genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24617173--24617257	43	2.0	43	90	0	134	34	24	14	27	1.94
24617307--24617691	122	3.2	121	91	1	590	37	18	21	22	1.94
24617285--24617755	122	3.9	121	86	5	576	39	17	21	21	1.93
24619963--24620050	44	2.0	44	84	4	115	38	25	5	30	1.79
24638372--24638426	6	9.2	6	97	0	74	0	60	0	40	0.97
24638372--24638426	18	3.1	18	91	0	83	0	60	0	40	0.97
24638950--24638980	16	1.9	16	100	0	62	29	25	19	25	1.99
24638890--24639055	91	1.8	91	100	0	332	29	10	15	44	1.80
24643897--24643940	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
24644360--24644401	2	20.0	2	90	9	66	47	4	47	0	1.23
24651132--24651186	24	2.3	24	83	0	65	27	16	7	49	1.72
24654799--24655016	78	2.8	78	77	3	197	35	11	10	42	1.76
24659749--24660359	309	2.0	308	93	2	1039	35	11	18	34	1.87
24663220--24663456	80	3.0	80	84	1	332	32	24	18	23	1.97
24671685--24671723	18	2.2	18	100	0	78	10	15	10	64	1.50
24680026--24680123	25	4.1	25	75	12	98	47	19	3	29	1.64
24680026--24680142	20	5.6	21	73	13	80	46	17	4	31	1.68
24680025--24680129	45	2.3	45	88	0	156	48	18	3	29	1.65
24684775--24684801	10	2.7	10	100	0	54	11	22	37	29	1.89
24684821--24684885	7	9.7	7	75	9	64	16	23	23	36	1.94
24684821--24684888	13	5.2	13	89	3	109	16	22	22	39	1.92
24684820--24684885	20	3.3	20	79	8	80	18	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24685926--24685966	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
24696265--24696364	24	4.2	24	93	0	173	27	21	23	29	1.99
24700714--24700816	24	4.3	24	88	0	152	24	18	26	31	1.98
24707965--24707998	16	2.1	16	100	0	68	44	0	5	50	1.26
24712636--24712700	21	3.3	19	78	16	69	43	0	1	55	1.09
24725693--24725747	21	2.5	23	80	13	55	40	1	0	58	1.09
24728759--24728801	21	2.0	23	86	9	63	2	18	2	76	1.00
24741730--24741824	47	2.0	47	100	0	190	28	10	18	42	1.84
24743570--24743599	15	1.9	16	93	6	53	53	3	30	13	1.56
24746336--24746383	12	4.1	12	82	15	64	66	2	0	31	1.03
24746338--24746384	11	4.0	12	78	13	53	63	2	0	34	1.06
24766307--24766355	20	2.5	19	83	6	71	34	2	4	59	1.28
24771195--24771248	21	2.6	21	82	5	65	33	24	12	29	1.92
24771996--24772441	195	2.3	195	85	3	569	23	26	20	28	1.99
24772915--24772946	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
24781394--24781437	17	2.6	17	88	0	61	18	22	9	50	1.75
24790522--24791096	207	2.7	207	81	8	603	36	9	12	41	1.76
24791026--24791063	14	2.8	14	80	4	51	42	5	5	47	1.48
24791735--24791786	26	2.0	27	85	11	72	46	1	0	51	1.12
24793859--24793915	21	2.6	23	75	10	57	33	7	0	59	1.24
24797023--24797072	26	2.0	25	84	11	66	60	2	8	30	1.37
24798810--24798865	29	1.9	29	96	0	103	33	17	14	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24800038--24800086	20	2.5	20	89	0	71	48	14	8	28	1.72
24803723--24803778	16	3.5	16	72	22	55	64	0	0	35	0.94
24803726--24803779	23	2.3	23	90	6	83	64	0	0	35	0.94
24807529--24807567	17	2.3	17	81	0	51	48	5	12	33	1.63
24808456--24808503	22	2.2	22	88	0	69	43	8	14	33	1.75
24813511--24816015	834	3.0	834	94	0	4374	30	18	18	32	1.95
24826551--24826587	10	3.5	10	89	10	56	78	0	2	18	0.87
24826611--24826658	22	2.2	22	84	0	69	64	29	0	6	1.18
24826859--24826914	21	2.7	21	86	13	64	51	16	5	26	1.65
24826874--24826915	21	2.0	21	100	0	84	47	19	4	28	1.69
24827007--24827051	16	2.9	16	84	12	51	48	2	0	48	1.13
24827631--24827697	22	3.0	22	86	2	80	17	28	14	38	1.90
24827645--24827700	22	2.5	22	91	0	85	12	30	16	41	1.85
24839591--24839634	16	2.8	16	79	3	54	38	0	0	61	0.96
24840197--24840241	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
24857298--24857344	22	2.2	22	88	7	71	40	17	29	12	1.86
24857315--24857352	20	1.9	20	88	0	58	42	18	28	10	1.83
