genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469251--2469558	59	5.2	60	81	11	191	34	2	28	34	1.73
2469514--2469584	19	4.2	18	67	23	55	35	2	22	39	1.69
2469444--2469568	30	4.2	29	85	3	169	33	1	24	40	1.65
2470832--2470861	12	2.5	12	88	0	51	40	0	3	56	1.16
2471337--2471396	20	3.0	20	92	2	93	20	16	45	18	1.86
2471441--2471467	14	1.9	14	100	0	54	14	14	29	40	1.86
2471504--2471610	48	2.2	48	81	6	119	48	1	0	48	1.18
2471533--2471595	31	2.0	31	87	0	90	50	3	0	46	1.17
2471503--2471610	6	18.0	6	75	14	89	48	1	0	49	1.18
2471506--2471601	42	2.2	43	80	15	110	47	2	1	48	1.20
2472775--2472917	69	2.1	69	90	0	223	34	9	17	38	1.83
2479240--2479278	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2483807--2483845	17	2.3	17	90	0	60	15	15	23	46	1.83
2483947--2484057	28	3.8	28	74	9	114	36	5	7	51	1.53
2483929--2484048	60	2.0	60	96	0	222	35	7	5	50	1.55
2485829--2485859	6	5.2	6	96	0	53	19	0	0	80	0.71
2487231--2487292	30	2.1	30	100	0	124	45	9	6	38	1.63
2487393--2487421	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2487703--2487739	19	1.9	19	94	0	65	10	8	32	48	1.67
2489857--2489894	18	2.1	18	90	9	60	23	5	15	55	1.61
2497242--2497283	20	2.1	20	86	0	57	45	2	2	50	1.27
2501390--2501415	12	2.2	12	100	0	52	30	7	7	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501854--2501907	18	2.9	18	78	8	63	35	0	0	64	0.94
2502398--2502456	29	2.0	30	87	9	86	49	6	1	42	1.39
2504146--2504630	161	3.0	158	91	3	751	44	11	8	35	1.71
2506212--2506248	18	2.1	18	90	10	58	59	0	0	40	0.97
2509220--2509257	19	2.0	19	89	0	58	5	2	21	71	1.19
2521066--2521113	17	2.8	16	78	15	51	37	2	2	58	1.22
2522080--2522104	12	2.1	12	100	0	50	16	40	20	24	1.91
2525242--2525506	142	1.9	143	88	2	408	33	17	15	32	1.92
2531823--2531858	15	2.3	16	85	4	56	75	2	2	19	1.06
2544706--2544755	21	2.4	21	75	0	55	4	42	16	38	1.66
2550256--2550322	33	2.1	32	94	2	116	41	10	5	41	1.64
2550344--2550437	8	11.8	8	72	21	65	54	1	0	44	1.07
2550344--2550582	30	7.7	30	65	19	107	51	2	1	44	1.25
2550343--2550410	22	3.2	21	81	8	75	51	1	0	47	1.09
2550344--2550580	18	13.1	18	64	22	95	51	2	1	43	1.25
2550415--2551081	112	6.0	110	89	2	854	47	5	3	43	1.42
2550560--2551073	54	9.2	52	67	24	187	46	5	3	43	1.45
2550515--2551022	18	27.3	18	64	19	138	47	5	3	43	1.42
2550484--2551082	112	5.4	111	92	1	887	46	5	3	44	1.44
2552370--2552532	29	5.5	31	68	10	108	36	3	26	33	1.74
2552363--2552560	59	3.4	59	87	1	299	34	4	28	31	1.78
2552532--2552738	60	3.5	60	88	3	267	36	3	23	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552554--2552738	30	6.2	30	92	1	293	35	3	22	38	1.72
2554602--2554695	6	15.8	6	75	14	70	48	2	0	48	1.13
2554631--2554680	25	2.0	25	88	0	73	54	4	0	42	1.19
2554624--2554687	31	2.1	31	91	5	103	53	3	0	43	1.16
2554625--2554695	17	4.4	16	79	16	85	54	2	0	42	1.14
2554981--2555281	68	4.4	68	97	0	557	27	20	17	34	1.95
2555022--2555454	169	2.5	170	82	11	542	27	21	18	33	1.96
2555284--2555526	68	3.5	68	81	12	341	27	22	17	33	1.96
2555327--2555525	39	5.6	38	78	14	210	28	21	17	32	1.96
2555226--2555525	140	2.2	140	98	1	577	27	21	17	33	1.96
2555022--2555522	101	4.9	105	76	13	429	27	21	17	33	1.96
2567405--2567614	29	7.1	30	71	9	146	34	3	28	33	1.75
2567405--2567658	59	4.3	59	83	4	298	35	3	27	33	1.75
2567649--2567808	30	5.3	30	93	1	250	35	1	23	40	1.65
2567637--2567808	90	1.9	90	90	4	276	34	1	25	38	1.66
2568240--2568272	14	2.3	15	89	5	50	18	12	3	66	1.36
2568318--2568372	23	2.5	21	77	11	56	10	50	23	14	1.74
