--8801403	17	2.5	17	92	0	66	57	2	0	40	1.12
8802208--8802253	24	1.9	24	90	0	74	28	8	6	56	1.54
8802996--8803150	41	3.8	41	82	4	136	20	25	23	30	1.98
8816284--8816328	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
8818729--8818778	21	2.4	21	82	0	55	44	16	14	26	1.85
8818740--8818779	21	1.9	21	89	0	62	42	15	17	25	1.88
8823560--8823749	101	1.9	103	86	2	276	34	14	26	25	1.94
8824319--8824363	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
8842391--8842622	43	5.4	43	85	2	297	28	24	20	26	1.99
8842384--8842651	129	2.1	127	84	2	349	29	25	18	26	1.98
8849553--8849685	41	3.3	41	86	2	144	32	21	30	16	1.95
8849665--8849714	25	2.0	24	92	3	82	36	26	26	12	1.91
8849587--8849792	106	1.9	107	87	1	297	31	23	29	16	1.96
8849689--8849854	41	4.0	41	84	0	206	31	20	27	20	1.97
8852518--8852848	43	7.7	43	83	2	299	25	20	26	27	1.99
8852518--8852848	129	2.6	129	79	4	364	25	20	26	27	1.99
8857467--8857563	49	1.9	49	83	4	122	32	2	38	26	1.68
8859791--8859989	41	4.9	40	82	8	213	19	26	17	37	1.93
8859978--8860010	17	1.9	17	100	0	66	3	12	30	54	1.52
8861214--8861252	21	1.9	19	85	10	51	69	10	5	15	1.34
8864543--8864580	16	2.3	17	90	4	60	47	28	13	10	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8872512--8872544	17	1.9	17	88	11	50	48	9	0	42	1.35
8877965--8878033	21	3.3	21	72	20	65	28	21	8	40	1.83
8881785--8881833	22	2.2	22	85	7	64	38	0	0	61	0.96
8881775--8881850	29	2.6	30	85	4	109	36	0	1	61	1.04
8881783--8881860	29	2.7	29	83	2	102	38	0	0	61	0.96
8881891--8881920	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
8882353--8882397	18	2.4	19	85	14	58	31	0	2	66	1.04
8884156--8884198	18	2.5	17	85	7	59	46	0	2	51	1.13
8885377--8885412	17	2.1	17	100	0	72	25	22	0	52	1.47
8885725--8885784	15	4.1	14	72	10	50	30	1	1	66	1.11
8886615--8886664	21	2.4	21	82	0	64	42	6	14	38	1.70
8890308--8890556	123	2.0	124	89	6	382	26	21	16	35	1.94
8890316--8890570	62	4.1	61	87	7	354	27	20	16	35	1.94
8891357--8891413	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
8894540--8894678	45	3.2	45	62	25	109	36	6	6	50	1.54
8894444--8894719	83	3.3	83	91	1	419	38	6	4	50	1.49
8894897--8894955	20	2.9	20	84	2	73	16	30	16	35	1.92
8897146--8897211	30	2.2	30	86	5	89	30	4	4	60	1.37
8897146--8897243	30	3.3	30	83	0	88	27	7	4	61	1.41
8898130--8898222	47	2.0	46	87	10	136	26	21	23	27	1.99
8906775--8906838	20	3.2	20	66	16	53	39	32	6	21	1.79
8909753--8909808	28	2.0	28	82	6	69	51	5	8	33	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8912391--8912442	24	2.2	24	100	0	104	42	3	28	25	1.72
8918186--8918341	25	6.2	25	78	4	145	31	19	18	30	1.96
8918185--8918341	75	2.1	75	78	7	167	31	19	18	30	1.95
8921997--8922199	37	5.4	37	86	3	228	33	32	22	11	1.89
8921997--8922199	76	2.7	75	83	3	239	33	32	22	11	1.89
8933938--8933962	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
8941320--8941447	52	2.5	53	87	2	179	26	14	22	35	1.93
8945842--8945880	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
8947032--8947082	21	2.4	21	87	12	70	27	15	29	27	1.96
8947664--8947712	20	2.5	19	78	21	57	30	0	6	63	1.19
8947623--8947701	33	2.4	33	77	8	81	26	1	6	65	1.24
8950328--8950414	43	2.0	43	100	0	174	33	11	22	32	1.90
8952219--8952245	13	2.1	13	100	0	54	62	0	14	22	1.31
8959198--8959283	21	4.2	20	79	7	102	6	6	17	68	1.35
8959209--8959287	41	1.9	42	86	2	115	8	8	15	67	1.42
8959293--8959366	24	3.1	23	73	5	67	8	1	20	70	1.20
8959287--8959408	47	2.5	48	80	10	117	8	4	19	67	1.36
8959310--8959375	33	2.0	33	85	8	91	7	3	18	71	1.23
8967544--8967587	12	3.7	12	79	11	54	25	2	0	72	0.96
8967554--8967741	71	2.8	68	79	11	199	42	1	3	53	1.24
8971855--8971884	11	2.6	12	89	10	53	83	0	16	0	0.65
8971855--8971884	6	5.2	6	92	8	53	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8972755--8972827	9	8.6	8	72	21	60	82	1	13	2	0.85
8972775--8972834	6	10.0	6	82	10	70	81	0	18	0	0.69
8972754--8972827	18	4.3	16	76	23	71	82	1	13	2	0.84
8972754--8972827	34	2.1	34	83	16	91	82	1	13	2	0.84
8972776--8972833	20	2.8	20	86	5	80	82	0	17	0	0.66
8972775--8972835	27	2.2	28	85	8	90	80	0	19	0	0.72
8973755--8973918	50	3.3	50	81	6	197	35	16	24	23	1.95
8974067--8974217	43	3.5	42	80	3	160	29	23	19	26	1.98
8974067--8974179	42	2.7	42	83	1	154	30	24	19	25	1.98
8980286--8980349	18	3.2	20	82	13	87	56	0	3	40	1.15
8980369--8980398	4	7.5	4	92	0	51	50	0	0	50	1.00
8980318--8981025	52	14.2	48	64	15	183	42	0	8	47	1.39
8980378--8980610	34	6.6	34	68	14	130	39	1	10	48	1.45
8980446--8980502	10	5.1	12	78	22	54	50	1	1	45	1.22
8980444--8980485	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
8980421--8980696	70	3.9	69	77	10	297	41	0	9	48	1.40
8980491--8980610	42	3.0	41	68	22	103	37	0	11	50	1.45
8980590--8980631	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
8980674--8980698	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8980678--8980764	34	2.6	34	81	3	104	41	1	9	48	1.42
8980317--8981045	150	4.9	150	92	4	1195	42	0	9	47	1.41
8980744--8980785	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8980824--8980914	34	2.7	34	80	0	110	42	1	8	47	1.41
8980908--8980933	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8980896--8980950	16	4.1	12	77	22	56	50	0	1	47	1.11
8980962--8980986	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
8983337--8983445	41	2.7	41	82	0	146	17	25	23	33	1.96
8983524--8983739	41	5.4	41	76	9	214	31	22	17	28	1.97
8983524--8983739	39	5.4	40	75	9	199	31	22	17	28	1.97
8983524--8983765	80	3.0	80	90	3	364	31	22	18	27	1.97
8984312--8984355	12	3.7	12	79	11	54	25	2	0	72	0.96
8984326--8984506	67	2.8	66	79	17	200	43	0	3	52	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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