genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

This is table  90  of  163  ( 19493 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25557184--25557237	23	2.3	24	84	9	67	27	5	7	59	1.47
25560755--25560784	3	10.3	3	92	7	53	0	33	0	66	0.92
25560783--25560842	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
25562957--25563004	15	3.2	15	75	0	51	47	20	8	22	1.77
25564050--25564211	75	2.2	75	88	0	234	17	22	27	33	1.96
25564056--25564211	38	4.2	37	78	7	145	17	22	26	33	1.96
25564093--25564438	75	4.6	74	78	6	268	16	22	27	33	1.96
25564067--25564442	113	3.3	112	78	7	332	17	22	27	33	1.96
25564051--25564483	188	2.3	187	82	2	535	16	21	27	33	1.95
25569486--25569918	75	5.8	75	80	4	311	18	21	26	33	1.96
25569555--25569885	38	8.8	38	73	5	242	17	22	27	32	1.96
25569725--25569845	37	3.2	37	77	2	134	18	21	27	33	1.96
25571862--25571919	22	2.7	22	89	7	75	12	8	3	75	1.14
25571873--25571919	22	2.2	22	96	3	87	12	6	4	76	1.12
25572640--25572686	24	2.0	24	91	0	76	34	29	19	17	1.94
25572897--25572935	18	2.2	18	86	4	53	33	20	17	28	1.96
25573058--25573108	21	2.4	21	86	0	75	49	15	11	23	1.78
25574537--25574586	20	2.5	21	83	9	68	54	0	2	44	1.11
25574590--25574760	20	8.7	19	69	13	89	61	1	6	30	1.29
25574590--25574635	22	2.1	22	88	4	67	65	2	4	28	1.23
25574613--25574723	29	3.8	28	74	16	100	60	0	5	34	1.20
25574611--25574724	10	11.6	10	66	14	58	61	0	5	33	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25575139--25575313	94	1.8	93	83	10	230	33	8	20	38	1.82
25576379--25576422	9	4.8	9	85	2	52	40	2	0	56	1.11
25576372--25576422	18	2.8	17	80	14	57	43	3	0	52	1.19
25576604--25576661	29	2.0	29	86	3	80	39	6	6	46	1.57
25585131--25585168	20	1.9	20	88	0	58	44	23	0	31	1.54
25585576--25586302	152	4.8	152	86	5	935	45	8	2	44	1.47
25585725--25586131	52	8.0	52	68	14	224	46	9	1	42	1.45
25586077--25586120	21	2.2	20	84	8	54	47	11	0	40	1.39
25586795--25586822	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
25595124--25595162	20	2.0	20	90	5	62	76	0	0	23	0.78
25595297--25595354	21	2.8	19	75	14	53	79	3	1	15	0.95
25595463--25595510	25	1.9	26	83	8	64	66	6	6	20	1.36
25595471--25595523	25	2.1	25	86	6	72	69	3	5	20	1.25
25595643--25595680	19	1.9	19	94	5	67	73	2	5	18	1.14
25595628--25595666	14	2.9	13	85	7	51	71	2	5	20	1.17
25597524--25597657	68	2.0	68	83	5	173	26	25	22	25	2.00
25600539--25600594	26	2.2	25	72	9	60	55	12	0	32	1.37
25600985--25601054	29	2.5	28	77	6	72	42	0	2	54	1.15
25603346--25603392	16	2.9	16	72	15	51	29	0	2	68	1.02
25617535--25617743	30	7.0	30	83	3	244	36	2	25	35	1.69
25617535--25617735	91	2.2	88	82	5	251	35	2	26	35	1.70
25617535--25617766	61	3.9	59	79	7	254	35	2	26	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25619006--25619058	26	2.0	28	88	7	83	18	7	16	56	1.63
25621378--25621666	30	9.8	30	78	12	251	37	1	23	37	1.66
25621350--25621657	59	5.2	58	76	11	211	36	2	24	37	1.68
25621384--25621571	89	2.1	89	83	6	231	37	1	25	35	1.66
25621507--25621668	87	1.8	90	82	6	215	39	2	20	37	1.66
25623889--25624918	201	5.1	201	91	0	1576	20	21	20	37	1.95
25629288--25629314	13	2.1	13	100	0	54	22	18	7	51	1.70
25636191--25636485	156	1.9	157	84	4	400	31	15	20	32	1.94
25637054--25637182	29	4.4	28	80	8	109	34	1	27	37	1.66
25637077--25637305	30	7.7	29	77	8	185	35	1	24	37	1.64
25637023--25637305	30	9.5	29	72	16	143	36	1	24	37	1.66
25637023--25637312	59	4.9	57	74	9	201	35	2	24	37	1.67
25639118--25639158	17	2.4	18	76	12	50	56	7	0	36	1.27
25639843--25639900	12	4.7	12	78	21	66	70	1	27	0	0.97
25642426--25642476	25	2.0	25	92	0	84	31	13	21	33	1.92
25644018--25644112	36	2.6	36	81	0	118	43	14	17	24	1.87
