genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13758743--13759035	148	2.0	149	86	0	408	18	30	16	34	1.93
13758779--13759107	99	3.3	99	80	2	340	18	29	15	35	1.92
13760903--13760952	16	3.2	15	83	8	55	2	22	0	76	0.89
13764094--13764243	70	2.1	70	98	0	291	38	10	18	32	1.85
13768773--13768824	16	3.2	16	76	10	52	61	13	0	25	1.32
13772295--13772343	20	2.4	21	83	13	66	32	18	16	32	1.93
13772295--13772349	20	2.7	21	73	21	53	32	18	16	32	1.93
13772573--13772611	16	2.4	16	83	8	53	35	5	28	30	1.79
13772831--13772857	13	2.1	13	100	0	54	44	44	0	11	1.39
13773054--13773168	58	2.0	58	89	3	178	46	20	0	33	1.57
13774051--13774178	58	2.2	58	88	5	188	50	1	0	47	1.10
13778566--13778607	21	1.9	22	90	9	68	11	9	23	54	1.66
13787383--13787473	44	2.1	44	97	0	173	42	29	1	26	1.62
13787383--13787450	23	3.0	23	66	23	63	42	29	1	26	1.64
13787399--13787471	21	3.4	21	70	20	69	43	30	1	24	1.63
13788821--13788850	15	2.0	15	93	0	51	30	36	0	33	1.58
13789270--13789314	23	2.0	23	82	8	56	62	8	0	28	1.25
13792735--13792793	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
13792758--13792844	38	2.3	38	84	6	104	44	2	2	50	1.27
13792794--13792890	26	3.7	26	68	24	69	48	0	2	49	1.12
13793062--13793133	16	4.5	16	94	0	126	27	31	4	36	1.76
13794496--13794571	34	2.2	34	100	0	152	42	10	14	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13797121--13797171	22	2.4	22	90	3	77	47	3	0	49	1.20
13798429--13798487	15	4.2	14	77	14	59	44	1	0	54	1.10
13799062--13799124	30	2.1	29	82	2	72	55	9	3	31	1.48
13799075--13799134	29	2.1	28	78	9	66	51	11	3	33	1.55
13799647--13799736	34	2.6	34	100	0	180	16	17	12	53	1.73
13806286--13806333	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
13806364--13806407	20	2.0	21	83	12	54	59	4	6	29	1.44
13808611--13808645	12	2.9	12	86	0	52	17	22	0	60	1.37
13808612--13808647	18	2.0	18	94	0	63	16	19	0	63	1.30
13811014--13811162	48	3.3	49	63	25	128	37	20	3	38	1.70
13810995--13811169	86	2.0	86	96	0	323	37	20	5	37	1.75
13812401--13812554	82	1.9	82	84	2	211	33	21	18	26	1.97
13816624--13816681	28	2.2	27	84	9	75	34	8	5	51	1.55
13823687--13823728	20	2.1	20	86	8	59	59	0	19	21	1.38
13832581--13832638	20	3.1	19	85	5	73	55	6	0	37	1.27
13832774--13832918	61	2.4	60	80	8	179	46	11	2	40	1.51
13832929--13832967	15	2.6	15	84	11	53	51	2	5	41	1.38
13833135--13833187	2	26.5	2	88	0	79	43	0	0	56	0.99
13833239--13833283	19	2.3	20	75	17	51	66	4	2	26	1.22
13834436--13834548	10	11.6	10	68	11	56	23	5	4	67	1.30
13834432--13834490	32	1.9	30	89	6	91	22	5	3	69	1.23
13834504--13834545	19	2.2	19	91	0	66	21	4	4	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13834512--13834555	10	4.4	10	82	8	54	20	6	6	65	1.39
13834393--13834537	77	1.9	79	79	5	170	25	6	3	64	1.35
13834734--13834778	4	11.2	4	90	0	54	42	0	24	33	1.55
13834734--13834777	8	5.5	8	86	0	61	40	0	25	34	1.56
13834734--13834777	16	2.8	16	92	0	70	40	0	25	34	1.56
13834776--13834814	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
13836128--13836162	18	1.9	18	88	0	52	34	2	5	57	1.37
13838693--13838780	31	2.8	31	82	0	113	29	13	6	50	1.68
13848024--13848098	39	1.9	39	88	0	114	24	17	17	41	1.90
13851730--13851761	3	10.7	3	93	0	55	3	0	28	68	1.04
13852736--13852897	39	4.1	39	81	10	166	37	20	17	23	1.94
13854733--13854776	21	2.1	21	82	0	52	13	6	43	36	1.71
13857548--13857682	52	2.6	52	86	2	182	22	14	26	35	1.93
13858413--13858464	21	2.5	21	81	6	61	19	13	28	38	1.89
13858822--13858854	7	4.7	7	88	11	50	33	0	12	54	1.37
13860986--13861223	42	5.6	42	89	2	334	32	11	26	29	1.91
13861185--13861280	43	2.2	44	85	5	124	39	11	20	28	1.87