2569668--2569761	6	15.8	6	75	14	79	50	2	0	47	1.13
2569697--2569746	25	2.0	25	88	0	73	54	4	0	42	1.19
2569690--2569753	31	2.1	31	91	5	103	53	3	0	43	1.16
2569668--2569761	42	2.3	43	83	5	113	50	2	0	47	1.13
2569691--2569761	17	4.4	16	79	16	85	54	2	0	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570456--2570548	34	2.7	34	84	0	123	47	0	10	41	1.38
2570559--2570655	34	2.8	34	76	7	106	37	1	13	48	1.49
2570366--2570651	124	2.4	119	92	4	461	39	0	12	47	1.46
2570813--2570839	10	2.7	10	100	0	54	40	0	11	48	1.39
2572402--2572445	15	2.9	15	86	0	61	38	2	25	34	1.68
2572497--2572900	41	9.9	41	86	1	542	16	30	21	31	1.95
2572683--2572939	41	6.3	41	80	8	161	17	30	21	31	1.96
2572887--2572975	40	2.2	41	82	6	101	19	25	20	34	1.96
2572497--2572975	123	3.9	121	79	7	416	17	29	21	32	1.96
2585776--2585840	32	2.0	32	93	0	112	56	9	1	32	1.40
2591960--2592026	31	2.2	32	86	5	93	31	1	11	55	1.45
2592021--2592070	23	2.2	23	85	7	66	46	6	2	46	1.39
2603603--2603627	8	3.1	8	100	0	50	36	24	0	40	1.55
2609584--2609624	16	2.5	17	80	11	50	73	7	12	7	1.25
2619802--2619840	17	2.3	17	86	0	51	17	12	23	46	1.83
2620094--2620375	148	1.9	148	96	0	519	20	19	12	46	1.82
2620454--2620513	17	3.5	17	73	8	50	40	26	18	15	1.90
2620454--2620518	34	1.9	34	83	0	85	38	26	20	15	1.92
2621363--2621402	21	1.9	21	94	0	71	67	2	0	30	1.04
2631356--2631493	70	2.0	69	92	1	231	39	18	8	33	1.81
2636958--2637003	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
2637951--2637991	11	3.7	11	87	12	57	75	2	0	21	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637955--2638009	6	9.3	6	80	7	51	76	1	3	18	1.02
2637954--2637991	16	2.3	16	90	4	58	76	2	0	21	0.91
2640869--2640931	19	3.3	19	73	10	56	74	1	3	20	1.04
2647985--2648035	22	2.4	22	81	18	72	25	1	1	70	1.08
2650094--2650166	31	2.4	31	97	0	137	17	5	31	45	1.72
2653175--2653217	22	1.9	23	95	4	79	69	0	6	23	1.12
2666922--2666988	6	10.7	6	75	15	55	76	2	20	0	0.92
2668066--2668160	49	1.9	49	82	4	120	45	17	21	15	1.86
2668477--2668809	167	2.0	165	88	1	486	33	19	22	24	1.97
2668642--2669508	204	4.2	203	88	2	1213	36	19	22	21	1.95
2668646--2669498	408	2.1	410	90	1	1336	35	19	22	21	1.96
2669332--2669665	157	2.1	158	88	1	492	36	21	21	20	1.95
2670073--2670127	16	3.4	16	82	5	74	41	0	3	54	1.18
2670073--2670135	33	1.9	33	90	0	99	38	0	6	55	1.25
2671959--2672106	29	5.1	28	73	9	102	37	26	2	34	1.68
2682142--2682286	73	2.0	71	86	2	200	30	19	16	33	1.94
2690973--2691035	28	2.3	26	89	5	90	31	1	1	65	1.12
2690990--2691037	20	2.3	20	86	10	62	33	0	0	66	0.92
2707327--2707372	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
2708439--2708490	14	3.8	14	82	2	52	25	1	1	71	1.07
2713967--2714011	11	4.3	11	86	11	67	73	0	6	20	1.05
2713965--2714026	20	3.2	20	83	4	81	67	1	6	24	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2714028--2714087	11	5.5	10	78	21	59	16	5	1	76	1.04
2714028--2714087	6	11.0	5	86	11	59	16	5	1	76	1.04
2714024--2714087	28	2.3	29	86	7	89	17	4	3	75	1.11
2715034--2715068	14	2.7	13	91	8	54	80	0	8	11	0.92
2715024--2715078	24	2.3	24	84	3	67	78	1	10	9	1.05
2715044--2715087	16	2.9	15	86	6	54	81	0	13	4	0.83
2720760--2720798	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
2720755--2720817	28	2.3	26	91	5	99	65	1	3	30	1.18
2728774--2728816	21	2.1	21	91	4	70	62	0	11	25	1.29
2734831--2734885	23	2.4	23	87	0	74	29	21	23	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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