genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8239181--8239348	29	5.7	30	75	8	148	34	24	4	36	1.75
8239191--8239347	59	2.7	60	85	5	185	32	26	4	36	1.76
8239211--8239378	59	2.8	59	83	1	194	32	26	4	36	1.76
8244718--8244795	10	8.3	9	83	10	70	82	2	11	3	0.91
8244718--8244801	15	5.8	13	80	15	71	82	2	11	3	0.90
8244724--8244801	7	10.4	7	75	17	59	83	2	11	2	0.85
8244724--8244801	9	9.2	8	74	16	52	83	2	11	2	0.85
8244760--8244806	23	2.0	24	87	4	69	80	4	14	0	0.85
8244718--8244793	5	15.8	5	77	16	56	81	2	11	3	0.93
8245942--8246195	50	5.1	50	73	9	196	39	19	26	14	1.90
8245954--8246177	100	2.2	100	82	7	249	40	18	26	14	1.89
8245840--8246147	150	2.1	150	87	3	442	39	21	25	13	1.89
8247376--8247453	17	4.6	17	83	0	102	34	1	6	57	1.32
8248819--8249024	59	3.5	57	78	11	202	35	24	2	37	1.69
8248842--8249021	29	6.1	30	79	10	176	33	25	2	38	1.70
8248833--8249024	58	3.3	57	80	9	201	35	24	2	37	1.70
8248823--8249052	59	3.9	58	79	8	173	35	23	4	36	1.75
8254125--8254272	59	2.5	60	78	4	156	43	10	18	27	1.82
8254254--8254502	29	8.7	29	75	10	226	36	2	24	35	1.71
8254294--8254511	57	3.7	58	76	10	212	34	2	25	37	1.70
8256441--8256513	6	12.3	6	73	2	67	52	0	4	43	1.20
8256443--8256492	18	2.8	18	100	0	100	56	0	4	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8256461--8256513	23	2.2	24	86	3	72	50	0	3	45	1.19
8256811--8257959	102	11.5	102	91	3	1802	30	18	15	35	1.91
8257009--8257187	89	2.0	89	93	0	304	30	19	13	36	1.90
8257098--8257962	100	8.6	100	93	1	1451	30	18	15	35	1.91
8256811--8257962	202	5.8	201	90	3	1760	30	18	15	35	1.91
8258115--8258320	100	2.0	101	86	5	283	16	27	18	37	1.93
8269232--8269426	59	3.3	60	79	5	191	37	8	25	28	1.84
8269387--8269586	30	6.8	29	80	10	183	35	3	25	36	1.73
8269351--8269606	29	8.7	29	78	10	209	34	3	25	35	1.75
8269409--8269607	59	3.4	59	82	6	235	36	2	24	36	1.69
8270841--8270877	17	2.2	17	90	0	56	59	2	0	37	1.12
8270871--8270917	20	2.4	20	85	3	60	61	12	2	23	1.42
8271587--8271672	21	4.0	21	73	15	59	53	1	3	41	1.25
8271601--8271655	21	2.5	22	82	11	67	54	1	1	41	1.21
8271629--8271678	18	2.7	19	85	11	68	58	0	2	40	1.10
8272545--8272765	29	7.6	28	73	22	181	33	30	2	33	1.70
8272545--8272812	117	2.3	116	88	3	380	33	30	2	33	1.72
8272536--8272824	29	9.9	29	70	24	166	32	30	2	33	1.71
8272545--8272812	58	4.6	58	87	3	353	33	30	2	33	1.72
8284973--8285803	200	4.2	199	91	1	1283	35	20	22	20	1.96
8286187--8286223	17	2.2	17	90	0	56	59	2	0	37	1.12
8286217--8286263	20	2.4	20	89	3	69	59	12	4	23	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8288102--8288263	29	5.6	28	74	22	131	33	30	3	32	1.73
8288110--8288287	58	3.1	57	90	2	275	31	32	3	32	1.74
8288128--8288287	29	5.6	28	73	22	127	32	33	2	31	1.71
8288100--8288346	116	2.1	115	78	10	254	31	29	4	33	1.78
8291024--8291111	44	2.0	44	97	0	167	21	4	35	38	1.74
8293023--8293065	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
8294488--8294539	4	12.8	4	81	18	63	76	0	3	19	0.93
8294486--8294544	26	2.3	26	83	16	79	77	0	3	18	0.90
8300968--8301010	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
8304181--8304372	104	1.8	103	81	7	235	27	23	11	36	1.90
8311371--8311413	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
8312815--8312853	14	2.8	14	80	0	51	43	7	0	48	1.31
8315487--8315532	24	2.0	24	83	8	60	28	2	4	65	1.23
8319332--8319418	30	2.9	31	88	6	135	41	18	4	35	1.71
8322889--8322929	8	4.8	8	83	16	55	21	21	12	43	1.85
8331022--8331161	50	2.8	49	85	4	190	36	20	22	21	1.95
8331215--8331467	40	6.4	40	76	8	212	32	26	15	25	1.96
