genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7294948--7295069	27	4.3	27	73	17	79	28	31	4	35	1.76
7294972--7295069	27	3.5	26	77	14	81	27	34	4	33	1.76
7295048--7295096	20	2.5	20	96	0	89	26	38	6	28	1.80
7295075--7295264	59	3.2	58	84	5	240	30	27	4	36	1.78
7297223--7297247	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7299785--7299980	95	2.1	96	95	0	349	47	7	3	41	1.47
7305564--7305609	19	2.4	19	85	7	58	39	6	17	36	1.76
7307851--7308008	72	2.2	72	95	0	280	27	20	17	34	1.95
7315276--7315472	96	2.1	96	95	1	351	42	3	7	47	1.47
7318492--7318540	24	2.0	24	96	0	89	28	10	8	53	1.63
7323462--7323658	96	2.1	96	95	1	351	42	3	7	47	1.47
7328230--7328545	29	11.2	29	66	22	142	35	4	30	30	1.77
7328204--7328393	59	3.2	59	86	0	256	37	4	27	31	1.76
7328372--7328413	20	2.1	20	100	0	84	33	4	38	23	1.76
7328399--7328522	28	4.3	28	76	18	112	35	3	32	29	1.73
7328314--7328545	78	2.8	80	82	7	272	34	4	31	29	1.77
7330485--7330560	17	4.5	17	71	5	73	52	6	1	39	1.36
7330485--7330560	34	2.2	35	81	6	93	52	6	1	39	1.36
7333552--7333597	19	2.4	19	92	0	74	36	4	19	39	1.72
7339103--7339148	19	2.4	19	92	0	74	39	19	4	36	1.72
7342339--7342408	21	3.3	21	75	2	68	38	1	5	54	1.33
7342329--7342406	17	4.5	16	72	17	50	37	1	6	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7344338--7344652	29	11.2	29	69	23	124	31	28	3	35	1.75
7344335--7344656	58	5.7	58	73	17	241	31	29	3	35	1.75
7344349--7344461	28	4.0	28	76	11	104	30	32	1	34	1.68
7344446--7344487	20	2.1	20	100	0	84	23	38	4	33	1.76
7344390--7344545	77	2.0	78	87	3	226	28	32	3	34	1.76
7344466--7344655	59	3.2	58	84	6	233	31	27	4	36	1.76
7344466--7344683	59	3.8	56	79	7	181	31	27	3	37	1.74
7349200--7349396	96	2.1	96	95	1	351	47	7	3	42	1.47
7356665--7356822	72	2.2	72	95	0	280	34	17	20	27	1.95
7359063--7359108	19	2.4	19	85	7	58	36	17	6	39	1.76
7362371--7362410	21	1.9	21	84	0	53	27	35	7	30	1.84
7363374--7363419	19	2.4	19	92	0	74	39	19	4	36	1.72
7366623--7366698	17	4.5	17	73	3	73	39	1	6	52	1.36
7373012--7373267	49	5.2	49	71	8	171	40	20	24	14	1.90
7373019--7373267	98	2.5	98	77	6	261	40	20	23	15	1.90
7373715--7374445	200	3.6	200	93	2	1182	35	19	23	20	1.95
7374785--7374860	17	4.5	17	73	15	59	40	1	6	51	1.36
7376782--7377063	29	9.8	29	71	19	207	31	29	2	36	1.71
7376774--7377181	58	7.0	58	85	5	484	31	28	2	37	1.72
7376774--7377165	174	2.2	174	86	4	542	32	28	2	36	1.72
7380199--7380274	29	2.6	29	77	10	91	34	6	19	39	1.78
7380663--7380724	20	3.1	20	88	6	99	50	14	1	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7382687--7384263	68	22.9	68	93	2	2566	29	20	16	34	1.94
7382687--7384263	205	7.6	204	94	2	2548	29	20	16	34	1.94
7382687--7384263	274	5.7	273	93	2	2590	29	20	16	34	1.94
7382686--7384266	31	45.7	36	66	18	377	29	20	16	34	1.94
7384501--7384655	51	3.1	51	81	2	161	15	23	21	40	1.91
7384606--7384821	100	2.2	99	82	6	265	13	24	19	42	1.88
7386930--7387025	7	12.7	7	75	22	79	0	4	14	81	0.84
7386923--7387027	19	5.5	18	72	17	79	0	5	13	80	0.87
7386930--7387018	22	4.2	20	77	18	83	0	4	14	80	0.85
7386938--7387025	45	2.0	46	86	8	128	0	4	14	80	0.86
7391169--7391270	29	3.5	31	70	18	83	32	3	28	35	1.76
7391163--7391302	59	2.4	59	82	5	160	31	5	31	31	1.81
7397763--7397821	27	2.2	27	96	0	109	33	15	22	28	1.94
7404900--7404932	14	2.2	16	89	10	52	54	21	3	21	1.58
7405733--7405787	24	2.2	24	84	9	67	23	10	5	60	1.51
7405738--7405787	23	2.1	23	85	3	64	24	10	6	60	1.51