24862061--24862136	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
24862029--24862135	20	5.8	18	71	18	69	53	3	1	41	1.30
24862061--24862136	37	2.1	36	85	11	102	55	2	1	40	1.22
24874825--24874882	21	2.8	21	84	5	73	34	15	18	31	1.93
24881871--24881963	40	2.3	41	86	3	134	40	15	19	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24881925--24882143	62	3.6	62	85	2	273	31	23	19	25	1.98
24895013--24895263	29	8.7	28	67	22	121	33	31	2	32	1.72
24895012--24895267	58	4.4	58	88	2	372	33	30	3	32	1.73
24907416--24908256	201	4.2	200	87	4	1132	36	21	22	19	1.95
24909426--24909468	3	14.0	3	80	4	50	58	0	2	39	1.11
24909427--24909468	12	3.4	12	86	3	57	57	0	2	40	1.12
24910131--24910199	32	2.1	33	81	7	79	23	13	4	59	1.52
24910508--24910669	30	5.5	30	71	14	131	32	29	3	33	1.75
24910478--24910672	59	3.3	59	87	5	288	32	31	3	32	1.73
24912845--24912910	30	2.2	30	83	0	87	40	3	22	33	1.69
24912858--24913031	30	5.9	29	79	8	131	36	6	21	35	1.81
24916213--24916242	12	2.4	13	94	5	53	63	0	0	36	0.95
24919420--24919473	21	2.6	21	88	5	74	24	18	25	31	1.97
24922809--24922877	29	2.4	30	80	4	79	43	2	24	28	1.69
24924250--24924465	4	53.8	4	65	21	69	68	3	5	23	1.26
24924278--24924425	75	1.9	77	84	9	196	66	4	6	23	1.32
24924391--24924447	22	2.4	22	85	11	69	73	3	5	17	1.16
24956856--24956903	22	2.2	22	92	3	80	16	27	8	47	1.75
24970452--24970490	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
24980446--24980497	17	3.1	17	74	0	59	46	1	1	50	1.23
24981226--24981259	10	3.4	10	87	0	50	58	0	0	41	0.98
24982311--24982470	29	5.4	29	72	23	147	34	29	1	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24982303--24982476	59	3.0	59	88	7	250	32	31	2	33	1.71
24994859--24995109	114	2.2	114	96	0	457	38	21	20	19	1.93
24994659--24995260	314	1.9	314	90	1	965	36	21	21	19	1.95
24995611--24995682	17	4.2	17	75	3	65	43	1	5	50	1.34
24996411--24996444	10	3.4	10	87	0	50	58	0	0	41	0.98
24997534--24997825	59	5.0	59	87	5	405	32	29	2	35	1.69
24997540--24997820	29	9.5	30	64	24	80	33	28	1	36	1.68
24997564--24997768	29	6.9	30	67	23	121	33	28	1	37	1.66
24997529--24997825	119	2.5	118	89	3	447	31	30	2	35	1.71
24997577--24997800	29	7.6	29	64	20	90	33	29	1	35	1.66
25002654--25002682	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
25015784--25015853	20	3.9	18	70	19	56	50	0	2	47	1.16
25019667--25019945	52	5.4	52	84	5	257	34	22	15	27	1.94
25019671--25019966	156	1.9	156	79	8	334	34	23	14	28	1.94
25029997--25030140	71	2.0	71	100	0	288	28	15	12	43	1.83
25032307--25032794	123	4.0	123	90	0	762	37	12	8	40	1.74
25037390--25037549	83	2.0	80	87	3	230	27	15	24	32	1.95
25042637--25042732	28	3.4	27	83	8	113	20	13	23	41	1.88
25044511--25044545	16	2.2	16	100	0	70	62	8	0	28	1.24
25049627--25049703	29	2.6	30	75	10	77	38	25	2	32	1.70
25049809--25049848	17	2.3	17	86	4	53	57	2	10	30	1.45
25052859--25052922	21	3.0	21	88	2	101	35	9	18	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25054740--25054793	15	3.4	15	75	22	56	35	7	0	57	1.27
25054743--25054797	16	3.4	16	72	20	51	36	5	0	58	1.21
25054746--25054797	17	3.1	17	72	25	56	38	5	0	55	1.24
25055479--25055545	28	2.4	28	80	5	73	23	8	8	58	1.57
25061607--25061725	58	2.0	59	87	4	170	26	19	5	47	1.72
25069642--25069670	12	2.3	13	94	5	51	31	6	20	41	1.79
25073961--25074017	27	2.1	27	90	0	87	24	10	24	40	1.87
25074907--25074959	19	2.8	19	94	0	88	28	13	13	45	1.80
25077775--25077871	7	13.9	7	78	12	58	22	22	23	30	1.99
25077775--25077868	21	4.5	21	89	0	125	22	22	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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