8331218--8331467	79	3.2	78	80	7	265	32	25	16	25	1.96
8331979--8332008	11	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
8332934--8332992	28	2.1	28	84	9	77	37	3	10	49	1.54
8333267--8333419	30	5.1	29	82	12	177	42	22	2	32	1.67
8333267--8333414	60	2.5	61	82	12	200	43	20	2	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8340213--8340264	19	2.7	21	81	18	53	55	0	1	42	1.10
8341788--8341837	26	2.0	25	88	4	73	56	4	6	34	1.43
8341788--8341825	13	3.0	13	88	3	60	60	5	2	31	1.33
8350889--8351088	108	1.9	108	86	0	292	39	11	18	31	1.86
8354216--8354388	61	2.9	58	79	7	168	54	9	10	26	1.64
8363553--8363601	17	2.8	17	78	3	53	71	4	10	14	1.27
8363754--8363802	24	2.1	23	88	3	71	26	6	2	65	1.27
8364076--8364158	32	2.6	32	90	3	123	36	2	18	43	1.63
8365160--8365861	306	2.3	304	84	6	892	46	11	11	31	1.75
8367430--8367467	20	1.9	20	88	0	58	15	0	7	76	1.01
8367995--8368053	6	9.8	6	73	14	50	38	3	1	55	1.26
8368011--8368038	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
8368844--8368881	16	2.3	17	86	4	51	52	5	0	42	1.24
8369577--8369917	161	2.1	161	90	1	540	21	15	14	49	1.79
8370057--8370543	59	8.3	59	89	1	719	34	28	1	35	1.68
8370530--8370599	28	2.5	28	86	4	88	27	28	12	31	1.93
8384326--8384351	13	2.0	13	100	0	52	53	0	23	23	1.46
8391884--8391985	48	2.1	48	92	0	168	40	6	16	36	1.76
8396668--8396769	48	2.1	48	94	3	179	36	6	19	37	1.79
8397764--8398285	265	2.0	266	84	4	687	37	19	11	31	1.87
8400655--8401067	98	4.2	98	83	2	476	16	24	19	39	1.92
8400713--8401214	49	10.2	50	73	13	330	17	24	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8400923--8401214	149	2.0	147	86	2	406	18	23	18	40	1.91
8418756--8418786	14	2.1	14	94	5	53	45	0	0	54	0.99
8418754--8418793	20	2.0	20	85	9	55	45	2	0	52	1.14
8430147--8430217	25	2.8	24	70	16	63	32	2	4	60	1.30
8430372--8430427	26	2.2	25	78	9	58	51	1	3	42	1.29
8440588--8440614	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8443308--8443391	36	2.3	36	97	2	159	30	5	9	53	1.57
8443753--8443789	18	2.1	18	100	0	74	37	29	0	32	1.58
8445249--8445316	34	2.0	34	85	5	93	55	16	1	26	1.49
8468182--8468240	25	2.4	25	94	0	100	52	1	10	35	1.45
8470727--8470763	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
8471856--8471931	30	2.5	30	79	12	84	55	1	0	43	1.08
8471840--8471904	27	2.5	25	78	14	62	47	1	0	50	1.10
8477881--8477936	24	2.2	25	84	9	69	26	8	3	60	1.43
8485897--8485926	16	1.9	16	93	6	53	33	10	0	56	1.32
8494858--8494887	13	2.3	13	100	0	60	26	0	23	50	1.50
8495093--8495133	17	2.3	18	83	4	57	63	0	0	36	0.95
8501955--8501996	20	2.0	21	90	4	68	52	16	9	21	1.72
8503170--8503202	16	2.0	17	88	5	50	33	6	0	60	1.21
8503768--8504002	131	1.8	129	93	1	389	42	8	8	39	1.67
8503776--8504043	131	2.1	129	83	5	335	44	7	9	39	1.65
8512000--8512072	23	3.1	24	82	9	73	38	13	12	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8512754--8512801	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
8531059--8531097	16	2.4	16	91	4	60	48	0	0	51	1.00
8531058--8531124	26	2.6	24	75	17	64	52	0	0	47	1.00
8531130--8531167	15	2.5	15	91	0	58	47	5	2	44	1.39
8531891--8531924	16	2.1	16	88	0	50	38	0	14	47	1.45
8536352--8536380	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8538377--8538477	52	1.9	52	89	0	157	52	2	2	41	1.32
8538579--8538655	28	2.8	27	82	7	77	54	7	15	22	1.66
8550679--8550718	18	2.2	18	86	8	55	7	37	2	52	1.43
8554517--8554706	84	2.2	86	85	6	246	21	12	17	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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