7407291--7407335	18	2.5	17	82	10	54	60	2	2	35	1.22
7409060--7409133	9	8.2	9	73	15	64	35	0	4	60	1.15
7409453--7409486	12	2.8	12	86	0	50	70	0	2	26	1.01
7409836--7410219	187	2.0	189	88	6	569	29	14	23	32	1.94
7412242--7412302	22	2.9	22	73	26	60	55	6	11	26	1.59
7412412--7412816	59	6.9	59	88	2	564	34	3	29	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7412446--7412784	29	11.5	29	65	22	145	34	4	28	32	1.76
7412772--7412875	29	3.6	29	87	6	140	31	1	26	39	1.67
7414729--7414785	17	3.4	17	85	4	71	52	7	0	40	1.28
7419628--7419694	6	11.7	6	84	9	86	46	0	2	50	1.16
7419628--7419703	17	4.5	17	86	3	100	46	0	2	51	1.15
7419632--7419694	23	2.8	23	82	2	83	47	0	3	49	1.17
7419628--7419694	11	5.8	12	82	10	86	46	0	2	50	1.16
7420760--7420806	22	2.3	19	85	10	58	72	4	17	6	1.22
7421492--7421786	30	9.9	30	90	4	454	36	23	4	36	1.74
7421728--7421782	15	3.3	19	63	36	54	40	27	3	29	1.73
7421790--7421908	58	2.1	58	90	3	186	34	27	3	34	1.74
7421817--7421908	29	3.1	28	71	13	87	34	26	4	34	1.76
7421795--7421952	30	5.2	29	67	21	92	34	26	3	35	1.75
7424706--7424822	60	2.0	60	100	0	234	23	25	15	35	1.94
7425778--7425877	50	2.0	50	92	0	164	43	12	22	23	1.86
7430297--7430335	20	1.9	21	94	5	71	20	0	5	74	1.01
7434815--7434873	24	2.5	24	97	0	109	57	10	10	22	1.61
7434815--7434889	24	3.1	24	90	0	87	57	9	9	24	1.59
7436802--7436881	41	2.0	41	100	0	160	47	18	7	26	1.75
7436870--7436920	24	2.1	24	92	0	84	54	11	11	21	1.68
7447696--7447742	20	2.2	21	85	7	60	34	0	4	61	1.15
7449118--7449174	6	9.5	6	86	7	62	3	36	8	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7450125--7450164	16	2.5	16	83	0	53	62	0	0	37	0.95
7450495--7450522	11	2.5	11	100	0	56	0	32	0	67	0.91
7451957--7453281	674	2.0	669	87	7	1901	35	10	11	42	1.76
7464912--7464938	7	3.9	7	100	0	54	29	11	0	59	1.32
7465079--7465191	9	12.8	9	71	17	58	36	0	0	62	1.01
7465087--7465132	10	5.1	9	82	17	51	28	0	0	71	0.86
7465082--7465146	28	2.4	26	82	12	69	30	0	1	67	1.00
7471182--7471249	6	11.3	6	69	12	50	36	2	2	57	1.29
7471173--7471249	17	4.3	18	82	11	95	37	2	2	57	1.27
7471168--7471249	37	2.3	35	87	4	110	36	3	3	56	1.35
7471487--7471555	25	2.8	25	84	4	86	23	52	10	14	1.72
7472046--7472078	16	2.1	16	94	0	57	63	0	0	36	0.95
7473175--7473414	90	2.7	88	82	7	293	39	19	2	38	1.65
7473175--7473466	60	4.9	58	82	7	259	38	20	2	38	1.67
7473175--7473459	30	9.6	30	74	5	211	38	20	2	38	1.66
7473445--7473537	29	3.2	29	75	22	88	31	26	5	36	1.79
7473417--7473537	59	2.1	59	88	3	181	33	27	4	34	1.78
7473209--7473523	30	10.6	29	71	14	134	36	22	3	37	1.72
7484810--7485667	92	9.3	92	95	0	1466	34	13	17	34	1.89
7485603--7485681	39	2.0	38	81	13	90	31	13	18	35	1.91
7485957--7486023	6	11.3	6	69	15	50	37	2	1	58	1.23
7485949--7486023	17	4.3	17	85	12	98	38	2	1	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7485963--7486002	16	2.7	14	82	14	53	35	2	0	62	1.09
7486256--7486324	25	2.8	25	86	4	86	21	50	11	15	1.76
7487945--7488128	60	3.1	59	86	5	237	39	20	2	37	1.65
7487945--7488128	59	3.1	58	87	3	242	39	20	2	37	1.65
7487944--7488135	30	6.5	30	77	5	167	39	20	2	38	1.64
7488034--7488479	59	7.6	58	82	5	440	34	26	3	36	1.72
7488015--7488477	29	15.8	30	68	23	188	33	26	3	36	1.72
7488034--7488521	117	4.2	118	85	6	577	33	26	3	36	1.73
7488093--7488521	233	1.8	235	87	4	643	32	27	3	36	1.73
7488093--7488521	59	7.3	59	84	2	535	32	27	3	36	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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