13862403--13862438	18	2.0	18	100	0	72	50	11	22	16	1.77
13864825--13864934	56	2.0	56	87	0	157	20	22	30	26	1.99
13865181--13865303	39	3.1	39	85	1	120	39	18	15	26	1.91
13865203--13865341	40	3.5	40	87	1	181	35	21	17	24	1.95
13866783--13866821	20	2.0	19	85	14	53	7	5	20	66	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13871854--13871994	71	2.0	71	95	0	255	36	21	21	21	1.96
13879153--13879191	12	3.2	12	81	0	51	48	0	28	23	1.51
13880862--13880915	28	1.9	29	85	7	76	20	51	3	24	1.63
13883230--13883381	71	2.1	71	88	0	223	34	20	19	25	1.96
13891353--13891392	17	2.4	17	95	0	71	15	20	12	52	1.74
13891994--13892022	14	2.1	14	93	6	51	75	0	20	3	0.94
13893848--13893880	15	2.2	15	94	0	57	39	18	6	36	1.75
13901950--13902028	28	2.8	28	88	3	113	72	0	11	16	1.13
13908321--13908364	20	2.2	20	84	12	54	52	0	15	31	1.44
13908595--13909100	248	2.0	248	96	0	940	31	6	21	40	1.79
13909410--13909548	42	3.0	49	78	15	184	33	10	25	29	1.90
13910748--13911080	158	2.1	158	82	0	396	24	24	21	29	1.99
13912373--13912405	7	4.7	7	100	0	66	24	0	60	15	1.35
13918718--13918768	15	3.5	15	71	15	52	27	7	11	52	1.65
13920145--13920369	125	1.8	125	91	1	371	21	13	24	40	1.89
13925079--13925122	9	4.9	9	81	10	54	61	0	0	38	0.96
13925378--13925431	15	3.3	16	80	12	65	61	0	1	37	1.07
13939343--13939408	34	1.9	35	84	3	89	18	36	24	21	1.95
13948092--13948140	24	2.0	24	100	0	98	20	12	38	28	1.89
13948369--13948431	17	3.7	17	79	8	74	42	0	4	52	1.22
13948367--13948431	34	1.9	34	90	0	103	43	0	4	52	1.22
13948403--13948446	23	1.9	23	81	9	54	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13949215--13949265	18	2.8	18	80	11	59	56	0	3	39	1.18
13949967--13950030	33	2.0	33	90	9	105	23	12	3	60	1.46
13950300--13950366	29	2.3	29	79	7	73	40	22	1	35	1.63
13950370--13950470	30	3.4	30	77	8	118	32	32	2	31	1.73
13950338--13950771	59	7.4	59	82	2	460	32	29	2	35	1.70
13950603--13950666	31	2.0	32	82	8	78	42	26	0	31	1.56
13950670--13950765	31	3.2	30	70	14	81	31	25	2	41	1.67
13950673--13950765	30	3.1	29	69	14	73	31	24	2	41	1.67
13956514--13956538	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
13962207--13962231	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
13963630--13963668	14	2.8	14	84	7	53	51	20	5	23	1.67
13963637--13963668	15	2.2	15	94	5	57	50	18	6	25	1.70
13964410--13964460	18	2.8	18	80	11	59	56	0	3	39	1.18
13965163--13965226	33	2.0	32	87	9	94	23	12	4	59	1.52
13965496--13965564	29	2.3	30	80	14	81	40	27	1	30	1.65
13965543--13965906	59	6.2	59	82	3	437	31	30	2	35	1.71
13965514--13965637	29	4.2	29	68	11	74	33	33	1	31	1.68
13965566--13965895	29	11.2	29	65	18	128	32	29	2	35	1.72
13965532--13965906	119	3.2	117	84	3	466	32	30	2	34	1.71
13972237--13972271	18	1.9	18	94	0	61	48	14	8	28	1.73
13972236--13972277	18	2.5	17	85	11	59	47	11	7	33	1.68
13976615--13976657	21	2.1	20	91	4	68	44	0	6	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13981983--13982011	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
13983233--13983379	69	2.1	69	94	1	258	38	8	2	51	1.45
13996856--13997021	83	2.0	83	98	0	323	30	22	10	36	1.88
13999504--13999542	11	3.5	11	89	6	53	76	0	20	2	0.90
13999500--13999535	16	2.2	17	95	5	65	77	0	22	0	0.76
13999504--13999535	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
14001614--14001669	27	2.0	27	82	10	67	44	14	14	26	1.83
14002564--14002602	6	6.5	6	87	0	60	2	79	0	17	0.84
14002566--14002611	18	2.6	18	82	6	58	4	78	0	17	0.91
14006399--14006468	22	3.2	22	69	15	72	18	7	10	64	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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