25646207--25646253	16	3.1	15	82	14	53	29	14	14	40	1.87
25646985--25647055	26	2.7	28	79	14	71	54	21	2	21	1.57
25647815--25647861	23	2.1	23	84	4	60	53	25	4	17	1.62
25648797--25648872	21	3.6	21	75	5	64	32	28	11	26	1.92
25649704--25650066	193	1.9	191	87	1	528	27	24	19	28	1.99
25671085--25671130	9	5.0	9	78	5	56	2	15	2	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25671081--25671130	18	2.7	19	81	6	66	2	16	2	80	0.91
25671715--25671754	18	2.3	18	91	4	64	57	12	12	17	1.65
25673981--25674019	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
25677338--25677387	21	2.4	21	80	6	57	38	20	10	32	1.85
25678145--25678590	194	2.3	194	81	5	499	24	26	20	27	1.99
25680252--25680291	22	2.0	21	85	14	57	42	12	2	42	1.56
25688710--25688748	12	3.2	12	85	0	51	35	5	15	43	1.69
25702574--25702613	17	2.3	18	86	4	55	62	0	2	35	1.09
25705682--25705723	21	2.0	21	81	9	50	14	7	7	71	1.29
25711741--25711830	46	2.0	44	85	12	121	40	23	4	32	1.74
25711811--25711857	16	2.9	16	83	0	67	29	25	2	42	1.67
25713014--25713146	31	4.4	31	70	16	100	48	10	13	27	1.75
25713005--25713125	58	2.1	59	81	7	140	52	9	15	23	1.71
25713423--25713460	8	4.8	8	83	9	51	84	2	10	2	0.83
25723555--25723626	36	2.0	36	100	0	144	30	11	19	38	1.86
25729787--25729827	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
25732404--25732442	20	1.9	21	84	5	53	17	5	7	69	1.32
25738672--25738804	60	2.2	60	93	0	221	30	21	22	25	1.99
25741616--25741692	34	2.3	34	83	0	91	42	12	9	35	1.75
25743968--25744088	24	5.0	24	93	4	208	42	23	17	17	1.89
25745766--25745812	23	2.0	23	91	0	76	40	14	14	29	1.87
25750558--25750594	17	2.2	17	90	0	56	43	2	2	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25752514--25752798	29	9.8	28	68	15	116	34	25	3	35	1.75
25752601--25752802	59	3.4	58	86	4	271	33	24	3	37	1.74
25752542--25752769	29	7.8	28	74	12	172	32	25	3	37	1.74
25752601--25752861	118	2.2	118	81	8	291	33	24	4	38	1.75
25764847--25765511	205	3.3	204	88	2	946	37	20	21	20	1.94
25765861--25765899	17	2.4	17	91	4	62	48	2	0	48	1.15
25767805--25767872	27	2.4	27	83	13	84	39	23	4	32	1.75
25767851--25767906	29	1.9	28	92	0	85	39	25	3	32	1.73
25767836--25768083	58	4.3	57	79	9	234	33	24	5	36	1.78
25767891--25768069	29	6.1	30	70	15	110	32	22	5	38	1.78
25767888--25768084	59	3.3	58	82	6	245	32	24	5	37	1.79
25771698--25771742	17	2.6	17	78	3	54	55	2	6	35	1.38
25771738--25771783	9	5.1	9	75	19	51	67	0	0	32	0.91
25772404--25772542	41	3.4	40	78	7	129	35	23	26	15	1.94
25775017--25775082	32	2.1	32	97	0	123	18	13	24	43	1.86
25776045--25776137	43	2.2	43	84	3	116	26	15	24	33	1.95
25779833--25779883	20	2.7	18	80	14	57	41	17	7	33	1.79
25784342--25784395	20	2.8	19	81	13	67	31	1	1	64	1.14
25785968--25786098	61	2.1	62	88	1	192	32	25	12	29	1.93
25792148--25792192	15	3.0	15	90	0	72	11	33	15	40	1.83
25794077--25794226	61	2.4	61	86	3	192	34	24	10	30	1.88
25794098--25794251	61	2.5	61	84	1	173	33	25	11	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25802079--25802265	52	3.6	52	86	1	250	34	22	14	27	1.94
25805293--25805345	19	2.6	21	76	11	65	33	24	13	28	1.93
25805766--25805797	12	2.6	12	95	5	55	71	12	15	0	1.14
25805781--25805823	15	2.9	14	82	6	50	74	9	13	2	1.16
25812342--25812490	49	3.0	49	73	3	129	36	17	29	16	1.91
25812681--25812935	43	6.0	43	83	4	295	30	22	18	28	1.97
25815791--25815823	12	2.8	12	100	0	66	45	9	9	36	1.68
25817835--25817889	23	2.4	22	88	8	83	43	23	20	12	1.86
25821517--25821861	26	13.3	26	77	3	291	35	27	14	22	1.93
25823981--25824223	90	2.8	89	84	7	295	34	17	11	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163